Từ khi thành lập và chính thức đi vào hoạt động, các văn phòng đăng ký quyền sử dụng đất trên địa bàn thành phố Hà Nội đã có nhiều cố gắng trong công tác cấp GCNQSD đất tuy nhiên vẫn còn nhiều tồn tại như:
Việc cấp GCN cho các tổ chức thực hiện chậm do không làm theo hình thức tập trung đồng loạt mà chỉ thực hiện riêng lẻ cho tổ chức có nhu cầu.
Việc lập, chỉnh lý hồ sơđịa chính là nhiệm vụ chủ yếu của VPĐK thành phố tuy nhiên công việc này hầu như mới thực hiện được ở một số xã đang tổ chức cấp mới hoặc cấp đổi đồng loạt GCN; hầu hết các VPĐK còn lúng túng đối với việc lập hoặc hoàn thiện hồ sơđịa chính ở các xã trước đây đã cấp GCN nhưng chưa lập đủ hồ sơđịa chính; chưa thực hiện được việc rà soát, đánh giá, xây dựng kế hoạch tổng thể và tổ chức thực hiện việc hoàn thiện hồ sơđịa chính ở các cấp.
Việc quản lý, lưu trữ hồ sơ địa chính ở nhiều địa phương vẫn chưa được VPĐK cấp tỉnh triển khai thực hiện do trụ sở làm việc hiện chưa ổn định hoặc quá chật hẹp; một số địa phương mới chỉ thực hiện việc lưu trữ một phần hồ sơ địa chính (có nơi quản lý những trường hợp cấp GCN theo Luật đất đai 2003, có nơi chỉ quản lý trường hợp cấp GCN cho tổ chức đang sử dụng,..) làm cho hồ sơđịa chính quản lý phân tán, thiếu thống nhất; một số địa phương đã thực hiện tiếp nhận toàn bộ hồ sơ địa chính từ Trung tâm Thông tin nhưng do thiếu cơ sở vật chất (không được chuyển giao) nên chưa được phân loại để bảo quản phục vụ việc khai thác sử dụng thường xuyên theo yêu cầu. (Bộ Tài nguyên và Môi trường, 2014)
Các VPĐK cấp huyện trên địa bàn thành phố đã thành lập đều mới tập trung triển khai thực hiện việc cấp GCN cho các hộ gia đình, cá nhân; thực hiện đăng ký giao dịch bảo đảm; thống kê và kiểm kê đất đai.
Việc cập nhật, chỉnh lý biến động , hoàn thiện hồ sơđịa chính đang quản lý ở hầu hết các VPĐK cấp huyện chưa được quan tâm thực hiện, hoặc thực hiện không đầy đủ, nhiều VPĐK chưa thực hiện việc gửi thông báo cập nhật chỉnh lý hồ sơđịa chính theo quy định; việc kiểm tra, hướng dẫn cấp xã trong việc cập nhật, chỉnh lý hồ sơđịa chính chưa được các VPĐK cấp huyện quan tâm thực hiện.
Học viện Nông nghiệp Việt Nam – Luận văn Thạc sỹ Khoa học Nông nghiệp Page 26 riêng lẻ theo yêu cầu của một số trường hợp mà chưa chủ động tổ chức làm đồng loạt cho từng xã nên tiến động cấp GCN còn chậm so với yêu cầu phải hoàn thành.
Việc quản lý, lưu trữ hồ sơ địa chính nhiều VPĐK chưa thực hiện hoặc thực hiện chưa bảo đảm yêu cầu, hồ sơđịa chính và các hồ sơ thủ tục hành chính về đất đai còn quản lý phân tán;
Nguyên nhân chủ yếu của tình trạng này là do năng lực thực hiện của hầu hết các VPĐK cấp huyện còn rất yếu (còn rất thiếu nhân lực, thiết bị, nhà làm việc và lưu trữ hồ sơ); không được đầu tưđủ kinh phí để thực hiện nhiệm vụ; ngoài ra còn do nguyên nhân chủ quan của VPĐK còn thiếu kinh nghiệm, chưa nhận thức đầy đủ về yêu cầu nhiệm vụ, không xây dựng kế hoạch hoạt động hàng năm và lập dự toán kinh phí trình UBND cấp huyện duyệt cấp.
Học viện Nông nghiệp Việt Nam – Luận văn Thạc sỹ Khoa học Nông nghiệp Page 27