Ở Việt Nam, các nghiên cứu ứng dụng enzyme trong chiết xuất các hợp chất thiên nhiên cũng được quan tâm trong khoảng 20 năm trở lại đây.
Nguyễn Văn Chung (2004) đã sử dụng enzyme α-amylase trong quá trình chưng cất tinh dầu hồ tiêu đã làm tăng hiệu suất tinh dầu 8% [4].
Lưu Thị Lệ Thủy (2008) đã nghiên cứu xây dựng quy trình công nghệ thu nhận dầu từ hạt bí đỏ bằng phương pháp enzyme Alcalase và Viscozyme cho hiệu suất lần lượt 75,7 và 70,3% so với chiết bằng hexan. Sản phẩm dầu tạo ra có chất lượng tương đương dầu tinh khiết, có giá trị dinh dưỡng cao (hàm lượng axít béo omega-6 > 50%) [34].
Nguyễn Thị Minh Nguyệt [23] sử dụng enzyme protease, hemicellulase và carbohydradase trong chiết tách dầu béo và các thành phần của cám gạo. Hiệu suất thu dầu cám chỉ đạt 77,5% so với phương pháp chiết bằng dung môi hexan nhưng ngoài dầu béo, sản phẩm thu được là protein có trong cám gạo 75,4% và xơ hòa tan 10,4%. Năm 2007, nhóm nghiên cứu cũng đã tách chiết và làm giàu các axit béo không no đa nối đôi omega-3 và omega-6 bằng enzyme để ứng dụng trong công nghiệp thực phẩm và thực phẩm chức năng.
Ứng dụng enzyme trong chiết xuất các HCTN vẫn là hướng mới mẻ đối với các nghiên cứu trong nước. Chủ yếu các nghiên cứu trên một số loại cây có dầu. Tuy nhiên, hoạt chất sinh học chứa trong các nguyên liệu thực vật thân gỗ rất đa dạng và phong phú, sử dụng enzyme để phá vỡ cấu trúc thành tế bào chứa lignocellulose thì chưa có công trình nghiên cứu nào đề cập, đặc biệt là ứng dụng trên các loại cây chứa tinh dầu, nguồn nguyên liệu rất giá trị ở các vùng nhiệt đới như Việt Nam.
Chiết xuất lipid từ đầu cá ngừ vây vàng cũng đã có một số nghiên cứu trong nước ứng dụng, tuy nhiên vẫn còn ở dạng sơ khai, chưa đi sâu ứng dụng. Tối ưu hóa quá trình kép sử dụng hệ enzyme protease và lipase tiền xử lý vào 2 giai đoạn chiết xuất và làm giàu các axit béo không no đa nối đôi omega-3 từ đầu cá ngừ vây vàng cho tiềm năng ứng dụng cao trong công nghiệp khi tạo được sản phẩm dầu cá giàu omega3 đạt tiêu chuẩn thực phẩm. Vì vậy, việc nghiên cứu các vấn đề nêu trên là rất cần thiết và mang ý nghĩa thực tiễn cao.