Trong công tác tổ chức bộ máy đã kiện toàn hệ thống đăng ký kinh doanh từ tỉnh đến huyện theo đúng quy định của Luật Doanh nghiệp. Phòng Đăng ký kinh doanh có nhiệm vụ tham mƣu, đề suất với UBND tỉnh về cơ chế, chính sách quản lý, cho phép thành lập và chứng nhận đăng ký kinh doanh cho các DNNVV, nhƣng không theo dõi trực tiếp hoạt động sản xuất kinh doanh của doanh nghiệp.
Các sở, ngành kinh tế- kỹ thuật, UBND cấp huyện đã tiến hành rà soát lại cơ cấu, chức năng, nhiệm vụ của Phòng Tài chính, kế hoạch, các phòng chuyên môn, đã tham mƣu cho Tỉnh thành lập Trung tâm xúc tiến thƣơng mại; Trung tâm xúc tiến đầu tƣ; Trung tâm khuyến công, bố trí cán bộ theo dõi, quản lý hoạt động đối với doanh nghiệp tƣ nhân, phù hợp chức năng, nhiệm vụ Nhà nƣớc giao.Trong lãnh đạo, chỉ đạo thực hiện các nhiệm vụ phát triển kinh tế- xã hội hàng năm, Tỉnh uỷ, HĐND, UBND tỉnh đã có nhiều chủ trƣơng, chính sách, giải pháp khuyến khích và tạo điều kiện thuận lợi cho phát triển kinh tế tƣ nhân trong tất cả các ngành và lĩnh vực nhƣ: Xây dựng cơ chế, chính sách và phát triển công nghiệp- tiểu thủ công nghiệp; các chƣơng trình phát triển du lịch, dịch vụ; các chƣơng trình kinh tế nông nghiệp trọng điểm;
các khu đô thị, khu cụm công nghiệp; chƣơng trình tín dụng ngân hàng gắn với phát triển kinh tế tƣ nhân của Tỉnh....
Song song với việc triển khai ở cấp tỉnh, các huyện, thành thị đều chỉ đạo xây dựng chƣơng trình, đề án phát triển DNNVV trên địa bàn, trong đó xác định những lĩnh vực ƣu tiên, khuyến khích doanh nghiệp đầu tƣ phát triển sản xuất, khai thác tiềm năng, thế mạnh của địa phƣơng.
- Hiệp Hội DNNVV của tỉnh, với vai trò tổ chức là "ngôi nhà chung" của cộng đồng các DNNVV đã có nhiều hoạt động thiết thực để giúp đỡ các doanh nghiệp nhƣ: Cung cấp thông tin, cơ chế, chính sách của Đảng và Nhà nƣớc đối với doanh nghiệp, thông tin thị trƣờng giúp các doanh nghiệp tiếp cận, tìm kiếm tốt hơn các nguồn tài chính thông qua hợp tác xúc tiến thƣơng mại; triển khai các dự án, các chƣơng trình hợp tác, giúp doanh nghiệp nâng cao khả năng cạnh tranh trong nƣớc và quốc tế; quảng bá giới thiệu hình ảnh, thƣơng hiệu doanh nghiệp, mở rộng việc tổ chức khảo sát thị trƣờng; vận động tài trợ, tổ chức liên kết hỗ trợ trong cộng đồng doanh nghiệp, từng bƣớc tham mƣu cho tỉnh xây dựng hệ thống cơ chế, chính sách kinh tế để tháo gỡ khó khăn cho doanh nghiệp, tạo điều kiện thuận lợi cho sự phát triển và sớm hội nhập của các doanh nghiệp trong tỉnh với các nƣớc trong khu vực và quốc tế.
Ngoài ra, các cấp, các ngành đã tổ chức hội nghị đối thoại với doanh nghiệp, nhằm kịp thời tháo gỡ, khó khăn vƣớng mắc và động viên, khen thƣởng các tổ chức, cá nhân có thành tích trong hoạt động sản xuất kinh doanh, góp phần phát triển kinh tế xã hội ở địa phƣơng. Nhờ làm tốt công tác hỗ trợ, phối hợp và tạo điều kiện của các cấp, các ngành đã hỗ trợ cho doanh nghiệp, nhà đầu tƣ trong việc tìm kiếm mặt bằng (đã đƣợc các huyện, thành, thị thực hiện), tƣ vấn đầu tƣ vào các ngành, lĩnh vực, tƣ vấn hỗ trợ các dịch vụ có liên quan đến quá trình sản xuất kinh doanh của doanh nghiệp; thông tin
kịp thời về danh sách các doanh nghiệp đã đăng ký kinh doanh, giúp cho việc quản lý doanh nghiệp sau đăng ký kinh doanh có hiệu quả.
Trong những năm qua, ngoài các văn bản quy phạm pháp luật về doanh nghiệp của Nhà nƣớc, UBND tỉnh Phú Thọ còn ban hành các quyết định, nghị quyết nhằm hỗ trợ cho các doanh nghiệp trên địa bàn Tỉnh. Các văn bản quy phạm và các quyết định này nhằm điều chỉnh các hoạt động của các loại hình doanh nghiệp.
Tuy nhiên, trong khuôn khổ pháp lý đối với phát triển doanh nghiệp còn tồn tại một số vấn đề nhƣ:
- Các quyết định của UBND Tỉnh đối với phát triển doanh nghiệp chƣa đồng bộ, còn nhiều thiếu sót chƣa đƣợc bổ sung kịp thời, nhiều thủ tục hành chính chƣa sửa đổi, chƣa theo kịp tiến trình phát triển doanh nghiệp.
- Tỉnh chƣa có chƣơng trình riêng để hỗ trợ cho các DNNVV và việc triển khai hỗ trợ DN còn nhiều lúng túng, thiếu nguồn lực. Chính sách huy động các nguồn lực cho đầu tƣ phát triển của các thành phần kinh tế chƣa đạt hiệu quả cao.
- Môi trƣờng đầu tƣ bƣớc đầu đƣợc cải thiện nhƣng vẫn chƣa thực sự hấp dẫn các nhà đầu tƣ.
- Công tác quy hoạch chi tiết khu vực đầu tƣ dịch vụ còn thiếu, nhất là quy hoạch các cụm công nghiệp vừa và nhỏ; nhu cầu mặt bằng sản xuất kinh doanh là sự đòi hỏi chính đáng, cấp bách của các doanh nghiệp cần đầu tƣ và mở rộng sản xuất, nhƣng chƣa đƣợc đáp ứng kịp thời. Khó khăn lớn đối với các doanh nghiệp là làm sao để “an cƣ”, chuyện bức xúc về vốn nhiều khi không sánh bằng sự trở ngại trong việc tìm ra một diện tích mặt bằng để an tâm sản xuất (do vốn ít, trình độ công nghệ cũ kỹ, không đồng bộ nên không đáp ứng những yêu cầu đòi hỏi của các khu công nghiệp).
- Việc rà soát, đánh giá khả năng cạnh tranh của DNNVV và các yêu cầu, điều kiện hội nhập kinh tế quốc tế, xây dựng chiến lƣợc sản phẩm, chuyển dịch cơ cấu sản phẩm nội bộ doanh nghiệp chƣa đƣợc triển khai.