Hệ thống thuế được cải cách từ những năm 1993. Mục tiêu của việc cải cách này là tăng số thu về thuế để đảm bảo yêu cầu về chỉ tiêu ngân sách. Hệ thống thuế mới bao gồm chủ yếu là thuế thu nhập, thuế GTGT. Điểm mới là gộp thuế thu nhập cá nhân và thuế thu nhập công ty thành một loại thuế suất đơn giản chỉ có 3 thuế suất theo lũy tiến từng phần: 15%, 25%, 35% (trong luật thuế cũ, thuế thu nhập cá nhân gồm 58 thuế suất với mức từ 10% đến 50%, thuế thu nhập công ty gồm 10 mức thuế suất từ 20% đến 45%).
Năm 2001-2005, Indonesia tiếp tục một giai đoạn cải cách mới với nội dung chủ yếu là:
Về thuế GTGT: thuế GTGT được mở rộng diện chịu thuế và hiện có mức thuế suất là 10%; dự kiến sẽ tăng thuế lên 12.8%.
Về thuế thu nhập doanh nghiệp: thay đổi các khái niệm về đối tượng cư trú, cơ sở thường trú phù hợp với thông lệ quốc tế; mở rộng diện chịu thuế; thuế suất lũy tiến từng phần 10%, 20%, và 35%. Cơ quan thuế và đối tượng chịu thuế có thể ký thỏa thuận trước về giá đối với các giao dịch quốc tế để quản lý và chuyển gia; ưu đãi thuế đối với đầu tư (chỉ áp dụng đối với những vùng kém phát triển, hoặc sử dụng công nghệ cao) bằng cách giảm 30% thuế Thu nhập doanh nghiệp, cho khấu hoa nhanh gấp 2 lần, cho chuyển lỗ sang các năm sau:
Về thuế thu nhập doanh nghiệp : mở rộng diện thu nhập chịu thuế, thuế suất lũy tiến là 10%, 20% và 35%, cho phép giảm trừ gia cảnh (vợ, con) khi tính thu nhập chịu thuế.
Kết quả của cải cách thuế trên đã làm tăng tỉ lệ động viên từ thuế trong GDP từ 15.2% lên 18%, số thu chủ yếu từ thuế gián thu (thuế giá trị gia tăng chiếm 28.6%; thuế nhập khẩu chiếm 6.1%; thuế TTĐB chiếm 5.7%).