a. Trách nhiệm của cơ quan quản lý thuế, công chức quản lý thuế trong việc tiếp nhận hồ sơ hoàn thuế: tiếp nhận hồ sơ và kiểm tra sơ lƣợc tính hợp
pháp, đầy đủ của hồ sơ.
- Trƣờng hợp hồ sơ hoàn thuế đƣợc nộp trực tiếp tại cơ quan quản lý thuế, công chức quản lý thuế tiếp nhận và đóng dấu tiếp nhận hồ sơ, ghi thời gian nhận hồ sơ, ghi nhận số lƣợng tài liệu trong hồ sơ, kiểm tra, phân loại hồ sơ để áp dụng đúng quy trình hoàn thuế đối với từng đối tƣợng;
- Trƣờng hợp hồ sơ hoàn thuế đƣợc gửi qua đƣờng bƣu chính, công chức quản lý thuế đóng dấu ghi ngày nhận hồ sơ và ghi vào sổ văn thƣ của cơ quan quản lý thuế;
- Trƣờng hợp hồ sơ hoàn thuế đƣợc nộp thông qua giao dịch điện tử thì việc tiếp nhận, kiểm tra, chấp nhận hồ sơ hoàn thuế do cơ quan quản lý thuế thực hiện thông qua hệ thống xử lý dữ liệu điện tử;
- Trƣờng hợp hồ sơ hoàn thuế chƣa đầy đủ, trong thời hạn ba ngày làm việc, kể từ ngày tiếp nhận hồ sơ, cơ quan quản lý thuế phải thông báo cho ngƣời nộp thuế để hoàn chỉnh hồ sơ;
- Thông báo bằng văn bản theo thời hạn 03 ngày làm việc cho ngƣời nộp thuế để hoàn chỉnh hồ sơ hoặc lý do từ chối kèm theo hồ sơ trả lại nếu hồ sơ không đủ điều kiện;
b. Trách nhiệm của cơ quan quản lý thuế trong việc giải quyết hồ sơ hoàn thuế nhƣ sau:
- Phân loại hồ sơ hoàn thuế vào các diện: Hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trƣớc kiểm tra sau hay Hồ sơ thuộc diện kiểm tra trƣớc hoàn thuế sau;
- Cơ quan quản lý thuế phải quyết định hoàn thuế hoặc thông báo về việc chuyển hồ sơ sang diện kiểm tra trƣớc, hoàn thuế sau hoặc thông báo lý
do không hoàn thuế kể từ ngày nhận đƣợc đủ hồ sơ hoàn thuế đối với hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trƣớc, kiểm tra sau;
- Cơ quan quản lý thuế phải quyết định hoàn thuế hoặc thông báo lý do không hoàn thuế kể từ ngày nhận đƣợc đủ hồ sơ hoàn thuế đối với hồ sơ thuộc diện kiểm tra trƣớc, hoàn thuế sau;
- Cơ quan thuế có trách nhiệm xử lý đối với các trƣờng hợp đặc biệt theo quy định pháp luật khi kiểm tra xác định số thuế đủ điều kiện đƣợc hoàn khác số thuế đề nghị hoàn;
- Trong quá trình kiểm tra hồ sơ hoàn thuế, nếu cơ quan thuế xác định số thuế đủ điều kiện đƣợc hoàn thì giải quyết tạm hoàn số thuế đã đủ điều kiện hoàn, không chờ kiểm tra xác minh toàn bộ hồ sơ mới thực hiện hoàn thuế; đối với số thuế cần kiểm tra xác minh, yêu cầu ngƣời nộp thuế giải trình, bổ sung hồ sơ thì xử lý hoàn thuế khi có đủ điều kiện;
- Quá thời hạn theo quy định pháp luật, nếu việc chậm ra quyết định hoàn thuế do lỗi của cơ quan quản lý thuế thì ngoài số tiền thuế phải hoàn, cơ quan quản lý thuế còn phải trả tiền lãi theo quy định của Chính phủ;
- Kho bạc nhà nƣớc các cấp có trách nhiệm thực hiện việc chi hòan thuế cho các đối tƣợng đủ điều kiện trong thời hạn ba ngày kể từ ngày nhận đƣợc quyết định hoàn thuế của cơ quan thuế;
- Ngoài ra, cơ quan thuế còn có các trách nhiệm khác theo quy định pháp luật trong quá trình giải quyết hồ sơ hoàn thuế GTGT.