Mỗi khiếu nại về đất đai xảy ra đều do những nguyên nhân nhất định, khi đó yếu tố chủ quan, khách quan cần được xem xét. Những năm vừa qua, khiếu nại về quản lý đất đai diễn ra hầu hết ở các địa phương, tùy mức độ, tính chất và phạm vi khác nhau nhưng nhìn chung, thực trạng khiếu nại về đất đai đã ảnh hưởng rất lớn đến niềm tin của người dân vào cơ quan hành chính nhà nước. Vì vậy cần phải căn cứ vào thực trạng sử dụng đất, đường lối, chính sách của Đảng và Nhà nước, để tìm ra những nguyên nhân dẫn đến khiếu nại từ đó có những biện pháp giải quyết một cách thỏa đáng, góp phần ngăn ngừa, hạn chế những khiếu nại có thể phát sinh. Có nhiều nguyên nhân làm phát sinh khiếu nại về quản lý đất đai nói chung, nhưng chủ yếu tập trung vào các nguyên nhân sau:
3.2.3.1 Nguyên nhân khách quan
Hiện nay trong quá trình công nghiệp hóa, hiện đại hóa đất nước, việc thu hồi đất để mở rộng đô thị, xây dựng kết cấu hạ tầng, thực hiện các dự án đầu tư khiến cho diện tích đất canh tác ngày càng giảm. Trong khi đó việc gia tăng dân dân số vẫn ở tỷ lệ cao, cơ cấu kinh tế chưa đáp ứng được vấn đề giải quyết việc làm và cuộc sống của người lao động. Sự bất cập của hệ thống chính sách pháp luật về đất đai, sự yếu kém trong công tác quản lý, đặc biệt do tác động mạnh mẽ của cơ chế thị trường làm cho giá trị đất đai ngày càng tăng đã và đang là áp lực lớn về lợi ích cho các chủ thể trong quan hệ đất đai, gây nên tình trạng khiếu nại, khiếu kiện về đất đai một cách gay gắt.
Thứ nhất, thiếu công khai, dân chủ trong quá trình thực thi pháp luật. Trong quá trình phát triển kinh tế - xã hội, xây dựng kết cấu hạ tầng, Nhà nước phải thu hồi đất để thực hiện các dự án, đã gây ảnh hưởng đến quyền lợi của nhiều chủ thể sử dụng đất, quá trình triển khai thực hiện đền bù, giải tỏa thực hiện chưa đúng chính sách, pháp luật, thiếu công khai dân chủ, thậm chí tiêu cực, tham nhũng do công tác kê biên, áp giá chi trả bồi thường còn nhiều sai xót, việc công khai phương án chi chả bồi thường không chính xác và nội dung chi trả không được chi tiết dẫn đến người dân thắc mắc khiếu nại. Đây là nguyên nhân chính dẫn đến gia tăng số lượng vụ việc.
Thứ hai, hệ thống pháp luật về quản lý đất đai chưa hoàn chỉnh, còn nhiều sơ hở, bất cập, lại liên tục thay đổi. Nhất là quy định về giá đất đền bù thiệt hại khi Nhà nước thu hồi đất chưa phù hợp với thực tế, chưa thực sự tạo điều kiện cho người dân ổn định cuộc sống khi bị thu hồi đất, có nhiều dự án, công trình, công tác giải phóng mặt bằng phải triển khai trong nhiều năm mới hoàn thành nhưng giá đất lại được UBND tỉnh công bố hằng năm, chính sách đất đai ban hành sau thường theo hướng có lợi hơn cho người sử dụng đất. Dẫn tới trong cùng một dự án tại các thời điểm khác nhau việc áp giá đền bù đất cũng khác nhau dẫn đến thắc mắc, khiếu nại. Ở một số công trình, người dân bị giải tỏa yêu cầu bồi hoàn theo giá thị trường trong khi đó Nhà nước thu hồi đất để đền bù theo khung giá đất Nhà nước quy định, dân thì lấy vị trí khu đất sinh lợi làm tiêu chí định giá, còn Nhà nước thì cơ bản xác định mục đích sử dụng trong giấy chứng nhận quyền sử dụng đất.
Thứ ba, việc phối hợp giải quyết khiếu nại về đất đai giữa các cơ quan có thẩm quyền chưa được chặt chẽ và thống nhất, còn đùn đẩy trách nhiệm, việc đưa ra ý kiến khác nhau làm công dân tiếp khiếu day dẳng.
Thứ tư, đội ngũ cán bộ, công chức trong cơ quan hành chính nhà nước bố trí chưa ổn định, còn kiêm nhiệm nhiều việc khác nhau, việc tổ chức thi hành pháp luật khiếu nại trong quản lý đất đai dù đã được triển khai nhưng còn nhiều cán bộ công chức có thẩm quyền chưa nhận thức đầy đủ chưa thấy hết trách nhiệm của mình trong công tác giải quyết khiếu nại, bỏ qua công tác đối thoại, thậm chí giao hẳn cho cơ quan thanh tra giải quyết, thái độ còn quan liêu, hách dịch, tham nhũng trong quá trình thực thi công vụ gây ảnh hưởng
không nhỏ đền quyền lợi nhân dân, gây ra nhiều vụ khiếu nại tồn đọng, kéo dài thậm chí trở thành điểm nóng về khiếu nại đông người.
Thứ năm, công tác tuyên truyền, phổ biến pháp luật về đất đai, pháp luật về khiếu nại đất đai chưa chưa thường xuyên và chưa đạt hiệu quả cao. Công tác tuyên truyền pháp luật về khiếu nại đạt được những kết quả bước đầu khả quan nhưng chủ yếu vẫn nặng về hình thức tuyên truyền miệng thông qua báo cáo nên chưa thật sự thu hút, hấp dẫn người dân tham gia.