Bên cạnh những ưu điểm nêu trên, việc nâng cao chất lượng đội ngũ cán bộ chủ chốt cấp xã, phường ở thị xã Sầm Sơn còn bộc lộ những hạn chế, khuyết điểm chủ yếu sau đây:
- Một số đảng ủy các xã, phường chưa quan tâm đúng mức đến công tác cán bộ và chưa thật sự chú trọng việc nâng cao chất lượng đội ngũ cán bộ chủ chốt của xã, phường. Việc tổ chức học tập, quán triệt các quan điểm, chỉ thị, nghị quyết của Đảng; các văn bản của Tỉnh ủy, Thị ủy về công tác cán bộ còn sơ sài; dẫn đến một bộ phận cán bộ, đảng viên chưa nhận thức đúng đắn về vai trò, tầm quan trọng của hệ thống chính trị cấp cơ sở và đội ngũ cán bộ chủ chốt của xã, phường; một số xã, phường chưa chủ động xây dựng kế hoạch, chương trình hành động nhằm nâng cao chất lượng đội ngũ cán bộ chủ chốt, còn lúng túng, trông chờ, ỷ lại vào cấp trên.
- Tiêu chuẩn của những cán bộ chủ chốt cấp xã, phường thuộc diện Ban Thường vụ Thị ủy quản lý (thường vụ đảng ủy) do Ban Thường vụ Thị ủy xây dựng, các chức danh khác do Đảng ủy các xã, phường xây dựng do đó chưa thật sự thống nhất, gây nên những khó khăn nhất định trong việc đánh giá, quy hoạch và lựa chọn, bố trí, sử dụng cán bộ.
- Công tác đánh giá cán bộ có đơn vị còn lúng túng, đặc biệt trong năm 2012, thực hiện Nghị quyết Trung ương 4, khóa XI về một số vấn đề cấp bách trong xây dựng Đảng hiện nay, qua kiểm điểm cho thấy vẫn còn tình trạng nể nang, né tránh, tinh thần đấu tranh tự phê bình và phê bình chưa cao, có những hạn chế, khuyết điểm của cán bộ còn để kéo dài, kế hoạch sửa chữa, khắc phục những hạn chế khuyết điểm còn chung chung, thiếu cụ thể, thậm chí còn phiến diện, chạy theo thành tích, chưa phản ánh đúng thực chất, ảnh hưởng đến chất lượng, hiệu quả công tác của công tác cán bộ và phong trào ở địa phương.
- Thị ủy Sầm Sơn và đảng ủy các xã, phường đã có nhiều cố gắng trong việc xây dựng quy hoạch đội ngũ cán bộ chủ chốt cấp xã, phường. Tuy nhiên, chất lượng quy hoạch, tính khả thi của quy hoạch ở một số xã, phường chưa cao, tỷ lệ nữ, tỷ lệ trẻ còn thấp, chưa thật sự “mở” trong quy hoạch.
- Công tác đào tạo, bồi dưỡng cán bộ chủ chốt cấp xã, phường ở thị xã Sầm Sơn còn mang tính dàn trải, chưa có kế hoạch cụ thể. Một số cán bộ trẻ trong nguồn quy hoạch được Thị ủy cử đi đào tạo lý luận chính trị ở trình độ trung cấp (hệ tập trung) nhưng chưa được bố trí việc làm gây chán nản trong quá trình nỗ lực phấn đấu của cá nhân, việc tham gia học tập nâng cao trình độ chuyên môn đều do cá nhân tự bố trí về thời gian và kinh phí học tập.
- Công tác luân chuyển cán bộ chủ chốt của các xã, phường mới chỉ thực hiện theo chiều dọc (từ Thị xã xuống xã, phường và ngược lại), luân chuyển cán bộ chủ chốt giữa các xã, phường chưa thực hiện được.
- Công tác bố trí, đề bạt cán bộ chủ chốt của các xã, phường tiêu chuẩn còn thấp (tối thiểu có 2 bằng trung cấp trở lên), nhiều cán bộ có bằng bổ túc văn
hóa, bằng tại chức về chuyên môn, chưa ngang tầm với yêu cầu, nhiệm vụ, vì vậy khi cán bộ thực thi nhiệm vụ đã bộc lộ những yếu kém, bất cập, không đáp ứng được đòi hỏi của thực tế ở địa phương.
- Công tác kiểm tra, giám sát, quản lý cán bộ chủ chốt của một số đảng ủy xã, phường còn lỏng lẻo, hồ sơ cán bộ chưa được cập nhật thường xuyên do vậy có cán bộ khi được bầu giữ chức chủ tịch UBND phường đã có đơn thư khiếu nại tố cáo về không trung thực trong khai hồ sơ đề nghị kết nạp đảng và hồ sơ bổ nhiệm phải xem xét kỷ luật, một số cán bộ qua đợt kiểm tra bằng cấp năm 2014 đã phát hiện còn thiếu, chưa được bổ sung lưu trữ kịp thời.
- Chế độ chính sách đối với cán bộ xã, phường còn thấp, chưa đảm bảo cuộc sống của cán bộ. Chính sách đãi ngộ đối với cán bộ xã, phường chưa đủ sức hấp dẫn và thu hút cán bộ trẻ, có năng lực và trình độ cao về công tác tại địa phương, một số cán bộ chưa thật sự yên tâm công tác.
- Việc phát huy vai trò của các tổ chức trong hệ thống chính trị và nhân dân trong việc nâng cao chất lượng đội ngũ cán bộ chủ chốt cấp xã, phường ở một số nơi còn hình thức, hiệu quả chưa cao.