Đánh giá sự đa dạng di truyền của giống lan rừng Dendrobium thu thập

Đánh giá sự đa dạng di truyền của giống lan rừng Dendrobium thu thập tại Tp. Hồ Chí Minh và rừng Nam Cát Tiên bằng kỹ thuật RAPD (97 trang)

      Dendrobium T H       2007           Dendrobium T H       2007   TS.    CN.    iii  : -  -     -   : -  - TS.  -   , .    TP. HCM    , Nai  .   , , .      iv  ,  . , 9/2007.  Dendrobium   : TS. , TS. , CN. . :  , . , , Dendrobium. Dendrobium ,  ,  . ,   Dendrobium, , , .  h cao. ,  . ,  10 Dendrobium  c Version 2.1 Winboot.   . 6  : OPAC10, OPAH13, 0PB01, OPB08, S1384, U693   . , x  10 Dendrobium. , h 5 0.39  0.79. v SUMMARY Genetic diversity analysis of wild Dendrobium stem at Ho Chi Minh city and Nam Cat Tien forest by RAPD Supervisor: Tran Thi Dung1, PhD; Vo Thai Dan2, PhD; Luu Phuc Loi1, BSc Student: Truong Minh Dung1 1Department of Biotechnology, Nong Lam university, Ho Chi Minh city 2Faculty of Agriculture, Nong Lam university, Ho Chi Minh city To analysis the genetic diversity of wild Dendrobium orchid, six decamers were used for 10 wild Dendrobium species, collected from Ho Chi Minh city and Nam Cat Tien forest (Dong Nai province). Collecting 10 species from Ho Chi Minh city and Nam Cat Tien forest (Dong Nai province), optimizing of protocols for DNA extraction and purification, constructing of protocol for RAPD, analyzing the genetic of 10 wild Dendrobium species by RAPD and constructing the dendrogram by NTSYSpc 2.1 software, Winboot program are the objective of the study. Methods - To identify 10 wild Dendrobium species with genotype. - Extraction of total DNA from fresh tissue of 10 wild Dendrobium species. - Six random primer: OPAC10, OPAH13, OPB01, OPB08, S1384, U693 were used to analysis of genetic diversity. - Following RAPD reactions, dendrogram were constructed by NTSYSpc 2.1 and Winboot program. Conclusion Six decamers are enough to compare the identity of all samples. We could use those primers to establish the methodology to perform genetic comparisons in Vietnam. Besides, the genetic diversity among 10 wild Dendrobium species were established to support the breeder overcome difficulties in plant salection. vi   Trang  iii   . iv SUMMARY . v  . vi  . ix  x  x  xi 1.  . 1 1.1.  . 2 1.2.  ung   2 2.  3 Dendrobium 3  . 3 Dendrobium 5  6   8  . 11  11  14  . 14 2.3.2.2. Primer . 14 2.3.2.3. dNTP . 16 2.3.2.4. MgCl2 . 17 2.3.2.5. Taq 17 vii 2.3.5.6. Buffer 17    . 18  18  18  . 18  . 19   19 2.5. Winboot 26 2.5.1. NTSYSpc version 2.1 26 2.5.2. Winboot . 28 2.6 . 29 2.6.1.  29 2.6.2. nh h 31 3.  32  . 32  32 3.1.2  . 32  32 Dendrobium  . 32 3.2.2. T-  . 34  34  36  36  . 36 -  . 45 4.1. Dendrobium    45 viii 4.2.    . 48 4.3.   . 53 4.4. 10 Dendrobium d  54 4.5. 10 Dendrobium b 2.1 Winboot 60 -  69 5.1.  . 69 5.2.  70  . 71  ix     AFLP: Amplified Fragment Length Polymorphism bp: base pair CTAB: Cetyl Trimethyl Ammonium Bromide DNA: Deoxyribonucleic acid dNTP: Deoxyribonucleotide triphosphate EB: extraction buffer EDTA: Ethylene Diamine Tetra acetic Acid mM: milimolar (milimol/lite) NCT:  OD: Optical density PCR: Polymerase Chain Reaction pmol: Picomol RAPD: Random Amplified Polymorphic DNA RFLP: Restriction Fragment Length Polymorphism RNA: Ribonucleic acid Rnase: Ribonuclease SSR: Simple Sequence Repeat Ta : Annealing t TAE: Tris  Acetate  EDTA TE: Tris  EDTA  TP. HCM:   UPGMA: Unweighted Pair Group Method with Arithmetic VNTR: variable number tandem repeat x   Trang  11  34   . 37  . 40  42  42 4.1. Dendrobium 46 4.2.  Dendrobium . 47 B 50 4.4. (ng/)  51  . 53  . 53  . 55 Dendrobium thu  62   Trang  3 qu 50  . 51 [...]... 2.4 Đa dạng di truyền – một số phƣơng pháp nghiên cứu đa dạng di truyền 2.4.1 Đa dạng di truyền Đa dạng di truyền là tập hợp tất cả các gen khác nhau của tất cả các cá thể thực vật, động vật, nấm, và vi sinh vật Đa dạng di truyền tồn tại trong một loài và giữa các loài khác nhau Đa dạng di truyền là sự đa dạng về thành phần gen giữa các cá thể trong cùng một loài và giữa các loài khác nhau; là sự. .. tiến hành nghiên cứu tính đa dạng về di truyền của giố ng lan rƣ̀ng Dendrobium bằng kỹ thu t RAPD vì đây là kỹ thu t đơn giản, cho kết quả nhanh, và đặc biệt là không cần phải biết trƣớc trình tự bộ gen của đối tƣợng 2 Trên cở sở đó , chúng tôi đa tiế n hành nghiên cƣ́u và thƣ̣c hiê ̣n đề tài : Đa nh giá đa dạng di truyền của giống lan rừng Dendrobium thu thập ta ̣i Thành ph ố Hồ... nhau; là sự đa dạng về gen có thể di truyền đƣợc trong một quần thể hoặc giữa các quần thể Qua đó, sự đa dạng của các biến dị có thể di truyền trong một loài, một quần xã hoặc giữa các loài, các quần xã đƣợc biểu hiện Xét cho cùng, đa dạng di truyền chính là sự biến dị của sự tổ hợp trình tự của bốn cặp bazơ cơ bản, thành phần của axit nucleic, tạo thành mã di truyền Đa dạng di truyền giúp... các giống lan rừng Dendrobium thu thập tại Nam Cát Tiên 57 Hình 4.10 Ảnh điện di sản phẩm RAPD với primer OPB01 đối với các giống lan rừng Dendrobium thu thập tại Thành phố Hồ Chí Minh 57 Hình 4.11 Ảnh điện di sản phẩm RAPD với primer OPB01 đối với các giống lan rừng Dendrobium thu thập tại Nam Cát Tiên 58 xi Hình 4.12 Ảnh điện di sản phẩm RAPD với primer OPB08 đối với các giống lan. .. điện di sản phẩm RAPD với primer OPAC10 đối với các giống lan rừng Dendrobium thu thập tại Thành phố Hồ Chí Minh 55 Hình 4.7 Ảnh điện di sản phẩm RAPD với primer OPAC10 đối với các giống lan rừng Dendrobium thu thập tại Nam Cát Tiên 56 Hình 4.8 Ảnh điện di sản phẩm RAPD với primer OPAH13 đối với các giống lan rừng Dendrobium thu thập tại Thành phố Hồ Chí Minh 56 Hình 4.9 Ảnh điện di sản... rừng Dendrobium thu thập tại Thành phố Hồ Chí Minh 58 Hình 4.13 Ảnh điện di sản phẩm RAPD với primer OPB08 đối với các giống lan rừng Dendrobium thu thập tại Nam Cát Tiên 59 Hình 4.14 Ảnh điện di sản phẩm RAPD với primer S1384 đối với các giống lan rừng Dendrobium thu thập tại Thành phố Hồ Chí Minh 59 Hình 4.15 Ảnh điện di sản phẩm RAPD với primer S1384 đối với các giống lan rừng Dendrobium. .. Dendrobium thu thập tại Nam Cát Tiên 60 Hình 4.16 Ảnh điện di sản phẩm RAPD với primer U693 đối với các giống lan rừng Dendrobium thu thập tại Thành phố Hồ Chí Minh 60 Hình 4.17 Ảnh điện di sản phẩm RAPD với primer U693 đối với các giống lan rừng Dendrobium thu thập tại Nam Cát Tiên 61 Hình 4.18 Sơ đồ phân nhóm di truyề n dựa trên kết quả RAPD đối với nhóm lan rừng Dendrobium thu thập. .. nhiên - Mô tả quan hệ di truyền của các giống lan rừng Dendrobium bằng phần mềm NTSYS và Winboot 3 Chƣơng 2 TỔNG QUAN TÀI LIỆU 2.1 Giới thiệu tổng quan về giống lan rừng Dendrobium Dendrobium thu c tông Epidendreae, họ phụ Epidendroideae, phân họ Orchidaceae Lan Dendrobium có màu sắc phong phú, không thua kém bất cứ giống lan nào khác từ trắng, hồng, đỏ, vàng, tím đến các loại Dendrobium có sọc... nhóm lan Dendrobium Hình 2.1 Các giống lan rừng Dendrobium 6 Theo nhà phân loại học Việt Nam Phạm Hoàng Hộ, giống lan Dendrobium đƣợc chia thành 13 nhóm sau: Nhóm Bolbidium Nhóm Callista Nhóm Apoum Nhóm Strongyle Nhóm Gastridium Nhóm Conostalix Nhóm Rhopalanthe Nhóm Formosae Nhóm Pedilonum Nhóm Dendrobium Nhóm Breviflores Nhóm Dischophyllum Nhóm Stachyobium Trong đó, các giống lan nghiên... Isozyme là các dạng protein có cùng phản ứng enzyme nhƣng có sự khác nhau khi chạy điện di Kỹ thu t điện di đƣợc dùng để đo sự di động của phân tử protein trong một khoảng thời gian nhất định, trên điện trƣờng đồng nhất Các protein đột biến khác nhau về điện tích sẽ có sự di chuyển khác nhau nên có thể phát hiện sự khác nhau giữa chúng bằng kỹ thu t điện di Sự khác nhau này phản ánh sự khác nhau . Bolbidium Callista Apoum Strongyle Gastridium Conostalix Rhopalanthe Formosae Pedilonum  Dendrobium.  : ng di truyn ca ging lan rng Dendrobium thu th  H  .