xây dựng phương án tách dòng gen mã hóa nattokinase từ chủng bacillus subtilis phân lập được

BÁO CÁO THÍ NGHIỆM TIN SINH HỌC XÂY DỰNG PHƯƠNG ÁN TÁCH DỊNG GEN MÃ HĨA NATTOKINASE TỪ CHỦNG BACILLUS SUBTILIS PHÂN LẬP ĐƯỢC Họ tên: Bùi Thị Kim Loan Lớp: KTSH.02 – K62 MSSV: 20174889 GVHD: GS Nguyễn Văn Cách Nội dung Nattokinase Quy trình phương pháp thực tách dòng gene Nattokinase -Nattokinase enzyme chiết xuất từ ăn Nhật gọi natto Nattō làm từ đậu nành lên men tiêu thụ Nhật Bản cách khoảng 1000 năm Protein gồm có 362 axit amin -Mặc dù tên gọi nattokinase enzym kinase, mà serine protease thuộc nhóm subtilisin, chiết xuất từ trực khuẩn Bacillus subtilis Nó thể hoạt tính tiêu fibrin (làm tan cục máu đơng) mạnh Nattokinase sản xuất phương pháp gen tái tổ hợp ni cấy đợt, thay dựa vào việc chiết xuất từ Nattō Tìm kiếm thơng tin sở liệu NCBI Để có thêm nhiều thông tin, hiểu biết nattokinase, ta truy cập vào sở liệu để tìm báo Tìm báo có nghiện cứu B.Subtilis có khản sản xuất nattokinase -Đường link: https://pubmed.ncbi.nl m.nih.gov/?term=gene %20nattokinase Tìm kiếm thông tin sở liệu NCBI Bài báo 1: Nattokinase – enzyme làm tan máu đơng phịng ngừa bệnh tim mạch -Đường link: https://pubmed.ncbi.nlm nih.gov/28264497/ https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/?term=gene%20nattokinase Tìm kiếm thông tin sở liệu NCBI Bài báo : Sàng lọc từ đậu nành lên men truyền https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/?term=gene%20nattokinase thống cảm ứng sản xuất nattokinase B.subtilis MX-6 -Đường link: https://pubmed.ncbi.nlm.n ih.gov/29411244/ Quy trình phương pháp Bước 1: Tìm thơng tin đoạn gen mã hóa nattokinase chủng B.subtilis để chạy Clustal Omega chọn vùng bảo thủ -Truy cập: NCBI/Nucleotide/gene nattokinase -Đường link: https://www.ncbi.nlm.nih.g ov/nuccore/?term=gene%2 0nattokinase https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/?term=gene%20nattokinase Tìm thơng tin gene mã hóa nattokinase https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/?term=gene%20nattokinase 1.Locus: KJ174339 – độ dài: 1151 bp Chủng: B.subtilis MTCC – 1427 Chọn FASTA để thấy cấu trúc nucleotide -Đường link:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/KJ174339.1?report=fasta Tìm thơng tin gene mã hóa nattokinase 2.Locus: KY576911 – độ dài: 1473 bp -Chủng: B.subtilis MX6 -Đường link:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/KY576911.1?report=fasta Tìm thơng tin gene mã hóa nattokinase 3.Locus: JN392072 – độ dài: 1146 bp -Chủng: B.subtilis LSSE-22 -Đường link: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/JN392072.1?report=fasta Tìm thơng tin gene mã hóa nattokinase 3.Locus: KJ205600 – độ dài: 1150 bp -Chủng: B.subtilis KK-2B10 -Đường link: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/KJ205600.1?report=fasta Tìm thơng tin gene mã hóa nattokinase 3.Locus: KJ205599 – độ dài: 1152 bp -Chủng: B.subtilis S1 -Đường link: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/KJ205599.1?report=fasta Chạy Clustal Omega tìm đoạn bảo thủ Bước 2: Chạy chương trình Clustal Omega chọn vùng bảo thủ -Đường link: https://www.ebi.ac uk/Tools/msa/clus talo/ Chọn DNA Dán đoạn fasta chọn vào Chạy Clustal Omega tìm đoạn bảo thủ Sau ấn Submit, chờ vài phút kết chạy xuất hình Thấy có xuất vùng bảo thủ vùng có nhiều dấu *** Đây so sánh cấu trúc dạng local Ta chọn vùng bảo thủ dài để thiết kế mồi Thiết kế mồi Bước 3: Thiết kế mồi Giả sử KJ174339 mẫu gần với chủng cần tách dòng Chọn KJ174339 khuôn để thiết kế mồi -Lựa chọn vùng từ nu thứ đến nu thứ 62 để thiết kế mồi xuôi -Lựa chọn vùng từ nu 1110 đến nu thứ 1148 để thiết kế mồi ngược Thiết kế mồi BLAST - primer Sử dụng chương trình Primer – BLAST để thiết kế mồi Đường link: https://www.nc bi.nlm.nih.gov/t ools/primerblast/ Lựa chọn tạo mồi Lựa chọn độ dài sản phẩm PCR, ta bỏ trống Lựa chọn nhiệt độ gắn mồi Thiết kế mồi BLAST – primer - Kết Thiết kế mồi BLAST – primer - Kết Chạy PCR ảo Sequence Manipulation Suite: PCR products Bước 4: Chạy PCR ảo Chọn mồi để chạy PCR ảo cho mạch khuôn KJ174339 KY576911 Chạy PCR ảo Sequence Manipulation Suite: PCR products KJ174339 Chạy PCR ảo Sequence Manipulation Suite: PCR products KY576911 Kiểm tra kết chạy PCR ảo Bước 5: Kiểm tra đặc tính kết PCR ảo BLAST -Đường link:https://blast.n cbi.nlm.nih.gov/Bl ast.cgi?PROGRAM =blastx&PAGE_TY PE=BlastSearch&L INK_LOC=blastho me Kết chạy PCR ảo Kiểm tra kết chạy PCR ảo cách BLAST từ nucleotide -> protein Vậy kết chạy PCR ảo có độ tương cao với enzyme nattokinase Kết luận Như vậy, kết chạy PCR ảo cho thấy biểu tính trạng sinh enzyme nattokinase Tuy nhiên, chương trình chạy mang tính dự đốn thiết kế đoạn mồi để phục vụ cho thí nghiệm thực tế Trên thực tế làm thí nghiệm đoạn mồi khơng cho kết chạy chạy PCR thật Thank you for watching ... NCBI/Nucleotide/gene nattokinase -Đường link: https://www.ncbi.nlm.nih.g ov/nuccore/?term=gene%2 0nattokinase https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/?term=gene%2 0nattokinase Tìm thơng tin gene mã hóa nattokinase. .. tin gene mã hóa nattokinase 2.Locus: KY576911 – độ dài: 1473 bp -Chủng: B .subtilis MX6 -Đường link:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/KY576911.1?report=fasta Tìm thơng tin gene mã hóa nattokinase. .. tin gene mã hóa nattokinase 3.Locus: KJ205600 – độ dài: 1150 bp -Chủng: B .subtilis KK-2B10 -Đường link: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/KJ205600.1?report=fasta Tìm thơng tin gene mã hóa nattokinase