Trong nghiên cứu này, chúng tôi sử dụng các cặp mồi nhằm sàng lọc đồng thời bốn loại đột biến trên gen β-globin (NC_000011.8) phổ biến ở ngƣời Việt Nam: Cd 17 (A→T), Cd 26 (G→A), Cd 41/42 (-TCTT) và Cd 95 (+A). Trong đó, cặp mồi nội kiểm 95 NF/Control R đƣợc thiết kế dựa trên trình tự gen β-globin nhằm khuếch đại vùng chứa các đột biến đƣợc nghiên cứu. Các mồi 17 MR, 26 MR, 41/42 MR, 95 MR đƣợc thiết kế dựa trên trình tự đột biến để phát hiện các đột biến tại Cd 17, Cd 26, Cd 41/42 và Cd 95 trên gen β-globin đã đƣợc sử dụng trong một số nghiên cứu của Phòng thí nghiệm Sinh Y, Khoa Sinh học, Trƣờng Đại học Khoa học Tự nhiên [4]. Các mồi 17 NF, 26 NF, 41/42 NF đƣợc thiết kế dựa trên trình tự gen β-globin nhằm xác định kiểu gen đồng hợp hoặc dị hợp. Toàn bộ mồi dùng trong nghiên cứu đƣợc cung cấp bởi hãng IDT (Mỹ). Sơ đồ minh họa vị trí các mồi đƣợc trình bày ở Hình 2.1.
Hình 2.1. Sơ đồ minh họa vị trí các mồi sử dụng trong nghiên cứu.
Trình tự các mồi đƣợc trình bày trong Bảng 2.3. Toàn bộ mồi dùng trong nghiên cứu đƣợc cung cấp bởi hãng IDT (Mỹ).
27
Bảng 2.3. Trình tự các mồi sử dụng trong nghiên cứu
Tên mồi Trình tự (5’-3’) Mục đích
95 NF CCAATCTACTCCCAGGAGCAG
GG
Mồi nội kiểm Control R CGATCCTGAGCTCCACACTGAT
G
17 MR ACTTCATCCACGTTCACCTA Phát hiện đột biến Cd 17
26 MR CCAACCTGCCCAGGGCCTT Phát hiện đột biến Cd 26 41/42 MR GGACAGATCCCCAAAGGACTC A Phát hiện đột biến Cd 41/42 95 MR TTCAGGATCCACGTGCAGCTTT G Phát hiện đột biến Cd 95 17 NF CCGTTACTGACCTGTGGGGCA Phát hiện đồng hợp/dị hợp Cd 17 26 NF GTGAACGTGGATGAAGTTGGTGGTG Phát hiện đồng hợp/dị hợp Cd 26 41/42 NF TCTACCCTTGGACCCAGAGGTTC Phát hiện đồng hợp/dị hợp Cd 41/42 Probe F2 GGCTCATGGCAAGAAAGTGCT Đánh dấu biotin đoạn
gen
β-globin
Aso beta R
GTTGCCCATAACAGCATCAGG
M13 F GTAAAACGACGGCCAGT Phát hiện đoạn ADN
chèn trong vector
M13 R GTAAAACGACGGCCAGT