Đánh giá sự đa dạng di truyền của quần thể nấm magnaporthe oryzae gây bệnh đạo ôn trên lúa ở miền bắc và miền trung việt nam bằng chỉ thị SSR

ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI TRƯỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN HÀ THỊ LOAN ĐÁNH GIÁ SỰ ĐA DẠNG DI TRUYỀN CỦA QUẦN THỂ NẤM MAGNAPORTHE ORYZAE GÂY BỆNH ĐẠO ÔN TRÊN LÚA Ở MIỀN BẮC VÀ MIỀN TRUNG VIỆT NAM BẰNG CHỈ THỊ SSR LUẬN VĂN THẠC SĨ KHOA HỌC HÀ NỘI - 2018 ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI TRƯỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN HÀ THỊ LOAN ĐÁNH GIÁ SỰ ĐA DẠNG DI TRUYỀN CỦA QUẦN THỂ NẤM MAGNAPORTHE ORYZAE GÂY BỆNH ĐẠO ÔN TRÊN LÚA Ở MIỀN BẮC VÀ MIỀN TRUNG VIỆT NAM BẰNG CHỈ THỊ SSR Chuyên ngành: Sinh học thực nghiệm Mã số: 8420101.14 LUẬN VĂN THẠC SĨ KHOA HỌC NGƯỜI HƯỚNG DẪN KHOA HỌC: TS HOÀNG THỊ GIANG TS LÊ QUỲNH MAI HÀ NỘI - 2018 LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan tất số liệu, thông tin kết nghiên cứu luận văn trung thực, khách quan, chưa sử dụng để bảo vệ học vị Tôi xin cam đoan giúp đỡ cho việc thực luận văn cám ơn, thông tin trích dẫn luận văn rõ nguồn gốc Hà Nội, ngày tháng 12 năm 2018 Tác giả luận văn Hà Thị Loan i LỜI CẢM ƠN Để hồn thành luận văn này, tơi nhận nhiều quan tâm, giúp đỡ quý báu thầy giáo, cán Phịng thí nghiệm liên kết quốc tế Nghiên cứu chức gen, công nghệ sinh học thực vật tương tác với vi sinh vật(LMI RICE-2), Viện Di truyền Nông nghiệp Trước tiên, tơi xin bày tỏ lịng kính trọng biết ơn sâu sắc tới TS Hoàng Thị Giang, người trực tiếp hướng dẫn, bảo tận tình dành nhiều thời gian giúp đỡ, tạo điều kiện cho tơi suốt q trình học tập nghiên cứu Phịng thí nghiệm LMI RICE-2 - Viện Di truyền Nơng nghiệp để hồn thành luận văn Tiếp theo, tơi xin gửi lời cảm ơn chân thành tới TS Lê Quỳnh Mai, giảng viên Bộ mơnHóa sinh Sinh học phân tử trường Đại học Khoa học tự nhiên Hà Nội Cô tạo điều kiện thuận lợi giúp đỡ quý báu suốt trình học tập trường Tôi xin chân thành cảm ơn sâu sắc ThSLê Thị Liễu - nghiên cứu viên Viện di truyền Nông nghiệp dẫn tận tình cho tơi từ bước nghiên cứu Viện Đồng thời, xin gửi lời cảm ơn tới cô Elisabeth Fournier bác Henri Adreit – hai chuyên gia từ Pháp hỗ trợ nhóm nghiên cứu kĩ thuậtchun mơn sâu nghiên cứu quần thểsuốt trình thực đề tài Cuối cùng, xin cảm ơn tới tất nghiên cứu viên, kĩ thuật viên, đồng nghiệp Phịng thí nghiệm Việt Pháp LMI RICE-2 - Viện Di truyền Nơng nghiệp gia đình ln ủng hộ giúp đỡ để tơi hồn thành luận văn Tôi xin chân thành cảm ơn! Hà Nội, ngày tháng 12 năm 2018 Học viên Hà Thị Loan ii MỤC LỤC LỜI CAM ĐOAN i MỤC LỤC iii DANH MỤC BẢNG vi DANH MỤC HÌNH vi DANH MỤC CHỮ VIẾT TẮT vii MỞ ĐẦU Chương TỔNG QUAN TÀI LIỆU 1.1 Bệnh đạo ôn hại lúa nấm M oryzae gây .3 1.1.1 Giới thiệu nấm M oryzae gây bệnh đạo ôn 1.1.2 Triệu chứng, điều kiện phát sinh phát triển bệnh 1.1.3 Cơ chế tương tác nấm M oryzae lúa 1.1.4 Tình hình bệnh đạo ôn hại lúa Việt Nam giới 1.2 Các kết nghiên cứu đa dạng di truyền quần thể nấm M oryzae .9 1.2.1 Những nghiên cứu nước 1.2.2 Những nghiên cứu nước 11 1.3 Tình hình nghiên cứu chọn tạo giống lúa kháng bệnh đạo ôn 14 1.3.1 Chọn tạo giống lúa kháng bệnh đạo ôn thị phân tử 14 1.3.2 Sử dụng QTL chọn tạo giống lúa kháng bệnh đạo ôn 16 Chương VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 18 2.1 Vật liệu nghiên cứu 18 2.2 Thời gian địa điểm nghiên cứu 18 2.3 Nội dung nghiên cứu 18 2.4 Các phương pháp nghiên cứu 18 2.4.1 Thu thập mẫu bệnh phân lập chủng nấm đạo ôn gây bệnh lúa số tỉnh miền Bắc miền Trung 18 2.4.1.1 Phương pháp thu thập mẫu bệnh .18 2.4.1.2 Phương pháp phân lập mẫu bệnh 19 2.4.2 Đánh giá đa dạng di truyền dịng nấm đạo ơn thị SSR 20 iii 2.4.2.2 Phương pháp PCR .21 2.4.2.3 Phương pháp điện di 24 2.4.3 Phân tích kết 25 Chương KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN .26 3.1 Kết thu thập mẫu bệnh phân lập nấm đạo ôn M oryzaegây bệnh lúa 26 3.1.1 Kết thu thập mẫu lúa bị bệnh đạo ôn 26 1.2 Kết phân lập nấm đạo ôn M oryzae gây bệnh lúa 30 3.2 Kết tách chiếtDNA kiểm định chủng nấm đạo ônM oryzae phân lập thị phân tử .32 3.2.1 Kết tách chiết DNA chủng phân lập 32 3.2.2 Kết kiểm định chủng phân lập thị phân tử 34 3.3 Kết giải trình tự xây dựng phân loại di truyền quần thể nấm Magnaporthe oryzae 35 3.3.1 Kết giải trình tự sản phẩm phản ứng PCR với SSR 35 3.3.2 Cây phân loại di truyền mức độ đa dạng di truyền quần thể nấm Magnaporthe oryzae 40 KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 47 Kết luận .47 Kiến nghị 47 TÀI LIỆU THAM KHẢO 49 iv DANH MỤC BẢNG Bảng 2.1 Thành phần môi trường bột gạo…………………………………… 20 Bảng 2.2 Thành phần môi trường lỏng để nuôi nấm tách DNA 20 Bảng 2.3 Danh sách cặp mồi SSR sử dụng nghiên cứu 23 Bảng 2.4 Thành phần phản ứng PCR µl 24 Bảng 3.1 Danh sách mẫu bệnh thu thập nghiên cứu 27 Bảng 3.2 Kết giải trình tự sản phẩm PCR (bp) với 11 cặp mồi SSR 58 chủng nấm 36 Bảng 3.3 Số locus đa hình thu từ 58 chủng nấm đạo ơn phân tích với 11 thị SSR .39 v DANH MỤC HÌNH Hình 1.1 Vịng đời nấm đạo ơn Magnaporthe oryzae Hình 1.2 Triệu chứng vết bệnh đạo ôn lúa Hình 3.1 Quá trình thu thập mẫu bệnh đồng ruộng 30 Hình 3.2 Q trình ni cấy mẫu bệnh cho hình thành bào tử nấm 31 Hình 3.3 Quá trình phân lập bào tử đơn ni cấy .32 Hình 3.4 Kết điện di DNA tổng số số chủng nấm đạo ôn 33 Hình 3.5 Kết PCR số chủng phân lập cặp mồi ITS5/ITS4 34 Hình 3.6 Cây phân loại di truyền theo tên chủng 57 chủng nấm đạo ơn nghiên cứu 45 Hình 3.7 Cây phân loại theo tên giống lúa ký chủ 57 chủng nấm đạo ôn nghiên cứu 45 vi DANH MỤC CHỮ VIẾT TẮT Chữ viết tắt Thuật ngữ tiếng anh AFLP Amplified Fragment Length Polymorphism Arv BGPI Avirulence Biologie et Génétique des Interactions Plante-Parasite CIRAD ĐBSCL The French Agricultural Reseach Centre for international Development Đồng sông Cửu Long ĐBSH Đồng sông Hồng DNA Deoxyribonucleic acid ETI Effector triggered immunity MAS Marker assisted selection PAMP Pathogen associated molecular pattern PCR Polymerase Chain Reaction PTI PAMP - Triggered immunity QTL Quantitative trait locus R Resistance RAPD Rep-PCR Random Amplified Polymorphic DNA Repetitive Sequence-based PCR RFLP Restriction Fragment Length Polymorphism SSR Simple Sequence RepeateshayMicrosatellite ITS Internal Transcribed Spacer vii MỞ ĐẦU Đặt vấn đề Bệnh đạo ôn loại nấm sợi có tên khoa học chung Magnaporthe oryzae (M oryzae) gây ra,là bệnh gây hại chính, ngày trở nên nghiêm trọng sản xuất nông nghiệp Việt Nam giới Khi dịch bệnh xảy gây hại làm giảm suất từ 35-50% tổng sản lượng lương thực giới Hiện nay, Việt Nam bệnh đạo ôn gây hạiở vùng sinh thái nông nghiệp, đặc biệt Đồng sông Hồng với khí hậu ẩm nhiệt đới làm tăng khả phát triển nấm bệnh [42] Để phòng trừ bệnh đạo ơn, biện pháp áp dụng sử dụng thuốc hóa học, nhiên biện pháp chưa thực mang lại hiệu bùng phát dịch bệnh.Hơn cịn gây nhiễm mơi trường, ảnh hưởng tới sức khỏe người tăng khả kháng thuốc nấm bệnh Phát triển giống lúa kháng bệnh coi định hướng an toàn hiệu để kiểm sốt bệnh đạo ơn lúa Các gen kháng (R) đưa vào giống lúa có suất cao dễ bị nhiễm bệnh phương pháp lai tạo Tuy nhiên, hầu hết giống kháng có hiệu lực vịng 2-3 năm nấm hình thành chủng gây bệnh có độc tính cao [12, 30] Nguyên nhân xác định tác nhân gây bệnh tiến hóa nhanh chóng làm vơ hiệu hóa gen kháng thực vật[37, 57] Muốn chọn tạo giống có tính kháng bền vững cần phải liên hệ chặt chẽ với nghiên cứu đặc tính di truyền quần thể tác nhân gây bệnh Chính vậy, việc hiểu biết mức độ đa dạng di truyền tiến hóa quần thể nấm M oryzae vùng sinh thái cụ thể cần thiết cho chương trình chọn tạo giống lúa kháng đạo ôn hiệu bền vững Xuất phát từ thực tế thực đề tài “Đánh giá đa dạng di truyền quần thể nấm Magnaporthe oryzae gây bệnh đạo ôn lúa miền Bắc miền Trung Việt Nam thị SSR” Kết nghiên cứu cung cấp mức độ đa dạng di truyền quần thể tác nhân gây bệnh, qua sở cho việc xây dựng chương trình chọn tạo giống lúa kháng bệnh đạo ôn hiệu bền vững Đề tài góp phần chuẩn hóa hồn thiện Do nấm đạo ôn tương tác di truyền với lúa theo thuyết gen đối gen nên thông tin mức độ đa dạng chủng nấm nghiên cứu quan trọng cần thiết cho chương trình chọn tạo giống kháng bệnh Việc nắm rõ đặc tính di truyền chủng nấm điều kiện để lựa chọn chủng đại diện cho nghiên cứu biến đổi di truyền quần thể tác nhân gây bệnh Đặc điểm nấm đạo ôn kiểu tồn nhiều chủng khác nhau, vùng sinh thái lại tồn số chủng định có mức độ gây hại khác Tương ứng với chủng lúa lại có gen kháng khác Tuy nhiên, khả gây bệnh nấm đạo ôn luôn biến đổi đột biến làm tăng khả tiến hóa hay yếu tố sinh thái, giống lúa Từ hình thành nên chủng nấm khác [6] Đây nguyên nhân làm cho tính kháng giống lúa khơng trì lâu dài, dễ bị nhiễm bệnh chủng nấm hình thành sau thời gian gieo trồng Tuy số chủng nấm sử dụng nghiên cứu cịn ít, số liệu thu bước đầu cho thấy mức độ đa dạng di truyền quần thể nấm đạo ôn vùng sinh thái khác (miền Bắc miền Trung Việt Nam), góp phần vào việc nghiên cứu sâu rộng hơn, hướng tới phục vụ chương trình chọn tạo giống lúa kháng bệnh đạo ôn bền vững Kết đánh giá mức độ đa dạng di truyền 57 chủng nấm nghiên cứu phân thành nhóm di truyền Khơng ghi nhận nhóm di truyền đặc thù riêng cho vùng sinh thái, nhóm giống lúa truyền thống hay thương mại Hai số ba nhóm di truyền có xuất chủng M Oryzae thu ba khu vực miền núi phía Bắc, ĐBSH miền Trung, nhóm di truyền gồm chủng khu vực miền núi phía Bắc miền Trung Phát sinh chủng M oryzae chung khu vực miền núi phía Bắc ĐBSH, khơng xuất chủng di truyền chung khu vực miền Bắc miền Trung 46 KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ Kết luận Từ kết phân tích bước đầu tính đa dạng quần thể nấm gây bệnh đạo ôn hại lúa tỉnh miền Bắc miền Trung Việt Nam thị SSR, số kết luận rút sau: Đã phân lập thành công 114mẫu nấm Magnaporthe oryzaegây bệnh đạo ôn lúa từ 117 mẫu bệnh thu thập tỉnh thuộc ba vùng sinh thái, gồm miền Trung, đồng sơng Hồng khu vực miền núi phía Bắc Các mẫu bệnh thu từ hai nhóm giống: giống lúa thương mại giống lúa địa phương Bước đầu đánh giá mức độ đa dạng di truyền 57/114 chủng M oryzaebằng phương pháp giải trình tự sử dụng 11 thị SSR Các thị cho đa hình, dao động từ 2-11 locus đa hình/chỉ thị Xây dựng phát sinh chủng loại phân chia 57 chủng nghiên cứu thành nhóm di truyền, nhóm I II chiếm đa số Khơng ghi nhận nhóm di truyền đặc thù riêng cho vùng sinh thái, nhóm giống lúa truyền thống hay thương mại Có phát sinh chủng M oryzae chung khu vực miền núi phía Bắc ĐBSH, không xuất chủng di truyền chung khu vực miền Bắc miền Trung Kiến nghị Trên sở chủng nấm phân lập được, tiếp tục nghiên cứu đa dạng di truyền quần thể Magnapothe oryzae với số lượng chủng phân lập lớn Qua đó, xác định xác đặc trưng phân loại quần thể nấm M oryzae theo phạm vi địa lý giống lúa ký chủ, góp phần cung cấp thơng tin hữu ích đa dạng di truyền nấm M oryzae Việt Nam 47 Tìm hiểu chế tương tác di truyền nấm đạo ôn Magnapothe oryzae giống lúa ký chủ nhằm góp phần vào chiến lược chọn tạo giống lúa kháng đạo ôn hiệu bền vững 48 TÀI LIỆU THAM KHẢO Tài liệu tiếng Việt Đặng Vũ Thị Thanh (2008), Các loài nấm gây bệnh hại trồng Việt Nam, NXB Nông Nghiệp, Hà Nội Hà Viết Cường, Nguyễn Văn Viên, Trần Ngọc Tiệp, Hà Giang, Trần Thị Như Hoa, Nguyễn Đức Huy (2015), “Đánh giá đa dạng nấm đạo ôn lúa (Pyricularia oryzae) đồng sông Cửu Long kỹ thuật REPPCR”, Tạp chí khoa học phát triển, 7, tr 1061-1069 Lã Tuấn Nghĩa, Nguyễn Thị Thanh Thủy, Nguyễn Thị Thu Hoài, Lê Cẩm Loan, Nguyễn Thị Kim Thoa, Nguyễn Bá Ngọc, Phạm Thị Thúy (2009), “Đánh giá nguồn gen kháng bệnh đạo ôn số giống lúa Việt Nam”, Báo cáo tổng kết đề tài cấp đánh giá nguồn gen kháng bệnh đạo ôn số giống lúa Việt Nam Lê Lương Tề (2007), Giáo trình bệnh nông nghiệp, NXB Nông Nghiệp, Hà Nội Nguyễn Kiến Quốc, Lã Tuấn Nghĩa, Nguyên Văn Bích (2010), “Ứng dụng thị phân tử chọn tạo giống lúa kháng bệnh đạo ơn”,Tạp chí Khoa học cơng nghệ nông nghiệp Việt Nam, tr 561-567 Nguyễn Thị Thu Thủy, Trương Thị Hồng Hải, Phan Thị Phương Nhi, Trần Thị Triêu Hà (2015), “Nghiên cứu đánh giá đa dạng di truyền đánh giá độc tính chủng nấm gây bệnh đạo ôn Nam Trung Bộ”, Kỉ yếu Hội nghị KH BVTV toàn quốc năm 2015 Tổng cục Thống kê (2010), Niên giám thống kê năm 2010, NXB Thống kê, Hà Nội Vũ Triệu Mân (2007), Giáo trình bệnh chun khoa, NXB Nơng Nghiệp Hà Nội, Hà Nội Vũ Triệu Mân, Lê Lương Tề (2001), Giáo trình bệnh Nơng nghiệp, NXB Nông Nghiệp, Hà Nội 49 Tài liệu tiếng anh 10 Adreit H., Santoso, Andriantsimialona D., UtamiD.W., Notteghem J.L., LebrunM.H., Tharreau D (2007), “Microsatellite markers for population studies of the rice blast fungus, Magnaporthe grisea”, Molecular Ecology, (7), pp 667-670 11 Ashkani S., Rafii M.Y., Shabanimofrad M., Ghasemzadeh A., Ravanfar S.A., and Latif M.A (2014), “Molecular progress on the mapping and cloning of functional genes for blast disease in rice (Oryza sativa L.): current status and future considerations”, Crit Rev Biotechnol, 7, pp 1-15 12 Bonman L.M., Khush G.S and Nelson R.J (1992), “Breeding rice for resistance to pests”, Phytopathology, 30, pp 507-528 13 Chen D., Zeigler R.S., Leung H., Nelson R.J (1995), “Population structure of Pyricularia grisea at two screening sites in the Philippines”, Phytopathology, 85(9), pp 1011-1020 14 Chen Q.H., Wang Y.C., Zheng X.B (2006), “Genetic diversity of Magnaporthe grisea in China as revealed by DNA fingerprint haplotypes and pathotypes”, Journal of Phytopathology, 154, pp 361-369 15 Chiapello H., Mallet L., Guérin C., Aguileta G., Amselem J., Kroj T., Ortega Abboud E., Lebrun M.H., Henrissat B., Gendrault A., Rodolphe F., Tharreau D., Fournier E (2015), “Deciphering genome content and evolutionary relationships of isolates from the fungus Magnaporthe oryzae attacking different host plants”, Genome Biol Evol, 7(10), pp 2896-2912 16 Chaipanya C., Yanoria M., Quime B., Longya A., Korinsak S., Toojinda T (2017),“Dissection of broad-spectrum resistance ofthe Thai rice variety Jao Hom Nin conferredby two resistance genes against rice blast”, Rice,pp.10:18 17 Couch B.C., Fudal I., Lebrun M.H, Tharreau D., Valent B., Kim P.V., Nottéghem J.L., Kohn L.M (2005), “Origins of host-specific populations of the blast pathogen Magnaporthe oryzae in crop domestication with subsequent expansion of pandemic clones on rice and weeds of rice”, Genetics, 170(2), pp 613-630 50 18 Couch B.C., Kohn L.M (2002), “A multilocus gene genealogy concordant with host preference indicates segregation of a new species, Magnaporthe oryzae, from M grisea”, Mycologia,94, pp 683-693 19 Dean R.A., Talbot N.J et al., (2005),“The genome sequence of the rice blast fungusMagnaporthe grisea”,Nature,434, pp 980-986 20 Dutech C., Enjalbert J., Fournier E., Delmotte F., Barrès B., Carlier J., Tharreau D., Giraud T (2007),“Challenges of microsatellite isolation in fungi”, Fungal Genetics and Biology, 44(10): 933-49 21 Dodds P.N and Rathjen J.P (2010), “Plant immunity: towards an integrated view of plant–pathogen interactions”, Nat Rev Genet, 11, pp 539-548 22 Gassmann W., Bhattacharjee S (2012), “Effector-triggered immunity signaling: from gene-for-gene pathways to protein–protein interaction networks”, Mol Plant–Microbe Interact, 25, pp 862-868 23 Howard R.J.,Ferrari M.A., Roach D.H., Money N.P.(1991), “Penetration of hard substrates by a fungus employing enormous turgor pressure”,Proc Natl Acad Sci USA, 88, pp 11281-11284 24 Huang J., Si W.,Deng Q., Li P., YangS (2014),“Rapid evolution of avirulence gene in rice blast fungus Magnaporthe oryzae”, BMC Genet, 10, pp 15-45 25 Jia Y., McAdams S.A., Bryan G.T., Hershey H.P., Valent B (2000), “Direct interaction of resistance gene and avirulence gene products confers rice blast resistance”, The EMBO Journal, 19(15), pp 4004-4014 26 Jonathan D.G Jones, Jeffery L Dangl (2006), “The plant immune system”, Nature, 444, pp 323-329 27 Khush G.S (2005), “What it will take to feed 5.0 billion rice consumers in 2030”, Plant Mol Biol, 59(1), pp.1-6 28 Koizumi S (2007), “Durability of resistance to rice blast disease A differential system for blast resistance for stable rice production environment”, JIRCAS Work Rep, 53, pp 1-10 51 29 Kumar J., Nelson R.J., Zeigler R.S (1999), “Population structure and dynamics of Magnaporthe grisea in the Indian Himalayas”, Genetics, 152, pp 971-984 30 Lau G.W and Ellingboe A.H (1993), “Genetic analysis of mutations to increased virulence in Magnaporthe grisea”, Phytopathology, 83, pp 10931096 31 Le Dinh Don, Motoaki K., Alfredo S Urashima, Yukio T., Hitoshi N., Shigeyuki M (1999a), “Population structure of the rice blast fungus in Japan examined by DNA fingerprinting”, Annals of the Phytopathological Society of Japan, 65, pp 15-24 32 Le Dinh Don, Yukio T., Hitoshi N and Shigeyuki M (1999b), “Population structure of the rice blast pathogen in Vietnam”, Ann Phytopathol Soc Jpn., 65, pp 475-479 33 Le M.T., Arie T., Teraoka T (2010), “Population dynamics and pathogenic races of rice blast fungus, Magnaporthe oryzae in the Mekong Delta in Vietnam”, J Gen Plant Pathol, 76, pp 177-182 34 Liu J., Wang X., Mitchell T., Hu Y., Liu X., Dai L., Wang G.L (2010), “Recent progress and understanding of the molecular mechanisms of the rice – Magnaporthe oryzae interaction”, Mol Plant Pathol, 11, pp 419-27 35 Liu W., LiuJ.,Ning Y., Ding B., Wang X.,WangZ.,Wang G.L (2013), “Recent progress in understanding PAMP- and effector-triggered immunity against the rice blast fungus Magnaporthe oryzae”, Molecular plant, 6, pp 605-620 36 Maekawa T., Kufer T.A., and Schulze-Lefert P (2011), “NLR functions in plant and animal immune systems: so far and yet so close”, Nat Immunol, 12, pp 817-826 37 McDonald B.A., Linde C (2002), “Pathogen population genetics, evolutionary potential, and durable resistance”, Annu Rev Phytopathol, 40, pp 349-379 52 38 Míriam O.R and Talbot N.J (2017), “Cell cycle-dependent regulation of plant infection by the rice blast fungus Magnaporthe oryzae”, Communicative & Integrative Biology, 10, pp 5-6 39 New Straits Times (2012), “Fungus causes padi farmers to lose RM 150000 Available online with update at http://www.nst.com.my/fungus-causes-padifarmers-tolose-rm150-000-1.26624 40 Nguyen T.L., Trinh T.L., Pham T.T.H., Bui C.B (2010), “Genotype analysis to blast disease in rice (Oryza sativa L.) in Mekong delta”, Omonrice, 17, pp 87-98 41 Nguyen Thi Lang, Trinh thi Luy, Pham thi Thu Ha and Bui Chi Buu (2009), “Monogenic lines resistance to blast disease in rice (Oryzasativa) in Vietnam”, International Journal of Genetics and Molecular Biology,1(7), pp 127-136 42 Nguyen T.N.T., Bigirimana J., Roumen E., Straeten D.V.and Höfte M.(2006), “Molecular and Pathotype Analysis of the Rice Blast Fungus in North Vietnam”, European Journal of Plant Pathology, 114, pp 381-396 43 Pankaj K.S., Soham R., S.T., R.R., (2017), “Co-evolutionary interactions between host resistance and pathogen avirulence genes in rice-Magnaporthe oryzae pathosystem”, Fungal Genetics and Biology, 115:9-19 44 Parker D., Beckmann M., Enot D.P., Overy D.P., Rios Z.C., Gilbert M., Talbot N., Draper J (2008), “Rice blast infection of Brachypodium distachyon as a model system to study dynamic host/ pathogen interactions”, Nat Protoc, 3, pp 435-445 45 Richard A.W and Talbot N.J (2009), “Under Pressure: Investigating the Biology of Plant Infection by Magnaporthe oryza”, Nature Reviews: Microbiology, 7, pp 185-195 46 Saleh D., Milazzo J., Adreit H., Fournier E., Tharreau D (2014), “South-East Asia is the center of origin, diversity and dispersion of the rice blast fungus, Magnaporthe oryzae”, The New Phytologist, 201(4), pp 1440-56 53 47 Séré Y., Onasanya A., Afolabi A., Mignouna H.D., Akator K (2007), “Genetic diversity of the blast fungus, Magnaporthe grisea (Hebert) Barr, in Burkina Faso”, African Journal of Biotechnology, 6(22), pp 2568-2577 48 Sharma T.R., Rai A.K., Gupta S.K., Vijayan J., Devanna B.N., Ray S (2012), “Rice blast management through host-plant resistance: retrospect and prospects”, Agric Res, 1(1), pp 37-52 49 Singh A.K.,Singh P.K.,Madhuri Arya, Singh N.K.,and Singh U.S.(2015), “Molecular Screening of Blast Resistance Genes in Rice using SSR Markers”, Plant Pathol, 31(1), pp 12-24 50 Skamnioti P., Gurr S.J (2009), “Against the grain: safeguarding rice from rice blast disease”, Trends Biotechnol, 27, pp 141-150 51 Srivastava D., Shamim Md., Kumar D., Pandey P., Khan N.A and Singh K.N (2014), “Morphological and molecular characterization of pyricularia oryzae causing blast disease in rice (Oryza Sativa L.) from North India”, International Journal of Scientific and Research Publications, 52 Talbot N.J (2003), “On the trail of a cereal killer: Exploring the biology of Magnaporthe grisea” Annu Rev Microbiol, 57, pp 177-202 53 TeBeest D.O., Guerber C.and Ditmore M (2007), “Rice blast: The plant health instructor”, University of Arkansas, doi:10.1094/PHI-1-2007-031307 54 Wang B.H., Daniel J.E., Wang Z.H (2017), “The arms race between Magnaporthe oryzae and rice: Diversity and interaction of Avrand Rgenes” Journal of Integrative Agriculture, 16(12), pp 2746-2760 55 Yoshida K., Saunders D.G.O., Mitsuoka C., Natsume S., Kosugi S., Saitoh H., Inoue Y., Chuma I., Tosa Y., Cano L.M., Kamoun S., Terauchi R (2016), “Host specialization of the blast fungus Magnaporthe oryzae is associated with dynamic gain and loss of genes linked to transposable elements”, BMC Genomics, 17(1):1 54 56 Zeigler R.S (1998), “Recombination in Magnaporthe grisea”, Annual Review of Phytopathology, 36(1), pp 249-275 57 Zhan J et al (2015), “Playing on a pathogen’s weakness: using evolution to guide sustainable plant disease control strategies”, Annu Rev Phytopathol, 53, pp 19-43 55 PHỤ LỤC Phụ lục 1.Kết đo nồng độ đo nanodrop mẫu nấm phân lập STT 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 Tên chủng phân lập Nồng độ DNA (ng/µl) OD260/280 I1 I2 I3 I4 I5 I6 I7 I8 I9 I10 I11 I12 I13 I14 I15 I16 I17 I18 I19 I20 I21 I22 I23 I24 I25 I26 I27 I28 I29 I30 I31 I32 I33 325,8 114,4 41,86 39,1 53,54 1432 60,23 432,7 44,89 37,74 330,1 41,36 150 165 157 190 650 86,82 839,3 1033 223,5 41,67 284,7 152,7 218,9 970,2 195,8 100 150 190 189 45,77 82,03 1,84 1,84 1,85 1,92 1,81 2,15 1,94 2,12 1,89 1,97 2,11 1,98 1,8 1,9 1,89 1,88 1,97 1,89 2,11 1,8 2,06 1,88 1,86 1,8 2,06 2,14 2,04 1,9 1,88 1,89 1,91 1,96 1,94 STT 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 Tên chủng phân lập Nồng độ DNA (ng/µl) OD260/280 I34 I35 I36 I37 I38 I39 I40 I41 I42 I43 I44 I45 I46 I47 I48 I49 I50 I51 I52 I53 I54 I55 I56 I57 I58 I59 I60 I61 I62 I63 I64 I65 I66 I67 I68 I69 87,37 290 59,47 300 320 450 208,5 64,21 455,7 315,3 315,8 315,5 315 64,42 270 270 1129 500 230 320 223 145 167 213 453 124 167 123,7 61,56 725 394 191 140,1 243,4 252,4 213,3 1,99 1,89 1,92 1,93 1,89 1,95 1,96 1,85 1,73 2,11 1,78 1,79 1,8 1,87 1,8 1,89 2,13 1,8 1,98 1,78 1,99 1,8 1,87 1,82 1,89 1,84 1,87 1,93 1,88 1,89 2,1 2,1 2,07 2,13 2,11 2,1 57 STT 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 Tên chủng phân lập Nồng độ DNA (ng/µl) OD260/280 I70 I71 I72 I73 I74 I75 I76 I77 I78 I79 I80 I81 I82 I83 I84 I85 I86 I87 I88 I89 I90 I91 I92 I93 I94 I95 I96 I97 I98 I99 I100 I101 I102 I103 I104 I105 288,6 98,81 130,5 61,24 259,4 123,9 228,5 40,6 49,43 143,9 286,7 661 776,5 576,8 88,22 70,42 96,28 54,16 45,47 46,3 101 85,44 45,98 59,54 602,6 434,9 640,8 111,7 255 86,03 33,32 275 139,5 200 61,38 214,1 2,07 2,09 2,05 1,83 2,05 2,07 2,09 1,79 1,94 2,02 2,02 1,86 1,88 2,06 1,86 1,71 1,96 1,84 1,9 1,88 1,89 1,87 1,95 1,83 2,05 2,05 2,03 2,07 1,88 1,87 2,03 1,99 1,85 1,91 1,91 58 STT 106 107 108 109 110 111 112 113 114 Tên chủng phân lập Nồng độ DNA (ng/µl) OD260/280 I106 I107 I108 I109 I110 I111 I112 I113 I114 113,8 140 121,7 135,5 94,16 239 172,9 104,5 112,6 1,95 1,96 1,83 1,95 1,98 1,84 1,83 1,94 1,98 59 Phụ lục Một số hình ảnh trình thực đề tài Hình ảnh q trình thu mẫu bệnh đạo ơn Hình ảnh q trình làm việc phịng thí nghiệm ... HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN HÀ THỊ LOAN ĐÁNH GIÁ SỰ ĐA DẠNG DI TRUYỀN CỦA QUẦN THỂ NẤM MAGNAPORTHE ORYZAE GÂY BỆNH ĐẠO ÔN TRÊN LÚA Ở MIỀN BẮC VÀ MIỀN TRUNG VIỆT NAM BẰNG CHỈ THỊ SSR Chuyên ngành: Sinh... ? ?Đánh giá đa dạng di truyền quần thể nấm Magnaporthe oryzae gây bệnh đạo ôn lúa miền Bắc miền Trung Việt Nam thị SSR? ?? Kết nghiên cứu cung cấp mức độ đa dạng di truyền quần thể tác nhân gây bệnh, ... dụng thị SSR nhằm bước đầu dự đoán đa dạng di truyền củaquần thể nấm đạo ơn Việt Nam 13 1.3 Tình hình nghiên cứu chọn tạo giống lúa kháng bệnh đạo ôn 1.3.1 Chọn tạo giống lúa kháng bệnh đạo ôn thị