Sở dĩ có tình trạng này là do trước đây nhiều cơ sở sản xuất chưa quan tâm đúng mức đến vấn đề nước thải,Trong số 7 hệ thống kênh rạch tiêu thoát nước thải
sinh hoạt của thành phố vẫn còn nhiều kênh hở và cửa xả quá cũ, thậm chí bị hư hại nặng và năng lực thoát chỉ đạt 50% nhu cầu.
Tình trạng ô nhiễm nguồn nước kênh, rạch trên địa bàn thành phố (TP) ngày càng nặng và lan ra diện rộng. Cụ thể kênh Thầy Cai và kênh An Hạ (Củ Chi), kênh B và kênh C (huyện Bình Chánh), kênh Bà Búp và kênh Trần Quang Cơ (Hóc Môn)… nước có màu nâu đen, mùi hôi rất nặng, nhiều chỉ tiêu đều vượt tiêu chuẩn cho phép. Đi dọc theo kênh C12, C16, C18 rồi ra kênh B, kênh C nhìn thấy nước ở đâu cũng một màu đen, mùi hôi bốc lên nồng nặc. Những cây dại ven kênh, rạch cũng bị vàng cháy. Theo kết quả phân tích mẫu nước của Công ty Quản lý khai thác dịch vụ thủy lợi (Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn), thời điểm cuối tháng 12-2007, cho thấy mức độ ô nhiễm trên hệ thống kênh, rạch đã đến mức báo động. Được biết, theo Tiêu chuẩn Việt Nam thì chỉ số BOD5 cho phép là trên dưới 50 mg/l còn tại kênh B (đoạn cống cuối kênh C16) lên đến 450 mg/l, tại kênh C (cống đầu kênh C12) lên đến 470 mg/l; chỉ tiêu TDS chuẩn là 400 mg/l thì tại cống cuối kênh 16 là 1.875 mg/l, cầu Tân Tạo trên kênh C là 2.107 mg/l; chỉ tiêu Feacal Colifoms chuẩn là 200MPN/100ml thì tại cống cuối kênh C16 là 4,300 MPL/100ml, cống đầu kênh C12 là 93,000/MPL/100ml và cầu Tân Tạo là 24,000/MPL/1
Hơn thế nữa, trên nhiều đoạn kênh rạch còn có khoảng 18,000 hộ dân làm nhà lấn chiếm ra kênh rạch và xả rác xuống kênh khiến dòng chảy vốn nhỏ lại càng ách tắc.Đây cũng là nguyên nhân tạo nên sự ngập úng cục bộ ở 90 điểm rải rác trong các khu dân cư ở quận 6, Bình Chánh, Bình Thạnh…
5.7.2. Tình hình ô nhiễm nước thải ở các khu công nghiệp TP.HCM :