Bảo đảm về tổ chức là yếu tố quan trọng để đạt được hiệu quả cao của hoạt động áp dụng pháp luật trong thực hành quyền công tố của Viện kiểm sát nhân dân. Con người là yếu tố có tính chất quyết định trong các hoạt động xã hội nói chung và trong hoạt động áp dụng pháp luật trong thực hành quyền công tố của Viện kiểm sát nhân dân nói riêng, tức là nó phụ thuộc vào trình độ, khả năng chuyên môn của những người trực tiếp làm công tác áp dụng pháp luật. Trong ngành kiểm sát, đó là Viện trưởng, Phó Viện trưởng và các Kiểm sát viên.
Ngành kiểm sát nhân dân được thành lập ngày 26/07/1960 theo Hiến pháp năm 1959 và Viện kiểm sát nhân dân năm 1960. Đến nay, ngành Kiểm sát đã trải qua 49 năm xây dựng và trưởng thành, những kết quả hoạt động của
ngành đã góp phần quan trọng vào sự nghiệp đấu tranh phòng chống tội phạm, bảo vệ và xây đựng đất nước, bảo vệ pháp chế và trật tự pháp luật.
Mặc dù đã có nhiều đóng góp tích cực, song trong quá trình thực hiện chức năng nhiệm vụ của mình vẫn còn nhiều tồn tại yếu kém, tình trạng sai phạm trong hoạt động vẫn còn xảy ra. Ngày 21/03/2000, Bộ Chính trị ban hành chỉ thị số 53-CT/TW về một số công việc cấp bách của các cơ quan tư pháp trong năm 2000; Chỉ thị nêu rõ: “Tăng cường trách nhiệm pháp lý của Viện kiểm sát nhân dân đối với công tác bắt, giam, giữ… Sai sót trong việc bắt, giam, giữ ở địa phương nào thì trước hết Viện kiểm sát nhân dân ở địa phương đó chịu trách nhiệm”. Ngày 25/01/2001, tại kỳ họp thứ 10, Quốc hội khoá X đã thông qua Nghị quyết số 51/2001/NQ về việc sửa đổi, bổ sung một số điều của Hiến pháp năm 1992, thể chế hoá chủ trương, quan điểm cải cách bộ máy nhà nước của Đảng ta đã thể hiện trong Nghị quyết Đại hội đại biểu toàn quốc lần thứ IX của Đảng và kết luận của Hội nghị lần thứ 4 Ban chấp hành Trung ương Đảng khoá IX. Hiến pháp năm 1992 (sửa đổi) đã quy định Viện kiểm sát nhân dân có chức năng thực hành quyền công tố và kiểm sát các hoạt động tư pháp.
Để tiếp tục đẩy mạnh quá trình cải cách tư pháp, ngày 02/01/2002, Bộ Chính trị đã ban hành Nghị quyết 08-NQ/TW về một số nhiệm vụ trọng tâm của công tác tư pháp trong thời gian tới. Nghị quyết đã đánh giá cao những kết quả đạt được của công tác tư pháp, của đội ngũ cán bộ làm công tác tư pháp, góp phần quan trọng trong giữ gìn an ninh chính trị, trật tự an toàn xã hội, bảo vệ quyền, lợi ích của tổ chức cá nhân. Đồng thời, Nghị quyết chỉ rõ một số tồn tại, yếu kém về chất lượng công tác tư pháp, về đội ngũ cán bộ … Nghị quyết đã nêu rõ: Viện kiểm sát các cấp thực hiện tốt chức năng công tố và kiểm sát việc tuân theo pháp luật trong hoạt động tư pháp; hoạt động công tố phải được thực hiện ngay từ khi khởi tố vụ án và trong suốt quá trình tố tụng… Tổ chức sắp xếp lại các đơn vị trong Viện kiểm sát các cấp để thực hiện tốt chức năng công tố, kiểm sát hoạt động tư pháp. Thể chế hoá quan điểm của Đảng về cải cách tư pháp nói
chung, đổi mới tổ chức và hoạt động của Viện kiểm sát nhân dân nói riêng, cụ thể hoá các quy định Hiến pháp năm 1992 (sửa đổi). Ngày 02/04/2002, tại kỳ họp thứ 11, Quốc hội khoá X đã thông qua Luật tổ chức Viện kiểm sát nhân dân mới. Theo quy định của Luật tổ chức Viện kiểm sát nhân dân năm 2002 thì Viện kiểm sát nhân dân có chức năng thực hành quyền công tố và kiểm sát các hoạt động tư pháp. Như vậy, so với các Luật tổ chức Viện kiểm sát nhân dân trước đó thì chức năng, nhiệm vụ và quyền hạn của Viện kiểm sát nhân dân có sự thay đổi lớn nhất kể từ khi thành lập ngành đến nay.
Chất lượng áp dụng pháp luật trong thực hành quyền công tố các vụ án hình sự của Viện kiểm sát nhân dân chỉ có thể được nâng lên khi tổ chức bộ máy và chất lượng hoạt động của Viện kiểm sát nhân dân, nhất là tổ chức và trình độ của cán bộ ở những đơn vị làm công tác này được nâng lên. Hiện nay, về tổ chức của Viện kiểm sát nhân dân cũng còn những đơn vị chưa phù hợp, tính ổn định chưa cao, cần thiết phải kiện toàn. Về lâu dài cần nghiên cứu đổi mới tổ chức, sắp xếp lại cho phù hợp, thuận tiện cho công tác thực hành quyền công tố và kiểm sát việc tuân theo pháp luật các hoạt đông tư pháp.
Đối với đội ngũ cán bộ Kiểm sát viên làm công tác thực hành quyền công tố và kiểm sát các hoạt động tư pháp cũng cần phải được nâng cao trình độ năng lực, chuyên môn, nghiệp vụ, đạo đức nghề nghiệp. Trong thực tế hiện nay trình độ và năng lực chuyên môn của đội ngũ Kiểm sát viên chưa thực sự đáp ứng được yêu cầu đổi mới. Số người có năng lực, có kinh nghiệm, Kiểm sát viên giỏi làm trên lĩnh vực này còn ít. Một số Kiểm sát viên giảm sút ý chí phấn đấu, vi phạm phẩm chất đạo đức lối sống và vi phạm pháp luật. Trước yêu cầu của tình hình mới hiện nay, ngành kiểm sát cần tiếp tục đổi mới cả về tổ chức và hoạt động cho phù hợp với yêu cầu của cải cách tư pháp. Về địa vị pháp lý, nhiệm vụ, quyền hạn, tiêu chuẩn, chế độ tuyển chọn, bổ nhiệm, miễn nhiệm của Kiểm sát viên đã được Ủy ban thường vụ Quốc hội nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt nam khóa X thông qua pháp lệnh Kiểm sát viên ngày 04/10/2002.
Tính đến cuối năm 2008, toàn ngành Kiểm sát trên pham vi cả nước có 11.760 Kiểm sát viên, cán bộ công chức, trong đó có 10.428 Kiểm sát viên, cán bộ, công chức làm chuyên môn nghiệp vụ kiểm sát. Về trình độ chuyên môn nghiệp vụ của 10.428 Kiểm sát viên, cán bộ và công chức: 21 tiến sỹ, chiếm 0,3%; 109 thạc sỹ, chiếm 1%; 8.624 cử nhân luật, chiếm 82,7%; 892 cao đẳng kiểm sát, chiếm 8,5%. Đối với Hà Giang, về tổ chức cán bộ Viện kiểm sát nhân dân tỉnh Hà Giang, tính đến cuối năm 2008, toàn ngành Kiểm sát Hà Giang có 130 biên chế, trong đó có 111 Kiểm sát viên, cán bộ, công chức trực tiếp làm chuyên môn nghiệp vụ kiểm sát. Về trình độ chuyên môn nghiệp vụ có 98 cử nhân luật, chiếm 88,3% và 13 cao đẳng kiểm sát, chiếm 11,7% . Một số cán bộ kiểm sát ở hai cấp (tỉnh và huyện) trước đây được chuyển từ quân đội và các ngành khác về ngành và được đào tạo ở hệ chuyên tu, tại chức; một số cán bộ trẻ mặc dù được đào tạo sau này nhưng chất lượng thực tế cũng chưa đáp ứng được yêu cầu. Số cán bộ, kiểm sát viên có khả năng nghiên cứu, tổng hợp, chuyên gia giỏi, kiểm sát viên giỏi còn ít.
Trong những năm qua, ngành Kiểm sát nhân dân nói chung và Viện kiểm sát nhân dân tỉnh Hà Giang nói riêng đã chú trọng đến công tác đào tạo nâng cao năng lực chuyên môn cho cán bộ, Kiểm sát viên như: cử đi đào tạo chuyển đổi bằng từ Cao đẳng kiểm sát lên cử nhân luật; cử cán bộ đi học cao cấp lý luận chính trị, cao học luật, các lớp đào tạo ngắn hạn, các lớp tập huấn nghiệp vụ ; đề ra tiêu chuẩn và thủ tục bổ nhiệm kiểm sát viên theo hướng chú trọng cả năng lực chuyên môn và phẩm chất, đạo đức nghề nghiệp của kiểm sát viên.
Cùng với quá trình đổi mới, kiện toàn tổ chức và hoạt động của ngành kiểm sát, cũng phải đổi mới, kiện toàn tổ chức và hoạt động của các cơ quan tư pháp khác, như: Cơ quan điều tra, một số cơ quan được giao nhiệm vụ tiến hành một số hoạt động điều tra, Tòa án các cấp, các cơ quan bổ trợ tư pháp (tổ chức sư, cơ quan giám định tư pháp…). Trong hoạt động tố tụng hình sự, mỗi cơ quan có chức năng, nhiệm vụ riêng, Cơ quan điều tra thực hiện việc điều tra tội phạm,
Viện kiểm sát thực hành quyền công tố và kiểm sát các hoạt động tư pháp, Toà án thực hiện chức năng xét xử, các cơ quan bổ trợ tư pháp giúp cho quá trình điều tra, truy tố, xét xử được vụ án chính xác và bảo đảm quyền và lợi ích của các bên. Hoạt động của các cơ quan tư pháp trong tố tụng hình sự có quan hệ chặt chẽ, tác động và bổ sung với nhau, bởi vậy chất lượng áp dụng pháp luật trong thực hành quyền công tố của Viện kiểm sát chỉ có thể được nâng lên nếu chất lượng áp dụng pháp luật của các cơ quan tư pháp khác cũng được nâng lên.