Hủy bỏ hiệu lực Giấy chứng nhận đăng ký quyền tác giả được hiểu là cơ quan có thẩm quyền cấp Giấy chứng nhận đăng ký đó sẽ xóa bỏ những thông tin mà tác giả, chủ sở hữu quyền tác giả đã đăng ký.
Theo Khoản 2 Điều 55 Luật Sở hữu trí tuệ 2005 đã được sửa đổi, bổ sung 2009 quy định: Trong trường hợp người được cấp Giấy chứng nhận đăng ký quyền tác giả không phải là tác giả, chủ sở hữu quyền tác giả hoặc tác phẩm đã đăng ký không thuộc đối tượng được bảo hộ thì cơ quan nhà nước có thẩm quyền quy định tại khoản 2 Điều 51 của Luật Sở hữu trí tuệ 2005 đã được sửa đổi, bổ sung 2009 huỷ bỏ hiệu lực Giấy chứng nhận đăng ký quyền tác giả.
Điểm c Khoản 1 Điều 39 Nghị định 100/2006/NĐ-CP quy định: Cơ quan nào có thẩm quyền cấp Giấy chứng nhận thì cơ quan đó sẽ có thẩm quyền hủy bỏ hiệu lực cụ thể là Cục Bản quyền tác giả Văn học - Nghệ thuật huỷ bỏ Giấy chứng nhận đăng kư quyền tác giả trong trường hợp xác định người đã được cấp Giấy chứng nhận đăng ký quyền tác giả không phải là tác giả, chủ sở hữu và những trường hợp tác phẩm đã đăng ký không thuộc đối tượng bảo hộ theo quy định của pháp luật.
Trường hợp mà tổ chức, cá nhân nào đó phát hiện việc cấp Giấy chứng nhận trái với quy định của pháp luật thì có quyền yêu cầu cơ quan có thẩm quyền hủy bỏ hiêu lực của Giấy chứng nhận đã cấp, quy định này đã được nêu tại Khoản 3 Điều 55 Luật Sở hữu trí tuệ 2005 đã được sửa đổi, bổ sung năm 2009: “Tổ chức, cá nhân phát hiện việc cấp Giấy chứng nhận đăng ký quyền tác giả, Giấy chứng nhận đăng ký quyền liên quan trái với quy định của Luật này thì có quyền yêu cầu cơ quan quản lý nhà nước về quyền tác giả, quyền liên quan huỷ bỏ hiệu lực Giấy chứng nhận đăng ký quyền tác giả, Giấy chứng nhận đăng ký quyền liên quan.”