Khi tiến hành lập một bản cáo trạng, Viện kiểm sát hầu như dựa vào bản kết luận điều tra để đánh giá vụ án theo một logic, có nghĩa là việc xem xét đánh giá các nội dung trong hỏi cung bị can chỉ là một thủ tục để hoàn tất một giai đoạn trong tố tụng hình sự, các nội dung trong bản kết luận điều tra được đưa vào hết trong bản cáo trạng mà không qua quá trình đánh giá một cách chi tiết cụ thể.
Trong quá trình xét xử vụ án hình sự, giá trị lời nói của bị can biện hộ cho mình tại phiên tòa hầu như không được đánh giá theo một cách khách quan, các chủ thể tiến hành xét xử chỉ tập trung vào những nội dung, lời khai mà mà cơ quan điều tra cung cấp, việc làm như thế khi có sai phạm trong quá trình điều tra mà đặc biệt là hỏi cung thì rất dễ làm oan người vô tội.
Vd: Như vụ án của Nguyễn Thanh Chấn, trong quá trình xét xử, thẩm phán
đưa ra những nội dung trong quá trình hỏi cung để xét xử, ông Chấn liên tục kêu oan và nói rằng ông bị Điều tra viên dùng nhục hình và ép phải khai như thế. Tuy nhiên Hội đồng xét xử không chấp nhận và xem xét các nội dung ông Chấn nói. Hậu quả là xét xử sai người, làm oan người vô tội.
Trong quá trình hỏi cung bị can, Điều tra viên thường muốn giải quyết nhanh vụ án mà bỏ sót nhiều tình tiết có liên quan đến vụ án, làm cho việc giải quyết vụ án gặp nhiều khó khăn. Ngoài ra một số trường hợp, Điều tra viên khi tiến hành hỏi cung thì rất tin lời cung của bị can mà không đánh giá cụ thể chính xác làm cho xét xử sai người, sai tội. Đã có những vụ án cụ thể do tin lời cung bị can như vụ Nguyễn Văn Hiện bị Tòa án nhân dân tỉnh Bà Rịa – Vũng Tàu tuyên phạt 8 năm tù giam về tội “vi phạm quy định về điều khiển giao thông đường” bộ tại phiên tòa sơ thẩm, tuy nhiên khi Hiện đã làm đơn kháng cáo và tại phiên tòa phúc thẩm đã khai rằng mình không phải là người lái xe mà là Hồ Sĩ Đức, qua đánh giá thì Cơ quan điều tra xác định Đức là người lái xe gây tai nạn. Nếu trong trường hợp này Hiện không khai sự thật thì lại có một vụ án oan do sai phạm của Điều tra viên là quá dễ tin lời cung của bị can.