Thành phố Hồ Chí Minh có 2 nguồn nước chính là nước mặt và nước dưới đất, nước mặt cớ thể kể đến nước của các dòng mặt sau:
* Sông Sài Gòn: Lưu vực của sông khoảng 4,500 km2, lưu lượng của sông Sài Gòn phụ thuộc rất lớn vào lượng mưa trên lưu vực sông và các công trình thủy lợi
Hình 5.4. Khu vực cầu chữ Y [Nguồn: internet]
vùng thượng nguồn. Lưu lượng dòng chảy từ 28.31 (tháng 7) đến 58.85 m3/s (tháng 10).
* Sông Đồng Nai: Lưu vực của sông khoảng 15,000 km2
(14,979 km2), lưu lượng của sông là 542 m3/s (đo tại Trị An).
* Các sông, suối khác: Nước của các con sông lớn như sông Nhà Bè, Lòng Tàu, Soài Rạp và hệ thống kênh rạch 7,880 km với diện tích mặt nước 33,500 ha
Nước thải Khu công nhiệp đổ về sông Sài Gòn, đó là các doanh nghiệp trong phạm vi qui hoạch của Khu công nghiệp Tân Phú Trung. Các doanh nghiệp hiện hữu trong phạm vi qui hoạch khu công nghiệp này là những đơn vị thuộc ngành nghề có nguy cơ gây ô nhiễm cao: sản xuất cồn, chế biến mủ cao su, dệt nhuộm, chế biến giấy, nấu đúc kim loại… Theo lãnh đạo Công ty cổ phần phát triển đô thị Sài Gòn Tây Bắc - chủ đầu tư Khu công nghiệp Tân Phú Trung, các doanh nghiệp ở khu công nghiệp này hầu hết đều có xây dựng hệ thống xử lý nước thải, khí thải, nhưng một số doanh nghiệp không vận hành liên tục các hệ thống xử lý môi trường.
Một nguồn ô nhiễm lớn hơn hiện vẫn đổ về sông Sài Gòn và đã kéo dài cả chục năm nay là kênh Ba Bò (Q.Thủ Đức), nơi tiếp nhận nguồn nước thải khổng lồ từ các khu công nghiệp của Bình Dương xả về. Cả chiều dài của đoạn kênh 2,5km này là "đường dẫn" duy nhất chuyển lượng nước đen đặc, hôi thối và nơi tiếp nhận chính là sông Sài Gòn. Kết quả phân tích mẫu nước kênh này tại 10 vị trí khác nhau (công bố tháng 7-2007) đã cho phép Chi cục Bảo vệ môi trường TP kết luận "ô nhiễm ở đây đã có từ rất lâu và ngày càng trầm trọng, gây ảnh hưởng nghiêm trọng đối với sức khỏe người dân".
Nhưng theo Chi cục Bảo vệ môi trường TP, lo lắng nhất là vi sinh đang tăng cao ở kênh Ba Bò. Hàm lượng vi sinh được phát hiện vượt chuẩn cho phép thấp nhất là 10 lần và cao nhất là 11,000 lần, "chỉ tiêu này thể hiện rõ mức độ nhiễm bẩn cao của kênh". "Đây mới là điều đáng quan tâm nhất và cần thiết cảnh báo". Lý do? Chi cục Bảo vệ môi trường TP giải thích rằng diện tích nông nghiệp dọc theo khu vực kênh đang sử dụng nguồn nước này để tưới tiêu, lượng rau tươi sống (chủ yếu là rau muống nước) trồng trọt ở khu vực này cung cấp cho dân cư quanh vùng và nội thành TP.HCM.
Theo báo cáo mới nhất của Sở KHCN & MT thành phố HCM trung bình mỗi ngày sông Đồng nai và Sài gòn phải hứng chịu trên 852,000 m3 lượng ô nhiễm từ nước thải sinh hoạt với hàm lượng DO thấp và COD quá cao (tiêu chuẩn sau này để ước tính nồng độ hữu cơ trong nước). Ngoài ra còn có một khối lượng lớn nước thải kỹ nghệ của trên 30 ngàn cơ sở sản xuất cũng được chuyển tải thẳng vào nguồn nước không qua xử lý. Một vài con số sau đây cho thấy mức độ trầm trọng của vùng này. Vào mùa khô năm 1995, nồng độ DO trên sông Sài gòn đã giảm xuống dưới 3.0 mg/L. Mùa khô năm 1999, lần đầu tiên tại Bến Than, thượng nguồn sông Đồng nai đã có chỉ số ô nhiễm hữu cơ và chung quanh lưu vực Biên hòa, nhiều nơi chỉ số DO xuống còn 2.3 mg/L. Và cũng tại Bến Than, độ mặn đo được vào đầu tháng 2/1999 là 400 mg/L. Cũng cần phải nói thêm là lượng nitrogen và phosphor trong nước đã làm tăng lượng rong tảo, và điều nầy đã làm tắc nghẽn hệ thống lọc trong quá trình xử lý ở nhà máy Thủ Đức nhiều lần trong năm 2002 .
Lưu lượng nước thải sinh hoạt hàng ngày đổ vào lưu vực sông Sài gòn dự tính cho năm 2020 là 1.6 triệu m3. Do đó, chất rắn lơ lửng (TSS), hợp chất hữu cơ, nitrogen, phosphor. .., vi khuẩn, dầu mỡ, kim loại nặng, thậm chí PCBs và nhiều hóa chất bảo vệ thực vật sẽ ngày càng tích tụ nhiều hơn trong lòng sông, và dòng nước sẽ không còn đủ lưu lượng và thời gian để tự “rữa” những dơ bẩn do ô nhiễm gây nên.