Hầu hết các điều ước quốc tế về dẫn độ tội phạm đều đưa ra các quy định về các trường hợp không dẫn độ tội phạm, như: không dẫn độ công dân nước mình, không dẫn độ tội phạm chính trị, không dẫn độ nếu án tử hình có thể được áp dụng đối với cá nhân bị dẫn độ… Việc quy định cụ thể các trường hợp không dẫn độ như vậy nhằm đảm bảo quyền lợi cho các quốc gia khi nhận được một yêu cầu dẫn độ mà dựa vào chủ quyền quốc gia, các quan điểm chính trị của quốc gia hoặc vấn đề về đảm bảo nhân quyền mà từ chối dẫn độ đối với cá nhân có hành vi phạm tội.
Các trường hợp không dẫn độ tội phạm được cụ thể hoá trong Hiệp định mẫu về dẫn độ tội phạm năm 1990 của Liên hợp quốc như: nguyên tắc không dẫn độ công dân nước mình (Điều 4 (A)), nguyên tắc không dẫn độ tội phạm chính trị (Điều 3 (A)). Tuy nhiên, Hiệp định lại không đưa ra quy định rõ ràng thế nào là tội phạm chính trị (những hành vi phạm tội mang tính chính trị), điều này có thể hiểu là Hiệp định để ngỏ cho các quốc gia trong việc đưa ra quan điểm của mình về việc xác định một hành vi phạm tội được coi là tội phạm chính trị. Đây cũng có thể coi là hạn chế trong hoạt động hợp tác dẫn độ tội phạm, vì rất có thể các quốc gia thành viên sẽ dựa trên quan điểm và đường lối chính trị của quốc gia để từ chối dẫn độ tội phạm cho quốc gia thành viên khác. Bên cạnh đó, một số căn cứ từ chối dẫn độ khác cũng được đưa ra trong Điều 3 của Hiệp định: không dẫn độ các tội phạm liên quan đến quân sự (trừ khi được quy định trong pháp luật hình sự thông thường); không dẫn độ nếu đã kết thúc thời hiệu truy tố hoặc cá nhân đó được ân xá theo quy định của pháp luật của hai quốc gia; không dẫn độ cho mục đích tôn giáo, quan điểm chính trị, nguồn gốc dân tộc; không dẫn độ trong trường hợp cá nhân đó đã bị xét xử về cùng một tội; không dẫn độ trong trường hợp cá nhân bị dẫn độ sẽ bị tra tấn hoặc bị vi phạm các quyền con người (ghi nhận trong Điều 14, Công ước quốc tế về các quyền Dân sự và Chính trị năm 1966).
Bên cạnh các trường hợp không được phép dẫn độ là các trường hợp quốc gia được yêu cầu có thể căn cứ vào đó từ chối dẫn độ (Điều 4), đó là:
Thứ nhất, nếu yêu cầu dẫn độ được đặt ra đối với công dân của quốc gia được
yêu cầu (Điểm (A), Điều 4). Việc từ chối dẫn độ công dân nước mình cũng đồng thời thể hiện sự bảo hộ của nhà nước đối với một công dân khi quyền và lợi ích của họ bị xâm hại.
Thứ hai, dẫn độ có thể bị từ chối nếu cơ quan có thẩm quyền của quốc gia
được yêu cầu quyết định không tiếp tục điều tra hoặc tiến hành các thủ tục tố tụng đối với cá nhân đó và hành vi phạm tội có liên quan đến yêu cầu dẫn độ.
Thứ ba, dẫn độ có thể bị từ chối nếu quốc gia được yêu cầu cũng đang đồng
thời tiến hành truy tố cá nhân đối với cùng một tội phạm mà họ gây ra. Trường hợp này xuất phát từ nguyên tắc pháp luật chung (không ai bị xét xử hai lần về cùng một tội phạm) được ghi nhận dưới dạng nguyên tắc trong kỹ thuật pháp lý của cả toà án quốc tế và toà án quốc gia. Đồng thời đây là một trong những căn cứ từ chối rất phổ biến trong hoạt động hợp tác dẫn độ tội phạm nhằm đảm bảo cho cá nhân không thể bị xét xử hai lần bởi cả quốc gia yêu cầu và quốc gia được yêu cầu về cùng một tội danh.
Thứ tư, dẫn độ cũng có thể bị từ chối nếu hành vi phạm tội mà cá nhân bị dẫn
độ có thể bị gánh chịu hình phạt tử hình nếu bị dẫn độ. Xuất phát từ những quan điểm khác nhau về hình phạt tử hình và xu hướng của các quốc gia trong cộng đồng quốc tế mong muốn giảm dần tới dỡ bỏ hẳn hình phạt tử hình trong hệ thống hình phạt của mình, việc quy định trường hợp quốc gia được yêu cầu có thể từ chối nếu hình phạt mà cá nhân bị yêu cầu dẫn độ có thể gánh chịu là hình phạt tử hình sẽ giúp các quốc gia có căn cứ để đưa ra yêu cầu dẫn độ cũng như đáp ứng yêu cầu dẫn độ một cách phù hợp.
Thứ năm, dẫn độ có thể bị từ chối nếu hành vi phạm tội được yêu cầu tiến
hành ngoài lãnh thổ của các bên và pháp luật của quốc gia được yêu cầu không quy định thẩm quyền xét xử đối với tội phạm này.
Thứ sáu, dẫn độ có thể bị từ chối nếu toà án của quốc gia được yêu cầu sẽ tiến
Thứ bảy, dẫn độ cũng bị từ chối nếu việc dẫn độ làm ảnh hưởng đến quan
điểm của quốc gia được yêu cầu về nhân đạo, sức khoẻ, tuổi tác hoặc các hoàn cảnh cá nhân của cá nhân đó.
Hầu hết các căn cứ từ chối dẫn độ trong Hiệp định mẫu của Liên hợp quốc năm 1990 đều phù hợp với các quốc gia về quan điểm liên quan tới chủ quyền quốc gia đối với công dân, đảm bảo các quy định liên quan đến thủ tục tố tụng trong hệ thống pháp luật quốc gia và các vấn đề về quyền con người. Những căn cứ từ chối này cũng chính là cơ sở tạo điều kiện cho quốc gia tiến hành hợp tác hiệu quả với các chủ thể khác trên cơ sở chủ quyền và những quan điểm của quốc gia khi tham gia hợp tác quốc tế.
Ra đời sau Hiệp định mẫu về dẫn độ năm 1990 của Liên hợp quốc, Luật mẫu về dẫn độ năm 2004 của tổ chức này cũng đưa ra các căn cứ từ chối dẫn độ nhưng các quy định này rất cụ thể (Chương II). Trong đó, Luật mẫu đặc biệt chú trọng đến quy định nhằm làm rõ những tội phạm nào không được coi là tội phạm chính trị: tội giết người, gây tổn hại nghiêm trọng đến sức khoẻ của người khác, tội bắt cóc con tin, sử dụng vật liệu nổ có thể gây tổn thương nghiêm trọng hoặc gây sát thương lớn cho cộng đồng người. Hoặc tiến hành các biện pháp giúp đỡ thực hiện các hành vi nói trên (Khoản 4, Phần 4, Chương II). Những quy định này sẽ góp phần hạn chế việc quốc gia đưa ra các quan điểm khác nhau về tội phạm chính trị và có những quốc gia lợi dụng quan điểm chính trị để che giấu cho các loại tội phạm nguy hiểm cho xã hội và ảnh hưởng đến lợi ích công cộng.
Bên cạnh đó, nhằm đảo bảo các vấn đề về nhân quyền, Luật mẫu cũng quy định căn cứ từ chối dẫn độ khi nó tạo ra sự phân biệt đối xử về chủng tộc, tôn giáo, quan điểm chính trị, bình đẳng giới; các hành vi tra tấn, vô nhân đạo..
Các trường hợp không dẫn độ tội phạm trong Công ước phòng chống tham nhũng năm 2003 của Liên hợp quốc là: khi cá nhân bị dẫn độ là công dân của quốc gia được yêu cầu. Tuy nhiên, nếu không dẫn độ để thực hiện một bản án thì quốc gia được yêu cầu sẽ phải xem xét việc thi hành bản án đã được quốc gia yêu cầu tuyên hoặc thi hành phần còn lại của bản án đó trên cơ sở sự đề nghị của quốc gia yêu cầu; Trong trường hợp một quốc gia thành viên sử dụng Công ước này làm cơ
sở cho việc dẫn độ, trên cơ sở tuân theo pháp luật của quốc gia đó, Công ước không xem xét bất cứ hành vi phạm tội nào được ghi nhận trong Công ước là hành vi phạm tội chính trị (Khoản 4, Điều 44). Có thể coi Công ước không có căn cứ từ chối dẫn độ này. Quy định này sẽ có tác dụng làm hạn chế việc các quốc gia cho phép những kẻ phạm tội tham nhũng được hưởng chế độ cư trú chính trị, khắc phục được một trong những lo ngại của cộng đồng quốc tế khi quốc gia sử dụng nguyên tắc không dẫn độ tội phạm chính trị trên cơ sở quan điểm chính trị riêng của quốc gia nhằm che giấu cho những kẻ phạm tội khỏi bị dẫn độ. Đây cũng là một trong những quy định thể hiện sự thống nhất mạnh mẽ trong nỗ lực đấu tranh chống lại nạn tham nhũng của các quốc gia thành viên, không cho phép những kẻ phạm tội này có nguy cơ trốn tránh khỏi sự tài phán của quốc gia sở tại sau khi đã gây những ảnh hưởng lớn tới tình hình kinh tế, xã hội của quốc gia. Các loại tội phạm tài chính không được coi là căn cứ từ chối dẫn độ của các quốc gia thành viên (Khoản 16, Điều 44).
Trong trường hợp quốc gia từ chối dẫn độ, quốc gia được yêu cầu khi thích hợp sẽ thảo luận với quốc gia thành viên yêu cầu để tạo điều kiện cho quốc gia yêu cầu trình bày về quan điểm của mình và cung cấp thông tin về việc buộc tội đối với các tội phạm đó (Khoản 17, Điều 44). Các yêu cầu dẫn độ cũng bị từ chối nếu việc dẫn độ nhằm mục đích truy tố hay trừng phạt một cá nhân vì lý do giới tính, chủng tộc, tôn giáo, quốc tịch, nguồn gốc sắc tộc hay quan điểm chính trị của người đó, hoặc việc đáp ứng yêu cầu dẫn độ có thể gây tổn hại đến tình thế của người đó vì bất cứ lý do nào nói trên (Khoản 15, Điều 44).
Trường hợp quốc gia từ chối dẫn độ thì Công ước đặt ra nghĩa vụ của quốc gia đó trong việc nhanh chóng trao kẻ phạm tội cho cơ quan có thẩm quyền quốc gia mình xét xử như trong trường hợp của bất kỳ hành vi phạm tội khác có tính chất nghiêm trọng theo pháp luật quốc gia đó, trình tự và thủ tục xét xử sẽ tuân theo pháp luật của quốc gia. Các quốc gia liên quan sẽ tiến hành hợp tác với nhau, đặc biệt là trong các vấn đề về thủ tục và chứng cứ để đảm bảo hiệu quả truy tố đối với tội phạm (Khoản 11, Điều 44).
Xem xét Công ước châu Âu về dẫn độ tội phạm năm 1957 cho thấy, nhằm bảo đảm lợi ích cho các quốc gia thành viên khi gia nhập Công ước châu Âu về dẫn độ tội phạm, Công ước này đưa ra quy định “mở” cho các quốc gia về các trường hợp không dẫn độ tội phạm. Công ước cho phép các quốc gia thành viên có quyền từ chối dẫn độ với một số loại tội phạm mà pháp luật quốc gia đó không cho phép dẫn độ (kể cả khi tội phạm đó thoả mãn các điều kiện được dẫn độ theo quy định của Công ước) (Khoản 3, Điều 2). Tuy nhiên, để thực hiện quyền này, quốc gia thành viên đó phải chuyển cho Tổng thư ký Hội đồng châu Âu một danh sách các tội phạm mà quốc gia đó chấp nhận dẫn độ và một danh sách các tội phạm mà quốc gia đó không chấp nhận dẫn độ kể từ thời điểm gia nhập hoặc phê chuẩn Công ước, kèm theo các danh sách này là những căn cứ pháp lý để quốc gia đó từ chối hoặc đáp ứng yêu cầu dẫn độ. Tổng thư ký của Hội đồng châu Âu có trách nhiệm gửi danh sách này đến cho các quốc gia thành viên khác (Khoản 4, Điều 2). Trong trường hợp quốc gia thành viên Công ước từ chối dẫn độ công dân nước mình thì quốc gia này phải bắt giữ và giao người đó cùng với các tài liệu, chứng cứ, hồ sơ vụ án cho cơ quan có thẩm quyền của quốc gia mình tiến hành xét xử. Sau đó, quốc gia từ chối dẫn độ phải gửi kết quả điều tra, truy tố, thông báo kết quả xét xử cho quốc gia yêu cầu biết (Điều 6). Bên được yêu cầu cũng có thể từ chối dẫn độ trong trường hợp hết thời hạn truy cứu trách nhiệm hình sự theo quy định trong pháp luật của quốc gia được yêu cầu (Điều 10). Trong trường hợp cá nhân có thể bị tử hình theo pháp luật của quốc gia yêu cầu đối với hành vi phạm tội của mình, và trong pháp luật của quốc gia được yêu cầu cũng không áp dụng hình phạt này thì quốc gia được yêu cầu có thể từ chối dẫn độ cá nhân đó. Tuy nhiên, quốc gia được yêu cầu cũng có thể tiến hành dẫn độ trong trường hợp có sự đảm bảo từ quốc gia yêu cầu rằng hình phạt tử hình sẽ không bị áp dụng đối với cá nhân này (Điều 11).