ỨNG DỤNG kỹ THUẬT GIẢI TRÌNH tự GEN THẾ hệ mới NGHIÊN cứu đặc điểm bộ GEN của một số CHỦNG ENTEROVIRUS 71 gây BỆNH CHÂN TAY MIỆNG ở VIỆT NAM năm 2011 – 2013

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ Y TẾ TRƯỜNG ĐẠI HỌC Y HÀ NỘI NGUYỄN THỊ HOA øNG DôNG Kỹ THUậT GIảI TRìNH Tự GEN THế Hệ MớI NGHIÊN CứU ĐặC ĐIểM Bộ GEN CủA MộT Số CHủNG ENTEROVIRUS 71 G¢Y BƯNH CH¢N TAY MIƯNG ë VIƯT NAM N¡M 2011 – 2013 LUẬN VĂN TỐT NGHIỆP BÁC SĨ NỘI TRÚ HÀ NỘI – 2017 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ Y TẾ TRƯỜNG ĐẠI HỌC Y HÀ NỘI NGUYN TH HOA ứNG DụNG Kỹ THUậT GIảI TRìNH Tự GEN THế Hệ MớI NGHIÊN CứU ĐặC ĐIểM Bộ GEN CđA MéT Sè CHđNG ENTEROVIRUS 71 G¢Y BƯNH CH¢N TAY MIÖNG ë VIÖT NAM N¡M 2011 – 2013 Chuyên ngành: Vi sinh Mã số: NT 62726805 LUẬN VĂN TỐT NGHIỆP BÁC SĨ NỘI TRÚ Người hướng dẫn khoa học: 1.PGS.TS Nguyễn Vũ Trung 2.TS Lê Thị Hội HÀ NỘI – 2017 MỤC LỤC DANH MỤC BẢNG DANH MỤC HÌNH DANH MỤC SƠ ĐỒ ĐẶT VẤN ĐỀ Trong năm gần đây, bệnh Tay chân miệng (TCM) trở thành vấn đề quan tâm hàng đầu nước giới, nước phát triển, có Việt Nam Do gia tăng bệnh, số người nhập viện ngày nhiều dẫn đến tình trạng tải nhiều bệnh viện Trong đó, nhận thức thực hành biện pháp phòng bệnh người dân hạn chế tập quán ăn uống sinh hoạt người dân chưa đảm bảo vệ sinh Đến nay, chưa tìm phương pháp điều trị vắc xin dự phòng cách hiệu Các vụ dịch TCM thường xảy hàng năm từ tháng đến tháng 11 Enterovirus 71 (EV-A71) nguyên quan trọng liên quan đến vụ dịch TCM khắp nơi khu vực Châu Á Thái Bình Dương Việt Nam [1].Vụ dịch năm 2011 2013 với số ca mắc hàng năm 100 000 người, gây tử vong 200 trẻ, nguyên phân lập chủ yếu Enterovirus 71 (EV-A71) với 68%, chủng lưu hành có genotype C4 C4A Cho đến nay, nhà khoa học chưa hiểu rõ đặc điểm di truyền chủng EV-A71 gây bệnh TCM vụ [2] Các vụ dịch TCM EV-A71gây nên, đặc biệt nhóm, nhóm, đơi kèm theo tái tổ hợp di truyền chủng Do đó, hiểu biết thay đổi gen EV-A71 cần thiết, đóng vai trò việc nghiên cứu dịch tễ học, chẩn đoán, điều trị phát triển vắc-xin phòng bệnh Có nhiều kỹ thuật xác định thay đổi di truyền chủng vi rút nói chung, có EV-A71 Trong năm gần giải trình tự gen hệ (NGS) cơng nghệ giúp giải mã nhanh chóng xác toàn bộ gen EV-A71 Mặc dù kỹ thuật NGS phát triển từ năm 2005, Việt Nam kĩ thuật có nghiên cứu ứng dụng kĩ thuật vào phân tích đặc điểm di truyền EV-A71 Chính chúng tơi tiến hành đề tài “Ứng dụng kỹ thuật giải trình tự gen hệ nghiên cứu đặc điểm gen số chủng enterovirus 71 gây bệnh chân tay miệng việt nam năm 2011 – 2013” Với mục tiêu: Xác định trình tự tồn bộ gen số chủng EV-A71 gây bệnh TCM Việt Nam năm 2011 – 2013 kỹ thuật giải trình tự gen hệ So sánh biến đổi mặt di truyền chủng EV-A71 CHƯƠNG TỔNG QUAN 1.1 Bệnh Tay Chân Miệng 1.1.1 Sơ lược bệnh TCM Bệnh TCM có thời gian ủ bệnh trung bình từ đến ngày Đầu tiên, vi rút thường cư trú niêm mạc má hay niêm mạc hồi tràng sau 24 giờ, vi rút lan đến hạch bạch huyết Nhiễm vi rút huyết thường xảy nhanh chóng sau vi rút di chuyển đến niêm mạc miệng da Vào ngày thứ sau nhiễm bệnh, kháng thể trung hòa tăng cao vi rút bị thải loại Các dấu hiệu tiền triệu bao gồm sốt nhẹ, mệt mỏi, đau bụng đau miệng Trong giai đoạn tồn phát, bệnh nhân có biểu sốt, đau đầu, nôn, mệt mỏi, đau họng, loét miệng, ăn không ngon, tiêu chảy Khám thấy vết loét, xung quanh có viền đỏ, thường niêm mạc miệng, thấy lưỡi, vòm họng, lưỡi gà, a-mi-đan, lợi da lòng bàn tay, bàn chân kẽ ngón tay, ngón chân Ở trẻ em tuổi, triệu chứng điển hình người lớn Các tổn thương da ban đầu thường dạng dát sau nhanh chóng tiến triển thành nước hình oval, đường kính từ 210mm, màu xám ban hồng Ở trẻ sơ sinh, tổn thương thân mình, đùi mơng Trong trường hợp khơng điển hình có nước xen kẽ với hồng ban, có hồng ban mà khơng có nước lt miệng đơn Một số trường hợp có biến chứng hệ thần kinh trung ương Biểu lâm sàng thường hay gặp viêm màng não, liệt mềm cấp, viêm não Các biến chứng gặp bao gồm điều hòa tiểu não, hội chứng GuillainBarré, viêm tủy cắt ngang, tăng áp lực nội sọ lành tính, tỷ lệ tử vong số trường hợp mắc từ 40-80% Các biến chứng khác phù phổi cấp, xuất huyết, suy tuần hồn Nhiều biến chứng phối hợp xảy bệnh nhân Bệnh TCM thường xảy thành dịch từ nhỏ đến lớn đe dọa sức khỏe tính mạng trẻ em Y văn giới ghi nhận vụ dịch TCM xảy Đài Loan, Trung Quốc, Singapore Tại Việt Nam, giai đoạn 2011-2013 số ca mắc tử vong bệnh TCM tăng đột biến, đó, chưa tìm phương pháp điều trị vắc xin dự phòng - + + - Phân độ lâm sàng [4], [5]: + Độ 1: Chỉ loét miệng và/hoặc tổn thương da + Độ 2: Biến chứng thần kinh tim mạch mức độ trung bình • Rung giật • Đi loạng choạng • Ngủ gà • Yếu liệt chi • Mạch nhanh >150 lần/phút (khi trẻ nằm n khơng sốt) • Sốt cao ≥ 3905C (nhiệt độ hậu môn) Độ 3: Biến chứng nặng thần kinh, hơ hấp, tim mạch • Co giật, mê (Glasgow < 10 điểm) • Khó thở: Thở nhanh, rút lõm ngực, SpO2 < 92% (không oxy hỗ trợ) • Mạch nhanh >170 lần/phút tăng huyết áp Độ 4: Biến chứng nặng, khó hồi phục • Phù phổi cấp • Sốc, truỵ mạch • SpO2 < 92% với oxy qua gọng mũi lít/phút • Ngừng thở Phân loại mức độ bệnh [6]: + Bệnh nhẹ: bệnh nhân độ độ 2a + Bệnh nặng: bệnh nhân từ độ 2b trở lên 1.1.2 Tác nhân gây bệnh TCM [7] Bệnh TCM nhóm vi rút đường ruột (Enterovirus) gây nên Enterovirus gây bệnh cho người gồm nhóm: Poliovirus (PV), Coxsackievirus A (CVA), Coxsackievirus B (CVB), Echovirus (ECV) Enterovirus 68 đến 71 (EV68-71) Trong đó, tác nhân chủ yếu gây bệnh TCM EV-A71và CVA16 EV-A71 gây biến chứng thần kinh nặng dẫn đến tử vong, vi rút đường ruột khác thường thể nhẹ 1.1.3 Một số kĩ thuật phát EV-A71 phòng xét nghiệm Các mẫu bệnh phẩm dùng để xác định nguyên bao gồm phân, dịch ngoáy họng, ngốy hậu mơn, dịch nốt dịch não tuỷ Mỗi loại bệnh phẩm có ưu nhược điểm riêng - Nuôi cấy Nuôi cấy vi rút kỹ thuật gây nhiễm vi rút (có mẫu bệnh phẩm) lên dòng tế bào ni thích hợp nhằm tăng sinh phát triển, từ xác định vi rút Dòng tế bào thích hợp cho nuối cấy Enterovirus nói chúng tế bào L20B có nguồn gốc từ tế bào Lympho chuột tế bào RD có nguồn gốc từ sarcom mô liên kết người - Phản ứng trung hòa Phát kháng thể IgM kháng EV-A71 phát triển, cho kết dương tính giả giá trị dự báo dương tính thấp - Kỹ thuật miễn dịch huỳnh quang Kỹ thuật miễn dịch huỳnh quang gián tiếp: gián tiếp sử dụng kháng thể đơn dòng kháng EV-A71 cho kết nhanh giá thành cao [8] [9] - Kỹ thuật khuếch đại gen kỹ thuật RT – PCR (Reverse transcription – polymerase chain reaction) Một số tác giả sử dụng cặp mồi cặp mồi MD91/MD90 khuyếch đại vùng gen đầu 5’UTR PCR primers cặp mồi MAS01S/MAS02A khuếch đại vùng gen VP1 [10] - Kỹ thuật giải trình tự gen 10 Kỹ thuật giúp định danh nhanh chóng xác loại vi rút có trình tự riêng biệt, khơng trùng lẫn với lồi khác Các phương pháp giải trình tự gen cổ điển 1.1.4 Điều trị bệnh TCM - Nguyên tắc điều trị [4]: Hiện chưa có thuốc điều trị đặc hiệu, điều trị hỗ trợ (không dùng kháng sinh bội nhiễm) Theo dõi sát, phát sớm điều trị biến chứng Bảo đảm dinh dưỡng đầy đủ, nâng cao thể trạng - Điều trị cụ thể [4]: + Độ 1: • Điều trị ngoại trú theo dõi y tế sở • Tái khám 1-2 ngày 5-10 ngày đầu bệnh • Dặn dò dấu hiệu nặng cần tái khám ngay: Sốt cao ≥ 39 0C; thở nhanh, khó thở; rung giật cơ, chới với, run chi, quấy khóc, bứt rứt khó ngủ; Co giật, hôn mê; yếu liệt chi; da vân tím + - Chỉ định nhập viện: • Biến chứng thần kinh, tim mạch, hơ hấp (từ độ 2) • Sốt cao ≥ 390C • Nơn nhiều • Nhà xa: khơng có khả theo dõi, tái khám Độ 2: Điều trị nội trú bệnh viện huyện tỉnh + Điều trị độ + Nằm đầu cao 30o, cổ thẳng + Điều trị chống suy hô hấp, co giật + Immunoglobµlin (nếu có) + Theo dõi mạch, nhiệt độ, huyết áp, nhịp thở, tri giác, ran phổi, mạch 71 4.1.3.3 Vùng gen mã hóa Protein khơng cấu trúc P2 Protein P2 chứa vùng gen 2A, 2B, 2C có kích thước 450 nt, 296nt, 987nt Kết tương tự nghiên cứu M Steven Oberste vùng 2A có 450 nt, vùng 2B có 297nt, vùng 2C có 987 nt [34] Điều giải thích chúng tơi tác giả nghiên cứu chủng EV – A71 phân lập đối tượng bệnh nhân nhi bị bệnh TCM nên có điểm tương đồng gen 4.1.3.4 Vùng gen mã hóa protein khơng cấu trúc P3 Protein P3 chứa vùng gen 3A, 3B, 3C, 3D có chiều dài 258nt, 66nt, 549nt, 1386nt Kết tương tự nghiên cứu M Steven Oberste với kết vùng gen 3A, 3B, 3C, 3D tương ứng 258nt, 66nt, 549nt, 1386nt [34] 4.1.3.5 Vùng 3’UTR Vùng 3’UTR vùng tương đối ngắn vùng khơng mã hóa đóng vai trò quan trong q trình nhân lên vi rút Kết chúng tơi cho thấy chiều dài trung bình vùng 3’ UTR 80nt Kết tương tự với kết nghiên cứu Ying Wang vùng 3’UTR có chiều dài 81nt [37], nghiên cứu Yan Zhang vùng 3’UTR có chiều dài 82nt [38] Do chúng tơi tác giải nghiên cứu chủng EV – A71 gây bệnh TCM người vào vùng thời gian, đất nước có vị trí địa lý tương đối gần nhau.Các tác giả giải trình tự chủng EV – A71 thuộc type C4 bệnh nhân nhi tử vong TCM năm 2012 Trung Quốc 4.1.3.6 Vùng 5’UTR Đây vùng khơng tham gia mã hóa, có kích thước từ 652 đến 745 nt, chiều dài trung bình 738nt Kết chúng tơi tương tự với kết tác giả Linlin Li cho thấy chiều dài 5’UTR EV – A71 616nt Kết nghiên cứu chúng tơi có nhiều khác biệt với nghiên cứu Jen-Ren 72 Wang, chiều dài vùng 5’UTR từ 98 đến 745 nt, chiều dài trung bình 641nt, thấp so với nghiên cứu chúng tơi [35] Sự khác biệt khác cỡ mẫu nghiên cứu, quần thể nghiên cứu khác thời gian thu mẫu khác nghiên cứu 18 chủng EV – A71 phân lập Việt Nam từ 2011 – 2013, tác giả nghiên cứu 75 chủng EV – A71 phân lập từ 1998 đến 2000 4.2 Sự biến đổi mặt di truyền chủng EV – A71 4.2.1 Sự biến đổi di truyền dựa vào trình tự toàn bộ gen chủng EV – A71 Sơ đồ 3.1 Cây phát sinh loài dựa vào toàn bộ gen chủng EV – A71 giải trình tự chúng tơi thấy chủng EV – A71 giải trình tự nằm nhánh gần nhau, nằm phía phát sinh lồi, chúng có chung nguồn gốc Các chủng thu nhận thời điểm vụ dịch năm 2012, bệnh nhân nhi bị TCM có phân độ lâm sàng nặng độ Bên cạnh chủng thu nhận từ bệnh nhân đến từ tỉnh miền Nam, thuộc khu vực đồng Sông Cửu Long khu vực Đơng Nam Bộ Đây khu vực có vị trí đặc điểm vùng miền tương đối giống vị trí địa lý gần nước ta Chủng số 39 45 thuộc type C3 phân lập bệnh nhân bị TCM độ 3, chủng số 32 thuộc type C4 phân lập bệnh nhân bị TCM độ 4, chúng nằm nhánh riêng biệt khác nhau, chủng chủng lấy từ bệnh nhân thuộc tỉnh thuộc khu vực đồng sông Cửu Long, nhiên gần gũi chúng với chủng khác khu vực chủng type Các chủng 114, 153 thuộc type C3 phân lập từ bệnh nhân thuộc khu vực đồng sông Cửu Long Đông Nam Bộ chủng 152 thuộc type C4 phân lập từ bệnh nhân tỉnh đồng sơng Cửu Long xếp nhóm chúng có gần gũi mặt di truyền chủng 73 thu thập bệnh nhân nặng thời điểm tương tự Trên phát sinh loài, chủng xếp gần với chủng KC296443.1_ Enterovirus_A71_strain_HCM82-VNM-2011 Đây chủng thuộc type C4 phân lập từ bệnh nhân nhi bị TCM độ 2B thành phố Hồ Chí Minh cũng vào thời điểm 2011, tất chủng vụ dịch TCM [39], gợi ý di cư chủng vùng miền đất nước ta Các chủng 150, 151, 30 chủng thuộc type C4 nằm nhóm với chủng 34 thuộc type C3 Các chủng nhóm phân lập từ bệnh nhân thuộc vùng đồng sông Cửu Long nhóm với chủng KP308460.1_Enterovirus_A71_strain_EV71/Homo_sapiens/KHM/400/XXX X Đây chủng phân lập từ bệnh nhân bị TCM Campuchia thời điểm năm 2012, gợi ý lây lan chủng từ Việt Nam sang Campuchia Chủng KP691665.1_Enterovirus_A71_isolate_VN152/2011 công bố tìm thấy bệnh nhân nhi bị TCM TP Hồ Chí Minh năm vụ dịch năm 2011 chủng tham chiếu BJ398 HM 002489 chủng phân lập tỉnh ChaoYang Bắc Kinh Trung Quốc năm 2009 bệnh nhân nhi bị TCM EV – A71 thuộc type C4 nằm gần với các chủng nghiên cứu, gợi ý chủng có quan hệ gần gũi Các chủng nghiên cứu nằm nhánh cách xa với chủng KC296443_Enterovirus_A71_strain_HCM82-VNM-2011 công bố thành phố Hồ Chí Minh năm 2011 Cho thấy khác biệt lớn đặc điểm di truyền chủng chủng cơng bố Điều giải thích chủng KC 296443 chủng EV – A71 thuộc type C4, phân lập bệnh nhân nhi tuổi bị bệnh TCM mức độ lâm sàng nhẹ 2B [38] Từ phát sinh lồi dựa vào trình tự tồn bộ gen chủng nghiên cứu cho thấy chủng chúng tơi có khác biệt lớn với chủng EV–A71 khu vực giới chủng FJ172159.1_ Human_ enterovirus_71_isolate_NUH0075/SIN/08 FJ461781.1_Human_ enterovirus_ 74 71_isolate_NUH0083/SIN/08 AF352027.1_Enterovirus_5666/sin/002209 thuộc type B5 Singapore gây bệnh TCM có biểu Viêm màng não phân lập từ bệnh phẩm bệnh nhân tử vong, chủng JF738001.1_ Human_enterovirus_71_isolate_THA-EV71-019 thuộc type B5 JF738002.1_ Human_enterovirus_71_isolate_ THA-EV71-044 thuộc type C4 Thái Lan, DQ341367.1_ DQ341368.1_Human_ Human_ enterovirus_71_isolate_MY821-3-SAR-97 enterovirus_ 71_isolate_MY104-9-SAR-97 Malaysia, chủng khác Brunei, Hồng Kong, Thượng Hải, Nhật Bản, Hàn Quốc, Úc Do khác biệt khoảng cách địa lý, đất nước có đặc điểm riêng biệt, thời gian thu thập chủng khác mức độ gây biểu lâm sàng bệnh khác 4.2.2 Sự biến đổi mặt di truyền dựa trình tự vùng gen chủng EV – A71 4.2.2.1 Vùng VP1 Tỷ lệ tương đồng nucleotid vùng VP1 với chủng tham chiếu 86% đến 98%.Tỷ lệ tương đồng tương đối cao, khả có đột biến hay tái tổ hợp giữ nucleotid thấp Theo phân tích Celeste tồn hơn 200 chủng EV – A71,được giải trình tự vùng VP1 chủng giải trình tự tồn bộ gen chủng phân lập vào thời điểm năm 2011 đến năm 2013 khơng thấy xuất đột biến tái tổ hợp di truyền giữ chủng [41] Kết tương đương với kết tác giả Shin-Ru Shih phân tích vùng VP1 25 chủng EV 71 bệnh nhân tử vong không tử vong TCM Đài Loan năm 1999, cho thấy tỷ lệ tương đồng chủng 97%, theo tác giải có 98% tương đồng virus nhóm genotype B type C, 96% genotype nhóm B BrCr Theo nghiên cứu Linlin Li, tỷ lệ tương đồng vùng VP1 từ 92,7 % đến 100% [42] Kết thấp kết Lê Phan Kim Thoa cộng tiến hành so sánh tương đồng 75 chủng nghiên cứu chủng tham chiếu có kết tương đồng từ 80% đến 90% [38] Sơ đồ 3.2 Cây phát sinh loài dựa trình tự vùng gen VP1 chủng EV – A71 thấy chủng nghiên cứu nằm gần tạo thành nhóm cho thấy gần gũi mặt di truyền gợi ý chúng có chung nguồn gốc mặt di truyền Điều giải thích chủng chúng tơi phân lập từ bệnh nhân TCM biểu lâm sàng mức độ nặng độ 4, bên cạnh chủng phân lập từ vùng địa lý gần nhau, tính chất vùng miền tương tự Kết sơ đồ 3.2 cho ta thấy hầu hết chủng nghiên cứu nằm gần với chủng tham chiếu BJ398 HM 002489 chủng phân lập tỉnh ChaoYang Bắc Kinh Trung Quốc năm 2009 bệnh nhân nhi bị TCM EV – A71 thuộc type C4 phân lập từ bệnh nhân bị TCM có biểu lâm sàng độ Vùng VP1 vùng gen quan trọng định yếu tố độc lực EV – A71, chủng gây bệnh TCM mức độ nặng, chúng có chung nguồn gốc Có thể cho thấy lây lan chủng virus từ Trung Quốc sang Việt Nam Tương tự với kết phát sinh loài dựa toàn bộ gen EV – A71 cho thấy chủng nghiên cứu nằm cách xa với chủng châu Á nước giới Singapore, Brunei, Nhật Bản, Hàn Quốc, Úc Các chủng gây bệnh TCM mức độ lâm sàng khác nhau, thu thu thập mẫu thời điểm khác Có thể lý mà khơng nhận thấy gần gũi mặt di truyền phát sinh loài với chủng nghiên cứu Cây phát sinh loài dựa toàn bộ gen dựa vùng gen VP1 có khác biệt Chủng KC296443.1_Enterovirus_A71_strain_HCM84-VNM2011 KP691665.1_Enterovirus_A71_isolate_VN152/2011 chủng công bố tìm thấy TP Hồ Chí Minh năm 2011 chủng KP308460.1_Enterovirus_A71_strain_EV71/Homo_sapiens/KHM/400/ XXXX phâm lập Campuchia năm 2012 không nằm gần với hầu hết 76 chủng nghiên cứu mà nằm nhóm riêng với chủng 30 Điều lí giải dựa vào đặc điểm địa lý khả gây bệnh chủng EV – A71 chủ yếu gây bệnh nặng độ 2B, 4.2.2.2 Các vùng gen khác Vùng VP2, VP3, VP4 Tỷ lệ % nucleotid tương đồng vùng 97,6 – 98,6%; 97,5 – 98,2%; 97,4 – 98,3% Tương tự kết tác giả Lê Phan Kim Thoa % nucleotid tương đồng vùng VP4 80,7 – 98,6 %, vùng VP2 80,7 – 98, 7%, vùng VP3 80,4 – 97,9%.Kết chúng tơi có khác biệt với kết tác giả Linlin Li với % nucleotid tương đồng vùng VP4 85, 5–100%, vùng VP2 66 –78, %, vùng VP3 88,1– 93,2% 4.2.2.3 Vùng gen mã hóa protein không cấu trúc P2 Protein P2 chứa vùng gen 2A, 2B, 2C có tỷ lệ % nucleotid tương đồng 92,4 – 94%; 96 – 98%; 98,2 – 99,2% Các chủng nghiên cứu chủng EV – A71 thu thập từ bệnh nhân TCM mức độ lâm sàng 4, type thuộc nhóm C nên độ tương đồng tương đối cao Tương tự với kết chúng tôi, kết nghiên cứu Linlin Li cho thấy % nucleotid tương đồng vùng 2A 93.8–98.0, vùng 2B 90.5–98.0, vùng 2C 94.7–98.2 Kết nghiên cứu Lê Phan Kim Thoa 2A 77,3 – 98%, 2B 73,4 – 97,3%, 2C 78,8 – 97%, kết khác so với nghiên cứu chúng tôi, tác giả nghiên cứu chủng EV – A71 từ nhiều nhóm type khác [38] 4.2.2.4 Vùng gen mã hóa protein khơng cấu trúc P3 Tỷ lệ phần trăn nucleotid tương đồng 98,1 – 99,2%; 95 – 98%; 98,5 – 100%; 96,5 – 97,8% tương tự với kết Linlin Li với % nucleotid tương đồng vùng 3A 91,3–98,8%, vùng 3B 31,6–73,7%; vùng 3C 91,9–97,7%; vùng 3D 92,7–96,9%, Lê Phan Kim Thoa 3A 73,6 – 98, 77 1%, 3B 71,2 – 98,5%, 3C 72,1 - 96,7%, 3D 77 – 97,6% Điều giải thích nghiên cứu tiến hành chủng EV – A71 từ bệnh nhân bị bệnh TCM thuộc nhóm type nên chúng có tỷ lệ nucleotid tương đồng cao Vùng gen mã hóa protein khơng cấu trúc P2 P3 có vai trò quan trọng việc tạo thành protease phân hủy proteolytic để giải phóng protein cấu trúc RNA phụ thuộc RNA polymease 4.2.2.5 Vùng 3’ UTR Tỷ lệ % nucleotid tương đồng so sánh với chủng tham chiếu 97,5 – 100% Tỷ lệ tương đồng cao đối tượng nghiên cứu nghiên cứu giống nhau, mẫu thuộc nhóm type nên tỷ lệ vùng gen tương đối giống Kết cao so với kết cao kết tác giả Linlin Li [42] Lê Phan Kim Thoa [38] Kết tác giả cho thấy tỷ lệ phần trăm nucleotid tương đồng từ 54,5% đến 95,5% Do tác giả so sánh nhiều chủng từ nhóm type khác chủng chúng tơi thuộc nhóm type C 4.2.2.6 Vùng 5’ UTR vùng cho tỷ lệ tương đồng nucleotid với chủng tham chiếu 98,3% đến 100% Kết tương tự với kết tác giả Linlin Li cho thấy tương đồng nucleotid 93,3% - 100% Kết nghiên cứu chúng tơi có nhiều khác biệt với nghiên cứu Jen-Ren Wang, tác giả so sánh tương đồng với chủng khác có thay đổi từ 74,1% đến 100% [35] Sự khác biệt khác cỡ mẫu nghiên cứu, quần thể nghiên cứu khác thời gian thu mẫu khác nghiên cứu 18 chủng EV – A71 phân lập Việt Nam từ 2011 – 2013, tác giả nghiên cứu 75 chủng EV – A71 phân lập từ 1998 đến 2000 78 KẾT LUẬN Trình tự tồn bộ gen số chủng EV-A71 gây bệnh TCM Việt Nam năm 2011 – 2013 Bằng kỹ thuật giải trình tự gen hệ chúng tơi tiến hành giải trình tự thành công 18 chúng EV – A71 cho thấy Chiều dài gen cuả EV – A71 7404 bp Chiều dài vùng gen EV – A71 Vùng 5’UTR 738 nt, khung đọc mở mã hóa cho protein cấu trúc P1 có 2,577 nt) vùng VP1 có chiều dài trung bình 882 nt, VP2 762 nt, VP3 có 726nt, vùng VP4 có 207nt, protein khơng cấu trúc P2 có 1,733 nt vùng 2A có 450 nt, vùng 2B có 296 nt, vùng 2C có 987 nt, P3 có 2,275 nt vùng 3A có 258 nt, 3B có 66 nt, 3C có 549 nt, vùng 3-UTR có 80 nt Tỷ lệ nucleotid G + C: 47,7%, nucleotid A 27 %, nucleotid U 24,8 % nucleotid G 23,8, nucleotid C 23,9, nucleotid khác 0,5% Sự biến đổi mặt di truyền chủng EV-A71 − Các vùng gen EV – A71 gen có đa hình nucleotid Khi so sánh với chủng tham chiếu thấy: + Ở vùng VP1 tỷ lệ tương đồng chủng nghiên cứu với chủng tham chiếu từ 96,5 đến 98% + Vùng VP2, tỷ lệ tương đồng chủng nghiên cứu với chủng tham chiếu từ 97, 5% đến 98, 2% + Tỷ lệ tương đồng chủng nghiên cứu với chủng tham chiếu từ 97,4 % đến 98,5 % vùng VP3 + Tỷ lệ tương đồng chủng nghiên cứu với chủng tham chiếu từ 97,6 % đến 98,6 % với vùng VP4 + Vùng 2A tỷ lệ tương đồng chủng nghiên cứu với chủng tham chiếu từ 92,4% đến 94% 79 + Vùng 2B, Tỷ lệ tương đồng chủng nghiên cứu với chủng tham chiếu từ 96 % đến 98% + Vùng 2C, tỷ lệ tương đồng chủng nghiên cứu với chủng tham chiếu từ 98,2 % đến 99,2% + Vùng 3A, tỷ lệ tương đồng chủng nghiên cứu với chủng tham chiếu từ 98,1 % đến 99, 2% + Vùng 3B, tỷ lệ tương đồng chủng nghiên cứu với chủng tham chiếu từ 95% đến 98,5% + Vùng 3C, tỷ lệ tương đồng chủng nghiên cứu với chủng tham chiếu từ 98,5 % đến 100% + Vùng 3D, tỷ lệ tương đồng chủng nghiên cứu với chủng tham chiếu từ 97,5% đến 100% + Tỷ lệ tương đồng chủng nghiên cứu với chủng tham chiếu từ 98,3% đến 100% − Từ phát sinh loại vùng gen VP1 toàn bộ gen chủng EV – A71 cho thấy chủng giải trình tự có gần gũi mặt di truyền, gần với chủng có nguốn gốc từ Campuchia, Trung Quốc TÀI LIỆU THAM KHẢO Penny Lewthwaite Tom Solomon, David Perera, Mary Jane Cardosa et al (2010) Virology, epidemiology, pathogenesis, and control of enterovirus 71 Lancet Infect, 2010 10 (11), 778–790 Bộ Y Tế (2008) Nghiên cứu đặc điểm dịch tễ học, lâm sàng, phương pháp chẩn đốn, điều trị, dự phòng, bệnh Tay chân miệng Việt Nam Quyết định số 1732 /QĐ-BYT ngày 16 tháng năm 2008 Bộ trưởng Bộ Y tế) George Christakos Jin-feng Wang , Yan-Sha Guo et al (2011) Hand, foot and mouth disease: spatiotemporal transmission and climate International Journal of Health Geographics 10-25 Bộ Y tế (2008) Hướng dẫn chẩn đoán, điều trị bệnh tay-chân-miệng (Quyết định số 1732 /QĐ-BYT ngày 16 tháng năm 2008 Bộ trưởng Bộ Y tế) Sở Y tế Thành phố Hồ Chí Minh (2008) Tài liệu tập huấn chẩn đoán điều trị bệnh tay-chân-miệng Nguyễn Văn Kính, Nguyễn Kim Thư, Nguyễn Vũ Trung (2015) Đặc điểm lâm sàng bệnh Tay Chân Miệng EV-A71 Việt Nam năm 2011-2012 Y học thực hành 2015 (954), 87-91 Chen Tsan-Chi (2006) Combining Multiplex Reverse TranscriptionPCR and a Diagnostic Microarray To Detect and Differentiate Enterovirus 71 and Coxsackievirus A16 J Clin Microbiol 2212– 2219 Miao Lynn Yihong et al (2009) Monoclonal Antibodies to VP1 Recognize a Broad Range of Enteroviruses J Clin Microbiol,: p 3108–3113 WHO (2010) A Guide to Clinical Management and Public Health Response for Hand, Foot and Mouth Disease 10 Singh Sunita et al (2002) Direct detection of enterovirus 71 (EV-A71) in clinical specimens from a hand, foot and mouth disease outbreak in Singapore by reverse transcription-PCR with universal enterovirus and EV-A71-specific primers J Clin Microbiol 40 (8), 2823 – 2827 11 Chen W Yu H, Chang H et al (2010) Genetic analysis of the VP1 region of enterovirus 71 reveals the emergence of genotype A in central China in 2008 (Virus Genes 2010) 41,1-4 12 McMinn P (2002) An overview of the evolution of enterovirus 71 and its clinical and public health significance FEMS Microbiol Rev,2002 26, 91-107 13 Hsu YW Huang SW, Smith DJ et al (2009) Reemergence of enterovirus 71 in 2008 in Taiwan: dynamics of genetic and antigenic evolution from 1998 to 2008 J Clin Microbiol 47: p 3653-3662 14 Koopmans M Van der sanden S, Uslu G et al (2009) Epidemiology of enterovirus 71 in The Netherlands, 1963 to 2008 J Clin Microbiol 2009 47, 2826-2833 15 Perera D Cardosa MJ, Brown BA et al (2004) Molecular epidemiology of human enterovirus 71 strains and recent outbreaks in the Asia-Pacific region: comparative analysis of the VP1 and VP4 genes Emerg Infect Dis 9, 461-468 16 Ya-Qing He Long Chen, Jun Meng et al (2016) Full-Genome Sequences of Seven Fatal Enterovirus 71 Strains Isolated in Shenzhen, China, in 2014 American Society for Microbiology 2016 17 Qinghua Zou Renqing Li , Lijuan Chen et al (2011) Molecular Analysis of Virulent Determinants of Enterovirus 71 Reasearch article 18 Phuektes P Kok CC, Bek E, McMinn P (2012) Modification of the untranslated regions attenuates the growth of human enterovirus 71 in cell culture J Virol 2012 86, 542-552 19 B.H Chua P Phuektes, S Sanders et al (2011) Mapping genetic determinants of the cell-culture growth phenotype of enterovirus 71 J Gen Virol, (2011) 96, 1380-1390 20 E Giombini and G Rozera M R Capobianchi (2013) Nextgeneration sequencing technology in clinical virology Clin Microbiol Infect 2013 19, 15-22 21 Shahriar R Varghese V, Rhee SY et al (2009) Minority variants associated with transmitted and acquired HIV-1 nonnucleoside reverse transcriptase inhibitor resistance: implications for the use of secondgeneration nonnucleoside reverse transcriptase inhibitors J Acquir Immune Defic Syndr Nov 52(3), 309-15 22 Pachter L Eriksson N, Mitsuya Y, Rhee SY et al (2008) Viral population estimation using pyrosequencing PLoS Comput Biol 4(4) 23 Burwitz BJ Bimber BN, O'Connor S, Detmer A et al (2009) Ultradeep pyrosequencing detects complex patterns of CD8+ T-lymphocyte escape in simian immunodeficiency virus-infected macaques J Virol (2009) 83(16), 8247-53 24 O’Connor S Hughes A L., Dudley D et al (2010) Dynamics of haplotype frequency change in a CD8+TL epitope of simian immunodeficiency virus Infect Genet Evol 10, 555–560 25 Nguyen Thi Kim Tuyen, Le Van Tan, Tran Tan Thanh et al (2015) A generic assay for whole-genome amplification and deep sequencingof enterovirus A71 Journal of Virological Methods 30–36, 215–216 26 Chia-Pei Lin, Jiung-Liang Liu, Lung-Yuan Chen et al (2015) Complete Genome Sequence of Human Enterovirus Strain 71 (EVA71/Taipei/3118/2011), Isolated from a Patient in Taiwan Genone Announcements 3(1) 27 Sompong Vongpunsawad John Mauleekoonphairoj, Jiratchaya Puenpa (2015) Complete genome sequence analysis of enterovirus 71 isolated from children with hand, foot, and mouth disease in Thailand, 2012– 2014 (Virus Genes DOI 10.1007/s11262-015-1239-0) 28 L Chen, He,Y.Q., Meng et al (2016) Full-Genome Sequences of Seven Fatal Enterovirus 71 Strain Isolated in Shenzhen, China, in 2014 Genome Announc 4(2) 29 D Perera, Apandi,M., Cardosa,M.J (2014) Human enterovirus 71 isolate 03-KOR-00, complete genome (Universiti Malaysia Sarawak, Institute of Health and Community Medicine, Kota Samarahan, Sarawak 94300, Malaysia) 30 D Perera, Apandi,M and Cardosa,M.J (2014) Human enterovirus 71 isolate 1M-AUS-12-00, complete genome (Universiti Malaysia Sarawak, Institute of Health and Community Medicine, Kota Samarahan, Sarawak 94300, Malaysia) 31 K Miyamura, Nishimura,Y, Abo,M et al (2011) Adaptive mutations in the genomes of enterovirus 71 strains following infection of mouse cells expressing human P-selectin glycoprotein ligand-1 J Gen Virol 92 2, 287-29 32 Enjin Gou et al (2015) Analysis on the sequence of the whole genome of an isolated enterovirus 71 strain Int J Clin Exp Med 2015;8(11):20652-20657 33 Riikka Österback et al (2014) Genome Sequence of Coxsackievirus A6, Isolated during a Hand-Foot-and-Mouth Disease Outbreak in Finland in 2008 Genome Announc 2, 10.1128/genomeA.01004-14 34 M Steven Oberste, Kaija Maher (1999) Molecular Evolution of the Human Enteroviruses: Correlation of Serotype with VP1 Sequence and Application to Picornavirus Classification J Virol, 1999 Mar; 73(3): 1941–1948 Brcr 891 nt 35 Jen-Ren Wang, Yen-Chang Tuan (2002) Change of Major Genotype of Enterovirus 71 in Outbreaks of Hand-Foot-and-Mouth Disease in Taiwan between 1998 and 2000 J Clin Microbiol 2002 Jan; 40(1): 36 Kiener TK (2014) A Novel Universal Neutralizing Monoclonal Antibody against Enterovirus 71 That Targets the Highly Conserved “Knob” Region of VP3 Protein 37 Ying Wang (2014) Complete Genome Sequence of a Human Enterovirus 71 Strain Isolated from a Fatal Case in Shanghai, China, in 2012 Genome Announc 2014 May-Jun; 2(3): e00457-14 38 Yan Zhang (2013) Complete Genome Analysis of the C4 Subgenotype Strains of Enterovirus 71: Predominant Recombination C4 Viruses Persistently Circulating in China for 14 Years PLoS One 2013; 8(2): e56341 39 Le V Tan et al (2015) A Generic Assay for Whole-Genome Amplification and Deep Sequencing of Enterovirus A71 J Virol Methods 215-216, 30-36 2015 10–15 40 Le Phan Kim Thoa, Pai-Shan Chiang (2013) Genetic and Antigenic Characterization of Enterovirus 71 in Ho Chi Minh City, Vietnam, 2011 PLoS One 2013; 8(7): e69895.10.1371/journal.pone.0069895 PubMed: [PMC3726754] [PubMed] 41 Celeste Donato, Le Thi Hoi, Nguyen Thi Hoa (2016) Genetic characterization of Enterovirus 71 strains circulating in Vietnam in 2012 Virology 495 (2016) 1–9 42 Linlin Li (2005) Genetic Characteristics of Human Enterovirus 71 and Coxsackievirus A16 Circulating from 1999 to 2004 in Shenzhen, People's Republic of China J Clin Microbiol 2005 Aug; 43(8): 3835– 3839 ... trình tự gen hệ nghiên cứu đặc điểm gen số chủng enterovirus 71 gây bệnh chân tay miệng việt nam năm 2011 – 2013 Với mục tiêu: Xác định trình tự tồn bộ gen số chủng EV-A71 gây bệnh TCM Việt Nam năm. ..HÀ NỘI – 2017 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ Y TẾ TRƯỜNG ĐẠI HỌC Y HÀ NỘI NGUYỄN TH HOA ứNG DụNG Kỹ THUậT GIảI TRìNH Tự GEN THế Hệ MớI NGHIÊN CứU ĐặC ĐIểM Bộ GEN CủA MéT Sè CHđNG ENTEROVIRUS 71 G¢Y... dù kỹ thuật NGS phát triển từ năm 2005, Việt Nam kĩ thuật có nghiên cứu ứng dụng kĩ thuật vào phân tích đặc điểm di truyền EV-A71 6 Chính chúng tơi tiến hành đề tài Ứng dụng kỹ thuật giải trình