Mặc dù thời gian qua công tác giải quyết khiếu nại đã có những chuyển biến mạnh mẽ, đạt được những kết quả quan trọng trong quá trình giải quyết khiếu nại, tuy nhiên để đạt được những kết quả đó các chủ thể tham giải quyết khiếu nại đã gặp không ít khó khăn.
Một là, vướng mắc từ thực hiện chính sách pháp luật, đó là bất cập trong cơ chế giá bồi thường khi Nhà nước thu hồi đất, trình tự thủ tục cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất rườm rà, phức tạp.
Hai là, việc áp dụng các văn bản quy phạm pháp luật. Phương pháp xây dựng luật theo kiểu xây dựng “luật khung” hoặc “luật ống” với các nội dung chung chung khái quát, còn những quy định chi tiết sẽ chờ nghị định, thông tư hướng dẫn thi hành. Điều này không chỉ làm giảm hiệu lực của luật mà còn tạo “kẻ hở” để các cơ quan quản lý ngành, địa phương ban hành những chính sách mang tính lợi ích cục bộ. Hơn nữa còn tạo ra hiệu ứng không mong muốn là dường như các văn bản hướng dẫn thi hành lại có vai trò quan trọng hơn luật, không ít những văn bản hướng dẫn thi hành mâu thuẫn, trái với quy định của luật gây khó khăn cho các cơ quan thi hành.
Ba là, việc điều tra, xác minh vụ việc. Những tồn tại có tính lịch sử như việc cho thuê, cho mượn, cầm cố đất trong nội bộ nhân dân không có giấy tờ (chỉ nói miệng), hoặc có làm giấy tờ nhưng không hợp lệ hay việc các chủ thể tham gia khiếu nại không cung cấp đầy đủ thông tin khiếu nại đã gây không ít khó khăn trong việc điều tra, xác minh làm rõ vụ việc.