Khảo sát quy trình ly trích nhanh DNA - Đề xuất quy trình ly trích tối ưu cho niêm mạc miệng ứng dụng trong xét nghiệm quan hệ huyết thống

Bài viết tiến hành nghiên cứu xây dựng quy trình ly trích nhanh DNA từ niêm mạc miệng, tham gia được phản ứng PCR của bộ kit PowerPlex Fusion System dùng trong xác định quan hệ huyết thống, nhận diện cá thể.

TNU Journal of Science and Technology 225(11): - 10 KHẢO SÁT QUY TRÌNH LY TRÍCH NHANH DNA ĐỀ XUẤT QUY TRÌNH LY TRÍCH TỐI ƯU CHO NIÊM MẠC MIỆNG ỨNG DỤNG TRONG XÉT NGHIỆM QUAN HỆ HUYẾT THỐNG Huỳnh Viết Lộc , Tăng Ngọc Kiều Vy*, Dương Hồ Diễm Trâm, Chu Nguyễn Thanh Thủy Viện Sinh học Phân tử LOCI TĨM TẮT Khảo sát số quy trình ly trích có cho thấy, phương pháp ly trích nhanh DNA NaOH SDS kết hợp với sốc nhiệt cho kết khả quan so với phương pháp cịn lại Khi so sánh hiệu ly trích nồng độ SDS khác nhau, 0,01% nồng độ SDS tối ưu Quy trình đề xuất đánh giá thơng qua việc so sánh với ly trích cột thương mại OMEGA ly trích thử nghiệm 200 mẫu niêm mạc miệng Kết so sánh với ly trích thương mại, DNA ly trích quy trình đề xuất cho sản phẩm PCR có cường độ huỳnh quang trung bình thấp kết phân tích xác trùng khớp Trên 200 mẫu thực tế, khơng có mẫu bị ức chế, 90% mẫu cho sản phẩm PCR có cường độ huỳnh quang 100 RFU 100% cho tín hiệu cao 50 RFU Đối với cặp mẫu biết mối quan hệ huyết thống, kết trả trùng khớp Từ khóa: Ly trích nhanh DNA; niêm mạc miệng; ly trích thơ; SDS-NaOH; xét nghiệm DNA huyết thống Ngày nhận bài: 23/7/2020; Ngày hoàn thiện: 14/9/2020; Ngày đăng: 21/10/2020 SURVEY QUICK DNA EXTRACTION PROTOCOLS PROPOSITION OF A DNA EXTRACTION PROCESSES THAT IS OPTIMAL FOR DNA PATERNITY TESTING Huynh Viet Loc, Tang Ngoc Kieu Vy*, Duong Ho Diem Tram, Chu Nguyen Thanh Thuy LOCI Institute of Molecular Biology ABSTRACT After experiment, the process used NaOH - SDS combinate with thermal shock was found to be the DNA extraction method more efficient than the other Comparing extraction efficiency at different SDS concentrations to propose the optimal extraction procedure, the result showed that 0.01% is the suitable SDS concentration To evaluate the effectiveness of the improved extracting procedure, we compared it with a commercially available kit (E.Z.N.A Forensic DNA kit) on 10 samples and applicated to extract DNA on 200 samples After extracted, all samples have been used for STR-PCR reaction On 10 samples, average fluorescence signal from the improved extraction procedure is lower than the commercial kit, but the results were accurate and consistent On 200 samples, the results showed that no samples were inhibited, more than 90% of samples for PCR product had fluorescence intensity above 100 RFU and 100% for signal above 50 RFU On the samples have been known the parentage relationship, the result is match Keywords: Quick DNA extraction; Buccal swab; rapid DNA extraction; SDS-NaOH solution;DNA paternity testing… Received: 23/7/2020; Revised: 14/9/2020; Published: 21/10/2020 * Corresponding author Email: vyvykieu89@gmail.com http://jst.tnu.edu.vn; Email: jst@tnu.edu.vn Huỳnh Viết Lộc Đtg Tạp chí KHOA HỌC & CƠNG NGHỆ ĐHTN Giới thiệu Nguồn DNA đầu vào yếu tố định đến kết phản ứng PCR Các quy trình ly trích DNA truyền thống phenol, phương pháp Boom ly trích thương mại QIAamp DNA investigator kit (Qiagen), DNA IQ system (Promega), E.Z.N.A Forensic DNA kit (Omega)… có nhiều bước thực nhằm giúp sản phẩm DNA thu cuối có độ tinh đủ để tham gia phản ứng PCR [1, 2] Nhược điểm lớn quy trình thực nhiều bước phức tạp dễ gây sai sót, nhầm lẫn, kéo dài thời gian xét nghiệm gây khó khăn định cho kỹ thuật viên Đã có quy trình ly trích thơ DNA đến hai bước thao tác báo cáo trước Tuy nhiên sản phẩm DNA thu từ quy trình tham gia số phản ứng PCR đơn giản [3] Vì vậy, vào thời điểm đó, báo cáo khơng ứng dụng thực tiễn Hiện nay, công nghệ sinh học có bước tiến đáng kể kỹ thuật enzyme tái tổ hợp, nhà sản xuất Qiagen, Promega cho sản phẩm taq polymerase kháng ức chế [4] Nghĩa phản ứng PCR phức tạp thực 225(11): - 10 đối tượng DNA không đạt yêu cầu độ tinh Nhu cầu xét nghiệm quan hệ huyết thống, xét nghiệm di truyền gen ngày lớn Niêm mạc miệng dần trở thành dạng mẫu ưu tiên thu nhận cho xét nghiệm đặc tính dễ bảo quản, khơng xâm lấn, lượng DNA dồi [5] Thêm vào đó, có số qui trình ly trích nhanh DNA từ niêm mạc miệng công bố trước Daniel (1995), Brenda (1992) [6] Từ sở này, chúng tơi tiến hành nghiên cứu xây dựng quy trình ly trích nhanh DNA từ niêm mạc miệng, tham gia phản ứng PCR kit PowerPlex ®Fusion System dùng xác định quan hệ huyết thống, nhận diện cá thể Phương pháp nghiên cứu 2.1 Khảo sát quy trình ly trích có Tiến hành ly trích song song quy trình ly trích DNA báo cáo tác giả (bảng - bảng - bảng 3) so sánh với quy trình ly trích đối chứng ly trích cột E.Z.N.A Forensic DNA kit -OMEGA [7] đối tượng mẫu niêm mạc miệng để lựa chọn quy trình ly trích ưu Mỗi phương pháp ly trích lặp lại lần, chạy PCR kit PowerPlex ®Fusion System phân tích kết hệ thống điện di mao quản ABI 3130XL Bảng Quy trình ly trích Triton X100 Quy trình A: Ly trích Triton X100 theo Daniel (1995) [8] Công thức pha đệm ly giải: Quy trình ly trích: - Tris-HC1 : 10 mM, pH - Ủ 100 μl mẫu với 500μl dịch ly giải 95 oC/ 30 phút => Tạo hỗn hợp có nồng độ Triton X100 1% - EDTA: 0,1 mM - Làm lạnh 4oC/ 10 phút - Triton X100: 1,2% - Ly tâm 12000g/10 phút - Hút dịch nổi, pha loãng lần TE1X Bảng Quy trình ly trích NaOH Quy trình B: Ly trích NaOH theo Brenda (1992) [9] Cơng thức pha đệm ly giải: Quy trình ly trích: - NaOH : 60 mM - 500μl NaOH (60mM) + 100 μl mẫu => Tạo hỗn hợp có nồng độ NaOH 50mM - Ủ 95oC/5 phút - Trung hòa 60 μl 1M Tris HCl pH8 - Pha loãng lần TE1X http://jst.tnu.edu.vn; Email: jst@tnu.edu.vn Huỳnh Viết Lộc Đtg Tạp chí KHOA HỌC & CƠNG NGHỆ ĐHTN 225(11): - 10 Bảng Quy trình ly trích NaOH - SDS Quy trình C: Ly trích NaOH + SDS [10] Cơng thức pha đệm ly giải: Quy trình ly trích: - NaOH : 60 mM - Cho 500μl dịch ly giải vào 100 μl mẫu => Tạo hỗn hợp có nồng độ : NaOH 50mM - SDS: 0,03% SDS 0,025% Ủ 95oC/15 phút - Trung hòa 60 μl 1M TrisCl H pH8 - Pha loãng lần TE1X 2.2 Tối ưu nồng độ chất ly giải Từ quy trình chọn, tiến hành khảo sát lại nồng độ chất ly giải Trong nghiên cứu giữ nguyên nồng độ NaOH, thay đổi % SDS dịch ly giải giá trị 0,045%, 0,035%; 0,025%, 0,015%, 0,01%, 0,005% Ở nồng độ SDS, ly trích lặp lại lần, chạy PCR kit PowerPlex ®Fusion System phân tích kết quả, đề xuất nồng độ chất ly giải phù hợp 2.3 Đánh giá hiệu quy trình ly trích đề xuất Hiệu quy trình ly trích đề xuất nghiên cứu đánh giá thông qua thử nghiệm ly trích so sánh với ly trích thương mại (10 mẫu) ly trích số lượng lớn mẫu thực tế làm xét nghiệm huyết thống cha thu nhận Viện Sinh Học Phân Tử LOCI Số lượng mẫu thử nghiệm 200 mẫu độ tuổi ngẫu nhiên Các mẫu sau ly trích tham gia vào phản ứng PCR kit PowerPlex ®Fusion System phân tích kết Kết bàn luận PowerPlex ®Fusion System kit PCR – STR (Short Tandem Repeat- STRs) cho phép phân tích tính đa hình DNA vi vệ tinh - STR Bộ kit cung cấp phản ứng PCR multiplex khuếch đại 24 vị trí STR nhóm primer có gắn màu huỳnh quang là: Fluorescein, JOE, TMR-ET CXR-ET Sản phẩm PCR phân tích phương pháp điện di mao quản hệ thống ABI 3130 Genetic Analyzer đọc kết phần mềm GeneMapper ID v3.2 Chất lượng dịch DNA ly trích đánh giá thơng qua phản ứng PCR có lên đủ 24 vị trí gen hay khơng; cường độ tín hiệu huỳnh quang vị trí sau phân tích phải cao 50 RFU, ngưỡng tín hiệu kit khuyến cáo tín hiệu thật [7] 3.1 Kết khảo sát quy trình ly trích Ba quy trình ly trích khảo sát có nguyên tắc chung sử dụng chất ly giải kết hợp với nhiệt độ cao giúp phá vỡ tế bào [10], [11], [12] Hình kết phân tích sản phẩm PCR phương pháp cho thấy có khác biệt rõ rệt với phương pháp đối chứng (ly trích ly trích thương mại E.Z.N.A.®Forensic DNA Kit) Bảng cho thấy, quy trình khảo sát khơng có mẫu bị ức chế hồn tồn (khơng có sản phẩm PCR) Kết phù hợp với báo cáo dịch DNA thu ly trích nhanh tham gia vào phản ứng PCR [5, 9, 13] Đồng thời cho thấy khả chạy PCR đối tượng mẫu nhiều tạp chất khuyến cáo kit PowerPlex ®Fusion System [7] So sánh hiệu ly trích phương pháp dựa cường độ huỳnh quang (RFU) trung bình, phần trăm số peak lên cho thấy quy trình ly trích ly trích cột E.Z.N.A.®Forensic DNA Kit có kết tốt với nồng độ huỳnh quang trung bình 631 RFU, tiếp đến ly trích NaOH + SDS với giá trị huỳnh quang trung bình 245 RFU cho đủ sản phẩm PCR 24 vị trí Quy trình sử dụng NaOH triton X100 cho tín hiệu huỳnh quang thấp ngưỡng tín hiệu tin cậy (< 50RFU) khơng có sản phẩm PCR nhiều vị trí Kết phù hợp SDS chất biến tính protein mạnh so với triton NaOH SDS không sử dụng ly trích nhanh http://jst.tnu.edu.vn; Email: jst@tnu.edu.vn Huỳnh Viết Lộc Đtg Tạp chí KHOA HỌC & CƠNG NGHỆ ĐHTN dư lượng SDS lại dịch ly trích gây ức chế phản ứng PCR Do quy trình ly trích có tham gia SDS có bước tinh phía sau Theo báo cáo Daniel cộng (1995), quy trình ly trích SDS, nồng độ SDS cho phép phản ứng PCR diễn 0,005% [8] Trong quy trình thực hiện, nồng độ SDS cuối tồn dư mix PCR 0,001% Có thể thấy rằng, sử dụng quy trình ly trích SDS giúp tăng hiệu ly giải Việc điều chỉnh lượng SDS giai đoạn ly giải pha loãng dịch ly trích nồng độ SDS phù hợp giúp phản ứng PCR thực 3.2 Kết tối ưu nồng độ SDS Trên sở giữ nguyên nồng độ NaOH nồng độ phù hợp cho biến tính protein, nghiên cứu tiến hành điều chỉnh hàm lượng SDS dịch ly trích nhằm tìm nồng độ SDS phù hợp giúp cải tiến quy trình Bảng cho thấy, nồng độ SDS 0,045% 0,035% gây tình trạng ức chế, khơng cho đủ sản phẩm PCR 24 vị trí, tín hiệu huỳnh quang thấp Trong quy trình ly trích ban đầu (có nồng độ SDS 0,025%) lên đủ peak tất vùng, cường độ huỳnh quang trung bình 252 RFU, cho thấy việc tăng nồng độ SDS lên 0,025% khơng khả thi Tại quy trình ly trích chứa 0,025%, 0,015%, 0,01% SDS, cho sản phẩm PCR lên đủ 24 vị trí STR, cho thấy lượng SDS tồn dư dịch ly trích khơng làm ức chế phản ứng Yếu tố khảo sát 225(11): - 10 PCR Cường độ tín hiệu huỳnh quang trung bình sản phẩm PCR 252 RFU, 517 RFU, 567 RFU tương ứng với phần trăm SDS mix PCR 0,001%, 0,0006%, 0,0004% Ở quy trình có lượng SDS dịch ly giải thấp 0,005% cho cường độ tín huỳnh quang thấp 42 RFU, phần trăm peak lên trung bình 67% Do chúng tơi kết luận lượng SDS 0,005% dung dịch ly giải không đủ để phá vỡ tế bào giải phóng DNA Điều chỉnh nồng độ SDS giảm xuống 0,015% 0,01% cho kết PCR tốt quy trình gốc (0,025%) Quy trình có nồng SDS 0,01% cho chiều cao peak trung bình mẫu 567 RFU cao so với phương pháp SDS 0,015% cho giá trị RFU trung bình 517 RFU Phần mềm phân tích kết GeneMapper ID V3.2 khuyến cáo cường độ huỳnh quang hai lần phân tích mẫu dao động thay đổi khoảng 100 RFU tùy thuộc vào phần mềm [7] Do đó, chênh lệch 567 RFU 517 RFU khơng có ý nghĩa gây máy móc q để kết luận có sụt giảm lượng sản phẩm PCR tạo thành Tuy nhiên, để đảm bảo hàm lượng SDS không ảnh hưởng đến phản ứng PCR, lựa chọn nồng độ SDS tối ưu ly trích niêm mạc miệng 0,01% Bảng Kết so sánh hiệu ly trích Quy trình A Quy trình B Quy trình C Triton X100 NaOH NaOH + SDS Quy trình đối chứng Số mẫu ức chế (khơng có sản phẩm PCR) 0 0 Chiều cao peak trung bình mẫu (RFU) 33 33 36 36 45 46 45 42 38 43 242 208 299 198 277 759 661 608 595 530 Chiều cao peak trung bình quy trình (RFU) 37 43 245 631 49 56 38 59 74 67 77 62 49 59 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 55 63 100 100 % số peak lên mẫu Trung bình % số peak lên mẫu http://jst.tnu.edu.vn; Email: jst@tnu.edu.vn Huỳnh Viết Lộc Đtg Tạp chí KHOA HỌC & CƠNG NGHỆ ĐHTN 225(11): - 10 Hình Kết điện di STR mẫu ly trích phương pháp (a) Triton X100 (b) NaOH (c) NaOH + SDS (d) E.Z.N.A.®Forensic DNA Kit (quy trình đối chứng) http://jst.tnu.edu.vn; Email: jst@tnu.edu.vn Huỳnh Viết Lộc Đtg Tạp chí KHOA HỌC & CÔNG NGHỆ ĐHTN 225(11): - 10 Bảng Kết điều chỉnh nồng độ SDS Nồng độ SDS hóa chất ly giải Nồng độ SDS mix PCR Số mẫu ức chế Chiều cao peak trung bình mẫu (RFU) Chiều cao peak TB % số peak lên mẫu TB % số peak lên 0,045% 0,035% 0,025% 0,015% 0,01% 0,005% 42 37 46 47 56 46 56 54 54 64 64 58 142 134 108 119 111 123 97 97 97 97 97 97 209 297 241 277 235 252 100 100 100 100 100 100 546 532 551 544 412 517 100 100 100 100 100 100 470 411 531 655 769 567 100 100 100 100 100 100 47 46 45 36 33 42 67 77 74 59 56 67 Các kết cho phép nghiên cứu kết luận 0,01% SDS dịch ly trích ngưỡng SDS thấp phù hợp cho phép tách chiết DNA từ tế bào niêm mạc miệng Ngồi ra, nghiên cứu cịn ghi nhận báo cáo Daniel nồng độ SDS cho phép phản ứng PCR diễn 0,005% phù hợp cho phản ứng single PCR Trong phản ứng PCR multiplex 24 vị trí sử dụng cho xét nghiệm DNA, tồn dư SDS cho phép mix PCR tối đa 0,001% để đảm bảo không gây ức chế phản ứng PCR 3.3 Đánh giá hiệu quy trình ly trích cải tiến 3.3.1 So sánh quy trình cải tiến với quy trình thương mại (đối chứng) Tiến hành ly trích song song 10 mẫu, chạy PCR so sánh quy trình cải tiến với quy trình ly trích kit thương mại E.Z.N.A.®Forensic DNA Kit Kết cho thấy khơng có mẫu bị ức chế hai phương pháp, phần trăm số peak lên 100% Kết phân tích vị trí STR tương đồng hai quy trình DNA ly trích NaOH + SDS cho sản phẩm PCR kích thước, khơng xuất band DNA phụ Đây kết quan trọng cho thấy dịch DNA ly trích NaOH-SDS 0,01% có chất lượng phù hợp cho xét nghiệm huyết thống Khi so sánh giá trị cường độ huỳnh quang trung bình, quy trình ly trích cải tiến có tín hiệu huỳnh quang trung bình 1658 RFU thấp quy trình thương mại (RFU trung bình 1796) Tuy nhiên, thấp hợp lý có khác độ tinh dịch ly trích Nghiên cứu chấp nhận kết cường độ huỳnh quang trung bình thấp đủ để phân tích kết quả, khơng ảnh hưởng đến độ xác kết 3.3.2 Ly trích thử nghiệm 200 mẫu Tiến hành ly trích thử nghiệm 200 mẫu, đó, 160 mẫu thu từ cá thể ngẫu nhiên, 10 cặp có quan hệ huyết thống (2 mẫu), 10 cặp khơng có quan hệ huyết thống (20 mẫu) Theo khuyến cáo phần mềm phân tích kết Gene Mapper ID v3.2, độ tin cậy tín hiệu peak cao 25 RFU 100% Để hỗ trợ cho việc phân tích kết xác, đảm bảo cho độ nhạy xét nghiệm, đánh giá hiệu quy trình ly trích xây dựng được, nghiên cứu đưa thêm điều kiện 90% peak có chiều cao 100 RFU khơng có peak thấp 50 RFU Các thông số ghi nhận 200 mẫu bao gồm: Số mẫu ức chế; Phần trăm mẫu lên đủ peak 24 vị trí STR; Phần trăm mẫu có tín hiệu peak thấp 100RFU, 50RFU; Độ http://jst.tnu.edu.vn; Email: jst@tnu.edu.vn Huỳnh Viết Lộc Đtg Tạp chí KHOA HỌC & CƠNG NGHỆ ĐHTN xác kết cặp xét nghiệm có khơng có quan hệ huyết thống 225(11): - 10 ứng dụng xét nghiệm huyết thống kit PowerPlex ®Fusion System Hình kết điện di STR mẫu ly trích phương pháp cải tiến Kết bảng cho thấy, khơng có mẫu bị ức chế, 100% mẫu lên đủ 24 vị trí STR Trong số 200 mẫu thử nghiệm, có 13 mẫu có xuất peak có chiều cao 100 RFU chiếm 6,5%, nghĩa 90% mẫu ly trích cho chiều cao peak 100 RFU Trên 13 mẫu này, 11 mẫu có vị trí peak cao 100 RFU vị trí locus Penta E mẫu có vị trí peak cao 100 RFU locus Penta E locus D22S1045 Penta E D22S1045 vị trí khuyến cáo có tín hiệu peak thấp [7] Ở 20 cặp mẫu biết quan hệ huyết thống, kết trả trùng khớp Thơng qua việc ly trích 200 mẫu, kết luận quy trình ly trích thơ SDS NaOH mà nghiên cứu cải tiến cho phép ly trích DNA từ niêm mạc miệng Sản phẩm ly trích tham gia hiệu vào phản ứng PCR Hình Kết điện di STR mẫu ly trích SDS +NaOH cải tiến Bảng Kết đánh giá hiệu ly trích 200 mẫu STT 01 02 03 05 06 07 Chỉ tiêu đánh giá Số mẫu ức chế Phần trăm mẫu lên đủ peak 24 vị trí STR Phần trăm mẫu có chiều cao peak 100 RFU Phần trăm mẫu có chiều cao peak 50 RFU 10 cặp cha 10 cặp không cha Kết % ( 200 mẫu) 100% ( 200 mẫu) 93,5% ( 200 mẫu) 100% ( 200 mẫu) Có quan hệ huyết thống Khơng có quan hệ huyết thống Kết luận Đạt Đạt Đạt Đạt Đạt Đạt Bảng Quy trình ly trích DNA niêm mạc miệng đề xuất Cơng thức pha đệm ly giải: - NaOH : 50 mM - SDS: 0,01% Quy trình ly trích: - Ủ mẫu với dịch ly giải 95oC/15 phút - Trung hòa 60 μl 1M Tris pH8 - Pha loãng lần TE1X Kết luận Thông qua kết thu từ nghiên cứu, đề xuất quy trình ly trích DNA từ niêm mạc miệng - ứng dụng xét nghiệm quan hệ huyết thống bảng Quy trình ly trích DNA từ mẫu niêm mạc miệng cho thấy ưu điểm trội so với kit ly trích thị trường nay: - Thao tác kỹ thuật đơn giản hai bước thực hiện, rút ngắn thời gian ly trích - Giảm giá thành ly trích đáng kể khoảng 5.000 VNĐ/1 mẫu so với giá thành kit ly trích bán thị trường 50.000 – 80.000 VNĐ/1 mẫu - Xây dựng quy trình ly trích áp dụng thực tế giúp ta chủ động mặt kỹ thuật, tránh phụ thuộc vào kit ly trích nước ngồi http://jst.tnu.edu.vn; Email: jst@tnu.edu.vn Huỳnh Viết Lộc Đtg Tạp chí KHOA HỌC & CƠNG NGHỆ ĐHTN Trong trình khảo sát nồng SDS phù hợp, nghiên cứu rút kết luận dịch DNA tham gia phản ứng PCR multiplex, tồn dư SDS mix PCR tối đa 0,001% để đảm bảo không gây ức chế phản ứng PCR TÀI LIỆU THAM KHẢO/ REFERENCES [1] O Nick, "The Basics: How Phenol Extraction Works," 2015 [Online] Available: http://bitesizebio.com/384/the-basics-howphenol-extraction-works [Accessed Aug 25, 2015] [2] S Berensmeier, “Magnetic particles for the separation and purification of nucleic acids,” Applied Microbiology and Biotechnology, vol 73, no.3, pp 495-504, 2006 [3] M Miura et al., “Comparison of six commercially-available DNA polymerases for direct PCR,” Rev Inst Med Trop Sao Paulo, vol 55, no 6, pp 401-406, 2013 [4] B K Milko, “Mutants of Taq DNA polymerase resistant to PCR inhibitors allow DNA amplification from whole blood and crude soil samples,” Nucleic Acids Research, vol 37, no 5, pp 40-58, 2009 [5] M S Adamowicz1 et al., “Evaluation of Methods to Improve the Extraction and Recovery of DNA from Cotton Swabs for Forensic Analysis,” Plos one, vol 9, p 2, 2014 [6] L Moore, “Evaluation of buccal cell collection protocols for genetic susceptibility 10 225(11): - 10 studies,” Biomarkers, vol 6, no 6, pp 448454, 2001 [7] PowerPlex® Fusion System Technical Manual, Promega Corporation, TMD039, 2017 [8] Daniel, “A Simple "Universal" DNA Extraction Procedure Using SDS and Proteinase K Is Compatible with Direct PCR Amplification,” Genome Research, vol 4, pp 368-370, 1995 [9] B Richards “Multiplex PCR amplification from the CFTR gene using DNA prepared from buccal brushes/swab,” Human Molecular Genetics, vol 2, no 2, pp 159163, 1992 [10] M Klintschar, and F Neuhuber, “Evaluation of an alkaline lysis method for the extraction of DNA from whole blood and forensic stains for STR analysis,” J Forensic Sci, vol 45, pp 669-673, 2000 [11] A H Walker et al., “Collection of Genomic DNA by Buccal Swabs for Polymerase Chain Reaction-Based Biomarker Assays,” Environmental Health Perspectives, vol 107, pp 517-520, 1999 [12] K Sung et al., “A simple and effcient Triton X-100 boiling and chloroform extraction method of RNA isolation from Gram-positive and Gram-negative bacteria,” FEMS Microbiology Letters, vol 229, pp 97-101, 2003 [13] J M Walker, The Protein Protocols Handbook (Third Edition) New York (NY): Springer-Verlag New York, LLC, 2009 http://jst.tnu.edu.vn; Email: jst@tnu.edu.vn ... trích DNA từ niêm mạc miệng - ứng dụng xét nghiệm quan hệ huyết thống bảng Quy trình ly trích DNA từ mẫu niêm mạc miệng cho thấy ưu điểm trội so với kit ly trích thị trường nay: - Thao tác kỹ thuật... Có quan hệ huyết thống Khơng có quan hệ huyết thống Kết luận Đạt Đạt Đạt Đạt Đạt Đạt Bảng Quy trình ly trích DNA niêm mạc miệng đề xuất Công thức pha đệm ly giải: - NaOH : 50 mM - SDS: 0,01% Quy. .. hiệu quy trình ly trích đề xuất Hiệu quy trình ly trích đề xuất nghiên cứu đánh giá thơng qua thử nghiệm ly trích so sánh với ly trích thương mại (10 mẫu) ly trích số lượng lớn mẫu thực tế làm xét