Etanol là một phần tử amphiphilic nhỏ, có thể xâm nhập qua màng tế bào. Etanol tương tác trong khu vực vùng cực của phospholipids bằng cách thay thế nước trong các liên kết hydro và gây ra một sự giảm tương tác trong các phân tử của hydrophobic. Việc tăng sự bao phủ của phospholipid và giảm ựộ dày của màng tế bào dẫn ựến tăng tắnh thấm của màng tế bào.
Các bào tử của nấm ở trạng thái tĩnh ựược ựặc trưng bởi một họat ựộ nước thấp ước tắnh là 0,349 và làm cho sự trao ựổi chất chậm lại. Nồng ựộ cồn tương ựối cao ựược yêu cầu ựể diệt các bào tử nấm so với các vi khuẩn sinh dưỡng. Màng plasmid của các bào tử nấm ựược bảo vệ bởi thành tế bào tạo thành từ nhiều lớp cho phép nó có thể chống lại ựiều kiện bất lợi. Thành tế bào của bào tử nấm bao gồm các polymer của polysaccharides và chitin Ờ glucanes. Ngoài ra còn có chứa các ựường ựơn giản (galactose, mantose), cellulose, protein và chất béo. Có giả thuyết cho rằng etanol có ảnh hưởng tới sự rò rỉ của chất tan qua màng tế bào và thành tế bào dẫn tới sự vô hoạt của bào tử nấm.
Tiếp xúc với etanol gây nên sự thay ựổi nhiệt ựộ chuyển pha của lipid màng tế bào nấm và tăng tắnh linh hoạt của nó dẫn tới phá hủy màng phospholipids. Kết hợp cả hai yếu tố là nhiệt ựộ và etanol ựể nâng cao hiệu quả tiêu diệt nấm. Nhiều tác giả ựã cho rằng etanol ảnh hưởng ựến tắnh bán thấm của màng tế bào, gây rối loạn cân bằng thẩm thấu, gây rò rỉ của thành phần tế bào chất, (vắ dụ amino Ờ axit, Ribose, K+, P3O4-).
Mục tiêu chắnh của etanol là làm hóa lỏng màng lipid, bên cạnh ựó nó có rất nhiều tác ựộng khác vào các tế bào nấm như làm biến tắnh protein trên tế bào nấm. Sự sống còn của nấm dưới tác dụng của etanol và phụ thuộc vào giống nấm, một số nấm có thể tồn tại trong ựiều kiện nồng ựộ etanol 20% .