Cơ cấu tổ chức của NHNo & PTNT VN chi nhánh Cái Bè gồm có: Ban giám đốc gồm: một Giám đốc và hai Phó giám đốc.
Các phòn ban gồm: ba phòng tại hội sở và ba PGD PGD An Hữu Phòng Hành chính & nhân sự PGD Hậu Thành Phòng Kế toán & ngân quỹ PGD Hòa Khánh Phòng Kế hoạch & kinh doanh Giám đốc
3.1.3.1 Giám đốc
Có nhiệm vụ điều hành mọi hoạt động của NH; hướng dẫn, giám sát việc thực hiện các chức năng nhiệm vụ, nội dung hoạt động được cấp trên giao.
Thực hiện các chính sách chiến lược đối với khách hàng trong việc ký kết các hợp đồng tín dụng.
Có quyền quyết định các vấn đề có liên quan đến việc tổ chức, bổ nhiệm, miễn nhiệm, khen thưởng, kỷ luật nâng lương cho cán bộ trong đơn vị.
3.1.3.2 Phó giám đốc
Có nhiệm vụ giám sát tình hình hoạt động trong cơ quan do Giám đốc phân công và ủy quyền.
Thường xuyên phân tích tính hình tài chính, tình hình huy động vốn và tình hình về đầu tư tín dụng.
Làm tham mưu cho Giám đốc trong điều hành các phòng nghiệp vụ.
3.1.3.3 Phòng Kế hoạch và kinh doanh
Chuyên thực hiện các khoản cho vay ngắn hạn, trung hạn, dài hạn và huy động vốn.
Bên cạnh đó có trách nhiệm kiểm soát, theo dõi quá trình sử dụng các món vay của khách hàng.
Thường xuyên thực hiện các báo cáo thống kê, xây dựng kế hoạch vốn cho toàn chi nhánh và đưa ra kế hoạch hoạt động tín dụng.
3.1.3.4 Phòng Kế toán
Thực hiện các nghiệp vụ như : ủy nhiệm chi, ủy nhiệm thu, tiến hành mở tài khoản cho khách hàng, kế toán các khoản thu chi trong ngày để xác định lượng vốn hoạt động của NH.
Phân tích tình hình tài chính của NH, giúp Ban lãnh đạo có cơ sở điều chỉnh kịp thời các chỉ tiêu kế hoạch cũng như điều hành hoạt động tín dụng toàn chi nhánh.
3.1.3.5 Phòng Ngân quỹ
Thực hiện các khoản thu chi tiền mặt với sự xác nhận của phòng Kế toán, bảo quản các tài sản có giá trị trong kho cũng như các giấy tờ thế chấp tài sản của khách hàng.
Khách hàng sẽ đến nộp và lãnh tiền ở phòng Ngân quỹ và ngược lại phòng Ngân quỹ cũng có trách nhiệm kiểm tra số tiền.
3.1.3.6 Phòng Hành chính & Nhân sự
Thực hiện việc tuyển dụng, sắp xếp, bố trí công việc phù hợp với năng lực và nhu cầu công việc, bảo vệ trật tự an toàn tài sản cuả cơ quan, quản lý toàn bộ văn thư theo quy định, giải quyết các vấn đề về lương, khen thưởng, hưu trí, thôi việc….
3.1.3.7 Phòng giao dịch
Là ba chi nhánh trực thuộc NHNo & PTNT VN chi nhánh Cái Bè. Ba PGD này chịu sự chỉ đạo của Giám đốc NH Agribank Cái Bè, quản lý cho vay ở khu vực An Hữu, Hậu Thành và Hòa Khánh và các xã khác theo quy định của NH Agribank Cái Bè.