Tuy phát triển nhanh chóng về số lƣợng nhƣng hiện nay các DNNVV nói chung vẫn còn nhiều tồn ta ̣i.
Cơ cấu phân bố và đầu tư chưa hợp lý: Các DNNVV phát triển không đồng đều cả về vùng lãnh thổ và ngành, nghề kinh doanh.Ngành nghề ĐKKD chủ yếu là thƣơng mại, dịch vụ thuần tuý (chiếm tỷ lệ trên 42%), mang tính tự phát cao, không có quy hoạch, chiến lƣợc. Điều này phản ánh một thực trạng là đa số các nhà đầu tƣ tƣ nhân đầu tƣ với mục tiêu kiếm lợi nhuận nhất thời, chƣa chú trọng đầu tƣ phát triển các ngành sản xuất công nghiệp hay dịch vụ hiện đại, là những ngành đảm bảo sự phát triển lâu dài của nền kinh tế Tỉnh và của bản thân DN. Các DNNVV tập trung chủ yếu ở thành phố, thị xã (thành phố Việt Trì chiếm trên 70% số doanh nghiệp và 85% số vốn đăng ký), số lƣợng DNNVV ở các huyện vùng nông thôn, vùng sâu, vùng xa không đáng kể, nhiều huyện mới chỉ có vài doanh nghiệp.
Thiếu vốn và mặt bằng sản xuất kinh doanh:
Thiếu mặt bằng sản xuất kinh doanh là hiện tƣợng phổ biến đối với DNNVV. Nhiều DN phải thuê lại mặt bằng của cơ quan, DNNN để sản xuất kinh doanh với giá cao và không ổn định, hạn chế khả năng đầu tƣ lâu dài của DN. Ngoài ra, việc giao mặt bằng sản xuất cho doanh nghiệp ở một số nơi còn rất khó khăn, giải phóng mặt bằng còn nhiều vƣớng mắc.
Hoạt động kinh doanh của các DNNVV mang tính tự phát cao nên khả năng mở rộng ra thị trƣờng bên ngoài còn hạn chế, ngoài ra điều kiện tài chính hạn hẹp làm cho khả năng hiện đại hóa sản xuất, đổi mới công nghệ gặp nhiều khó khăn. Các DNNVV gặp rất nhiều khó khăn về vốn , doanh nghiê ̣p chỉ có thể vay vốn ngắn hạn ở các ngân hàng thƣơng mại với lãi suất cao để làm vốn lƣu động còn vốn đầu tƣ dài hạn rất khó tiếp cận vì vốn tự có của doanh nghiệp ít, tài sản thế chấp không đủ để vay vốn kinh doanh. Số doanh
nghiệp có nhu cầu vay vốn chiếm 95% trên tổng số doanh nghiệp. Trong đó, tỷ lệ doanh nghiệp vay trung hạn, dài hạn chiếm 65-70%. Tỷ lệ vay vốn để đầu tƣ, mua thiết bị nhà xƣởng chiếm 65-70%, vay kinh doanh thƣơng mại chiếm 30%. Kết quả điều tra cho thấy các DNNVV tiếp tục đối mặt với những trở ngại lớn trong việc tiếp cận nguồn tài chính thƣơng mại (vốn hoạt động và đặc biệt là vốn đầu tƣ) do có sự kết hợp của nhiều yếu tố, trong đó có sự hạn chế về các hình thức khuyến khích để các ngân hàng thƣơng mại cho khu vực DNNVV vay tiền (thế chấp tài sản
Công nghệ, máy móc thiết bị lạc hậu và yếu kém: DNNVV nói chung hoạt động với những điều kiện yếu kém về trang thiết bị, công nghệ, sản xuất chủ yếu mang tính thủ công và bán cơ giới, bán tự động, máy móc thiết bị có trình độ công nghệ trung bình và lạc hậu, thiết bị hiện đại và tƣơng đối hiện đại chiếm tỷ lệ rất thấp trong tài sản cố định của các doanh nghiệp sản xuất công nghiệp. Việc đổi mới công nghệ, trang thiết bị hiện đại của các DNNVV chƣa nhiều, giá trị không cao . Các mũi nhọn nhƣ công nghệ tin học , điện tử, công nghệ sinh học , công nghệ vật liệu mới chƣa phát triển mạnh .Chính vì vâ ̣y giá thành sản phẩm của các DNNVV cao , mẫu mã và chất lƣợng kém sức cạnh tranh trên thị trƣờng .
Trình độ quản lý của chủ DNNVV hạn chế: Phần lớn chủ các DNNVV chƣa đƣợc đào tạo cơ bản về kiến thức quản lý, kiến thức pháp luật còn hạn chế, quản lý theo kinh nghiệm là chính (chiếm 55- 60%). Bộ máy tổ chức chƣa đáp ứng yêu cầu, công tác tự kiểm tra, kiểm soát nội bộ còn yếu.
Chấp hành pháp luật, chính sách của Nhà nước còn nhiều tồn tại: Các hoạt động hỗ trợ, hƣớng dẫn khởi nghiệp mới chỉ tập trung chủ yếu vào tuyên truyền phổ biến pháp luật , chƣa đồng bộ , chƣa câ ̣p nhâ ̣t và chƣa có sự phối hợp chặt chẽ giữa các cấp, các ngành; chƣa huy động đƣợc sự tham gia rộng rãi của các hiệp hội doanh nghiệp, các tổ chức xã hội, các tổ chức tƣ vấn, các
phƣơng tiện thông tin đại chúng. Vì vậy, các DNNVV nắm bắt chế độ chính sách thông tin kinh tế chƣa thƣờng xuyên, thậm chí không biết, không đƣợc phổ biến. Số DN vi phạm pháp luật nhƣ trốn thuế, làm hàng nhái, hàng giả chiếm tỷ lệ nhỏ. Đa số các DN chƣa tuân thủ các quy định của luật về chế độ báo cáo thống kê, báo cáo quyết toán tài chính hằng năm, doanh nghiệp tự nghỉ kinh doanh không khai báo, nhiều DN không thực hiện chuyển quyền sở hữu tài sản cho Công ty khi góp vốn bằng tài sản đã gây khó khăn cho công tác quản lý sau ĐKKD. Đối với một số DNTN và CTTNHH 2 thành viên trở lên (thƣờng là ngƣời nhà) mang nặng tính gia đình, sổ sách kế toán, chứng từ kê khai nộp thuế chƣa nghiêm túc. Chỉ có ít doanh nghiệp thực hiện nộp bảo hiểm xã hội và doanh nghiệp có tổ chức công đoàn.