Chu kỳ sinh trưởng của cây lúa bị ảnh hưởng bởi mặn qua 2 giai đoạn chính: (1) Giai đoạn mạ của cây lúa: các chỉ tiêu được sử dụng để đánh giá khả năng chống chịu mặn là các tính trạng như: chiều cao chồi, trọng lượng khô của chồi và rễ. (2) Giai đoạn trưởng thành của cây lúa: các tính trạng được đánh giá như chiều cao cây, năng suất lúa trong điều kiện xử lý mặn thể hiện sự khác biệt có ý nghĩa giữa giống kháng và giống nhiễm. Tất cả các tính trạng trên trong chu kỳ sinh trưởng của cây được khảo sát di truyền cho thấy chúng chủ yếu được điều khiển do hoạt động của nhóm gen cộng tính. Hệ số di truyền tính chống chịu thông qua các tính trạng như vậy rất thấp (Akbar, 1986; Mishra et al., 1990; Narayanan et al., 1990; Moeljopawiro và Ikehashi, 1993; Teng, 1994) [41, 165, 176, 167, 246]. Vậy di truyền tính chống chịu mặn của các tính trạng nông học là do nhóm gen cộng tính kiểm soát tức là do đa gen kiểm soát, năng suất lúa bị giảm là do ảnh hưởng của mặn. Một giống lúa có
ưu thế hoạt động gen cộng tính đối với năng suất sẽ là điều kiện thuận lợi cho chọn lọc giống trong môi trường mặn.
Để đánh giá khả năng chống chịu mặn của cây lúa, người ta sử dụng chỉ tiêu đánh giá về sinh lý cây lúa như tỉ lệ Na+/K+ để chọn giống chống chịu mặn. Tuy nhiên, để hiểu rõ về cơ sở di truyền của tỉ lệ Na+/K+ trong cây lúa, một nghiên cứu về phân tích di truyền số lượng thông qua lai diallel 9x9 được thực hiện, tính trạng chống chịu mặn được xem xét qua tỉ lệ thấp của Na+/K+ ở trong chồi, tính trạng này được kiểm soát bởi hoạt động của cả hai nhóm gen cộng tính và không cộng tính. Tính trạng Na+/K+ thấp còn thể hiện qua ảnh hưởng siêu trội và được kiểm soát bởi ít nhất hai nhóm gen trội. Ảnh hưởng của môi trường rất có ý nghĩa và hệ số di truyền thấp (19,18%) (Gregorio et
al., 1997) [89]. Từ đó, các tác giả đề nghị quần thể con lai đang phân ly phải
thật lớn và việc tuyển chọn nên được thực hiện ở các thế hệ sau cùng, dưới điều kiện mặn được kiểm soát chặt chẽ, giảm thiểu thấp nhất ảnh hưởng biến động của môi trường. Vì vậy, tỉ lệ Na+/K+ khó áp dụng trong công tác thanh lọc nhanh các giống/dòng lúa chống chịu mặn.
Trong một nghiên cứu về di truyền tính chống chịu mặn bao gồm các bố mẹ có tính trạng tương phản nhau: giống CSR10 và CSR11 được chọn làm bố (có tính trạng chống chịu mặn), giống Basmati 370 được chọn làm mẹ (không có gen kháng mặn) (Mishra et al., 1998) [166]. Thế hệ F1 được xử lý ở độ mặn có EC = 10 dSm-1, điều kiện trồng trong chậu. Thế hệ F2 được gieo trồng trong điều kiện bình thường trên đồng ruộng, chọn theo phương pháp trồng dồn (bulk). Thế hệ F3 được xử lý mặn ở giai đoạn mạ (EC = 10 dSm-1). Quần thể cây trồng của các cặp lai được chia thành nhóm tùy theo phản ứng chống chịu đối với mặn ở các cấp 1, 3, 5, 7, 9. Kết quả cho thấy F1 của tất cả các cặp lai đều nằm gần ở cấp giữa của phân bố hình chuông, cho thấy tính trội không hoàn toàn đối với phản ứng nhiễm cũng như phản ứng chống chịu. Nhưng nếu cấp chống chịu của F1 là 5,8 (tổ hợp 1) và 4,6 (tổ hợp 2) cho thấy ảnh hưởng thay thế của cây bố (CSR10 hoặc CSR11) đối với cây mẹ gần như giống nhau. Thí nghiệm này cho thấy tính trạng chống chịu mặn là một tính trạng di truyền đa gen, không có ảnh hưởng của cây mẹ (Mishra et al., 1998) [166].
Nhận xét chung, qua các kết quả nghiên cứu về di truyền số lượng tính chống chịu mặn cho thấy, các tính trạng nông học như: chiều cao chồi, trọng lượng khô của chồi và rễ, chiều cao cây, năng suất lúa, khả năng chống chịu mặn của lúa là do đa gen kiểm soát. Tỉ lệ Na+/K+ là do cả 2 nhóm gen cộng tính và không cộng tính kiểm soát nên việc dựa vào tỉ lệ này để thanh lọc nhanh các giống/dòng lúa chống chịu mặn là rất khó áp dụng.