Tổ chức thực hiện là quá trình xây dựng kế hoạch và tổ chức thực thi kế hoạch nhằm đạt được mục tiêu đã đề ra. Trên cơ sở quy hoạch, chương trình và các cơ chế chính sách phát triển kinh tế của Trung ương, các Nghị quyết của HĐND cấp tỉnh, UBND cấp tỉnh xây dựng kế hoạch thực hiện các quy hoạch, các chương trình và các cơ chế chính sách đó.
Lập kế hoạch là quá trình xác định mục tiêu của tổ chức và phương thức để thực hiện mục tiêu đó trong thời kỳ nhất định. UBND cấp tỉnh phải xây dựng kế hoạch dài hạn, trung hạn hoặc ngắn hạn, với các mục tiêu, chỉ tiêu cụ thể, chi tiết trong từng thời kỳ để thực hiện các chương trình, quy hoạch với các cơ chế chính sách đã ban hành. UBND cấp tỉnh giao sở chuyên ngành làm cơ quan thường trực tham mưu xây dựng và ban hành các kế hoạch triển khai các chương trình, quy hoạch, các cơ chế, chính sách đã được nghị quyết của HĐND cấp tỉnh phê duyệt. Kế hoạch chỉ rõ mục tiêu, chỉ tiêu, mục đích yêu cầu, nội dung thực hiện, đơn vị chủ trì và các đơn vị phối hợp tổ chức thực hiện. Kế hoạch phát triển nông nghiệp CNC sẽ do sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn chủ trì tổ chức triển khai thực hiện, phối hợp cùng với các sở, ngành và UBND các huyện tổ chức thực hiện kế hoạch đó. Sở Nông nghiệp và phát triển nông thôn có vai trò hướng dẫn tổ chức thực hiện kế hoạch, tổ chức thực hiện các
quy hoạch, chương trình cơ chế chính sách phát triển nông nghiệp công nghệ cao, đồng thời có trách nhiệm đôn đốc, kiểm tra thực hiện kế hoạch bằng việc thanh tra, kiểm tra chuyên ngành trong quá trình tổ chức thực hiện kế hoạch.
UBND các cấp là cấp được chính quyền cấp tỉnh giao tổ chức thực thi các quy hoạch, chương trình và cơ chế chính sách trên địa bàn; phối hợp với các sở, ngành để triển khai tổ chức thực hiện, chịu sự hướng dẫn về chuyên môn của sở chuyên ngành. Có vai trò quan trọng trong việc đạt mục tiêu, chỉ tiêu theo kế hoạch.
Việc tổ chức triển khai thực thi chính sách có ý nghĩa rất quan trọng, nó là một khâu hợp thành chu trình của chính sách, nếu thiếu công đoạn này thì chu trình chính sách không thể tồn tại vì nó là trung tâm kết nối trong các bước trong chu trình chính sách thành một hệ thống. Để biết được chính sách ban hành ra có đảm bảo tính khả thi, thực tiễn hay không thì việc triển khai chính sách là khâu hiện thực hoá chính sách vào sản xuất, vào đời sống xã hội.
Chúng ta đều nhận thấy để hoạch định một chính sách tốt là một vấn đề hết sức khó khăn và trải qua rất nhiều công đoạn. Song dù chính sách có tốt đến mấy nhưng không tổ chức thực thi hay thực thi yếu kém sẽ không mang lại hiệu quả, không đạt được mục tiêu đã đề ra mà còn làm giảm uy tín của Nhà nước. Và mục tiêu của chính sách chỉ có thể đạt được thông qua việc triển khai, thực thi chính sách, đồng thời các mục tiêu của chính sách có quan hệ và ảnh hưởng đến mục tiêu phát triển KTXH chung. Việc tổ chức thực thi chính sách là quá trình phức tạp, lại diễn ra trong thời gian dài do vậy phải có kế hoạch. Kế hoạch này phải được xây dựng trước khi đưa chính sách vào cuộc sống, UBND cấp tỉnh sẽ giao sở chuyên ngành tham mưu xây dựng kế hoạc để triển khai tổ chức thực hiện trên toàn địa bàn tỉnh, thành phố, trong kế hoạch phải đảm bảo làm rõ đơn vị đầu mối và các sở, ngành, UBND cấp huyện, các cơ quan liên quan tham gia phối hợp ra sao, đội ngũ nhân sự, cơ chế thực thi và đảm bảo nguồn lực tài chính, thời gian hoàn thành.
Trên cơ sở kế hoạch đã được UBND cấp tỉnh phê duyệt, các sở, ngành và UBND cấp huyện phân công phối hợp thực hiện chính sách. Một chính sách thường được triển khai, thực thi trên một địa bàn rộng lớn với nhiều tổ chức tham gia. Vì vậy, phải có sự phối hợp, phân công, phân nhiệm thật hợp lý, rõ bộ phận, rõ việc để hoàn thành tốt nhiệm vụ. Thêm vào đó các hoạt động thực thi chính sách với mục tiêu là hết sức đa dạng, phức tạp, chúng đan xen, thúc đẩy lẫn nhau, kìm hãm lẫn nhau bởi vậy phải cần có sự phối hợp giữa các cấp, ngành, các địa phương để triển khai chính sách.
Nếu hoạt động này diễn ra theo đúng tiến trình thực hiện chính sách một cách chủ động khoa học sáng tạo thì sẽ có hiệu quả cao, và duy trì ổn định.
Để đánh giá việc tổ chức thực thi chính sách cần làm rõ các chương trình và chính sách đã được ban hành, phổ biến và đang được triển khai như thế nào, có đạt được kết quả như mong đợi hay không, ý kiến của các bên liên quan về sự phù hợp của chính sách đó ra sao trong việc hướng tới mục tiêu phát triển nông nghiệp CNC.
Việc đánh giá tổ chức thực hiện các chính sách phát triển nông nghiệp CNC có thể được đánh giá theo kết quả đầu ra thể hiện qua 3 khía cạnh là mức độ biết đến chính sách, mức độ tiếp cận được chính sách và mức độ phù hợp của chính sách của từng chính sách cụ thể như: chính sách hỗ trợ xây dựng cơ sở hạ tầng, chính sách hỗ trợ tín dụng và ưu đãi vay vốn, chính sách hỗ trợ đất đai, chính sách hỗ trợ đào tạo nguồn nhân lực trong các chương trình phát triển nông nghiệp CNC.