Giao thông thuỷ là ngành lợi dụng nước. Yêu cầu chính của ngành là đảm bảo độ sâu, chiều rộng, bán kính cong và mức độổn định của tuyến đường thuỷ. Chiều sâu đảm bảo được tính từ mực nước sông thấp nhất ứng tần suất tính toán 90 - 99% và được Bộ Giao thông vận tải quy định, tuỳ theo phương tiện và yêu cầu vận tải đối với mỗi tuyến. Khi mực nước thiết kế không đảm bảo yêu cầu khai thác giao thông thuỷ, có thể điều chỉnh bằng các biện pháp công trình như: 1- Điều tiết dòng chảy bằng kho nước hoặc chuyển dòng; 2- Nắn bờ tăng độ
cong, nạo vét luồng; 3- Kênh hoá bằng đập dâng và âu tàu.
Độ ổn định của tuyến sông phụ thuộc vào cấu tạo địa chất bờđáy, chế độ nước sông và
đặc điểm tương tác dòng nước - lòng sông. Gia cố bờ cần thiết cho việc bảo vệ các công trình cảng ven bờ, nhưng không phải là bắt buộc đối với việc bảo đảm độ sâu tuyến. Trong các sông chảy trên nền đáy bở rời, quá trình bồi xói diễn ra theo quy luật tự nhiên, mọi giải pháp công trình cản trở quy luật này tại một đoạn sông sẽ có tác dụng dây chuyền lên các đoạn kế
tiếp, vừa phá vỡ quy luật tự nhiên, vừa tạo nên rủi ro bất thường mang tính nhân tác, mà một số người vẫn nhầm tưởng là tai biến thiên nhiên. Đây là điều cần phải tính đến trong công cuộc chinh phục các dòng sông vì mục đích sử dụng tổng hợp và hiệu quả tài nguyên.
Ngoài ra, giao thông thuỷ cũng là một ngành thải chất độc hại (dầu mỡ...) và khi có sự cố
thì lượng hàng hoá vận chuyển có thể sẽ phát tán toàn bộ vào khối nước, gây nguy cơ ô nhiễm cao hoặc tạo chướng ngại vật cản trở dòng chảy.