Nghiên cứu biến đổi của một số gen ty thể ở bệnh ung thư vú

Nghiên cứu biến đổi của một số gen ty thể ở bệnh ung thư vú Nghiên cứu biến đổi của một số gen ty thể ở bệnh ung thư vú Nghiên cứu biến đổi của một số gen ty thể ở bệnh ung thư vú luận văn tốt nghiệp,luận văn thạc sĩ, luận văn cao học, luận văn đại học, luận án tiến sĩ, đồ án tốt nghiệp luận văn tốt nghiệp,luận văn thạc sĩ, luận văn cao học, luận văn đại học, luận án tiến sĩ, đồ án tốt nghiệp

ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI TRƯỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN ***** Nguyễn Thị Tú Linh NGHIÊN CỨU BIẾN ĐỔI CỦA MỘT SỐ GEN TY THỂ Ở BỆNH UNG THƯ VÚ LUẬN ÁN TIẾN SĨ SINH HỌC Hà Nội - 2017 ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI TRƯỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN ***** Nguyễn Thị Tú Linh NGHIÊN CỨU BIẾN ĐỔI CỦA MỘT SỐ GEN TY THỂ Ở BỆNH UNG THƯ VÚ Chuyên ngành: Nhân chủng học Mã số: 62420102 LUẬN ÁN TIẾN SĨ SINH HỌC NGƯỜI HƯỚNG DẪN KHOA HỌC: Hướng dẫn chính: PGS.TS Trịnh Hồng Thái Hướng dẫn phụ: PGS.TS Tạ Văn Tờ Hà Nội - 2017 LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan số liệu, kết nêu luận án trung thực thực với tham gia số đồng nghiệp, công bố phần báo khoa học đồng tác giả đồng ý cho phép sử dụng luận án Cơng trình thực với hướng dẫn khoa học tập thể cán hướng dẫn TÁC GIẢ Nguyễn Thị Tú Linh LỜI CẢM ƠN Lời đầu tiên, cho phép bày tỏ kính trọng lịng biết ơn sâu sắc tới PGS.TS Trịnh Hồng Thái PGS.TS Tạ Văn Tờ, hai người thầy tận tình hướng dẫn, động viên giúp đỡ tạo điều kiện thuận lợi cho suốt trình nghiên cứu viết luận án Những nhận xét góp ý Thầy, đặc biệt gợi ý hướng giải vấn đề suốt trình nghiên cứu, thực học vô quý giá khơng q trình viết luận án mà hoạt động nghiên cứu chuyên môn sau Tôi xin chân thành cảm ơn giúp đỡ tận tình tạo điều kiện thời gian Ban chủ nhiệm Khoa Sinh học, TS Tô Thanh Thúy, Trưởng Bộ môn Sinh lý học Sinh học người, thầy, cô giáo, anh chị, bạn bè đồng nghiệp Bộ môn Sinh lý học Sinh học người giúp đỡ, góp ý tạo điều kiện tốt cho tơi q trình nghiên cứu viết luận án Tơi xin cảm ơn PGS.TS Trần Quang Bình, Phịng thí nghiệm Di truyền phân tử, Viện Vệ sinh dịch tễ Trung Ương hướng dẫn số cách thức phân tích thống kê số liệu Những dẫn hữu ích q trình viết luận án Tơi xin gửi lời cảm ơn sâu sắc tới Ban Giám hiệu, Phòng Sau đại học phòng ban chức Trường Đại học Khoa học Tự nhiên tạo điều kiện làm việc thuận lợi để hoàn thành thủ tục cần thiết nghiên cứu sinh Tôi xin cảm ơn đề tài KC.04.10/11-15 QG.16.14 hỗ trợ kinh phí để thực luận án, Bệnh viện K, Viện Huyết học - Truyền máu Trung ương cung cấp mẫu Phịng thí nghiệm trọng điểm Cơng nghệ Enzyme Protein, đặc biệt Phịng Proteomics Sinh học cấu trúc cho phép sử dụng hệ thống máy móc thực nghiên cứu Cuối cùng, xin bày tỏ lịng biết ơn tới bố, mẹ, chồng, con, gia đình bạn bè bên cạnh động viên, hỗ trợ tạo điều kiện thuận lợi để hồn thành luận án Hà Nội, ngày tháng năm 2017 Nguyễn Thị Tú Linh MỤC LỤC DANH MỤC CÁC CHỮ VIẾT TẮT DANH MỤC CÁC BẢNG DANH MỤC CÁC HÌNH MỞ ĐẦU 10 Chương TỔNG QUAN TÀI LIỆU .13 1.1 TỔNG QUAN VỀ UNG THƯ VÚ 13 1.1.1 Tình hình mắc ung thư vú giới Việt Nam 13 1.1.2 Các yếu tố nguy gây ung thư vú 13 1.1.3 Các giai đoạn ung thư vú 14 1.1.4 Các thị sinh học ung thư vú 15 1.1.5 Một số đặc điểm bệnh học ung thư vú thường nghiên cứu 16 1.2 TỔNG QUAN VỀ ADN TY THỂ NGƯỜI .18 1.3 BIẾN ĐỔI CỦA ADN TY THỂ VÀ BỆNH UNG THƯ 20 1.4 MỘT SỐ DẠNG BIẾN ĐỔI CỦA ADN TY THỂ TRONG BỆNH UNG THƯ VÀ UNG THƯ VÚ 22 1.4.1 Biến đổi số ADN ty thể 22 1.4.2 Mất đoạn lớn ADN ty thể 25 1.4.3 Biến đổi gen ATP6 .28 1.4.4 Biến đổi gen tARN ty thể 30 1.4.5 Biến đổi A10398G gen ND3 33 1.4.6 Biến đổi gen ND1 35 1.5 NGHIÊN CỨU BIẾN ĐỔI CỦA ADN TY THỂ TRÊN BỆNH NHÂN UNG THƯ Ở VIỆT NAM 37 Chương NGUYÊN LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 39 2.1 NGUYÊN LIỆU 39 2.1.1 Đối tượng 39 2.1.2 Hóa chất 40 2.1.3 Thiết bị .40 2.2 PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 41 2.2.1 Tách chiết ADN tổng số 42 2.2.2 Điện di kiểm tra sản phẩm gel agarose polyacrylamide 43 2.2.3 Khuếch đại đoạn gen quan tâm phương pháp PCR 44 2.2.4 Tinh sản phẩm PCR 45 2.2.5 Phân tích PCR-RFLP 46 2.2.6 Nhân dòng tách chiết ADN plasmid 47 2.2.7 Định lượng ADN real-time PCR .49 2.2.8 Xử lý số liệu tính tốn thống kê 52 2.3 ĐẠO ĐỨC NGHIÊN CỨU .53 Chương KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 54 3.1 XÂY DỰNG ĐƯỜNG CHUẨN XÁC ĐỊNH SỐ BẢN SAO VÀ MỨC ĐỘ MẤT ĐOẠN CỦA ADN TY THỂ 54 3.2 PHÂN TÍCH BIẾN ĐỔI SỐ BẢN SAO CỦA ADN TY THỂ 58 3.2.1 Kết xác định số ADN ty thể loại mẫu 58 3.2.2 Mối liên quan biến đổi số ADN ty thể đặc điểm bệnh học ung thư vú .61 3.3 PHÂN TÍCH MẤT ĐOẠN LỚN CỦA ADN TY THỂ 63 3.3.1 Xác định tỉ lệ đoạn 4977 bp 63 3.3.2 Xác định tỉ lệ đoạn lớn khác bệnh nhân ung thư vú 67 3.3.3 Xác định mức độ đoạn lớn ADN ty thể 70 3.4 PHÂN TÍCH BIẾN ĐỔI CỦA GEN ATP6 .75 3.5 PHÂN TÍCH BIẾN ĐỔI CỦA GEN tARN TY THỂ 82 3.5.1 Xác định tần suất biến đổi gen tARN ty thể .82 3.5.2 Dự đoán thay đổi cấu trúc bậc phân tử tARN có biến đổi 85 3.5.3 Sàng lọc biến đổi A5536T mẫu nghiên cứu .87 3.6 PHÂN TÍCH BIẾN ĐỔI A10398G CỦA GEN ND3 89 3.7 PHÂN TÍCH BIẾN ĐỔI T4216C VÀ A4164G CỦA GEN ND1 .94 3.8 PHÂN TÍCH TỔNG HỢP MỐI LIÊN QUAN GIỮA MỘT SỐ BIẾN ĐỔI CỦA ADN TY THỂ VÀ BỆNH UNG THƯ VÚ .99 KẾT LUẬN .109 KIẾN NGHỊ 110 DANH MỤC CÁC CÔNG TRÌNH KHOA HỌC CỦA TÁC GIẢ LIÊN QUAN ĐẾN LUẬN ÁN 111 TÀI LIỆU THAM KHẢO .112 PHỤ LỤC - DANH SÁCH BỆNH NHÂN UNG THƯ VÚ VỚI CÁC ĐẶC ĐIỂM BỆNH HỌC CỦA BỆNH i PHỤ LỤC - SỐ LIỆU PHÂN TÍCH BIẾN ĐỔI MỘT SỐ GEN TY THỂ Ở BỆNH NHÂN UNG THƯ VÚ ix DANH MỤC CÁC CHỮ VIẾT TẮT Viết tắt Viết đầy đủ ∆mtDNA4977 Mất đoạn 4977 bp ACS American Cancer Society (Hiệp hội Ung thư Hoa Kỳ) Cs Cộng ADN Deoxyribonucleic acid ATP Adenosine triphosphate Bp Base pair (Cặp bazơ) EDTA Ethylenediaminetetraacetic acid EtBr Ethidium bromide HBB Hemoglobin subunit beta LHON Leber hereditary optic neuropathy (Hội chứng liệt thần kinh thị giác di truyền Leber) MELAS Mitochondrial encephalopathy, lactic axitosis and stroke-like episodes (Hội chứng não ty thể, nhiễm axit lactic với biểu tương tự đột quỵ) MERRF Myoclonic epilepsy with ragged-red fibers (Hội chứng động kinh giật với sợi đỏ nham nhở) MFE Minimum free energy (Năng lượng tự tối thiểu) NADH Nicotinamide adenine dinucleotide hydride NCBI National Center for Biotechnology Information (Trung tâm Quốc gia Thông tin Công nghệ sinh học) ND1 NADH dehydrogenase subunit ND3 NADH dehydrogenase subunit ND4 NADH dehydrogenase subunit OR Odds ratio (Tỉ số odd) OXPHOS Oxidative phosphorylation (Phosphoryl hóa oxi hóa) Viết tắt Viết đầy đủ PCR Polymerase chain reaction (Phản ứng chuỗi trùng hợp) RFLP Restriction fragment length polymorphism (Đa hình chiều dài đoạn cắt giới hạn) ROS Reactive oxygen species (Gốc tự chứa oxy) TNM Tumor - Node - Metastasis (U nguyên phát - Hạch vùng - Di xa) tARN Transfer ribonucleic acid (ARN vận chuyển) rARN Ribosomal ribonucleic acid (ARN ribosome) DANH MỤC CÁC BẢNG Bảng 1.1 Các nghiên cứu đa hình A10398G bệnh nhân ung thư vú 34 Bảng 2.1 Phân nhóm bệnh nhân theo đặc điểm bệnh học ung thư vú 39 Bảng 2.2 Trình tự cặp mồi sử dụng để nhân đoạn ADN quan tâm 44 Bảng 2.3 Điều kiện phản ứng PCR với cặp mồi sử dụng 45 Bảng 2.4 Các enzyme giới hạn sử dụng phân tích RFLP .47 Bảng 2.5 Trình tự cặp mồi sử dụng phản ứng real-time PCR 49 Bảng 2.6 Bảng pha loãng nồng độ plasmid theo hệ số 10 .50 Bảng 2.7 Chu trình nhiệt phản ứng real-time PCR 51 Bảng 3.1 Số ADN ty thể loại mô khác .60 Bảng 3.2 Mối liên quan biến đổi số ADN ty thể đặc điểm bệnh học bệnh ung thư vú 62 Bảng 3.3 Tỉ lệ đoạn 4977 bp ADN ty thể mô bệnh nhân ung thư vú máu đối chứng 65 Bảng 3.4 Tỉ lệ đoạn 4977 bp ADN ty thể mô u theo đặc điểm bệnh học bệnh ung thư vú 66 Bảng 3.5 Các đoạn lớn chưa công bố ADN ty thể mô u bệnh nhân ung thư vú 68 Bảng 3.6 Các đoạn lớn chưa công bố ADN ty thể mô liền kề bệnh nhân ung thư vú 68 Bảng 3.7 Tỉ lệ đoạn lớn khác ADN ty thể mô bệnh nhân ung thư vú máu đối chứng 69 Bảng 3.8 Mức độ đoạn lớn ADN ty thể mô máu bệnh nhân ung thư vú bệnh nhân u tuyến vú lành tính 71 Bảng 3.9 Mức độ đoạn lớn ADN ty thể theo đặc điểm bệnh học bệnh ung thư vú 73 Bảng 3.10 Mối liên quan tỉ số mức độ đoạn mô u/mô liền kề đặc điểm bệnh học bệnh ung thư vú 74 Bảng 3.11 Thống kê biến đổi gen ATP6 mẫu mô u bệnh nhân ung thư vú 76 Số hạch Kích thước hạch (cm) Phân loại tổ chức học Gai đoạn TNM Mức độ biệt hóa UTBM ống xâm nhập T1N0M0 vừa nách UTBM ống xâm nhập T1N1M0 vừa