Quá trình lên men phụ hình thành các cặn kết tủa và còn một lượng nấm men trong bia. Lọc trong nhằm mục đích loại bỏ các kết tủa, nấm men, loại bỏ một số hợp chất gây ảnh hưởng xấu đến chất lượng bia như polyphenol. Nhà máy sử dụng hệ thống lọc bia gồm: Lọc cơ học, lọc hấp phụ, lọc an toàn.
- Lọc cơ học (KG–Filter): Áp suất đầu vào là 2 bar, áp suất đầu ra là 1,5 bar, thời gian lọc là 7 giờ. Nguyên tắc lọc là dựa trên sự chênh lệch áp suất. Mục đích của lọc trong là loại bỏ các cặn cơ học như: Nấm men chết, cặn kết tủa làm cho bia trong hơn. Dịch bia từ tank lên men được bơm qua thiết bị lọc. Trước khi lọc, dịch bia được làm lạnh xuống -1 ÷ 0oC bằng thiết bị làm lạnh bản mỏng, sử dụng glycol làm chất tải lạnh, để bù trừ mất nhiệt trên đường ống, giữ nhiệt độ luôn ổn định trong dịch lọc và cũng để bù đắp lượng CO2 mất đi trong quá trình lọc. Trước khi bơm bia vào máy lọc, bia được áo bột lần một bằng hai loại bột: Harbolite và hyflo với mục đích tạo bề mặt trợ lọc tốt. Do hai loại bột này có kích thước lớn sẽ tránh được bột đi vào ống lọc, thời gian áo bột lần một khoảng 15 phút. Tiếp đó dùng bột standard (10 kg) có kích thước nhỏ áo bột lần hai nhằm tạo thành lớp vật liệu lọc bám trên các ống lọc. Sau khi được áo bột xong bia được bơm vào máy lọc cùng với lượng bột standard còn lại. Các kết tủa lạnh, nấm men, cặn cơ học bị giữ lại trên bề mặt ngoài của cột lọc và bám vào lớp bột lọc. Dịch bia sẽ được tập trung vào trung tâm ống, được đẩy lên trên và đưa qua máy lọc Fom theo một đường ống chung. Trong quá trình lọc, bổ sung các loại phụ gia Collupulline và Vincant. Collupuline được thêm vào để thủy phân polyme trong dịch bia, còn Vincant có vai trò là chất chống oxy hóa. Bia sau khi qua máy lọc KG–Filter sẽ được đưa qua máy lọc Fom.
- Lọc hấp phụ (Fom): Áp suất đầu vào là 2 bar, áp suất đầu ra là 1,8 bar. Lượng PVPP (poly vinyl polypyrol) được dùng là 35 g/hL. Mục đích của lọc hấp phụ (lọc Fom) nhằm loại bỏ hết polyphenol (đây là chất gây nhức đầu), đồng thời ngăn chặn sự hình thành phức protein–polyphenol trong bia (đây là nguyên nhân gây đục trong quá trình tồn trữ và bảo quản tại TBF). Bia được bơm từ trên xuống cùng với các hạt PVPP sẽ hấp thụ polyphenol. Sau đó bia sẽ vào ống trung tâm và ra ngoài theo đường ống dưới đáy thiết bị để chuyển sang máy lọc Securox.
- Lọc an toàn (Securox): Không sử dụng bột trợ lọc, mà chỉ dùng các cột lọc. Áp suất đầu vào là 1,5 bar, áp suất đầu ra là 1,3 bar. Mục đích của lọc an toàn là lọc tinh lại lần nữa để loại bỏ hết tất cả phần cặn chưa lọc hết. Dịch bia sau khi lọc được chuyển sang bồn trung gian trước khi qua hệ thống pha bia. Bia được chứa trong bồn trung gian để ổn định mức bia, áp suất, không bị quá nhiều bọt. Pha bia sử dụng nước nấu bia có nhiệt độ 80oC. Nước trước khi pha phải được loại oxy vì oxy là nguyên nhân bất lợi cho bia thành phẩm. Nước sau khi khử oxy được làm lạnh nhanh xuống 2oC
và đưa vào tank chứa. Trước khi sử dụng, nước pha bia được kiểm tra hàm lượng oxy không quá 0,05 ppm.