Xác ựịnh rõ công tác thanh kiểm tra là nhiệm vụ trọng tâm ựể giữ gìn môi trường Vịnh Hạ Long, trong các năm qua, công tác này ựược Sở Tài nguyên và Môi trường tập trung chỉ ựạo thường xuyên hàng năm theo kế hoạch hoặc theo chỉ ựạo ựột xuất của các cơ quan cấp trên, cũng như phối hợp với các cơ quan hữu quan như Ban quản lý Vịnh, Sở Giao thông vận tải, Công an tỉnh, Tổng cục Môi trường tiến hành kiểm tra ựối với các tổ chức cá nhân hoạt ựộng trên vùng lõi, vùng ựệm và khu vực có thể gây ô nhiễm ựến vùng Di sản.
Một số ựối tượng thường xuyên thanh, kiểm tra và giám sát như: các tàu du lịch, các hoạt ựộng thi công nạo vét và ựổ bùn thải, hoạt ựộng của khách sạn ven vịnh, các cơ quan trong Khu công nghiệp Cái Lân, các ựơn vị thi công hạ tầng ven bờ vịnh, các chợ, các hoạt ựộng khai thác than và cảng biểnẦThông qua công tác thanh kiểm tra ựã phát hiện nhiều vi phạm của các ựơn vị gây ảnh hưởng ựến cảnh quan, hệ sinh thái ựáy biể, chất lượng nước vịnh Hạ Long, các vi phạm như: ựổ bùn thải không ựúng nơi quy ựịnh trên vịnh, xả rác, xả nước thải vượt tiêu chuẩn, quy chuẩn cho phép, thực hiện không ựúng, không ựầy ựủ các nội dung cam kết trong báo cáo ựánh giá tác ựộng môi trường, cam kết bảo vệ môi trường,Ầ điển hình như các vi phạm của các nhà ựầu tư, nạo vét luồng vào triền ựà của Công ty ựóng tàu Hạ Long, việc xả rác thải, nước thải của tàu QN 4556, QN 1850, xả nước thải vượt mức tiêu chuẩn của khách sạn Hạ Long Plazza, Sài Gòn Hạ LongẦHiện tượng phá ựá, chặt cây, lấy nhũ ựá, khai thác, mua bán san hô; các ựối tượng nhà bè hoạt ựộng trên vịnh Hạ Long neo ựậu không ựúng nơi quy ựịnh. Trong thẩm quyền Thanh tra Sở ựã xử phạt các hành vi vi phạm và yêu cầu các ựơn vị khắc phục hậu quả.
Nhận thấy công tác thanh kiểm tra ựể giữ gìn Vịnh Hạ Long là nhiệm vụ ựòi hỏi cần có sự phối hợp của các ngành và quần chúng nhân dân, các doanh nghiệp từ năm 2007 ựến nay Thanh tra Sở thường xuyên cử 1-2 ựồng chắ là lãnh ựạo, thanh tra viên tham gia với đội quản lý Vịnh của Ban Quản lý vịnh Hạ Long theo Quy chế phối hợp liên ngành bảo vệ môi trường vịnh Hạ Long, kiểm tra xử lý kịp thời
các trường hợp vi phạm pháp luật về bảo vệ môi trường vịnh Hạ Long, mặt khác ựề nghị các doanh nghiệp cùng tham gia phối hợp ựể phục vụ công tác quản lý như phối hợp cùng Công ty CP ựầu tư Cảng Cái Lân theo dõi ghi hình bắt giữ các phương tiện ựổ bùn thải sai quy ựịnh.
Qua giám sát nhận thấy, việc chấp hành pháp luật trong công tác quản lý nhà nước ựối với di sản Vịnh Hạ Long ựã ựạt ựược kết quả về nhiều mặt. Các giá trị thiên nhiên, ựịa chất ựịa mạo ựược quản lý, bảo tồ và phát huy giá trị. Công tác quản lý nhà nước về bảo vệ môi trường sinh thái ựã ựược triển khai, phối hợp thực hiện, hạ tầng cơ sở phục vụ cho hoạt ựộng du lịch và dịch vụ trên vịnh ựược phát triển. Các hoạt ựộng kinh doanh trên vịnh ựược quản lý, ựặc biệt hoạt ựộng dịch vụ ựã ựi dần vào nề nếp. Cơ sở hạ tầng phục vụ quản lý và khai thác Di sản bước ựầu ựáp ứng. Vì thế, uy tắn Vịnh Hạ Long ngày càng nâng cao. Tuy nhiên, cũng nhân thấy với ựiều kiện lực lượng, phương tiện và sự phối hợp trong công tác thanh kiểm tra ựối với các hoạt ựộng ảnh hưởng ựến vịnh Hạ Long còn yếu và thiếu gắn kết nên chưa ựáp ứng ựược yêu cầu ựặt ra.