Nghiên cứu dịch tễ học bệnh dịch tả lợn cổ điển (classical swine fever) ở lợn tại miền bắc việt nam giai đoạn 2014 2017

HỌC VIỆN NÔNG NGHIỆP VIỆT NAM NGUYỄN PHỤC HƯNG NGHIÊN CỨU DỊCH TỄ HỌC BỆNH DỊCH TẢ LỢN CỔ ĐIỂN (CLASSICAL SWINE FEVER) Ở LỢN TẠI MIỀN BẮC VIỆT NAM GIAI ĐOẠN 2014-2017 Ngành: Dịch tễ học thú y Mã số: 64 01 08 Người hướng dẫn khoa học: GS.TS Nguyễn Thị Lan PGS.TS Lê Văn Phan NHÀ XUẤT BẢN HỌC VIỆN NÔNG NGHIỆP - 2019 LỜI CAM ĐOAN Tơi xin cam đoan cơng trình nghiên cứu riêng tơi, kết nghiên cứu trình bày luận án trung thực, khách quan chưa dùng để bảo vệ lấy học vị Tôi xin cam đoan giúp đỡ cho việc thực luận án cám ơn, thơng tin trích dẫn luận án rõ nguồn gốc Hà Nội, ngày tháng năm 2019 Tác giả luận án Nguyễn Phục Hƣng i LỜI CẢM ƠN Trong suốt trình học tập, nghiên cứu hồn thành luận án, tơi nhận hướng dẫn, bảo tận tình thầy cô giáo, giúp đỡ, động viên bạn bè, đồng nghiệp gia đình Cho phép tơi bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc tới GS.TS Nguyễn Thị Lan PGS.TS Lê Văn Phan tận tình hướng dẫn, dành nhiều công sức, thời gian tạo điều kiện cho tơi suốt q trình học tập thực đề tài Xin bày tỏ lòng biết ơn chân thành tới Ban Giám đốc, Ban Quản lý đào tạo, Bộ môn Bệnh lý thú y, Bệnh viện Thú y, Khoa Thú y - Học viện Nông nghiệp Việt Nam tận tình giúp đỡ, tạo điều kiện cho tơi q trình học tập, thực đề tài hồn thành luận án Tơi xin chân thành cảm ơn tập thể lãnh đạo, cán Phịng thí nghiệm trọng điểm cơng nghệ sinh học thú y Phịng thí nghiệm Bộ mơn Bệnh lý thú y, Khoa Thú y Học viện Nông nghiệp Việt Nam giúp đỡ tạo điều kiện cho tơi suốt q trình thực đề tài Xin chân thành cảm ơn gia đình, người thân, bạn bè, đồng nghiệp tạo điều kiện thuận lợi giúp đỡ mặt, động viên tơi hồn thành luận án Hà Nội, ngày tháng năm 2019 Tác giả luận án Nguyễn Phục Hƣng ii MỤC LỤC Trang Lời cam đoan i Lời cảm ơn ii Mục lục iii Danh mục từ viết tắt v Danh mục bảng vii Danh mục hình viii Trích yếu luận án ix Thesis abstract xi Phần Mở đầu 1.1 Tính cấp thiết đề tài 1.2 Mục tiêu nghiên cứu 1.3 Phạm vi nghiên cứu 1.3.1 Địa điểm nghiên cứu 1.3.2 Thời gian nghiên cứu 1.4 Những đóng góp đề tài 1.5 Ý nghĩa khoa học thực tiễn đề tài 1.5.1 Ý nghĩa khoa học 1.5.2 Ý nghĩa thực tiễn Phần Tổng quan tài liệu 2.1 Những nghiên cứu nước bệnh dịch tả lợn 2.1.1 Trên giới 2.1.2 Ở Việt Nam 2.2 Bệnh dịch tả lợn 2.2.1 Virus dịch tả lợn 2.2.2 Một số đặc điểm dịch tễ học bệnh dịch tả lợn 19 2.2.3 Triệu chứng bệnh tích bệnh dịch tả lợn 22 2.2.4 Các phương pháp chẩn đoán bệnh dịch tả lợn 25 2.2.5 Phòng chống bệnh dịch tả lợn 26 2.2.6 Xu hướng sản xuất vaccine phòng bệnh Dịch tả lợn 28 2.2.7 Đáp ứng miễn dịch bệnh Dịch tả lợn tượng dung nạp miễn dịch 32 Phần Vật liệu phƣơng pháp nghiên cứu 36 3.1 Nội dung nghiên cứu 36 3.1.1 Nghiên cứu số đặc điểm dịch tễ học bệnh dịch tả lợn giai đoạn 2014 – 2017 miền Bắc Việt Nam 36 3.1.2 Hiện tượng mang trùng dung nạp miễn dịch 36 3.1.3 Một số đặc điểm dịch tễ học phân tử chủng virus phân lập 36 3.2 Vật liệu nghiên cứu 36 3.2.1 Số liệu nghiên cứu 36 3.2.2 Động vật thí nghiệm 36 3.2.3 Thuốc thử vật liệu thử 37 iii 3.2.4 Thiết bị, dụng cụ 37 3.3 Phương pháp nghiên cứu 38 3.3.1 Phương pháp nghiên cứu dịch tễ học 38 3.3.2 Phương pháp tính tốn 38 3.3.3 Phương pháp xét nghiệm 39 3.3.4 Phương pháp giải trình tự gen 45 3.3.5 Phương pháp xây dựng phả hệ 45 3.3.6 Phương pháp phân tích đặc điểm dịch tễ học phân tử 46 3.3.7 Phương pháp xử lý số liệu 46 Phần Kết thảo luận 47 4.1 Nghiên cứu số đặc điểm dịch tễ học bệnh dịch tả lợn giai đoạn 2014-2017 miền Bắc Việt Nam 47 4.1.1 Xác định vùng nghiên cứu 47 4.1.2 Xác định ca mắc bệnh dịch tả lợn 48 4.1.3 Tình hình bệnh dịch tả lợn theo vùng địa lý 54 4.1.4 Tình hình bệnh dịch tả lợn theo lứa tuổi, theo phương thức chăn nuôi theo giống lợn nuôi 57 4.1.5 Hệ số năm dịch hệ số tháng dịch bệnh dịch tả lợn 60 4.1.6 Tỷ lệ mắc tốc độ mắc bệnh bệnh dịch tả lợn đàn lợn nuôi từ 2014-2017 63 4.2 Hiện tượng mang trùng dung nạp miễn dịch 64 4.2.1 Kết đánh giá tượng mang trùng lợn nái khả dung nạp miễn dịch lợn 65 4.2.2 Kết đánh giá khả dung nạp miễn dịch lợn sinh từ lợn nái tiêm vaccine dịch tả lợn đầu thai kỳ 68 4.3 Một số đặc điểm dịch tễ học phân tử chủng virus dịch tả lợn phân lập 74 4.3.1 Kết giám định virus dịch tả lợn kỹ thuật RT-PCR 74 4.3.2 Kết phân tích tính đa dạng di truyền CSFV 75 4.3.3 Đặc điểm biến đổi gen E2 chủng CSFV 80 4.3.4 Kết nghiên cứu phân tích phả hệ CSFV Việt Nam 86 4.3.5 Đặc điểm dịch tễ học phân tử virus gây bệnh dịch tả lợn Việt Nam theo không gian thời gian 90 Phần Kết luận đề nghị 94 5.1 Kết luận 94 5.1.1 Một số đặc điểm dịch tễ học bệnh dịch tả lợn giai đoạn 2014-2017 miền Bắc Việt Nam 94 5.1.2 Hiện tượng mang trùng dung nạp miễn dịch 94 5.1.3 Dịch tễ học phân tử virus dịch tả lợn 95 5.2 Đề nghị 95 Danh mục cơng trình cơng bố có liên quan đến luận án 96 Tài liệu tham khảo 97 Phụ lục 107 Phụ lục 114 iv DANH MỤC CÁC TỪ VIẾT TẮT Chữ viết tắt 3’ NTR 5’NTR aa BD BDV BNNPTNT Bp BVDV cDNA CI CPE cs CSF CSFV CSMBTBT Ctv DNA dNTP EC ELISA FAO HSTD HSND HT IHC MB M-MLV mRNA NPLA NS nt NXB OIE PCR RNA RT- PCR Chữ viết đầy đủ 3' nontranslated region 5' nontranslated region Amino acid Boder disease Border Disease Virus Bộ Nông nghiệp Phát triển nông thôn Base pair Bovine Viral Diarrhea Virus Complementary deoxyribonucleic acid Confidence Interval Cytophathogenic Effect Cộng Classical Swine fever Classical Swine Fever Virus Chỉ số mắc bệnh trung bình tháng Cộng tác viên Deoxyribonucleic Acide Deoxyribonucleoside triphosphate European Community Enzyme-Linked ImmunoSorbent Assay Food and Agriculture Organization Hệ số tháng dịch Hệ số năm dịch Huyết Immunohistochemistry Mắc bệnh Moloney murine leukemia virus Messenger Ribonucleic acid Neutralization Peroxidase Linked Assay Nonstructural Nucleotide Nhà xuất Office International des Epizooties Polymerase Chain Reaction Ribonucleic Acide Reverse transcription-Polymerase Chain Reaction v Chữ viết tắt RT-nPCR SNNC TC TCID TCVN TĐMM TLHM TLTV TT USA USD VNUA WTO vi Chữ viết đầy đủ Reverse Transcription – nested Polymerase Chain Reaction Số năm nghiên cứu Tổ chức Tissue Culture Infective Dose Tiêu chuẩn Việt Nam Tốc độ mắc Tỷ lệ mắc Tỷ lệ tử vong Thông tư United States of America United States dollar Vietnam National University of Agriculture World Trade Organization DANH MỤC BẢNG TT 2.1 4.1 4.2 4.3 4.4 4.5 4.6 4.7 4.8 4.9 4.10 4.11 4.12a 4.12b 4.13 4.14 4.15 4.16 4.17 4.18 4.19a 4.19b 4.20a 4.20b 4.21 4.22 vii Tên bảng Trang Kiểm tra độc lực virus CSF 15 Xác định ca bệnh mắc dịch tả lợn phản ứng ELISA 49 Tần suất xuất triệu chứng lợn mắc dịch tả lợn 50 Tần suất xuất bệnh tích lợn mắc dịch tả lợn 51 Tình hình bệnh dịch tả lợn theo vùng địa lý - cấp độ xã 54 Tình hình bệnh dịch tả lợn theo vùng địa lý - cấp độ đàn 55 Tình hình bệnh dịch tả lợn theo vùng địa lý - cấp độ cá thể 55 Tình hình bệnh dịch tả lợn theo vùng địa lý - tỷ lệ tử vong 56 Tình hình bệnh dịch tả lợn theo lứa tuổi 58 Tình hình bệnh dịch tả lợn theo phương thức chăn nuôi 58 Tình hình bệnh dịch tả lợn theo giống lợn ni 59 Hệ số năm dịch dịch tả lợn từ năm 2014 - 2017 60 Hệ số tháng dịch dịch tả lợn từ 2014 - 2017 61 Hệ số tháng dịch dịch tả lợn từ 2014 - 2017 62 Tỷ lệ mắc bệnh dịch tả lợn đàn lợn nuôi từ 2014 - 2017 63 Tốc độ mắc bệnh dịch tả lợn đàn lợn nuôi từ 2014 - 2017 64 Kết xét nghiệm lưu hành virus lợn nái trước phối giống 66 Kết xét nghiệm kháng thể lợn 35 ngày tuổi 67 Kết xét nghiệm kháng thể lợn 56 ngày tuổi 68 Kết lấy mẫu để kiểm tra tượng dung nạp miễn dịch 69 Kết phịng thí nghiệm xét nghiệm kháng thể lợn 35 ngày tuổi 70 Kết phịng thí nghiệm xét nghiệm kháng thể lợn 35 ngày tuổi 71 Kết phịng thí nghiệm xét nghiệm kháng thể lợn 56 ngày tuổi 72 Kết phòng thí nghiệm xét nghiệm kháng thể lợn 56 ngày tuổi 73 Tỷ lệ tương đồng nucleotide chủng Dịch tả lợn Việt Nam chủng tham chiếu 80 Tỷ lệ tính tương đồng Amino acid chủng Dịch tả lợn Việt nam chủng tham chiếu 81 DANH MỤC HÌNH TT Tên hình Trang 2.1 2.2 4.1 4.2 4.3 4.4 4.5 4.6 4.7 Cấu trúc virus dịch tả lợn 10 Cấu trúc gen Pestivirus 11 Bản đồ miền Bắc Việt Nam 48 Triệu chứng lâm sàng lợn mắc Dịch tả lợn 52 Bệnh tích đại thể lợn mắc Dịch tả lợn 53 Bệnh tích đại thể lợn mắc Dịch tả lợn 53 Kết giám định có mặt virus CSF mẫu bệnh phẩm 75 Tương đồng trình tự gen chủng CSFV dựa vào genome 76 Tương đồng trình tự gen chủng CSFV dựa vào gen E2 77 4.8 Tương đồng trình tự gen 15 chủng CSFV Việt Nam dựa vào gen E2 78 Tỷ lệ % tương đồng trình tự gen chủng CSFV thu thập Việt Nam năm 1991 2013-2016 79 So sánh trình tự aa suy diễn gen E2 mã hóa chủng CSFV Việt Nam 82 Chỉ số kháng nguyên vị trí protein E2 chủng virus gây bệnh dịch tả lợn Việt Nam 85 Cây phả hệ chủng virus gây bệnh dịch tả lợn Việt Nam dựa vào trình tự gen virus 86 Cây phả hệ virus gây bệnh dịch tả lợn dựa vào gen E2 88 Cây phả hệ dựa vào trình tự gen E2 384 chủng virus gây bệnh dịch tả lợn 89 Sự phát tán theo không gian thời gian virus dịch tả lợn 91 Sự phát tán theo không gian thời gian virus gây bệnh dịch tả lợn sub-genotype 2.1 2.2 Việt Nam 92 4.9 4.10 4.11 4.12 4.13 4.14 4.15 4.16 viii ... tổng đại diện đàn lợn nuôi miền Bắc Việt Nam Vì trước diễn biến phức tạp dịch bệnh, tiến hành nghiên cứu dịch tễ học bệnh dịch tả lợn cổ điển lợn miền Bắc Việt Nam giai đoạn 2014- 2017 Đây việc cần... PHÁP NGHIÊN CỨU 3.1 NỘI DUNG NGHIÊN CỨU 3.1.1 Nghiên cứu số đặc điểm dịch tễ học bệnh dịch tả lợn giai đoạn 2014- 2017 miền Bắc Việt Nam - Xác định vùng nghiên cứu xác định ca mắc bệnh dịch tả lợn. .. bệnh dịch tả lợn cổ điển (Classical swine fever) lợn miền Bắc Việt Nam giai đoạn 2014 - 2017 Ngành: Dịch tễ học thú y Mã số: 64 01 18 Tên sở đào tạo: Học viện Nông nghiệp Việt Nam Mục đích nghiên