Thanh toán liên hàng áp dụng thanh toán giữa các đơn vị Ngân hàng trong cùng một hệ thống là phơng thức thanh toán quan trọng của Ngân hàng. Là cơ sở để các Ngân hàng hoàn thành các chức năng của mình đối với nền kinh tế. Thanh toán liên hàng là quan hệ thanh toán nội bộ giữa các chi nhánh Ngân hàng trong cùng một hệ thống phát sinh trên cơ sở nghiệp vụ thanh toán không dùng tiền mặt giữa các khách hàng có mở tài khoản tiền gửi thanh toán ở các chi nhánh Ngân hàng khác nhau hoặc các nghiệp vụ chuyển tiền, điều hoà vốn trong nội bộ hệ thống.
Thanh toán liên hàng bao gồm hai nghiệp vụ cơ bản đó là liên hàng đi và liên hàng đến. Liên hàng đi là khâu phát sinh nghiệp vụ thanh toán và đơn vị thực hiện nghiệp vụ này là Ngân hàng A. Liên hàng đến là khâu kết thúc nghiệp vụ thanh toán và Ngân hàng thực hiện nghiệp vụ kết thúc này là Ngân hàng B.
Ngày nay trong điều kiện khoa học công nghệ và thông tin phát triển. Việc ứng dụng những thành tựu của khoa học công nghệ và thông tin vào các hoạt động của Ngân hàng nói chung và công tác thanh toán nói riêng là một
điều hết sức cần thiết, thanh toán liên hàng truyền thống đã đợc phát triển thành thanh toán liên hàng điện tử. Qua hình thức này số liệu có liên quan đến các đơn vị liên hàng đợc truyền và lý thông tin qua hệ thống máy vi tính. Ph- ơng thức đợc áp dụng đối với các khoản tiền bằng VNĐ và bằng ngoại tệ qua tài khoản tiền gửi thanh toán của chi nhánh tại trung tâm thanh toán. Muốn thực hiện đợc thanh toán điện tử thì đòi hỏi chi nhánh tham gia phải có đầy đủ các điều kiện về kỹ thuật nghiệp vụ nh mạng vi tính cục bộ, điện tử dự phòng, khả năng truyền thông, cán bộ kỹ thuật và cán bộ nghiệp vụ thì quá trình thanh toán mới thực hiện đợc.
Tóm lại, phơng thức thanh toán liên hàng có nhiều u điểm nh nhanh chóng và chính xác, tài khoản hạch toán đơn giản, quy trình thanh toán chặt chẽ. Mọi khoản chuyển tiền đợc thực hiện ngay trong ngày và đối chiếu ngay đó hạn chế đợc tối đa các sai sót có thể xảy ra.