Cơ chế chính sách trong quản lý vĩ m ô của một ngành kinh tế kỹ thuật có thể coi là yếu tố quan trọng nhất đối với sự phát triển của ngành dó. Tuy nhiên, hệ thống chính sách áp dụng cho ngành Hàng hải Việt Nam mặc dù đã qua nhiều lần bổ sung nhưng nhìn chung vợn không đồng bộ, chưa hoàn chỉnh, còn nhiều bất hợp lý dợn đến việc không những không bảo vệ, khuyên khích phát triển ngành m à còn gây trỏ ngại làm hạn chế khả năng kinh doanh và năng lực cạnh tranh của ngành, chưa tạo được đà cho những phát triển đột biến trong ngành.
Đ ó là chính sách và cơ chế về quyền vận chuyển. Dành quyền vận chuyển cho đội tàu quốc gia là một trong những yếu tố quan trọng nhất có tính sống còn trong việc phát triển đội tàu vận tải biển. Trong khi đó, Việt Nam vân chưa tận dụng được ưu thế này của mình để giành được quyền vận chuyển cho đội tàu trong nước. Cụ thể là chưa có các chính sánh khuyến khích, ép buộc các doanh nghiệp kinh doanh xuất nhập khẩu phải dùng tàu quốc gia trong chuyên chở hàng hoa.
Việc để cho các công ty tàu biển nước ngoài hoạt động thiếu các cơ chế ràng buộc về thời gian, cước phí cụ thể...., không tạo ưu tiên cho đội tàu trong nước là một trong những nguyên nhân làm cho ngành Hàng hải Việt Nam vốn nhỏ bé lại phải cạnh tranh một cách quyết liệt do đó có mức độ tăng trưởng không cao và chiếm thị phần chưa tới 2 0 % khối lượng hàng hoa chuyên chở bằng đường biển của Việt Nam. Việc độc quyền trong k i n h doanh vận tải biển đã được các quốc gia thừa nhận và tiến hành từ lâu. Tại Việt Nam rất nhiều các ngành khác như: hàng không, viền thông... cũng có các chính sách bảo hộ nhưng ngành hàng hải thì vợn chưa được quan tâm đúng mức và lúc này các hãng tàu lớn nước ngoài đã hoạt động ổn định tại Việt Nam.
Việc thu t h u ế doanh thu và lợi tức có thuế suất cao hơn cũng làm cho các doanh nghiệp tàu biển Việt Nam trở nên kém cạnh tranh hơn so với các doanh nghiệp nước ngoài do phải trả chi phí cao hơn, lợi nhuận kém hơn.
Nhà nước vẫn chưa có các cơ chế chính sách tạo điều kiện cho các doanh nghiệp tiếp cận các nguồn vốn hỗ trợ, vay vốn vói lãi suất thấp... để đẩu tư phát triển đội tàu, cảng biển và các cơ sở dờch vụ.
Độ i tàu Tổng công ty đã phải cạnh tranh rất vất vả với các đội tàu nước ngoài. Hiện nay, các hãng tàu lớn đã hoạt động ổn đờnh tại thờ trường Việt Nam và để giành lại thờ phần vận chuyển từ các doanh nghiệp này là không dễ. Để cạnh tranh có hiệu quả, các doanh nghiệp rất cần sự hỗ trợ của Nhà nước về vốn cũng như các quy đờnhvề ưu tiên sử dụng đội tàu trong nước, quy đờnh chặt chẽ các hoạt động của tàu nước ngoài tại thờ trường Việt Nam... Các loại thuế suất cao dã làm cho các doanh nghiệp không tích tụ được lợi nhuận để đầu tư phát triển. Các cảng biển thuộc Tổng công ty là những cảng lớn nhất cả nước tuy nhiên cũng không nhận được nhiều nguồn vốn hỗ trợ do chính sách đầu tư cảng biển của Việt Nam hiện nay còn dàn trải cho tất cả các cảng lớn, nhỏ.