XÁC ĐỊNH GENOTYPE CHỦNG VIRUS NEWCASTLE PHÂN LẬP TẠI VIỆT NAM DỰA TRÊN MỘT PHẦN GEN KHÁNG NGUYÊN F

XÁC ĐỊNH GENOTYPE CHỦNG VIRUS NEWCASTLE PHÂN LẬP TẠI VIỆT NAM DỰA TRÊN MỘT PHẦN GEN KHÁNG NGUYÊN F

HỌC VIỆN NÔNG NGHIỆP VIỆT NAM KHOA CÔNG NGHỆ SINH HỌC

KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP

ĐỀ TÀI

XÁC ĐỊNH GENOTYPE CHỦNG VIRUS NEWCASTLE PHÂN LẬP TẠI VIỆT NAM DỰA TRÊN MỘT PHẦN GEN KHÁNG NGUYÊN F

HÀ NỘI, 10/2016

HỌC VIỆN NÔNG NGHIỆP VIỆT NAM

KHOA CÔNG NGHỆ SINH HỌC

KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP

Viện Công nghệ sinh học TS.Nguyễn Hữu Đức Học viện Nông nghiệp Việt Nam

HÀ NỘI, 10/2016

LỜI CAM ĐOAN

Tôi xin cam đoan toàn bộ kết quả trong luận văn là do chính tôi trực tiếp thựchiện

Các số liệu và kết quả được công bố trong luận văn là hoàn toàn trung thực,chính xác và chưa được công bố ở bất kỳ công trình nào khác

Hà Nội, ngày tháng năm 2016

Sinh viên

LỜI CẢM ƠN

Lời đầu tiên, tôi xin bày tỏ lòng kính trọng và biết ơn sâu sắc tới TS.Lê Thị KimXuyến- Cán bộ phòng Miễn dịch học, Viện Công nghệ sinh học- Viện hàn lâm Khoahọc và Công nghệ Việt Nam vàThầy giáoTS Nguyễn Hữu Đức – Phó Trưởng khoaCông nghệ sinh học, Trưởng Bộ môn Công nghệ sinh học Động vật – Học viện Nôngnghiệp Việt Namlà người đã trực tiếp hướng dẫn, tận tình chỉ bảo và tạo mọi điều kiệntốt nhất cho tôi trong suốt quá trình học tập và nghiên cứu khoa học

Tôicũng xin gửi lời cảm ơn sâu sắc tớicác cán bộ phòng Miễn dịch học đã luôntận tình chỉ bảo, động viên và cho tôi những lời khuyên quý báu trong công việc cũngnhư trong cuộc sống

Tiếp theo, tôi xin gửi lời cảm ơn đến các Thầy, Cô trong khoa Công nghệ sinhhọc - Học viện Nông nghiệp Việt Nam, đã tận tình chỉ bảo cho tôi trong suốt quá trìnhhọc tập tại trường

Cuối cùng, tôi xin được bày tỏ lòng biết ơn vô hạn đến Bố, Mẹ và toàn thểnhững người thân trong gia đình cùng bạn bè đã luôn hỗ trợ, động viên, khuyến khíchtôi trong suốt thời gian qua

Tôi xin chân thành cảm ơn!

Hà Nội, ngày tháng năm 2016

Sinh viên

MỤC LỤC

DANH MỤC HÌNH

DANH MỤC BẢNG

DANH MỤC CÁC TỪ VIẾT TẮT

(Chữ viết tắt, kí hiệu chuyên ngành)

cDNA Complementary Deoxyribonucleic Acid

PHẦN 1: MỞ ĐẦU

Chăn nuôi gia súc, gia cầm từ lâu đã đóng một vị trí quan trọng trong ngành chănnuôi của nước ta Trong những năm gần đây, ngành chăn nuôi đã có những thay đổiđáng kể và có ảnh hưởng không nhỏ đến quá trình phát triển của ngành nông nghiệpViệt Nam, góp phần cải thiện đời sống vật chất, nâng cao mức sống cho người dân ởthành thị cũng như nông thôn Tuy nhiên, bên cạnh những thành tựu đã đạt được, chănnuôi gia cầm cũng đang gặp phải những khó khăn khách quan và thách thức khôngnhỏ do bệnh tật gây ra, gây tổn hại nghiêm trọng về kinh tế cho ngành chăn nuôi Mộttrong những bệnh thường gặp ở gia cầm tại các cơ sở chăn nuôi là bệnh Newcastle

Bệnh gây ra bởi virus Paramyxovirus serotype 1 thuộc nhóm Paramyxovididae, chúng

gây bệnh tích trên đường hô hấp, tiêu hóa và tác động tới hệ thần kinh, bệnh thườngnhiễm ghép với các bệnh khác và tỉ lệ chết rất cao Bệnh được phát hiện vào nhữngnăm 20 của thế kỉ XX nhưng cho đến nay bệnh vẫn là mối đe dọa nguy hiểm đối vớingành chăn nuôi gia cầm Việt Nam nói riêng và thế giới nói chung Hiện nay, bệnhchưa có thuốc điều trị Biện pháp tốt nhất để kiểm soát nguy cơ bùng phát dịch bệnh làthực hiện an toàn sinh học và sử dụng vacine phòng bệnh (Grace D., 2014)

Với mục đích tìm hiểu về đặc tính phân tử của chủng virus Newcastle đương nhiễm

tại Việt Nam, chúng tôi tiến hành thực hiện đề tài “Xác định genotype của chủng

virus Newcastle phân lập ở Việt Nam dựa trên một phần gen kháng nguyên F”.

 Mục tiêu nghiên cứu

- Xác định trình tự một phần gen kháng nguyên F của chủng virusNewcastle phân lập tại Việt Nam

- Đưa ra được những phân tích, đánh giá về các đặc tính sinh học củagenotype đã được xác định với các genotype trên thế giới

- Xây dựng được mối quan hệ nguồn gốc phả hệ với các genotype đã đượccông bố trên thế giới

PHẦN 2: TỔNG QUAN TÀI LIỆU

2.1 Đại cương về bệnh Newcastle

Bệnh Newcastle hay còn gọi là bệnh gà rù, là một bệnh truyền nhiễm cấp tính lây lanrất nhanh ở gà, do một loại virus thuộc nhóm Paramixo gây ra Bệnh gây xáo trộn và hưhại trên đường tiêu hóa, hô hấp, thần kinh Bệnh là mối nguy hiểm thường trực cho ngànhchăn nuôi gia cầm Bệnh gây chết với tỉ lệ chết có thể lên đến 100% (Doyle, 1985)

2.1.1.Lịch sử và địa dư bệnh

 Lịch sử bệnh

Năm 1926, bệnh Newcastle xảy ra đầu tiên ở quần đảo Java (Indonesia) và ởNewcastle- upon- type (Anh) Theo Doyle (1985), các nhà khoa học đã tiến hành giảiphẫu và mô tả bệnh, đây là bệnh có tỉ lệ chết cao, có khi lên tới 100%

Riêng ở California (Mỹ), bệnh này xảy ra vào giữa những năm 1930 (Alexander,1988) được gọi là bệnh “viêm não phổi”, bệnh có tỉ lệ chết thấp, hiếm khi tới 15%, vớibiểu hiện hô hấp nhẹ, đôi khi có triệu chứng thần kinh nhưng khác hẳn với bệnh đãđược Doyle mô tả

Sau đó, vào các năm 1941, 1946, 1951, một số lượng lớn ổ dịch do virus Newcastlelại xuất hiện ở Mỹ và đã thiệt hại 52 triệu đôla Bệnh tiếp tục bùng phát mãnh liệt vàonăm 1977, 1979 và 1980 Năm 2002, bệnh lại quay lại California và Nevadan, đếntháng 1 năm 2003 đã có hơn 1,2 triệu gia cầm bị bệnh và buộc phải tiêu hủy để ngănngừa bệnh lây lan (OIE, 2005)

Tại Venezuela, Mexico tỉ lệ chết của gà trưởng thành tới 100% (Brandly, 1965).Năm 1966, bệnh xảy ra ở Iran với thể cấp tính Bệnh lây lan vào châu Á rồi từ Tây Âuqua Trung Đông (Lancaster và Alexader, 1975)

Ở châu Âu, cho đến năm 1990 các vụ dịch xảy ra ở những năm đầu của thập kỉ 70vẫn diễn ra nhưng với quy mô nhỏ lẻ mặc dù đã có chương trình về vaccine để tiêmchủng cho gà (Alexander et al., 1998)

 Tình hình bệnh trên thế giới

Virus Newcastle (Newcastle Disease Virus-NDV) được báo cáo có thể lây nhiễm ởđộng vật từ chim, bò sát và con người, có ít nhất 241 loài chim đại diện cho 27 trongtổng 50 bộ của lớp Chim Hầu như tất cả các loài chim đều dễ bị lây nhiễm, tuy nhiên

bệnh Newcastle có thể biến đổi đa dạng từ loài này sang loài khác (FAO, 2002).

NDV thường xuyên phân lập từ các loài chim hoang dã và các loài thủy cầm khác.Hầu hết những virus này được phân lập từ chim đều có độc lực thấp đối với gà(Lancaster và Alexander, 1975) Các vụ dịch nghiêm trọng của NDV ở chim hoang dãđược báo cáo ở chim Phalacrocorax auritus trong những năm 1990 tại Bắc Mỹ.Những báo cáo phát hiện sớm hơn của ND ở loài này và các loài liên quan khác là vàocuối những năm 1940 tại Scotland và Quebec năm 1975 (FAO, 2002) Các vụ dịch xảy

ra gần đây liên quan đến chim cốc là năm 1990 tại Alberta, Saskatchewan và Manitobacủa Canada Năm 1992, bệnh này quay trở lại lây nhiễm trên chim cốc ở phía TâyCanada, xung quanh hồ Great Lakes và sau đó lây lan sang gà tây

Các loại gia cầm có thể bị lây nhiễm NDV và chúng đóng vai trò quan trọng trong quátrình kiểm soát lây nhiễm NDV Các loài chim bao gồm vịt, gà, ngỗng, gà tây, bồ câu Vào những năm cuối thập niên 70, một chủng Newcastle với nhiều kháng nguyênkhác nhau từ giống cổ điển đã xuất hiện ở chim bồ câu Nghiên cứu bệnh Newcastle ởchim bồ câu cho thấy tỉ lệ mắc chiếm từ 30%- 70%, tỉ lệ chết có thể thấp, hiếm khivượt quá 100% Thời gian ủ bệnh từ vài ngày đến vài tuần Triệu chứng chủ yếu là thầnkinh và ỉa chảy, ngoài ra còn thấy triệu chứng ở đường hô hấp, viêm mũi, viêm màng kếtmạc mắt, run rẩy, ngoẹo cổ và thiếu sự kết hợp (Alexander, 1986; Estudillo, 1972)

Bệnh biểu hiện ở gà tây là bình thường, ít nghiêm trọng, với triệu chứng chủ yếu là hôhấp và thần kinh Bệnh có ảnh hưởng đến sản xuất trứng, trứng có vỏ mềm, mất hình dáng

và chất lượng trứng giảm Gà có thể liệt 1-2 chân, trong ổ dịch quá cấp có tỉ lệ chết cao.Chim cút ít mẫn cảm với virus Newcastle hơn gà, thời gian ủ bệnh từ 2- 15 ngày,trung bình 5-6 ngày Tỉ lệ chết có thể lên tới 90% ở chim cút hậu bị và 50% ở chim cúttrưởng thành

Vịt, ngan, ngỗng đều có khả năng nhiễm bệnh Newcastle (Asplin, 1947; Higgins,

1971 và Estudillo, 1972) Ở ngỗng và vịt mắc bệnh có biểu hiện liệt chân, cánh vàkhông có triệu chứng hô hấp Tỉ lệ nhiễm của ngỗng, ngan và vịt khoảng 10% hoặc íthơn Tỉ lệ chết chỉ có ở vịt và ngỗng khoảng 10%

Gà là đối tượng có tỉ lệ nhiễm và chết do bệnh Newcastle cao nhất trong các loạigia cầm Bệnh xảy ra ở mọi lứa tuổi Tỉ lệ chết 90-100%

Bệnh ít xảy ra ở người nhưng bệnh có thể gây viêm kết mạc mắt, các hạch lâm ba ngoại

biên, trong trường hợp bệnh nặng có thể gây khó thở, viêm phổi Trẻ em có thể bị viêm màngnão.

 Tình hình bệnh tại Việt Nam

Ở Việt Nam bệnh đã có từ lâu, nhưng mãi đến năm 1949, Jacotot và Louet đãchứng minh virus Newcastle ở Nha Trang sau khi nghiên cứu gây bệnh thực nghiệmcho gà và nuôi cấy trên phôi gà, làm phản ứng ngưng kết hồng cầu (HA), phản ứngngăn trở ngưng kết hồng cầu (HI) và miễn dịch chéo Năm 1956, Nguyễn Lương vàTrần Quan Nhiên đã nghiên cứu bệnh này ở nhiều tỉnh và chứng minh chắc chắn rằngbệnh Newcastle đã có ở nước ta Ở miền Bắc từ cuối năm 1955-1957 đã có nhiềunghiên cứu tìm hiểu bệnh dịch tả gà và bệnh Newcastle, chưa thấy có virus dịch tả gà.Điều này cũng phù hợp với thông báo của uy ban quốc tế phân loại virus gà: từ năm

1940 trở lại đây trên thế giới không có bệnh dịch tả gà cổ điển nữa Nguyễn Bá Huệ vàNguyễn Thu Hồng (1980) đã nghiên cứu và chứng minh được rằng: virus gây ranhững trận dịch lớn năm 1970 ở nông trường An Khánh, đầu năm 1974 ở Đông Anh,

Hà Nội, Hải Phòng là do virus cường độc Newcastle gây ra

Theo nghiên cứu tình hình bệnh Newcastle trên các giống gà thả vườn đượcthực hiện qua việc khảo sát dấu hiệu lâm sàng, quan sát bệnh tích và xét nghiệm bằngphản ứng ngưng kết hồng cầu (HA) và ức chế ngưng kết hồng cầu (HI) từ 47 đàn gàtại tỉnh Hậu Giang trong năm 2011, kết quả cho thấy có 23 đàn gà mắc bệnhNewcastle từ 35 đàn nghi ngờ Tỷ lệ chết của gà mắc NDV là 20,02% cao hơn gà mắccác bệnh khác (18,09%) Bệnh thường xảy ra nhất ở các đàn gà không được tiêmphòng, kế đến là các đàn gà chỉ được tiêm phòng 1 lần và gà được tiêm phòng 2 lần

Cho đến nay, ở Việt Nam, bệnh Newcastle vẫn thường xuyên xảy ra và gây ra nhữngtổn thất lớn trong ngành chăn nuôi gà, nhất là chăn nuôi gà công nghiệp phát triển mạnh

2.1.2 Đặc tính gây bệnh

Bện Newcastle do loài virus Newcastle gây nhiễm trên các loài gia cầm như gà, gàtây, chim cút, bồ câu Mọi lứa tuổi đều cảm thụ với bệnh, gia cầm non mẫn cảm hơngia cầm lớn Vịt, ngỗng …và người cũng có thể nhiễm đề kháng với virus Những loàichim như két đóng vai trò là vật mang trùng Năm 1987, Acha và Szyfres phát hiện rabệnh ít xảy ra trên người, chủ yếu là những người có tính chất nghề nghiệp có liênquan như: công nhân lò mổ, nhân viên phòng thí nghiệm hoặc những người thực hiện

việc chủng ngừa vaccine sống (Kaleta, E.F & Baldauf, C , 1988) Dấu hiệu lâm sàngcủa bệnh rất khác nhau giữa các loài chim bị nhiễm virus Hầu hết thủy cầm đề khángvới virus nhưng những loài chim nuôi nhốt thành đàn lại mẫn cảm với virus

Hình 2.1: Vòng truyền lây của virus Newcastle (Nguồn: http://chicucthuydnai.gov.vn ) 2.1.3 Cơ chế gây bệnh

Thời gian ủ bệnh trên gà từ 2- 5 ngày, bồ câu từ 4 -18 ngày (Beard và Hanson,1984), chim cút từ 2 -15 ngày, nhưng trung bình từ 5 -6 ngày (Sharaway, 1994)

Virus có thể xâm nhập vào cơ thể qua đường tiêu hóa, qua niêm mạc hầu, họng vàomáu, gây nhiễm trùng huyết và gây viêm hoại tử từ nội mô ở các cơ quan, gây xuấthuyết do thành huyết quản bị phá hủy và xuất dịch vào các xoang trong cơ thể

Virus không tác động trực tiếp gây viêm phổi, nhưng thường gây khó thở do tácđộng của virus làm rối loạn hệ thống tuần hoàn và trung khu hô hấp của hệ thầnkinh trung ương

Tùy thuộc vào động lực của chủng virus gây bệnh và sức đề kháng của vật chủ màvật chủ đó có thể sống hoặc chết hoặc có thể miễn dịch với bệnh

Virus vào cơ thể sau khi được nhân lên, gây tổn thương thực thể tế bào rồi thải rangoài và nó có thể được phát hiện trong phân vào ngày thứ 3- 5 sau khi nhiễm bệnh(Nguyễn Vĩnh Phước, 1978; Nguyễn Thái và cs, 1976).

2.1.4 Triệu chứng lâm sàng

Bệnh lây lan nhanh, mạnh, qua hô hấp, tiêu hóa, tiết dịch Gà mọi lứa tuổi đều mắcbệnh và tỉ lệ chết thường rất cao từ 90 - 100% Bệnh có 5 thể biểu hiện: quá cấp tính,cấp, dưới cấp, mãn tính và không điển hình Theo Lê Văn Năm (2012), bệnh chia làm

3 thể: thể phát nhanh (thể quá cấp và cấp tính), thể trung bình (dưới cấp) và thể pháttriển chậm (thể mãn tính và thể không điển hình)

 Thể phát nhanh

- Gà bỏ ăn, ủ rũ, buồn ngủ, mào thâm, rù, tiêu chảy phân xanh hoặc trắng, khóthở, thở khò khè đôi khi sặc khoẹt kèm theo tiếng, nước mũi chảy dàn dụa,nước mắt, nước dãi chảy dài kéo thành sợi, diều chứa thức ăn không tiêu vànhiều hơi khí

- Ở gà đẻ thấy giảm đẻ, có nhiều trứng non, vỏ mềm, kích thước nhỏ, gà gầy sútnhanh và chết rất nhanh, chết mỗi ngày một tăng, tỷ lệ chết lên đến 100%

- Gà bệnh bị liệt chân, liệt cánh, ngoẹo đầu, ngoẹo cổ khiến gà không ăn uống được,gầy sút nhanh và chết Gà chết mỗi ngày một tăng, tỷ lệ chết lên đến 60-70%

cổ hoặc nằm tụm đống vào một góc chuồng, mòa thâm hoặc thâm xám

- Trong đàn gà phần lớn gà vẫn ăn uống bình thường thì đêm nào cũng có gàchết, chúng chết lác đác, rải rác lúc đầu vào ban đêm, sau tăng dần và chết cả

vào ban ngày, xác chết gầy, ướt, thịt thâm, mào thâm tím.

- Đối với gà đẻ, tỷ lệ đẻ giảm nhẹ dần theo thời gian và có nhiều trứng non, kíchthước nhỏ, đôi khi gà đẻ ra không có vỏ cứng, dễ rách vỡ

Hình 1Hình 2.2: Triệu chứng lâm sàng của bệnh Newcastle

4 3

 Chẩn đoán cận lâm sàng

+ Phương pháp phân lập virus:

Việc chẩn đoán xác định bệnh Newcastle được thực hiện thông qua sự phân lập vànhận dạng của virus (Alexander, 1998) Dịch từ khí quản và lỗ huyệt là nguồn dùng đểphân lập virus từ các loài chim đang sống mà không cần giết chúng Bông gạc đượcchèn vào khí quản hoặc lỗ huyệt, sau đó mẫu bệnh phẩm được đưa vào một lọ chứadung dịch đệm phosphate có penicilin và streptomycin sao cho đảm bảo mẫu được phủmột lớp màng Các mẫu này phải được giữ lạnh trong khi vận chuyển, bảo quản ở 40Cnếu chúng được xử lý trong vòng 48 giờ, hoặc đông lạnh ít nhất -200C cho đến khimẫu được phân lập (FAO, 2002) Phôi trứng gà 9 ngày tuổi được tiêm 0,1ml dịch vàokhoang niệu mô và tiếp tục ấp Những quả trứng này được soi 2 lần/ ngày (FAO, 2002.Khi phôi chết, thu nước trứng và kiểm tra bằng phản ứng ngưng kết hồng cầu Chẩnđoán dựa trên sự ức chế ngưng kết hồng cầu bằng dung dịch anti- NDV đặc hiệu

 Chẩn đoán cận lâm sàng

+ Phương pháp huyết thanh học

Trong trường hợp không tiêm phòng, sự hiện diện của kháng thể đặc hiệu chống lạiNDV cho thấy gà bị nhiễm virus tại một thời gian, nhưng không nhất thiết tại thờiđiểm lấy mẫu Thực tế, nồng độ kháng thể cao cho thấy cá thể mới bị lây nhiễm bệnh.Hai phương pháp được sử dụng để xác định nồng độ kháng thể: phản ứng ức chế hồngcầu (HI) và phương pháp miễn dịch liên kết enzyme (ELISA) (FAO, 2002) Cả haiphương pháp này cần phải thu thập mẫu máu của gà Theo Alders và Spradbrow(2001), các mẫu máu được lấy từ tĩnh mạch cánh Việc thu thập mẫu ở gà mái dễ hơn

ở gà trống, có thể lấy máu trực tiếp vào một ống tiêm hoặc thu vào ống sau khi dùngkim đâm vào tinh mạch Trong cả hai trường hợp, mẫu máu đông được dùng để táchhuyết thanh và bảo quản lạnh cho đến khi được đông lạnh trong phòng thí nghiệm.+ Các thử nghiệm ức chế ngưng kết hồng cầu

Virus Newcastle bị trung hòa bởi huyết thanh dương tính Newcastle, khi bị trunghòa, virus không còn khả năng gây ngưng kết hồng cầu Bằng phản ứng HI sẽ pháthiện kháng thể làm ngăn trở ngưng kết hồng cầu Dựa vào phản ứng này để phát hiệngián tiếp sự nhiễm virusNewcastle của đàn gà, xác định hiệu giá đáp ứng miễn dịchNewcastle với vaccine và để phân biệt các chủng virusNewcastle (FAO, 2002)

2.1.7 Phòng chống bệnh

 Thực hiện đầy đủ các quy định của pháp luật về thú y

Kiểm dịch gia cầm trước khi xuất nhập Thời gian kiểm dịch ít nhất 35 ngày với sựgiám sát chặt chẽ của thú y

 Vaccine phòng bệnh

Dựa vào đặc tính của virus Newcastle, khi xâm nhập vào cơ thể sẽ kích thích cơ thểsản sinh kháng thể, tạo khả năng miễn dịch chống lại bệnh một cách đặc hiệu Allen vàcộng sự (1978), Meulemans (1987) đã đề cập đến các loại vaccine Newcastle và việc

sử dụng vaccine Newcastle để khống chế bệnh

Có hai loại vaccine là vaccine sống và vaccine vô hoạt

- Vaccine sống (gồm hai chủng): chủng Lentogen và chủng Mesogen

- Vaccine vô hoạt: vaccine vô hoạt được sản xuất từ những virus sống, được xử lý bớtFormalin hoặc Betaprpiolactone, sau đó bổ sung thêm chất bổ trợ để làm tăng tínhmiễn dịch của vaccine (Sproteinnadbrow, P.B., 1988)

2.2 Sinh học phân tử virus Newcastle

2.2.1 Phân loại

NDV là thành viên thuộc chi Avulavirus, phân họ Paramyxovirinae, họ Paramyxiviridae

và bộ Mononergavirales (Mayo, 2002; Myrphy và cs, 1995) Virus này cũng được biết đến

thuộc phân nhóm PMV- 1(Alexander D.J, 1988).Các thành viên khác quan trọng của họ này làvirus sởi, virus quai bị, virus cúm loại 2 (PIV2), virus simian (SV5), virus hendra và virusnipah

2.2.2 Hình thái cấu tạo NDV

Virus Newcastle thuộc họ Paramyxoviridae, phân nhóm PMV- 1 (Alexander D.J,

1988) là một RNA virus sợi đơn, có cấu tạo xoắn Virus thường đa hình thái: hìnhtròn, hình trụ, hình sợi…virus có vỏ bọc lipid bên ngoài Kích thước virion của virus

từ 120- 130nm, trung bình khoảng 180nm Virus có cấu trúc nucleocapsid dạng xoắn

ốc đường kính 17- 18nm Vỏ bọc được phủ các gai (glycoprotein HN- F) dài 8- 12nm

Bộ gen của NDV bao gồm 6 gen được sắp xếp lần lượt 3’ NP-P-M-F-HN-L 5’ mãhóa cho ít nhất 8 protein (Yongqi Yan, 2008) Vùng gen từ đầu 3’ có chiều dài 55nucleotide mở đầu và vùng kết thúc 5’ dài 144 nucleotide Trình tự mở đầu và kết thúcrất cần thiết cho quá trình phiên mã và dịch mã của virus Giữa vùng gen mở đầu vàvùng gen kết thúc có một đoạn nucleotide không mã hóa được gọi là vùng gen hoạt động

(IGS- Intergenic sequences) với chiều dài từ 1-47 nucleotide (Yongqi Yan, 2008).

Hình 2.3: Cấu trúc bộ gen ND

Hình 2.4: Bản đồ gen RNA của NDV.

(Nguồn: Yongqi Yan, 2008)

Các gen của NDV mã hóa cho ít nhất 8 protein: NP, P, M, F, HN, L, V và W.Protein V và W được tạo ra bởi việc chèn phần bổ sung dư thừa G vào gen P của ORFnhờ RNA polymerase trong phiên mã gen P của quá trình chỉnh sửa(Yongqi Yan,2008) Hầu hết các tài liệu đều có liên quan đến chức năng của protein NDV được suy

ra từ những nghiên cứu về các thành viên khác của họParamyxoviridae hoặc họ Rhabdoviridae(Yongqi Yan, 2008).

Gen NP của virus Newcastle dài 1747 nucleotide, mã hóa cho 489 amino acid củaprotein NP NP có khối lượng phân tử được dự đoán là 54 kD Protein NP giữ vai trò quantrọng trong quá trình phiên mã để tái bản bộ gen của virus (Yongqi Yan, 2008)

Protein P và gen P: protein P là protein nặng nhất của virus, có bản chất là acid và đượctạo ra từ bản không sửa chữa của gen P trong ORF Chiều dài của gen P là 1451 nucleotide