Những NKBV thường gặp tại khoa HSCC là VPBV, NKH, NKTN, NKVM các nhiễm khuẩn này chiếm khoảng 80% trong tổng số NKBV gặp tại khoa HSCC nhi, những NKBV còn lại có thể gặp nhưng hiếm hơn là: nhiễm khuẩn mắt, tai mũi họng, viêm dạ dày ruột, nhiễm khuẩn tim mạch, nhiễm khuẩn da và mô mềm [7], [164].
Nguồn vi khuẩn gây NKBV tại khoa HSCC nhi chủ yếu là từ nguồn nội sinh [167], [170] và gây bệnh trong tuần lễ đầu tiên sau nhập HSCC. Đối với vi khuẩn ngoại sinh gây bệnh bằng các con đường tiếp xúc: trực tiếp tiếp xúc với những bệnh nhân bị nhiễm hay có mang vi khuẩn gây bệnh, hay truyền từ bệnh nhân này qua bệnh nhân khác thông qua bàn tay của nhân viên y tế; sự lây truyền có thể qua con đường tiếp xúc gián tiếp thông qua các dụng cụ chăm sóc bệnh nhân bị nhiễm bẩn hay do các dung dịch, chế phẩm dùng ngoài bị nhiễm bẩn.
Nước trong các dụng cụ bình làm ẩm oxy, ống giúp thở, bình làm ấm ẩm trong máy thở là nguồn gây nhiễm khuẩn thường gặp các loại vi khuẩn như
Pseudomonas, Acinetobacter, Serratia. Dịch truyền, máu, thực phẩm cung cấp cho bệnh nhân cũng là nguồn gây NKBV tại khoa HSCC do bản thân các sản phẩm bị
nhiễm khuẩn hay do bị lây nhiễm trong quá trình thực hiện tiêm truyền cho bệnh nhân.
Lây truyền bệnh trong HSCC có thể bằng đường không khí thông qua những giọt hay những hạt khí dung. Lây bằng giọt không khí thường khoảng cách lây bệnh không xa khoảng 1 m, bệnh nhân bị nhiễm bệnh do tiếp xúc gần với người bị nhiễm hay do tiếp xúc với vật bị nhiễm. Lây bằng đường khí dung như bệnh sởi, thủy đậu, lao và cúm có thể lây bệnh ở những khoảng cách xa do dòng không khí lưu chuyển. Tỉ lệ NKBV tại khoa HSCC trẻ em bao giờ cũng cao hơn so với những nơi khác trong cùng bệnh viện dao động từ 6 - 25%. Điều này có thể lý giải là do nhiều yếu tố góp phần [164] :
Yếu tố bệnh nhân: những bệnh nằm HSCC thường là nặng, tổn thương nhiều cơ quan làm giảm sức đề kháng; tuổi nhỏ sức đề kháng kém; bệnh nhân thường được chỉ định nhiều biện pháp can thiệp xâm lấn để điều trị và theo dõi nên nguy cơ NKBV tăng lên nhiều.
Yếu tố môi trường: tỉ lệ NKBV sẽ tăng lên khi HSCC quá tải hay thiếu nhân viên. Hồi sức cấp cứu là nơi tập trung nhiều bệnh nặng nhiễm khuẩn do đó khả năng lây chéo giữa các bệnh nhân rất dễ xảy ra khi bệnh nhân đông. Cường độ làm việc cao của nhân viên y tế tại các khoa HSCC nhất là khi có sự thiếu nhân sự, dẫn đến việc tuân thủ các nguyên tắc vô khuẩn có thể bị vi phạm trong một số tình huống góp phần cho việc lây chéo giữa các bệnh nhân.
Yếu tố vi khuẩn: những bệnh nhân nằm HSCC thường được sử dụng kháng sinh, do đó vi khuẩn thường rất dễ kháng kháng sinh, điều này thúc đẩy cho cho vi khuẩn có thể tăng sinh trong cơ thể bệnh nhân và gây ra NKBV khi có điều kiện.