Động vật không xương sống: 654 loài
Mức độ đa dạng: Cao
Hiện nay các loài động vật không xương sống ngoài giá trị làm thức ăn cho tôm cá tự nhiên, còn có tác nhân lọc sinh học – làm sạch môi trường rất là cao như trùng bánh xe, giáp xác, trai ốc, đặc biệt là các loài hến, nghêu, sò, hầu, vẹm xanh… Tuy nhiên hiện nay những đối tượng này đang bị đánh bắt và khai thác nhiều để phục vụ cho nhu cầu con người, những nhà hàng Hải sản ngày càng nhiều, quán cóc hè đường ngày càng tăng. Đó là những nguyên nhân chủ yếu dẫn đến cạn kiệt nguồn tài nguyên này.
1.12.4. Cá
Cá 171 loài
Mức độ đa dạng cao
Hầu hết các loài cá ở Sông Đồng Nai – Sài Gòn đánh bắt đều có thể sử dụng làm thức ăn cho con người, vật nuôi và là đối tựơng nuôi làm cá cảnh.
Phần lớn các loài cá khai thác có kích thước dưới 1Kg/con. Trong đó, một số loài có kích thước lớn nhưng bị khai thác ngay từ thời kỳ cá con. Các loài cá có kích thước lớn hơn 2Kg/con không nhiều.
Các loài cá quý hiếm sông Đồng Nai – Sài Gòn ở khu vực TP. Hồ Chí Minh
Stt Tên phổ thông Tên khoa học Mức độ đe dọa 1 Cá Ét Mọi Morulius cherysophekadion T 2 Cá Duồng bay Crirrhisnus microlepis T 3 Cá Ngựa xám Tor tambrides V 4 Cá Trê trắng Clarias batrachus T 5 Cá Chiên Bagarius bagarius V 6 Cá Chiên nam Bagarius suchus V 7 Cá Lóc bông Ophiocephalus micropltes V 8 Cá Hường sông Dantiodes quadrifasciatus R 9 Cá Mang rổ Toxotes chatareus t