Xung đột là “sự đối lập, sự mâu thuẫn được dùng như một nguyên tắc để xây dựng các mối quan hệ tương tác giữa các hình tượng của tác phẩm nghệ thuật [24,413]. Xung đột có vai trò rất quan trọng trong việc xây dựng cốt truyện qui định những giai đoạn phát triển của cốt truyện từ thắt nút, đỉnh điểm, cao trào, mở nút. Các xung đột thường xuất hiện dưới dạng va chạm, tức là những đụng độ trực tiếp, sự chống đối giữa các thế lực hoạt động được miêu tả trong tác phẩm: giữa tính cách với hoàn cảnh, giữa tính cách với nhau, giữa những phương diện khác nhau của một tính cách. Như vậy ta có thể hiểu rằng trong một tác phẩm văn học tự sự phải tạo ra được những xung đột. Xung đột ấy có thể là những xung đột lớn (cá nhân với xã hội), tạo nên những tình
huống bi hài kịch, có thể là những xung đột nhỏ (trong tính cách của nhân vật có sự mâu thuẫn với nhau) điều này tạo nên những đặc điểm tính cách của nhân vật.
Trong tiểu thuyết Thần thánh và bươm bướm xung đột căng thẳng nhất chính là mối xung đột xuất hiện trong từng gia đình, cụ thể là xung đột cha con. Mở đầu là xung đột căng thẳng giữa cha con ông Cảnh, hai cha con thường xuyên có những mâu thuẫn không thể nào giải quyết, tất nhiên cũng bởi sự khác nhau quá nhiều trong suy nghĩ của hai thế hệ, hơn nữa thằng giác con ông Cảnh lên thành phố học ảnh hưởng nhiều thói hư tật xấu, ăn chơi phá phách đủ điều, nguy hiểm nhất là chuyện “khủng bố tâm linh”, chuyên mang bát hương của tổ tiên ông bà ra doạ ném mỗi khi có xung đột của hai cha con xảy ra: “ - Không này! - vừa nói ông Cảnh vừa bất ngờ tạt tai thằng Giác làm nó ngã dúi dụi.
- Ông không được phép đánh tôi. Vi phạm nhân quyền! - Thằng Giác vừa quyệt máu mũi vừa lu loa.
- Này thì nhân quyền này! - Ông Cảnh điên tiết xông tới đấm đạp thằng Giác làm cho nó ngã dúi ngã dụi vào góc bàn - Này láo này! Này ăn cắp này!...
Mỗi cú đấm đá là một câu dằn giọng. Thằng Giác tránh đòn nhảy phóc lên giường, nhao tới bàn thờ bưng bát hương giơ lên
- Ông mà đánh nữa tôi đập đây này!
- Này thì doạ này - Ông Cảnh càng điên tiết hơn, Cầm cái điếu cày phang vào sườn thằng Giác làm cho nó co rúm lại mặt đằng đằng sát khí :
- Tôi đập thật đấy !
Ông Cảnh nhảy lên giường đạp cho nó một đạp bắn ra ngoài cửa chúi đầu vào cột, suýt nữa thì ngã đập mặt xuống hè” [62,29].
Xung đột giữa hai cha con ông Cảnh thật căng thẳng, mối xung đột tưởng như không thể diễn ra trong gia đình. Cùng với mối xung đột đó là xung đột của bố con Thao. Từ ngày con xưng thánh người cha tỏ ra khó chịu với con nhiều hơn, bởi Thao lúc nào cũng muốn nhòm ngó đến số tiền đặt lễ của con, rồi đặc biệt hơn nữa là trò chữa bệnh bằng nghi lễ tình dục của ông Thánh ấy đã hấp dẫn người cha vô cùng. Lòng tham đó khiến ông bố thánh thiếu chút nữa làm hại đời của cô bé con người đồng chí mới bước sang tuổi 17. Kể từ đấy căng thẳng trong gia đình ngày càng gay gắt hơn, ông thánh bé ấy phải vào viện cấp cứu vì cha đập. Cũng chính những hành động đó làm cho ông Thánh mất thiêng: “Thằng chấn không nói không rằng chạy bỏ lên nhà lôi Thao dậy sừng sộ:
- Sao thầy vào buồng chữa bệnh của tôi? - Ai bảo thế? – Thao chối.
- Con Liên chứ còn ai! Thầy lục sách của tôi cho nó xem, rồi bày trò chữa bệnh. Thầy biết gì mà chữa?!
- Mày im đi! Đừng có láo! - Thao tự ái.
- Láo à! Thầy lợi dụng uy tín của tôi để lừa con bé! Già rồi còn dê - Câm ngay! Này thì uy tín này
Thao cầm lên cái ghế con lẳng vào sườn thằng Chấn làm nó kêu “hự” một cái rồi ôm sườn ngã vật ra ngất xỉu” [62,142]. Gia đình vốn là nơi để ươm mần những hạt giống hạnh phúc nhưng ở hai gia đình này chỉ xảy ra những xung đột căng thẳng gây mất đoàn kết. Ở đây đạo đức gia đình bị phá vỡ, không còn giữ được truyền thống tốt đẹp mà cha ông ta gây dựng. Giống như Tú Xương từng viết: “Nhà kia lỗi đạo con khinh bố”, để nói về thời buổi Tây – Tàu lẫn lộn của văn hoá nước ta thời bấy giờ. Đến hôm nay sau khi nước nhà độc lập đang trên đường “thay da đổi thịt” thì nền móng đạo đức đang bị phá vỡ, đây la ftiếng chuông báo động với toàn xã hội.
Không chỉ là xung đột trong gia đình mà tác giả còn tập trung phản ánh xung đột giữa hai ngôi làng dưới gốc cây bưởi, làng Tây lợi thì muốn nhanh phóng phá bỏ cây bưởi để nhanh chóng xây dựng sân golf, còn làng Đông Phúc thì không muốn. Bởi hình ảnh của cây bưởi và sân golf mà căng thẳng đã đến với hai ngôi làng, bao nhiêu ngày qua họ phải sống trong sự đấu đá tranh chấp. Và cuối cùng mâu thuẫn đã được giải quyết bằng vũ lực, bằng vũ khí rất nguy hiểm: “Bảy tám chục người lớn bé già trẻ cầm gậy gộc, đòn càn, cuốc thuổng ào ào kéo sang làng Đông Phúc. Đám người xông vào nhà cụ trưởng họ Bùi không gặp lại kéo nhau ra gốc bưởi” [62,304]. Vậy là cây bưởi trở thành kẻ thù ngăn cản những người dân này đến với những đồng đô la có giá trị và chắc chắn cây bưởi ấy sẽ đón nhận kết quả thảm khốc vô cùng đau đớn: “Trong lúc dân Đông Phúc đang ào ào đánh đuổi dân Tây Lợi thì thằng con ông Thích Lau máu mũi cố vùng dậy chạy ngược lại phía cây bưởi, thò tay vào đống rơm lấy cái túi nó giấu trong đó từ lúc nào, móc ra một quả mìn tự chế đã nối vào cuộn dây điện loằng ngoằng ném lên chạc cây bưởi rồi vừa rải dây vừa chạy lùi ra xa. Người làng Đông Phúc vừa phát hiện ra hò nhau quay lại phía cây bưởi thì thằng con ông Thích đã gí dây điện vào cục ắc quy trong túi. Một tiếng nổ long trời, cây bưởi đổ gục xuống ngang thân, những bông hoa trắng muốt tung lên như những viên bom bi rơi rào rào xuống vườn chùa”[62,408].
Đặc biệt trong tác phẩm Đỗ Minh Tuấn còn chú ý miêu tả những xung đột trong chính mỗi con người từ đấy làm bật lên tính cách của họ. Với nhân vật Thao nhiều lúc danh giới giữa cái xấu và cái tốt chỉ cách nhau bằng sợi tóc mỏng mong manh, đang đứng bên này Thao còn là một người nông dân chân chính, với những phẩm chất đáng trân trọng, nhưng chỉ cần bước qua danh giới mỏng manh ấy anh trở thành một kẻ đê hèn ti tiện, bội bạc, tàn nhẫn, phản bội chà đạp quá khứ. Trước thân thể trắng nõn nà của một cô bé 17 tuổi thao
không kiềm chế được cảm xúc dục vọng của một người đàn ông, nhưng tình đồng chí cao đẹp đã giúp Thao chiến thắng phần “con” trong anh. Hay chính trong mỗi người nông dân cũng xãy ra những xung đột, họ vừa muốn ủng hộ các dự án khai thác tài nguyên để đổi đời, vừa day dứt muốm làm người tử tế với nguyên vẹn đất đai và nhân phẩm do tổ tiên truyền lại. Tạo ra được những xung đột này Đỗ Minh Tuấn thể hiện được một cách thành công những nét riêng của từng nhân vật, giúp nhân vật có thể tạo được những ấn tượng riêng trong lòng độc giả.