Một tài nguyên nước thay thế tiềm năng có thể thay thế nguồn nước hiện có để sử dụng không uống được cải tạo nước thải. Nước thải được xử lý sẽ mang lại một chất lượng tốt hơn mà có thể được sử dụng như một nguồn nước thay thế và do đó làm giảm nhu cầu về nguồn cung cấp nước ngọt. Khối lượng hàng ngày của nước thải sinh hoạt và công nghiệp thải ra kênh rạch ở TP Hồ Chí Minh là 710,000 m3
và 35,000 m3, tương ứng trong năm 2000. Khối lượng dự kiến hàng ngày nước thải sinh hoạt sẽ được 2,100,000 m3 trong năm 2020. Tuy nhiên, hiện nay, chỉ có một lượng nhỏ nước thải đô thị được xử lý thông thường tại nhà máy Bình Hưng Hòa trung tâm xử lý nước thải với công suất 30,000 m3/ngày đêm.
Ngoài ra, chỉ có 40%, khoảng 15,000 m3/ngày, nước thải công nghiệp đã được xử lý hiệu quả bởi các nhà máy xử lý nước thải tập trung nằm trong năm khu công nghiệp (bao gồm cả Tân Thuận, Linh Trung 1, Linh Trung 2, Tân Bình, Lê Minh Xuân, khu công nghiệp Tân Tạo). 10 khu công nghiệp khác trong thành phố vẫn còn đang trong quá trình thiết lập các nhà máy xử lý nước thải. Tái sử dụng nước thải qua xử lý có thể là một lựa chọn tốt cho ngành công nghiệp. Tuy nhiên, việc đầu tư và bảo trì cho điều trị tiên tiến và mạng lưới phân phối thứ cấp cho nước không uống đòi hỏi ngân sách rất lớn. Bên cạnh đó, quản lý nước thải thu hồi phải được kiểm soát chặt chẽ để giảm thiểu rủi ro đối với sức khỏe con người như ô nhiễm tác nhân gây bệnh trong các trường hợp kiểm soát kém chất lượng nước thải. Vì vậy, nước thải tái sử dụng chỉ có thể là một lựa chọn tốt cho kế hoạch dài hạn.