I. GIỚI PROTOZOA
8. Phân loại virus
8.1. Cách viết tên virus và tên loài virus.
• Virus là thực thể cụ thể (tồn tại trong không gian và thời gian) => có thể thao tác với
virus.
• Loài virus là khái niệm trừu tượng (chỉ tồn tại trong trí óc con người) => không thể thao
tác với “loài virus”
• Tên virus. Tên virus thường được lấy từ tên cây ký chủ và triệu chứng điển hình.
Ví dụ. Một virus gây bệnh khảm lá trên thuốc lá có tên thông thường (common name) là: Tiếng Việt: virus khảm lá thuốc lá
Tiếng Anh: tobacco mosaic virus. Tên virus tiếng Anh thường được viêt tắt, chẳng hạn trong ví dụ này là TMV.
• Tên loài. Tên loài virus là “tên đơn” (monomial) được viết (in) nghiêng từ tên virus (tên
thông thường (common name) tiếng Anh. Ký tự đầu tiên của tên loài phải viết hoa (không kể chữ hoa chỉ danh từ riêng nếu có trong tên loài). Tên loài không chứa tên tác giả hoặc tên người.
Ví dụ
Tên thông thường tiếng Anh: tobacco mosaic virus => tên loài là Tobacco mosaic virus
Tên thông thường tiếng Anh: tomato leaf curl Vietnam virus => tên loài là Tomato leaf curl Vietnam virus
8.2. Cơ sở phân loại
I. Đặc điểm virion
• Đặc điểm hình thái (hình dạng; kích thước; có hoặc không có màng bao; cấu trúc các đơn vị hình thái capsomer)
• Đặc tính vật lý (khối lượng phân tử; tỷ trọng; hệ số sa lắng; tính ổn định đối vói pH, nhiệt độ, cation, dung môi, bức xạ)
• Đặc điểm bộ gen (loại acid nucleic (DNA hay RNA); loại sợi (đơn hay kép, mạch thẳng hay mạch vòng); loại cực (âm, dương hay lưỡng cực); số mảnh (phân tử) genome; đặc điểm đầu 5’ và đầu 3’; so sánh trình tự.
• Đặc điểm protein (số lượng; kích thước; chức năng; so sánh chuỗi)
• Đặc điểm lipid (có hay không có; bản chất)
• Đặc điểm carbonhydrat (có hay không có; bản chất)
II. Tổ chức bộ genome và phương thức tái sinh
• Tổ chức bộ genome.
• Phương thức tái sinh
• Đặc điểm dịch mã và xử lý hậu dịch mã
• Vị trí tích lũy protein virus, lắp ráp virion, thành thục và giải phóng virion
• Tế bào học, hình thành thể vùi
III. Đặc điểm kháng nguyên
• Quan hệ huyết thanh
• Bản đồ epitope
IV. Đặc điểm sinh học
• Phạm vi ký chủ (tự nhiên và thực nghiệm), tính gây bệnh, tính hướng mô, bệnh học, mô học
• Phương thức lan truyền ngoài tự nhiên
• Quan hệ vector
• Phân bố địa lý
8.3. Hệ thống phân loại
• Hiện nay, việc phân loại virus do Ủy ban phân loại virus quốc tế (ICTV) chịu trách nhiệm. Các virus được xếp thành các thứ bậc phân loại giống như trong phân loại sinh học nói chung. Bậc phân loại chính thức cao nhất của virus là Bộ (order), bậc phận loại chính thức thấp nhất là loài (species). Hệ thống phân loại virus mới nhất do ICTV công bố gồm:
Toàn bộ 73 họ 287 chi >1950 loài Trong đó, virus thực vật 1 bộ (chỉ chứa 1 họ) 18 họ
81 chi (17 chi chưa phân loại đến họ)
1039 loài
• Vì rất khác nhau về nguồn gốc tiến hóa nên để thuận tiện, các virus còn được xếp thành các nhóm dựa vào đặc điểm bộ gien:
1. Nhóm virus DNA sợi vòng đơn
Ví dụ: Họ Geminiviridae, chi Begomovirus (gây bênh xoăn vàng lá cà chua)
2. Nhóm virus DNA sợi vòng kép phiên mã ngược
Ví dụ: Họ Caulimoviridae, chi Tungrovirus, loài Rice tungro baciliform virus (RTBV) gây bệnh tungro trên lúa.
3. Nhóm virus RNA sợi đơn, cực (+)
Ví dụ:
Họ Potyviridae, chi Potyvirus, loài Papaya ringspot virus (PRSV) gây bệnh đốm hình nhẫn đu đủ, loài Potato virus Y (PVY) gây bệnh khảm lá khoai tây và nhiều cây khác
Chi Tobamovirus, loài Tobacco mosaic virus (TMV) gây bệnh khảm lá thuốc lá và nhiều cây khác (chi này chưa phân loại đến họ)
4. Virus RNA sợi đơn, cực (-)
Ví dụ: Họ Bunyaviridae, chi Tospovirus, loài Tomato spotted wilt virus (TSWV) gây bệnh trên nhiều loại cây.
5. Virus RNA sợi kép
Ví dụ: Họ Reoviridae, chi Oryzavirus, loài Rice rugged stunt virus (RRSV) gây bệnh lùn xoắn lá trên lúa.