Các vụ mua bán sáp nhập ở nước ta còn khá khiêm tốn so với các nước trong khu vực cùng thời kỳ. Bên cạnh đó, hoạt động mua bán của các ngân hàng thương mại cổ phần trong nước diễn ra theo xu hướng ngân hàng lành mạnh, đang trên đà
phát triển hợp nhất hoặc sáp nhập với các tổ chức tín dụng có nguy cơ phá sản, hầu hết các giao dịch M&A đều do sự chỉ đạo của Ngân hàng Nhà nước chứ không phải do tự nguyện. Giá trị giao dịch nhỏ, thông tin xung quanh các vụ giao dịch đều bảo mật rất khó cho việc học hỏi kinh nghiệm. Vì vậy, bản chất của hoạt động M&A chỉ là giải pháp để cứu vãn các ngân hàng đang nguy kịch, tránh sự đổ vỡ hệ thống ngân hàng theo mục tiêu củng cố, lành mạnh hóa các ngân hàng thương mại. Do đó, tất yếu sẽ xảy ra nhiều vấn đề giữa các ngân hàng sau sáp nhập:
Tổng tài sản tăng nhƣng chất lƣợng tài sản sau M&A lại giảm do các khoản lỗ và nợ xấu tăng
Trong trường hợp một ngân hàng phải sáp nhập với một ngân hàng yếu và tỷ lệ nợ xấu cao, mặc dù tổng tài sản có tăng lên nhưng nếu chất lượng tài sản sau M&A không đảm bảo thì khó có thể nói rằng việc tích hợp giữa hai bên sẽ mang lại cho ngân hàng mới lợi thế cạnh tranh hơn, hoặc ngang ngửa so với những ngân hàng đang có khối lượng tài sản tương đương. Điều đó ảnh hưởng trực tiếp đến kết quả kinh doanh, đến thương hiệu, vị thế của ngân hàng và sau đó là đến thu nhập của từng người lao động. Đây chính là một trong những rào cản lớn nhất trong quá trình tái cơ cấu hệ thống ngân hàng Việt Nam hiện nay. Trong thương vụ sáp nhập của LVB và VPSC, LienVietPostbank đứng trước thách thức khi phải xử lý được khoản lỗ của VN post lên đến 145 tỷ đồng.
Vấn đề về kết hợp hệ thống công nghệ thông tin:
Khi 2 ngân hàng sáp nhập với nhau, ngoài việc kết hợp hệ thống cơ sở hạ tầng, nhân sự… thì việc kết hợp, đưa vào sử dụng thống nhất hệ thống CNTT là một vấn đề cần lưu tâm khi các ngân hàng sử dụng core khác nhau. Việc đưa và vận hành, sử dụng một hệ thống core banking mới đòi hỏi rất nhiều thời gian và chi phí để thử nghiệm, đào tạo nhân sự, cải tổ hoạt động, thay đổi quy trình làm việc… Do đó, trong giai đoạn đầu sáp nhập, ngân hàng bị sáp nhập sẽ vẫn phải duy trì hệ thống phần mềm cũ. Điều này sẽ gây khó khăn cho các nhà quản lý trong việc quản trị và điều hành ngân hàng, và có thể dẫn tới những rủi ro trong công tác quản lý, thực hiện.
Vấn đề về nhân sự và sự hòa hợp trong văn hóa công ty:
Sau sáp nhập, các ngân hàng sẽ phải đối mặt với những xáo trộn trong đội ngũ cán bộ nhân viên, sẽ có những vị trị trùng lắp, đặc biệt ở những vị trí lãnh đạo của ngân hàng, đòi hỏi ban quản trị mới phải thực hiện gấp rút những chính sách cơ cấu tổ chức lại nhân sự, vị trí giữa các phòng ban trong ngân hàng, nhằm đảm bảo hoạt động của ngân hàng được thông suốt, hiệu quả.