Hoạt động kiểm sát điều tra của VKSND hai cấp thành phố Hà Nội qua mỗi năm đều có những tiến bộ nhất định, nhất là đối với các vụ trọng án, án điểm, án có người chưa thành niên phạm tội. Nhờ đó đã phát hiện và kiến nghị CQĐT khắc phục những vi phạm tố tụng phổ biến trong việc bắt, tạm giữ, tạm giam (lạm dụng bắt khẩn cấp, tạm giữ, tạm giam không có căn cứ, quá thời hạn luật định); vi phạm trong việc hỏi cung (người bị tạm giam không được hỏi cung trong thời hạn luật định, có trường hợp bị bắt giam hàng tháng mới có bản ghi cung lần thứ nhất, mớm cung, bức cung, ghi cung không đúng lời khai của bị can, mà theo ý chủ quan của cán bộ xét hỏi hoặc không ghi biên bản hỏi cung nếu bị can chối không nhận tội, chỉ khi bị truy ép phải nhận tội, mới có biên bản hỏi cung…).
Qua tiến hành kiểm sát đã yêu cầu CQĐT khắc phục vi phạm trong việc lập hồ sơ vụ án, vẽ sơ đồ hiện trường không chính xác (nhất là các vụ tai nạn giao thông gây hậu quả chết người); ra quyết định tạm đình chỉ hoặc đình chỉ điều tra thiếu căn cứ (tạm đình chỉ điều tra khi chưa hết hạn điều tra, không ra quyết định truy nã bị can; đình chỉ điều tra đối với bị can mắc bệnh tâm thần nhưng chưa có kết luận giám định…).
Viện kiểm sát hai cấp đã chú ý hơn đến công tác thu thập chứng cứ và việc lập hồ sơ vụ án của CQĐT, bảo đảm việc khởi tố, việc bắt, giam giữ, truy tố người phạm tội có căn cứ, đúng pháp luật. Trong nhiều trường hợp VKS đã kiên quyết không nhận hồ sơ vụ án khi kết thúc điều tra để yêu cầu CQĐT bổ sung, khắc phục thiếu sót, vi phạm, tạo điều kiện nâng cao chất lượng các quyết định xử lý vụ án của VKS trong giai đoạn truy tố hình sự.
Cùng với việc đấu tranh chống các loại tội phạm, từ năm 2007-2011 các đơn vị THQCT và kiểm sát điều tra ở VKS thành phố và VKS địa phương đã ban hành 86 kiến nghị để khắc phục và xử lý các vi phạm trong hoạt động điều tra và trong công tác quản lý nhà nước gửi CQĐT, Thanh tra, Hải quan, Quản lí thị trường... nhằm tăng cường hơn hiệu lực quản lý nhà nước trong lĩnh vực an ninh trật tự, kinh tế, tài chính, xuất nhập khẩu. Các kiến nghị của VKS đã được các cơ quan liên quan tiếp thu, khắc phục và xử lý những người có hành vi vi phạm pháp luật.