Tốc độ tăng trưởng của chi phí vẫn cao hơn tốc độ tăng trưởng của thu nhập do nguồn vốn huy động bị ứ động khiến cho chi phí từ lãi tăng trưởng nhanh hơn so với tốc độ tăng trưởng của thu nhập từ lãi làm kìm chế sự tăng trưởng của lợi nhuận.
Tình hình lạm phát cao, Ngân hàng còn phải đối mặt với việc cạnh tranh của các kênh huy động vốn trên địa bàn: bảo hiểm, tiết kiệm bưu điện, hụi,…nên khó khăn trong vấn đề mở rộng thị phần, thu hút vốn, giữ chân khách hàng, đặc biệt sự biến động của giá vàng trong thời gian qua cũng đã ảnh hưởng nhiều đến tâm lý của nhà đầu tư. Do đó mà vốn huy động có tốc độ tăng trưởng chậm lại ảnh hưởng không tốt đến việc cấp vốn tín dụng vào hoạt động nông nghiệp, nông thôn.
Dư nợ trong cho vay phục vụ phát triển nông nghiệp, nông thôn tăng trưởng hằng năm tuy nhiên tốc độ tăng trưởng của dư nợ vẫn còn thấp so với tốc độ tăng trưởng của vốn huy động trong khi hoạt động tín dụng này chiếm tỷ trọng rất cao so với toàn bộ hoạt động tín dụng của Ngân hàng, hơn 90%. Qua đó cho thấy việc cấp vốn vào hoạt động nông nghiệp, nông thôn chưa đạt hiệu quả cao cũng như nguồn vốn huy động chưa được tận dụng tối đa vào hoạt động kinh doanh, nhất là hoạt động tín dụng nông nghiệp khiến chi phí lãi tăng nhanh hơn so với thu nhập lãi. Hơn nữa, khách hàng chính của Ngân hàng chủ yếu là nông dân có đặc điểm khác biệt so với các thành phần kinh tế khác làm cho khả năng tiếp cận nguồn vốn tín dụng tương đối thấp do họ quen sử dụng các nguồn vốn hỗ trợ từ người thân, bạn bè. Chênh lệch giữa vốn huy động và dư nợ quá lớn sẽ làm gia tăng rủi ro cho Ngân hàng.
Mạng lưới giao dịch còn nhiều hạn chế, các cơ quan, đơn vị hiện nay hầu hết được thực hiện trả lương cho nhân viên qua thẻ nhưng cả chi nhánh chỉ có duy nhất một máy ATM đặt ngay trụ sở chính của trung tâm huyện, số phòng giao dịch cũng còn ít so với nhu cầu đi vay của khách hàng cũng như nhu cầu gửi tiền của người dân trên địa bàn.
Địa bàn hoạt động tương đối rộng lớn, số lượng CBTD còn ít. Ở mỗi xã trên địa bàn huyện chỉ có một CBTD phụ trách công việc từ khâu thẩm định đến cho vay, thu nợ, thậm chí có cán bộ phụ trách 2 địa bàn, ngoài ra còn phải trực cơ quan và còn dành ra một khoảng thời gian đi xuống địa bàn để thu nợ, khảo sát phương án kinh doanh cũng như theo dõi tình hình sử dụng vốn của khách hàng. Tình trạng quá tải công việc có thể làm ảnh hưởng đến năng lực làm việc của CBTD.
Quá trình thẩm định, giải quyết các món vay còn mất nhiều thời gian do các khoản vay thường có giá trị thấp, có khi chỉ vài triệu đồng. Trình độ của một số khách hàng còn tương đối thấp, nhiều khách hàng có tuổi đời tương đối cao nên khả năng tiếp cận khoa học kỹ thuật còn thấp dẫn đến hiệu quả sản xuất kinh doanh chưa cao.
Thủ tục vay vốn dù đã cải tổ nhiều lần nhưng vẫn còn nặng về mặt hình thức, bất cứ nghiệp vụ nào cũng cần rất nhiều giấy tờ nên trung bình mỗi ngày một CBTD chỉ giải quyết được khoảng 5 – 6 bộ hồ sơ.
Ngân hàng tập trung cho vay vào lĩnh vực nông nghiệp, nông thôn, đặc biệt là sản xuất nuôi trồng thủy sản. Với ngành này việc sản xuất, tiêu thụ của người dân còn phụ thuộc nhiều vào điều kiện tự nhiên, giá cả thị trường,…từ đó dẫn đến độ rủi ro trong cho vay còn khá cao. Rủi ro trong cho vay vẫn còn tồn tại nhưng chưa có phương hướng giải quyết triệt để, việc giải quyết tài sản thế chấp nhất là quyền sử dụng đất để thu hồi nợ xấu còn gặp nhiều trở ngại và diễn ra chậm.