Tiền thân của Ngân hàng Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn huyện Phụng Hiệp là Ngân hàng Phát triển Nông nghiệp huyện Phụng Hiệp được thành lập vào ngày 26/03/1988 theo Nghị định 53/HĐBT của Hội đồng Bộ trưởng. Ngân hàng Agribank huyện Phụng Hiệp là chi nhánh của Ngân hàng Phát triển Nông nghiệp tỉnh Cần Thơ.
Theo Nghị định 400/CT ngày 14/11/1990 của Ngân hàng Phát triển Nông nghiệp huyện Phụng Hiệp chính thức đổi tên thành Ngân hàng Nông nghiệp huyện Phụng Hiệp.
Đến ngày 15/10/1996, theo Quyết định 280/QĐNH5 của Ngân hàng Phát triển Nông nghiệp Việt Nam đổi tên thành Ngân hàng Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn Việt Nam chi nhánh huyện Phụng Hiệp là một chi nhánh của Ngân hàng Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn chi nhánh tỉnh Cần Thơ.
Ngày 01/03/2004 theo quyết định 64/QĐ/HĐQT-TCCB của Chủ tịch Hội đồng Quản trị Ngân hàng Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn Việt Nam, Ngân hàng Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn chi nhánh huyện Phụng Hiệp là chi nhánh cấp II trực thuộc Ngân hàng Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn Việt Nam chi nhánh tỉnh Hậu Giang.
Đến năm 2005, căn cứ theo Nghị định số 98/2005/NĐ-CP, địa phận huyện Phụng Hiệp được tách ra để thành lập thị xã Tân Hiệp (nay là thị xã Ngã Bảy), Ngân hàng Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn Việt Nam chi nhánh huyện Phụng Hiệp dời trụ sở về Thị trấn Cây Dương.
Sau khi chia tách cùng với công cuộc đổi mới của hệ thống ngân hàng, Agribank chi nhánh Phụng Hiệp đi vào hoạt động, được sự quan tâm của Agribank Hậu Giang cùng với sự ủng hộ của chính quyền địa phương, Ngân hàng Agribank Phụng Hiệp đã từng bước đi vào ổn định. Từ một ngân hàng còn gặp nhiều khó khăn, cơ sở vật chất còn thiếu thốn, nguồn vốn và dư nợ còn rất thấp nhưng Agribank Phụng Hiệp luôn có định hướng đầu tư và phát triển đi lên theo đúng mục tiêu kinh tế xã hội của địa phương.