Khấu trừ thuế GTGT là cơ sở cho việc áp dụng hoàn thuế GTGT bởi cơ sở kinh doanh chỉ đƣợc áp dụng việc hoàn thuế GTGT khi nộp thuế theo phƣơng pháp khấu trừ thuế. Mặt khác, hoàn thuế sẽ là cơ sở để các doanh nghiệp có thể đƣợc hoàn lại khoản tiền thuế của mình do đã nộp thừa vào NSNN mà chƣa đƣợc khấu trừ hết. Luật thuế GTGT quy định rằng, việc hoàn thuế chỉ quyết định đối với các doanh nghiệp thực hiện nộp thuế theo phƣơng pháp khấu trừ, không phải bất cứ doanh nghiệp nào cũng đƣợc xét hoàn thuế, mà chỉ có doanh nghiệp kê nộp thuế theo phƣơng pháp khấu trừ thuế mới đƣợc xét hoàn thuế. Quy định này một phần nâng cao tính tự giác của doanh nghiệp trong kê khai thuế, một phần là để hoàn thiện hơn hệ thống sổ sách kế toán, chứng từ trong hệ thống kế toán. Tuy nhiên không phải doanh nghiệp nào thực hiện nộp thuế theo phƣơng pháp khấu trừ thuế đều đƣợc hoàn thuế, những doanh nghiệp có số thuế đầu vào lớn hơn số thuế đầu ra sẽ đƣợc xét hoàn thuế theo đúng quy định của luật thuế GTGT. Nói nhƣ vậy thì doanh nghiệp xuất khẩu sẽ luôn là đối tƣợng đƣợc xét hoàn thuế khi có hàng xuất khẩu. Khi các doanh thuộc đối tƣợng đƣợc xét hoàn thuế các doanh nghiệp có quyền yêu cầu cơ quan thuế xem xét giải quyết cho mình theo đúng trình tự đã quy định trong luật thuế GTGT.
Khi nghiên cứu về mối liên hệ giữa khấu trừ thuế GTGT và hoàn thuế GTGT, quan điểm cho rằng, hoàn thuế GTGT là một dạng đặc biệt của khấu trừ thuế GTGT đầu vào là không hợp lý. Bởi, theo quan niệm này, về nguyên tắc nếu trong thời kỳ nộp thuế mà tiền thuế đầu vào đƣợc khấu trừ không hết thì sẽ phát sinh quyền hoàn thuế. Nhƣ vậy, “hoàn thuế là hệ quả của hành vi khấu trừ thuế đầu vào, nếu số thuế đầu vào đƣợc khấu trừ không hết thì nhà nƣớc có nghĩa vụ hoàn thuế cho doanh nghiệp, tức trả lại số thuế nộp thứa cho doanh nghiệp trong kỳ đó. Nếu nhà nƣớc không hoàn lại kịp thời số tiền thừa này thì coi nhƣ nhà nƣớc chiếm dụng vốn của doanh nghiệp, nhà nƣớc chỉ là ngƣời nắm giữ tạm thời khi chƣa xác định đƣợc số tiền doanh nghiệp phải nộp là bao nhiêu”[18,91]. Vậy, một vấn đề đặt ra đó là số tiền thuế GTGT doanh nghiệp bán hàng thu đƣợc từ cá nhân hoặc tổ chức tiêu dùng hàng hóa, dịch vụ (khi chƣa đến kỳ hạn nộp thuế) sẽ thuộc sở hữu của ai? Là doanh nghiệp bán hàng hay tổ chức, cá nhân mua hàng hóa, dịch vụ?