Định danh và phân loại một số loài cá rạn san hô ở khánh hòa, việt nam dựa trên đặc điểm hình thái và di truyền

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC NHA TRANG VIỆN CÔNG NGHỆ SINH HỌC VÀ MÔI TRƯỜNG ĐỒ ÁN TỐT NGHIỆP ĐỊNH DANH VÀ PHÂN LOẠI MỘT SỐ LOÀI CÁ RẠN SAN HÔ Ở KHÁNH HÒA, VIỆT NAM DỰA TRÊN ĐẶC ĐIỂM HÌNH THÁI VÀ DI TRUYỀN Giảng viên hướng dẫn : ThS. Vũ Đặng Hạ Quyên TS. Đặng Thúy Bình Sinh viên thực hiện : Lê Phan Khánh Hưng Mã số sinh viên : 53130565 Khánh Hòa: 2015 i TRƯỜNG ĐẠI HỌC NHA TRANG VIỆN CÔNG NGHỆ SINH HỌC VÀ MÔI TRƯỜNG BỘ MÔN CÔNG NGHỆ SINH HỌC ---------------o0o--------------- ĐỒ ÁN TỐT NGHIỆP ĐỊNH DANH VÀ PHÂN LOẠI MỘT SỐ LOÀI CÁ RẠN SAN HÔ Ở KHÁNH HÒA, VIỆT NAM DỰA TRÊN ĐẶC ĐIỂM HÌNH THÁI VÀ DI TRUYỀN GVHD: ThS. Vũ Đặng Hạ Quyên TS. Đặng Thúy Bình SVTH: Lê Phan Khánh Hưng MSSV: 53130565 Khánh Hòa, tháng 06/2015 ii LỜI CẢM ƠN  Để hoàn thành đồ án tốt nghiệp, trước tiên em xin bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc tới ThS. Vũ Đặng Hạ Quyên và TS. Đặng Thúy Bình đã tận tình chỉ bảo và hướng dẫn em trong suốt thời gian nghiên cứu và thực hiện đồ án. Xin chân thành cảm ơn các thầy cô giáo thuộc Viện Công nghệ sinh học và Môi trường đã giảng dạy, truyền đạt những kiến thức chuyên ngành rất bổ ích cho em trong suốt quá trình học tập 4 năm qua. Em xin gửi lời cảm ơn đến Trung tâm Thí nghiệm Thực hành, trường Đại học Nha Trang đã tạo điều kiện thuận lợi về cơ sở vật chất cho em trong thời gian thực hiện đồ án. Em xin bày tỏ lòng biết ơn chân thành tới gia đình, người thân và các anh chị, bạn bè đã quan tâm, động viên và hỗ trợ em hoàn thành đồ án tốt nghiệp này. Do thời gian và kiến thức còn hạn chế nên đồ án tốt nghiệp của em không thể tránh khỏi những thiếu sót, em rất mong nhận được sự đóng góp ý kiến của quý thầy cô giáo để đồ án được hoàn thiện hơn. Em xin chân thành cảm ơn! Nha Trang, tháng 06 năm 2015 Sinh viên thực hiện Lê Phan Khánh Hưng iii TÓM TẮT Trong số các hệ sinh thái biển thì hệ sinh thái rạn san hô được xem là hệ có tính đa dạng và năng suất sinh học cao. Rạn san hô là nơi cư trú cho các loài sinh vật thuộc nhiều nhóm khác nhau, trong đó cá rạn là nhóm động vật xương sống có tính đa dạng loài cao nhất. Ngoài giá trị kinh tế, cá rạn còn có vai trò quan trọng trong việc cân bằng hệ sinh thái rạn san hô, một số loài cá rạn được xem như nhóm sinh vật chỉ thị cho hệ sinh thái rạn san hô. Vùng biển Khánh Hòa được đánh giá có tầm quan trọng đặc biệt về đa dạng sinh học biển, là khu vực có sự đa dạng và phong phú nhất về thành phần loài các họ cá rạn san hô trong vùng biển ven bờ Nam Trung Bộ. Nghiên cứu hiện tại tập trung vào phân loại một số loài cá rạn san hô ở khu vực này. Dựa vào đặc điểm hình thái, nghiên cứu phát hiện được 25 loài cá thuộc 22 giống, 15 họ, 5 bộ. Sử dụng trình tự gen 16S rRNA của DNA ty thể để kiểm chứng phân loại dựa vào hình thái và xây dựng mối quan hệ phát sinh chủng loại của các loài cá rạn san hô nghiên cứu. Cây phát sinh loài cho thấy sự đồng dạng của các loài cá nghiên cứu ở mức giống (Genus) và họ (Family), tuy nhiên chưa thể hiện được sự phân tách di truyền ở mức bộ (Order). Dữ liệu này có thể được sử dụng như nguồn dữ liệu đầu vào cho các nghiên cứu đa dạng sinh học và quản lý nguồn lợi hải sản tỉnh Khánh Hòa. iv MỤC LỤC LỜI CẢM ƠN ............................................................................................................... ii TÓM TẮT .................................................................................................................... iii DANH SÁCH HÌNH VẼ ..............................................................................................vi DANH SÁCH BẢNG BIỂU ...................................................................................... viii DANH SÁCH CÁC TỪ VIẾT TẮT ............................................................................ix MỞ ĐẦU .........................................................................................................................1 CHƯƠNG 1 – TỔNG QUAN .......................................................................................4 1.1. Tổng quan về vùng nghiên cứu ............................................................................4 1.2. Tổng quan về tình hình nghiên cứu đa dạng sinh học cá rạn san hô trong và ngoài nước ...................................................................................................................5 1.3. Ứng dụng kỹ thuật di truyền trong nghiên cứu đa dạng sinh học cá....................9 1.3.1. Hệ gen ty thể (mitochondrial DNA – mtDNA) ............................................................. 9 1.3.2. Ứng dụng kỹ thuật di truyền mã vạch trong nghiên cứu đa dạng sinh học cá.......... 12 CHƯƠNG 2 – ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU .....................15 2.1. Đối tượng, địa điểm và phương pháp thu mẫu ...................................................15 2.2. Sơ đồ nghiên cứu ................................................................................................16 2.3. Phân loại dựa trên đặc điểm hình thái ................................................................16 2.4. Nghiên cứu di truyền cá rạn san hô ....................................................................19 2.4.1. Tách chiết DNA, nhân gen bằng kỹ thuật PCR và giải trình tự ................................. 19 2.4.2. Phân tích dữ liệu và xây dựng mối quan hệ phát sinh chủng loại .............................. 21 CHƯƠNG 3 –KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU .................................................................24 3.1 Phân loại hình thái ...............................................................................................24 3.1.1 Thành phần loài các loài cá rạn san hô phổ biến thu tại Khánh Hòa, Việt Nam . 24 3.1.2. Đặc điểm hình thái các loài cá rạn san hô phổ biến thu tại Khánh Hòa, Việt Nam . 28 3.2. Nghiên cứu di truyền các loài cá rạn san hô phổ biến thu tại Khánh Hòa, Việt Nam69 3.2.1 Tách chiết DNA tổng số.................................................................................................. 69 3.2.2 Khuếch đại, giải trình tự DNA cá rạn san hô thu tại Khánh Hòa, Việt Nam............. 70 3.2.3 So sánh sự khác biệt trình tự giữa các loài cá nghiên cứu............................................ 71 3.2.4 So sánh sự tương đồng trình tự với Genbank................................................................ 73 v 3.2.5 Xây dựng cây phát sinh loài cá rạn san hô thu tại Khánh Hòa, Việt Nam................. 74 CHƯƠNG 4 - KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ ..........................................................80 4.1 Kết luận ...............................................................................................................80 4.2 Kiến nghị .............................................................................................................81 TÀI LIỆU THAM KHẢO...........................................................................................82 PHỤ LỤC .....................................................................................................................93 vi DANH SÁCH HÌNH VẼ Hình 1.1 – DNA ty thể người, bao gồm 37 gen mã hóa đặc trưng cho 13 mRNA, 2 rRNA và 22 tRNA. Mũi tên chỉ vùng gen (16S mtDNA) được sử dụng trong nghiên cứu hiện tại ....................................................................................................................10 Hình 2.1 – Các địa điểm thu mẫu cá trên địa bàn tỉnh Khánh Hòa ..............................15 Hình 2.2 – Sơ đồ khối nội dung nghiên cứu ..................................................................16 Hình 2.3 – Một số bộ phận của bộ cá xương ...................................................................17 Hình 2.4 – Các chỉ số đo trong phân loại cá ..................................................................18 Hình 2.5 – Các chỉ số đếm trong phân loại cá ...............................................................19 Hình 2.6 – Chu trình nhiệt của phản ứng PCR với gen 16S mtDNA............................20 Hình 3.1a – Hình thái Synodus variegatus ....................................................................28 Hình 3.1b – Đặc điểm hình thái Synodus variegatus ....................................................29 Hình 3.2a – Hình thái Fistularia commersonii ..............................................................30 Hình 3.2b – Đặc điểm hình thái Fistularia commersonii ..............................................30 Hình 3.3a – Hình thái Myripristis berndti .......................................................................31 Hình 3.3b – Đặc điểm hình thái Myripristis berndti .......................................................32 Hình 3.4a – Hình thái Rhinecanthus aculeatus .............................................................33 Hình 3.4b – Đặc điểm hình thái Rhinecanthus aculeatus .............................................34 Hình 3.5a – Hình thái Labracinus cyclophthalmus .........................................................35 Hình 3.5b – Đặc điểm hình thái Labracinus cyclophthalmus .........................................35 Hình 3.6a – Hình thái Parupeneus multifasciatus .........................................................36 Hình 3.6b – Đặc điểm hình thái Parupeneus multifasciatus .........................................37 Hình 3.7a – Hình thái Upeneus tragula.........................................................................38 Hình 3.7b – Đặc điểm hình thái Upeneus tragula .........................................................39 Hình 3.8a – Hình thái Parapercis clathrata .................................................................40 Hình 3.8b – Đặc điểm hình thái Parapercis clathrata ..................................................40 Hình 3.9a – Hình thái Ctenochaetus striatus ................................................................41 Hình 3.9b – Đặc điểm hình thái Ctenochaetus striatus .................................................42 Hình 3.10a – Hình thái Lutjanus russellii .....................................................................43 Hình 3.10b – Đặc điểm hình thái Lutjanus russellii......................................................44 Hình 3.11a – Hình thái Lethrinus nebulosus .................................................................45 Hình 3.11b – Đặc điểm hình thái Lethrinus nebulosus .................................................46 vii Hình 3.12a – Hình thái Scarus ghobban .......................................................................47 Hình 3.12b – Đặc điểm hình thái Scarus ghobban........................................................47 Hình 3.13a – Hình thái Scolopsis ciliatus .....................................................................48 Hình 3.13b – Đặc điểm hình thái Scolopsis ciliatus......................................................49 Hình 3.14a – Hình thái Iniistius pavo ............................................................................50 Hình 3.14b – Đặc điểm hình thái Iniistius pavo ............................................................51 Hình 3.15a – Hình thái Cheilinus oxycephalus .............................................................52 Hình 3.15b – Đặc điểm hình thái Cheilinus oxycephalus .............................................52 Hình 3.16a – Hình thái Cheilinus fasciatus ...................................................................53 Hình 3.16b – Đặc điểm hình thái Cheilinus fasciatus ...................................................54 Hình 3.17a – Hình thái Oxycheilinus digramma ...........................................................55 Hình 3.17b – Đặc điểm hình thái Oxycheilinus digramma ...........................................55 Hình 3.18a – Hình thái Thalassoma lunare ..................................................................56 Hình 3.18b – Đặc điểm hình thái Thalassoma lunare ...................................................57 Hình 3.19a – Hình thái Halichoeres melanochir ..........................................................58 Hình 3.19b – Đặc điểm hình thái Halichoeres melanochir ...........................................58 Hình 3.20a – Hình thái Halichoeres hortulanus ...........................................................59 Hình 3.20b – Đặc điểm hình thái Halichoeres hortulanus............................................60 Hình 3.21a – Hình thái Epinephelus merra ...................................................................61 Hình 3.21b – Đặc điểm hình thái Epinephelus merra ...................................................62 Hình 3.22a – Hình thái Epinephelus fasciatus ..............................................................63 Hình 3.22b – Đặc điểm hình thái Epinephelus fasciatus ..............................................63 Hình 3.23a – Hình thái Cephalopholis boenak .............................................................64 Hình 3.23b – Đặc điểm hình thái Cephalopholis boenak..............................................65 Hình 3.24a – Hình thái Diploprion bifasciatum ............................................................66 Hình 3.24b – Đặc điểm hình thái Diploprion bifasciatum ............................................67 Hình 3.25a – Hình thái Plectropomus leopardus ..........................................................68 Hình 3.25b – Đặc điểm hình thái Plectropomus leopardus ..........................................69 Hình 3.26 – Kết quả điện di DNA tổng số một số mẫu cá rạn san hô ..........................70 Hình 3.27 – Kết quả điện di sản phẩm PCR đoạn gen 16S mtDNA của một số mẫu cá rạn san hô .............................................................................................................................70 Hình 3.28 – Cây phát sinh loài từ phương pháp Neighbor – Joining với độ lặp lại 1000 lần dựa trên gen 16S mtDNA của các loài cá rạn san hô thu tại tỉnh Khánh Hòa,Việt Nam. ..75 viii DANH SÁCH BẢNG BIỂU Bảng 2.1 – Trình tự gen 16S mtDNA của các loài cá rạn san hô ..................................21 Bảng 3.1 – Danh sách các loài cá rạn san hô phổ biến thu tại Khánh Hòa, Việt Nam .24 Bảng 3.2 – Chỉ tiêu hình thái của các loài cá rạn san hô tiến hành phân loại được ở Khánh Hòa .....................................................................................................................26 Bảng 3.3 – Sự khác biệt về trình tự 16S mt DNA của 25 loài cá rạn san hô thu được ở Khánh Hòa, Việt Nam ...................................................................................................72 Bảng 3.4 – Kết quả độ tương đồng của các trình tự 16S mtDNA từ 25 loài cá rạn san hô thu tại Khánh Hòa, Việt Nam với dữ liệu từ Genbank .............................................73 ix DANH SÁCH CÁC TỪ VIẾT TẮT bp Base pairs cm Centimeter m Meter µL Microliter µM Micromol km Kilometer g Gam U Unit TĐTL Thước đo tỉ lệ DNA Deoxyribonucleic acid mt DNA Mitochondrial deoxyribonucleic acid RNA Ribonucleic acid rRNA Ribosomal ribonucleic acid tRNA Transfer ribonucleic acid COI Cytochrome coxidase subunit I Cyt b Cytochrome b PCR Polymerase Chain Reaction GB Ký hiệu cho các loài từ Genbank BT Bootstrap ctv Cộng tác viên 1 MỞ ĐẦU Vùng biển Việt Nam nằm trong khu vực nhiệt đới gió mùa, có diện tích khoảng 1.000.000 km2, bao bọc bờ phía đông phần đất liền từ Móng Cái (tỉnh Quảng Ninh) đến Hà Tiên (tỉnh Kiên Giang) với chiều dài trên 3.260 km. Trong vùng biển có khoảng 3.000 đảo lớn nhỏ nằm rải rác dọc ven bờ và hình thành các quần đảo lớn như Hạ Long – Cát Bà ở phía tây bắc vịnh Bắc Bộ, quần đảo Trường Sa và Hoàng Sa ở ngoài khơi Biển Đông. Cùng với sự tồn tại của đảo là các rạn san hô bao quanh đảo với thành phần loài phong phú và cấu trúc đa dạng, đã hình thành nên hệ sinh thái rạn san hô (Nguyễn Nhật Thi và ctv, 2005). Trong số các hệ sinh thái biển thì hệ sinh thái rạn san hô được xem là hệ có tính đa dạng và năng suất sinh học cao (Connell, 1978). Rạn san hô là nơi cư trú cho các loài sinh vật thuộc nhiều nhóm khác nhau, trong đó cá rạn là nhóm động vật xương sống có tính đa dạng loài cao nhất với 4.000 loài (Spalding và ctv, 2001). Cá rạn san hô được hiểu là nhóm cá có đời sống gắn liền với các sinh cảnh của rạn hoặc một phần trong vòng đời có đời sống liên quan tới rạn san hô (Nguyễn Nhật Thi và Nguyễn Văn Quân, 2005). Mặc dù hệ sinh thái rạn san hô chỉ chiếm diện tích nhỏ so với đại dương (khoảng 600.000 km2), nhưng hàng năm chúng đã cung cấp khoảng 10% sản lượng cá được khai thác trên toàn thế giới (Spalding và ctv, 2001). Ở Việt Nam, nguồn lợi cá khai thác từ các rạn san hô ven bờ và quanh các đảo có san hô phân bố đã cung cấp nguồn thực phẩm đáng kể cho nhu cầu sử dụng trong nước và xuất khẩu. Một số trung tâm khai thác cá rạn ở nước ta tập trung ở các vùng rạn san hô thuộc Cô Tô, Cát Bà, Bạch Long Vĩ, Sơn Trà, vịnh Nha Trang, Phú Quốc, Côn Đảo… Ngoài giá trị kinh tế, cá rạn còn có vai trò quan trọng trong việc cân bằng hệ sinh thái rạn san hô thông qua việc tham gia vào chuỗi thức ăn. Chức năng quan trọng của chúng là hấp thụ và phân hủy các chất hữu cơ, kiểm soát sự phát triển của rong, tảo (Sale, 1997). Một số loài cá rạn rất nhạy cảm với sự thay đổi của các yếu tố môi trường, chúng được xem như nhóm sinh vật chỉ thị cho hệ sinh thái rạn san hô (Hourigan và ctv, 1988). Hiện nay, cùng với sự gia tăng tốc độ dân số ngày càng nhanh, nhu cầu phát triển kinh tế – xã hội và đời sống ngày càng cao, các hoạt động khai thác hải sản ngày càng 2 được đẩy mạnh, đặc biệt là khai thác nguồn lợi hải sản trong các rạn san hô. Việc sử dụng các hình thức đánh bắt mang tính hủy diệt (dùng chất nổ, chất độc, xung điện…) được sử dụng khá phổ biến đã làm cho nguồn lợi hải sản nói chung và cá rạn nói riêng bị giảm sút nghiêm trọng (Lại Duy Phương, 2008). Theo nhiều kết quả nghiên cứu, sự suy giảm của các vùng rạn san hô đã kéo theo sự suy giảm đáng kể về mức độ phong phú của quần xã cá rạn, thậm chí dẫn đến nguy cơ biến mất của một số nhóm loài trú ẩn ở rạn san hô (Booth và Beretta, 2002). Điều này có liên quan một phần tới sự thiếu các thông tin cần thiết về hiện trạng và khả năng khai thác nguồn lợi cá rạn của người dân cũng như những người làm công tác quản lý nguồn lợi. Nhiều nghiên cứu về đa dạng sinh học các loài cá rạn san hô ở Việt Nam đã được tiến hành với phương pháp phân loại dựa trên đặc điểm hình thái (Orsi, 1974; Nguyễn Hữu Phụng và Nguyễn Văn Long, 1994; Nguyễn Hữu Phụng, 1998; Đỗ Văn Khương và ctv, 2005; Lại Duy Phương, 2008…). Vùng biển Khánh Hòa với đặc trưng các hệ sinh thái rạn san hô ven bờ cũng là nơi được tiến hành nhiều cuộc khảo sát về đa dạng thành phần loài cá rạn san hô, có thể kể đến các nghiên cứu của Nguyễn Hữu Phụng và Bùi Thế Phiệt (1986), Nguyễn Hữu Phụng (1989), Nguyễn Nhật Thi (1997), Nguyễn Nhật Thi và Nguyễn Văn Quân (2004)… Tuy nhiên, sự thay đổi về đặc điểm hình thái của các loài cá tùy theo môi trường rạn san hô nơi chúng sinh sống và các biến dị cá thể có thể gây nhầm lẫn cho công tác phân loại theo phương pháp này. Mặc dù đã có nhiều công trình nghiên cứu liên quan đến quần xã cá rạn san hô, nhưng cho đến nay chưa có nghiên cứu nào được công bố về dữ liệu di truyền của cá rạn san hô ở vùng biển Việt Nam nói chung và vùng biển Khánh Hòa nói riêng. Trước những thực trạng nêu trên, nhận thấy việc định danh, phân loại, thu thập bổ sung tư liệu về đối tượng cá rạn san hô là cần thiết, đề tài “Định danh và phân loại một số loài cá rạn san hô ở Khánh Hòa, Việt Nam dựa trên đặc điểm hình thái và di truyền” được thực hiện nhằm cung cấp dẫn liệu về hình thái và di truyền của một số loài cá rạn san hô ở địa bàn tỉnh Khánh Hòa. Đây là những dẫn liệu đầu vào về đa dạng loài, hệ thống phân loại và đặc điểm hình thái, di truyền của khu hệ cá rạn san hô tỉnh Khánh Hòa, làm cơ sở cho công tác bảo tồn và quản lý nguồn lợi hải sản. 3 Mục tiêu của đề tài Định danh và phân loại một số loài cá rạn san hô phổ biến ở vùng biển Khánh Hòa dựa trên đặc điểm hình thái và di truyền. Đối tượng và phạm vi nghiên cứu Các loài cá rạn san hô được thu tại các các thành phố Nha Trang và Cam Ranh, tỉnh Khánh Hòa từ tháng 10/2014 đến tháng 4/2015. Nội dung nghiên cứu - Thu mẫu cá rạn san hô ở địa bàn tỉnh Khánh Hòa. - Định danh các loài cá rạn san hô dựa vào đặc điểm hình thái. - Xây dựng cây phát sinh loài của những loài cá rạn san hô phổ biến ở tỉnh Khánh Hòa dựa trên chỉ thị phân tử 16S của DNA ty thể. Ý nghĩa của đề tài Nghiên cứu cung cấp dữ liệu về đa dạng sinh học của một số loài cá rạn san hô phân bố ở địa bàn tỉnh Khánh Hòa. Các dữ liệu có thể được sử dụng cho những nghiên cứu đa dạng sinh học và góp phần ứng dụng cho việc quản lý, bảo tồn, phát triển nguồn lợi nhóm cá rạn san hô. 4 CHƯƠNG 1 – TỔNG QUAN 1.1. Tổng quan về vùng nghiên cứu Tỉnh Khánh Hòa nằm ở khu vực duyên hải Nam Trung Bộ. Phía Bắc giáp tỉnh Phú Yên, phía Nam giáp tỉnh Ninh Thuận, phía Tây giáp hai tỉnh Đắk Lắk và Lâm Đồng, phía Đông giáp biển Đông. Trên bản đồ Việt Nam, Khánh Hòa nằm ở tọa độ địa lý từ 11o42’50’’ đến 12o52’15’’ vĩ độ Bắc và từ 108o40’33’’ đến 109o27’55’’ kinh độ Đông. Diện tích tự nhiên của tỉnh Khánh Hòa cả trên đất liền cùng với hơn 200 đảo và quần đảo là 5197 km2 (Sở Kế hoạch và Đầu tư tỉnh Khánh Hòa, 2014). Bờ biển tỉnh Khánh Hòa kéo dài từ mũi Đại Lãnh tới cuối vịnh Cam Ranh, có độ dài khoảng 385 km với nhiều cửa lạch, đầm, vịnh, cùng khoảng 200 đảo lớn, nhỏ ven bờ. Trong đó, quần đảo Trường Sa là nơi có vị trí quan trọng về an ninh quốc phòng và kinh tế của cả nước (Sở Kế Hoạch và Đầu tư tỉnh Khánh Hòa, 2014). Sông ngòi ở Khánh Hòa nhìn chung ngắn và dốc, cả tỉnh có khoảng 40 con sông dài từ 10 km trở lên, tạo thành mạng lưới phân bố khá dày. Trong đó, hai dòng sông chính là sông Cái (Nha Trang) và sông Dinh (Ninh Hòa). Các vịnh và đầm phá phân bố liên tục và dọc theo đường bờ biển: Vũng Rô – Đại Lãnh, Vũng Bến Gỏi – Vịnh Vân Phong, Vịnh Bình Cang, Đầm Nha Phu và Đầm Thủy Triều – Vịnh Cam Ranh. Hệ thống vịnh góp phần vào đặc trưng về địa mạo, trầm tích cũng như các yếu tố thủy động lực làm cho Khánh Hòa đa dạng và phong phú về nguồn lợi sinh vật. Với 7 bán đảo lớn và trên 200 đảo nhỏ tạo thành nhiều đầm, vịnh kín gió tạo điều kiện cho các đàn cá di cư đến sinh sản. Ven bờ có nhiều rạn san hô là nơi có đa dạng hải sản sinh sống với giá trị kinh tế cao (Nguyễn Tuấn, 2007). Các rạn san hô là các hệ sinh thái tự nhiên có năng suất sinh học sơ cấp cao, tạo cơ sở dinh dưỡng hữu cơ phong phú, cung cấp thức ăn không chỉ cho chính bản thân sinh vật sống trong rạn mà còn có ý nghĩa đối với toàn vùng biển xung quanh (Nguyễn Nhật Thi và Nguyễn Văn Quân, 2005), đồng thời là nơi trú ẩn của các loài cá nhỏ và các loài cá khác trong mùa sinh sản. Khánh Hòa nằm trong khu vực khí hậu nhiệt đới gió mùa. Nhiệt độ trung bình năm của khu vực là 26,5oC; cao nhất vào tháng 6 đến tháng 8 (Nguyễn Hữu Hồ và ctv, 2003). Độ ẩm trung bình khoảng 80,5%. Khí hậu chia thành hai mùa rõ rệt: mùa mưa ngắn, từ khoảng tháng 9 – 12, lượng mưa chiếm khoảng 80% tổng lượng mưa cả năm; 5 mùa khô từ tháng 1 đến tháng 8 (Nguyễn Hữu Hồ và ctv, 2003). Có thể nói, các yếu tố khí hậu đã tạo điều kiện thuận lợi cho sự phát triển và đa dạng của sinh vật nơi đây, đặc biệt là các loài hải sản. Vùng biển Khánh Hòa được đánh giá là một vùng biển có tầm quan trọng đặc biệt về đa dạng sinh học biển, nơi tập trung của các bãi cá ven bờ, các bãi ương nuôi ấu trùng hải sản cung cấp nguồn giống cho các rạn san hô ven bờ Việt Nam (Wilkinson và Clive, 2000). Tuy vậy đây cũng là khu vực đang chịu tác động mạnh từ các hoạt động của con người dẫn tới sự suy giảm các hệ sinh thái đặc trưng và nguồn lợi tự nhiên. Năm 2002, khu bảo tồn biển vịnh Nha Trang chính thức được đưa vào hoạt động và được xây dựng là mô hình điểm trình diễn khu bảo tồn Quốc gia nhằm nhân rộng ra các khu bảo tồn khác trong hệ thống các khu bảo tồn biển của Việt Nam. 1.2. Tổng quan về tình hình nghiên cứu đa dạng sinh học cá rạn san hô trong và ngoài nước  Ngoài nước: Trên thế giới, nghiên cứu về phân loại học nhóm cá rạn san hô được bắt đầu từ khá lâu, khởi đầu là công trình nghiên cứu của Darwin năm 1842 (Sale, 1991). Ông đã mô tả khá chi tiết về đặc điểm hình thái của các loài cá sống trong vùng rạn san hô ở biển Ấn Độ Dương và Thái Bình Dương. Trên cơ sở kế thừa nguyên lý và phương pháp phân loại học của Darwin, nhiều tác giả đã phát triển phương pháp phân loại dựa trên đặc điểm hình thái so sánh, kết hợp với đặc điểm giải phẫu bên trong và bên ngoài để xây dựng các khóa phân loại cá rạn ngày càng hoàn thiện hơn, phục vụ phát triển nghiên cứu cá rạn san hô trên thế giới. Một số công trình nghiên cứu và tài liệu tiêu biểu về phân loại nhóm cá rạn như công trình nghiên cứu của Humann và ctv (1993) về đa dạng sinh học cá rạn san hô ở quần đảo Galapagos, Lieske và Myers (2001) đã mô tả 2.118 loài cá rạn san hô ở vùng biển Caribbean, Ấn Độ Dương và Thái Bình Dương, Nakabo (2002) báo cáo 3.863 loài cá thuộc 352 họ ở vùng biển Nhật Bản, đồng thời cung cấp đặc điểm phân bố, tập tính dinh dưỡng, kích thước và chu kỳ sống của chúng. Những nghiên cứu về sự phân bố quần xã cá rạn san hô ở từng khu vực cho thấy sự đa dạng thành phần loài. Trong đó, sự phân bố tập trung chủ yếu ở vùng Ấn Độ - Tây Thái Bình Dương với khoảng trên 92% tổng số loài (tương đương khoảng 3.700 loài), 6 vùng Micronesia xác định được 1.407 loài thuộc 451 giống và 120 họ (Myers, 1991), khu vực rạn san hô thuộc vùng biển Great Barrier Reef và vùng biển Coral Sea của Australia xác định được 1.111 loài thuộc 367 giống và 113 họ (Randall và ctv, 1997). Đối với vùng biển thuộc khu vực Đông Nam Á, các kết quả nghiên cứu cho thấy: vùng biển Indonesia và vùng nước lân cận phát hiện 1.029 loài thuộc 268 giống và 63 họ (Kuiter, 1992), vịnh Thái Lan có 357 loài thuộc 61 họ (Satapoomin, 2000). Dựa trên cơ sở khoa học phân loại theo đặc điểm hình thái, Spalding và ctv (2001) tổng hợp và thống kê được tổng số hơn 4.000 loài thuộc 179 họ cá rạn san hô đã được phân loại trên thế giới. Trong đó, các họ có số lượng loài cao là họ cá bàng chài (Labridae) có khoảng 500 loài thuộc 60 giống, họ cá kẽm (Haemulidae) có 150 loài, 19 giống, họ cá thia (Pomacentridae) và họ cá bướm (Chaetodontidae) mỗi họ có 127 loài thuộc 11 giống, họ cá hồng (Lutjanidae) có 100 loài thuộc 16 giống, họ cá mó (Scaridae) có 90 loài thuộc 10 giống… Allen và ctv (2005) mô tả 2000 loài thuộc 108 họ trong sách ảnh về các loài cá rạn san hô ở khu vực Thái Bình Dương. Nghiên cứu cung cấp hình ảnh giai đoạn cá con và cá trưởng thành, thông tin về kích thước, đặc điểm sinh học và địa điểm phân bố của chúng. Parenti và Randall (2010) thành lập danh mục gồm 504 loài cá bàng chài (Labridae) thuộc 70 giống và 99 loài cá mó (Scaridae) thuộc 10 giống đã được phân loại trên thế giới. Trung tâm Nghề cá thế giới (ICLARM) cùng với Tổ chức Lương thực và Nông nghiệp thế giới (FAO) đã lập ra trang web FishBase (http://fishbase.us/) cập nhật thông tin của 33.074 loài cá trên thế giới và phân bố của chúng. Tính đến tháng 2/2015, FishBase đã cập nhật 15.060 loài cá biển, cung cấp các thông tin về phân loại, đặc điểm phân bố, tập tính dinh dưỡng, kích thước, chu kỳ sống và nguy cơ bị đe dọa của chúng.  Trong nước: Ở Việt Nam, lĩnh vực phân loại, mô tả hình thái, phân bố cá rạn được bắt đầu và quan tâm nghiên cứu trong khoảng hơn một thế kỷ trở lại đây. Pellegrin (1905) đã mô tả khoảng 100 loài cá phân bố ở vùng biển vịnh Hạ Long, tài liệu này được xem là công trình nghiên cứu đầu tiên về phân loại nhóm cá rạn san hô biển Việt Nam. Sau đó, Chabanaud (1924 – 1926) nghiên cứu về hình thái một số loài thuộc họ cá mù làn 7 (Scorpaenidae), Chevey (1931 – 1939) nghiên cứu về hình thái và đặc điểm sinh học của một số loài cá chình thuộc bộ Anguilliformes. Các kết quả nghiên cứu này đã cung cấp thông tin cho công tác nghiên cứu ngư loại ở Việt Nam. Tuy nhiên, hoạt động điều tra, nghiên cứu biển một cách có hệ thống về sinh vật biển nói chung và cá biển nói riêng chỉ có từ khi thành lập Viện Hải dương học ở Nha Trang vào năm 1992 (Nguyễn Nhật Thi và Nguyễn Văn Quân, 2005). Khi tổng hợp các kết quả từ những công trình nghiên cứu khoa học kỹ thuật biển từ năm 1929 – 1930, Krempf (1930) đã thống kê danh mục gồm 961 loài cá biển thuộc 457 giống, 162 họ, 28 bộ, trong đó có khoảng 400 loài cá rạn san hô. Năm 1974, Orsi đã tổng hợp các kết quả nghiên cứu từ chương trình khảo sát miền Duyên hải nam Việt Nam (1968 – 1971) và thành lập Danh mục cá biển và cá nước ngọt Việt Nam bao gồm 1458 loài thuộc 173 họ. Từ những năm 1975 trở lại đây, công tác nghiên cứu về nhóm cá rạn được quan tâm nhiều hơn. Các nghiên cứu trong giai đoạn này được triển khai trên quy mô rộng và không chỉ dừng lại ở việc xác định cấu trúc thành phần loài, phân bố mà còn tiến xa hơn trong các lĩnh vực đánh giá nguồn lợi, trữ lượng và khả năng khai thác cho phép ở những vùng biển có rạn san hô phân bố. Trong giai đoạn này, một số tổ chức và các nhà khoa học cũng đã quan tâm đến việc xây dựng các khóa phân loại, danh mục thành phần loài cho riêng nhóm cá rạn. Tiêu biểu như công trình của Nguyễn Hữu Phụng và Bùi Thế Phiệt (1987) khi nghiên cứu về khu hệ cá rạn san hô vùng biển Nam Yết, Sơn Ca (Trường Sa) đã xác định được danh mục gồm 43 loài thuộc 21 giống, 15 họ, 9 bộ. Đến năm 1989, từ kết quả của các chuyến khảo sát thuộc chương trình biển 48 ở các đảo Song Tử Tây, Phan Vinh, Trường Sa và các rạn đá ngầm Đá Nam, Tốc Tan, Vũng Mây… Nguyễn Hữu Phụng (1991) đã phân tích xác định được 147 loài thuộc 67 giống, 37 họ cá biển. Sau khi chương trình Biển Đông – Hải đảo được triển khai, Nguyễn Nhật Thi (1997) đã tổng hợp danh mục của 414 loài thuộc 138 giống, 46 họ cá rạn phân bố ở các rạn san hô ven quần đảo Trường Sa, đây có thể được coi là danh sách đầy đủ nhất về cá rạn san hô vùng biển quần đảo Trường Sa. Năm 1998, tổng hợp kết quả các đợt khảo sát vùng biển ven bờ Quảng Ninh – Hải Phòng (1994 – 1997) của Phân viện Hải dương học tại Hải Phòng, Nguyễn Nhật 8 Thi đã xác định thành phần cá rạn san hô trong vùng biển này bao gồm 364 loài thuộc 211 giống, 90 họ, 21 bộ. Năm 2000, Viện Nghiên cứu Hải sản hợp tác với Bảo tàng tự nhiên Tokyo (Nhật Bản) khảo sát vùng vịnh Nha Trang. Phân tích các kết quả thu được, Nguyễn Văn Quân và các chuyên gia Nhật Bản đã xác định 385 loài cá rạn san hô thuộc 182 giống, 60 họ. Năm 2001, dựa trên kết quả khảo sát xung quanh các đảo Hòn Mun, Hòn Đụn, Hòn Hố, Hòn Miếu và Bích Đầm (tỉnh Khánh Hòa); Nguyễn Hữu Phụng và ctv đã xác định được 348 loài thuộc 146 giống, 58 họ ,15 bộ cá rạn san hô ở vịnh Nha Trang. Tổng hợp, phân tích toàn bộ các kết quả nghiên cứu liên quan đến nhóm cá rạn san hô phân bố ở vùng biển Việt Nam từ năm 1987 – 2001, Nguyễn Hữu Phụng (2002) đã thống kê được danh mục gồm 672 loài thuộc 204 giống, 65 họ. Trong 2 năm 2003 – 2004, Viện Nghiên cứu Hải sản phối hợp với Phân viện Hải dương học tại Hải Phòng tiến hành khảo sát vùng biển Vườn quốc gia Cát Bà và Cô Tô thu thập dữ liệu về cá rạn san hô, kết quả phân tích đã xác định được 188 loài thuộc 101 giống, 51 họ. Năm 2004, tổng hợp tư liệu từ các công trình nghiên cứu về cá rạn san hô, Nguyễn Nhật Thi và Nguyễn Văn Quân (2004) đã thống kê danh mục cá rạn san hô vùng biển Trường Sa bao gồm 524 loài thuộc 192 giống, 59 họ. Năm 2005, dựa trên kết quả phân tích và tổng hợp tất cả các điều tra khảo sát và nghiên cứu đã có, Nguyễn Nhật Thi và Nguyễn Văn Quân (2005) đã xuất bản cuốn sách “Đa dạng sinh học và giá trị nguồn lợi cá rạn san hô biển Việt Nam”, tài liệu này công bố danh mục 1.206 loài cá rạn san hô biển Việt Nam, thuộc 451 giống, 118 họ. Trong tổng số 1.206 loài được phát hiện, có 779 loài thuộc các họ cá rạn san hô tiêu biểu. Trên cơ sở các tư liệu thu được từ các chuyến khảo sát thực địa trong các năm 2002 – 2006, Nguyễn Văn Quân (2009) đã xác định được khu hệ cá rạn san hô vùng biển khu bảo tồn vịnh Nha Trang, tỉnh Khánh Hòa có 420 loài, 198 giống thuộc 77 họ. 23 loài đã được ghi nhận là loài mới bổ sung cho Danh mục cá biển Việt Nam, 128 loài bổ sung cho danh mục cá rạn san hô biển vịnh Nha Trang của các tác giả đã nghiên cứu trước đây. Khu hệ cá vùng biển nghiên cứu có tính chất đặc trưng của khu hệ cá rạn san hô biển nhiệt đới điển hình với sự đa dạng cao trong thành phần loài của các họ cá rạn san hô tiêu biểu. Các họ có số lượng loài cao nhất là họ cá thia (Pomacentridae) với 44 9 loài, tiếp đó là họ cá bàng chài (Labridae) với 38 loài, họ cá bướm (Chaetodontidae) với 30 loài, cá mó (Scaridae) và cá sơn (Apogonidae) mỗi họ có 23 loài. Nguyễn Văn Long (2009) tiến hành nghiên cứu cá rạn san hô vùng biển ven bờ Nam Trung Bộ tại 42 điểm rạn đại diện thuộc 4 khu vực trọng yếu gồm vịnh Vân Phong, vịnh Nha Trang, ven bờ Ninh Hải – Ninh Thuận và vịnh Cà Ná từ năm 2005 – 2007, đồng thời kết hợp với việc thống kê các tư liệu về thành phần loài của một số nghiên cứu trước đây. Kết quả phân tích đã xác định được 578 loài thuộc 180 giống và 40 họ cá rạn san hô phân bố trong vùng biển ven bờ Nam Trung Bộ. Các phân tích và so sánh cho phép nhận định rằng khu hệ cá rạn san hô vùng biển Nam Trung Bộ thuộc loại đa dạng nhất so với các vùng biển ven bờ Việt Nam (Vịnh Bắc Bộ, biển Đông Nam và biển Tây Nam). Trong vùng biển ven bờ Nam Trung Bộ, khu vực vịnh Nha Trang có sự đa dạng và phong phú nhất về thành phần loài của phần lớn các họ cá rạn san hô. Điểm qua các hoạt động điều tra nghiên cứu cá rạn san hô ở biển Việt Nam cho thấy hầu hết các cụm đảo và quần đảo quan trọng đều đã được khảo sát. Tuy nhiên, các số liệu điều tra này chủ yếu được thống kê dựa trên phân loại theo đặc điểm hình thái nên có thể dẫn đến sự nhầm lẫn trong định danh chính xác đến loài. Mặt khác, các nghiên cứu này phần lớn tập trung vào việc thống kê thành phần loài, chưa có nghiên cứu nào xây dựng cơ sở dữ liệu về hình thái và di truyền của các loài cá rạn san hô. 1.3. Ứng dụng kỹ thuật di truyền trong nghiên cứu đa dạng sinh học cá 1.3.1. Hệ gen ty thể (mitochondrial DNA – mtDNA) Hệ gen của một sinh vật chứa toàn bộ thông tin di truyền và các chương trình cần thiết cho cơ thể hoạt động. Ở các sinh vật nhân chuẩn (eukaryote), 99% hệ gen nằm trong nhân tế bào (hệ gen nhân – nuclear DNA), phần còn lại nằm trong một số cơ quan như ty thể và lạp thể (hệ gen ty thể - mitochondrial DNA và hệ gen lạp thể chloroplast DNA). Ty thể là những cấu trúc bên trong tế bào có nhiệm vụ chuyển đổi năng lượng từ các vật chất hữu cơ thành dạng mà các tế bào có thể sử dụng được (Genetics Home Reference, 2014). Mặc dù hầu hết DNA của cơ thể đều nằm trên các nhiễm sắc thể trong nhân tế bào, ty thể cũng có một lượng DNA của riêng mình. DNA ty thể (mtDNA) là một hệ gen độc lập có kích thước nhỏ (15 – 20 kb), cấu trúc mạch vòng nằm trong ty thể, bao gồm 37 gen mã hóa đặc trưng cho 13 mRNA, 2 rRNA và 22 10 tRNA (Wolstenholme, 1992). Các mRNA chủ yếu mã hóa cho các protein tham gia vào việc vận chuyển điện tử và phosphoryl oxy hóa của ty thể. Nguồn: http://en.wikipedia.org/wiki/Human_mitochondrial_genetictv Hình 1.1 – DNA ty thể người, bao gồm 37 gen mã hóa đặc trưng cho 13 mRNA, 2 rRNA và 22 tRNA. Mũi tên chỉ vùng gen (16S mtDNA) được sử dụng trong nghiên cứu hiện tại DNA ty thể có các đặc điểm cơ bản sau: số lượng bản sao lớn (Taylor và Turnbull, 2005), vùng mã hóa lớn, không tái tổ hợp, di truyền theo dòng mẹ (Saccone và ctv, 1999). DNA nhân được di truyền từ cả bố và mẹ và bị phân ly qua mỗi thế hệ nên việc dò tìm tổ tiên và mối quan hệ di truyền của đoạn DNA nhân nào đó trở nên rất khó khăn. Trong khi đó, DNA ty thể di truyền theo dòng mẹ, có nghĩa là mỗi phân tử cũng như toàn bộ DNA ty thể thường chỉ có một lịch sử phả hệ theo dòng mẹ (Hebert và ctv, 2003a ; Neigel và ctv, 2007 ; Swartz và ctv, 2008). Sự tái tổ hợp trên DNA ty thể thường không xảy ra, nên sẽ không hình thành các đoạn DNA tái tổ hợp (Krishnamurthy và Francis, 2012). DNA ty thể tồn tại với số lượng bản sao lớn trong mỗi tế bào, một tế bào chứa vài trăm ty thể, mỗi ty thể chứa hàng chục bản sao bộ gen của nó, vì vậy trong một tế bào có thể chứa được hàng nghìn bản sao của bộ gen ty thể. Điều này khiến cho việc tách chiết DNA ti thể rất dễ dàng ngay cả với một lượng mẫu nhỏ. Ở DNA nhân, vùng không mã hóa chiếm tới 93%; trong khi ở DNA ty thể, vùng không mã hóa chỉ chiếm 3% (Taylor và Turnbull, 2005). Các vùng không mã hóa này sẽ 11 làm cho quá trình giải trình tự thêm phức tạp vì đôi khi cần phải tạo dòng để thu được đoạn gen mong muốn (Tauz và ctv, 2003; Schander và Willassen, 2005). Với những đặc điểm trên cùng với việc DNA ty thể bền vững hơn DNA nhân trong quá trình tách chiết do có cấu trúc dạng vòng (Ingman và Gyllensten, 2003), DNA ty thể được ưu tiên sử dụng làm chỉ thị phân tử trong kỹ thuật di truyền mã vạch để xác định sự đa dạng sinh học, phân tích các mối quan hệ tiến hóa và biến động di truyền trong loài và giữa các loài sinh vật. DNA ty thể cung cấp một công cụ đắc lực trong việc định danh loài, đánh giá mối quan hệ giữa các loài với nhau và cung cấp dữ liệu di truyền phục vụ cho công tác bảo tồn các loài đang bị đe dọa và có nguy cơ tuyệt chủng (Rubinoff, 2006). Trên thực tế, sử dụng một cặp mồi chung khuếch đại đoạn gen cytochrome c oxidase subunit 1 (COI) của DNA ty thể có thể định danh được đến loài ở hầu hết các ngành thuộc hệ thống phân loại động vật ngoại trừ ngành ruột khoang Cnidaria (Herbert và ctv, 2004). Đoạn gen này đã được đề nghị sử dụng như một mã vạch DNA (DNA barcoding) để nghiên cứu sự đa dạng sinh học của giới sinh vật (Hebert và ctv, 2003a). Việc sử dụng DNA ty thể để xác định loài được đánh giá là có tỷ lệ thất bại tương đối nhỏ, dưới 5% (Waugh, 2007). Hebert và ctv (2003) công bố tỷ lệ thành công 100% khi ứng dụng DNA ty thể trong nghiên cứu xác định các loài bướm. Hubert và ctv (2008) báo cáo tỷ lệ thành công 93% trong nghiên cứu xác định các loài cá nước ngọt ở Canada. Các chỉ thị (marker) của DNA ty thể thường được sử dụng là các gen mã hóa 12S rRNA, 16S rRNA, cytochrome b, cytochrome oxydase, tRNA và một số vùng không mã hóa như vùng liên gen trnF-cox3, atp6-trnM, cox1-cox2, cox3-trnK, nad1-trnP (Grande và ctv, 2008). Tuy nhiên, việc sử dụng DNA ty thể trong nghiên cứu di truyền cũng có một số giới hạn. Kích thước của DNA ty thể nhỏ, nên chỉ thể hiện một phần vật chất di truyền. Tỷ lệ đột biến ở DNA ty thể cao hơn DNA nhân (Brown và ctv, 1979), trong khi đó kích thước DNA ty thể lại nhỏ, nên đột biến có thể dễ dàng xảy ra mà không phản ánh được mối quan hệ phát sinh loài hay lịch sử tiến hóa. Hơn nữa, việc không tuân theo quy luật di truyền của Mendel không phù hợp với nhiều nghiên cứu di truyền (Wong, 2011). Vì vậy người ta đề nghị nên sử dụng kết hợp các chỉ thị phân tử để có kết quả với độ chính xác cao (Hebert và ctv, 2004). Trong các nghiên cứu tiến hóa gần đây, DNA nhân với tỉ lệ đột biến thấp thường được sử dụng như marker để kết hợp với 12 marker DNA ti thể, việc kết hợp này trong một số trường hợp cho thấy mối quan hệ tiến hóa rõ hơn (Schander và ctv, 2005). 1.3.2. Ứng dụng kỹ thuật di truyền mã vạch trong nghiên cứu đa dạng sinh học cá Phương pháp phân loại các loài dựa trên đặc điểm hình thái là phương pháp quan sát trực tiếp những đặc điểm bên ngoài của loài cần xác định như cấu tạo, hình dáng, màu sắc cơ thể; sau đó tiến hành đo và đếm các chỉ tiêu phân loại; so sánh với các dữ liệu phân loại liên quan để rút ra kết luận phân loại (Vũ Trung Tạng và Nguyễn Đình Mão, 2005). Phương pháp này có nhiều thuận lợi vì các dấu hiệu dễ dàng nhìn thấy, thao tác đơn giản, nhanh chóng và dễ thực hiện. Tuy nhiên phân loại dựa trên hình thái đôi khi có thể gây nhầm lẫn và dẫn đến kết quả không chính xác, đặc biệt là đối với các loài có quan hệ gần gũi do chúng có nhiều đặc điểm hình thái tương tự nhau. Vì vậy, việc sử dụng kỹ thuật di truyền để định danh loài và xác định chính xác mối quan hệ phát sinh chủng loại là điều rất cần thiết để tăng độ tin cậy của quá trình phân loại. Kỹ thuật di truyền mã vạch (DNA barcoding) là kỹ thuật phân tích một đoạn ngắn của hệ gen, sử dụng một cặp mồi chung để khuếch đại đoạn DNA mục tiêu, sau đó dựa trên dữ liệu di truyền thu được để định danh các loài một cách nhanh chóng và chính xác. Kỹ thuật này được ứng dụng rộng rãi trong nghiên cứu đa dạng di truyền, mối quan hệ phát sinh loài và kiểm chứng phân loại các loài có đặc điểm hình thái dễ gây nhầm lẫn (Herbert và ctv, 2003). Hiện nay, việc phân tích di truyền mã vạch là một lựa chọn hiệu quả vì chi phí thấp và có thể sử dụng cho nhiều đối tượng sinh vật, đồng thời rất hữu hiệu trong việc xây dựng dữ liệu di truyền ứng dụng trong quản lý nguồn lợi (Hajibabaei và ctv, 2005). Trong kỹ thuật di truyền mã vạch, DNA ty thể đã được chứng minh là công cụ hữu hiệu trong xác định các loài và đánh giá mối quan hệ của các loài với nhau (Grande và ctv, 2008). Các chỉ thị phân tử (marker) chuẩn của DNA ty thể thường được sử dụng là các gen mã hóa cho vùng gen điều khiển (control region – CR) mtDNA, cytochrome b (cyt b) mtDNA, 16S mtDNA và cytochrome oxidase c subunit 1 (COI) mtDNA (Grande và ctv, 2008). Kỹ thuật di truyền mã vạch DNA hiện đã được áp dụng ở nhiều loài động vật như chim (Hebert và ctv, 2004), động vật lưỡng cư (Vences và ctv, 2005), kiến (Smith và ctv, 2005) và động vật giáp xác (Lefebure và ctv, 2006). 13 Bartlett và Davidson (1991) là nhóm tác giả đầu tiên sử dụng trình tự mtDNA để định danh cá và đã chỉ ra rằng trình tự cytochrome b có thể sử dụng để phân loại 4 loài cá ngừ thuộc giống Thunnus là T. thynnus, T. obesus, T. albacares và T. alalunga. Ward và ctv (2005) đã sử dụng mã vạch COI mtDNA và thu được trình tự của 270 loài cá thuộc vùng biển Australia, khoảng cách di truyền trung bình là 9,93% giữa các loài trong chi và chỉ có 0,39% giữa các cá thể trong cùng một loài. Đồng thời nhóm nghiên cứu đưa ra kết luận trình tự COI mtDNA có thể được sử dụng để xác định hầu hết các loài cá. Mark và ctv (2005) nghiên cứu mối quan hệ phát sinh loài của 84 loài thuộc họ cá bàng chài (Labridae) tại vùng biển Chicago dựa trên chỉ thị phân tử 12S rRNA, 16S rRNA của hệ gen ty thể và vùng gen mã hóa protein RAG2, Tmo4C4 của hệ gen nhân. Kết quả cho thấy mối quan hệ di truyền gần gũi giữa giống Cheilinus và Scarus. Steinke và ctv (2009) kiểm tra hiệu quả của phương pháp di truyền mã vạch DNA bằng cách sử dụng gen COI mtDNA để xác định sự đa dạng các khu hệ cá biển ở khu vực Canada. Nghiên cứu này chỉ ra rằng sự biến đổi trình tự trong vùng mã vạch DNA cho phép phân biệt được 98% trong tổng số 201 loài cá tiến hành khảo sát. Giá trị khác biệt di truyền trung bình cùng loài và khác loài lần lượt là 0,25% và 3,75%. Zhang (2011) kiểm tra hiệu quả của kỹ thuật mã vạch DNA trong phân loại các loài cá biển của Trung Quốc. Nhóm nghiên cứu thu được 321 trình tự thuộc 121 loài, bao gồm phần lớn các loài cá sống ở biển Đông. Khoảng cách di truyền trung bình 15,742% giữa các loài và chỉ có 0,319% cho các cá thể trong cùng 1 loài. Zhang và Hanner (2011) sử dụng 229 trình tự DNA của gen COI thuộc 158 loài cá biển ở Nhật Bản để kiểm tra hiệu quả của việc định danh loài bằng kỹ thuật di truyền mã vạch. Khoảng cách di truyền trung bình là 17,6% giữa các loài và chỉ có 0,3% cho các cá thể trong cùng 1 loài. Nhóm nghiên cứu đồng thời khẳng định kỹ thuật di truyền mã vạch đã cung cấp một công cụ nhanh chóng và chính xác trong công tác định danh các loài cá. Hubert và ctv (2012) kiểm tra hiệu quả của phương pháp di truyền mã vạch dựa trên chỉ thị phân tử COI mtDNA để xác định sự đa dạng các khu hệ cá rạn san hô ở vùng biển Ấn Độ Dương và Thái Bình Dương. Nhóm nghiên cứu đã thu được trình tự của 2276 mẫu cá rạn san hô thuộc 668 loài, 265 giống và 79 họ. 14 Sachithanandam và ctv (2014) áp dụng gen COI mtDNA để phân loại hai loài cá rạn san hô thuộc giống Plectropomus là P. leopardus và P. maculatus tại vùng biển phía nam quần đảo Andaman, Ấn Độ. Hai loài này có hình thái tương tự nhau nên dễ gây nhầm lẫn nếu chỉ phân loại dựa trên đặc điểm hình thái, kết quả khoảng cách di truyền được tìm thấy giữa chúng là 0, 028%. Ở Việt Nam, kỹ thuật di truyền mã vạch chỉ mới được ứng dụng trong định danh và phân loại một số loài cá nước ngọt. Vũ Đặng Hạ Quyên và ctv (2014) đã sử dụng trình tự gen 16S mtDNA để kiểm chứng phân loại và xây dựng mối quan hệ phát sinh chủng loại của 22 loài cá nước ngọt thuộc 17 giống, 15 họ, 8 bộ ở khu vực đồng bằng sông Cửu Long, Việt Nam. Dữ liệu mã vạch DNA đã được xây dựng cho hơn 8.000 loài cá và các trình tự COI mtDNA gửi vào hệ thống dữ liệu DNA barcode (BOLD) (Ragnasingham và Hebert, 2007). Genbank (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/) là cơ sở dữ liệu di truyền, chứa các trình tự DNA đã được công bố của 26000 loài sinh vật. Genbank được xây dựng trên cơ sở dữ liệu của Ngân hàng dữ liệu DNA Nhật Bản (DDBJ), phòng thí nghiệm sinh học phân tử châu Âu (EMBL). Việc dựa vào Genbank để kiểm tra đối chiếu độ chính xác của công tác phân loại cá đã và đang được sử dụng rộng rãi. Mặc dù sở hữu sự đa dạng sinh học cao về nguồn lợi cá rạn san hô, tuy nhiên chưa có công bố nào về dữ liệu di truyền mã vạch (DNA barcoding) của cá rạn san hô ở vùng biển Việt Nam nói chung và vùng biển Khánh Hòa nói riêng. 15 CHƯƠNG 2 – ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 2.1. Đối tượng, địa điểm và phương pháp thu mẫu Các loài cá rạn san hô được thu từ tháng 10/2014 đến tháng 4/2015 dựa trên phương pháp thu mẫu từ những người đánh bắt cá tại địa phương. Địa điểm thu mẫu tại Hòn Đụn, Hòn Nón thuộc thành phố Nha Trang và Bãi Dài thuộc thành phố Cam Ranh, tỉnh Khánh Hòa (Hình 2.1). Mẫu sau khi thu được rửa sạch và mã hóa. Tiến hành phân loại bằng hình thái ngay khi mẫu còn tươi. Mô cơ cá được lưu giữ trong cồn 96o và bảo quản lạnh ở – 20oC để phục vụ cho các nghiên cứu di truyền tiếp theo. Hình 2.1 – Các địa điểm thu mẫu cá trên địa bàn tỉnh Khánh Hòa (đánh dấu tròn màu đỏ) 16 2.2. Sơ đồ nghiên cứu Hình 2.2 – Sơ đồ khối nội dung nghiên cứu 2.3. Phân loại dựa trên đặc điểm hình thái Sau khi thu mẫu, chúng tôi tiến hành quan sát sơ bộ bên ngoài cơ thể cá (Hình 2.3), cân trọng lượng (g) cơ thể, đo các chỉ tiêu hình thái (cm) (Hình 2.4), đếm các chỉ tiêu phân loại (Hình 2.5). Cá được phân loại theo các khóa phân loại và mô tả của Rainboth (1996), Allen và ctv (2005), Nguyễn Nhật Thi (2008), Trần Đắc Định và ctv (2013). Mẫu được bảo quản ở phòng thí nghiệm trường Đại học Nha Trang. 17 Hình 2.3 – Một số bộ phận của bộ cá xương (Trần Đắc Định và ctv, 2013)  Đo các chỉ tiêu hình thái Dùng tay hoặc kẹp để kéo căng các vây cá lên, sau đó dùng thước có chia độ đo (cm) để đo kích thước các mẫu cá theo các chỉ tiêu sau: - Chiều dài cá (L): đo từ đầu cá đến điểm cuối của thân cá. - Chiều dài cá bỏ đuôi (Lo): đo từ đầu cá đến cuống đuôi - Chiều cao thân cá (H): đo phần cao nhất của cơ thể cá. - Chiều dài đầu (T): đo từ phần đầu cá đến hết phần mang cá. - Chiều dài gốc vây lưng (lD): đo từ điểm khởi đầu đến điểm kết thúc gốc vây lưng. - Chiều dài gốc vây hậu môn (lA): đo từ điểm khởi đầu đến điểm kết thúc gốc vây hậu môn. - Chiều dài gốc vây ngực (lP): đo từ điểm khởi đầu gốc vây ngực đến cuối vây ngực. - Chiều dài gốc vây bụng (lV): đo từ điểm khởi đầu gốc vây bụng đến cuối vây bụng. 18 Hình 2.4 – Các chỉ số đo trong phân loại cá (Rainboth, 1996)  Đếm các chỉ tiêu phân loại Số lượng tia vây là một trong những chỉ tiêu hình thái để phân loại, nó đặc trưng cho mỗi loài. Dùng tay hoặc kẹp để kéo căng các vây cá lên, đếm các tia vây cứng, tia vây mềm có trên các vây. Trong phân loại cá người ta dùng các chữ đầu của tiếng để ký hiệu cho các vây như sau: - D (Dorsal fin): Số lượng tia và gai vây lưng - V (Ventral fin): Số lượng tia và gai vây bụng - P (Pertoral fin): Số lượng tia và gai vây ngực - A (Anal fin): Số lượng tia và gai vây hậu môn - C (Caudal fin): Số lượng tia và gai vây đuôi 19 Hình 2.5 – Các chỉ số đếm trong phân loại cá (Rainboth, 1996) Số lượng tia vây cứng được ký hiệu bằng các chữ số La Mã, còn số lượng tia vây mềm ký hiệu bằng chữ số thường, cách nhau bằng dấu phẩy, dao động giữa các mẫu ghi bằng dấu gạch nối. 2.4. Nghiên cứu di truyền cá rạn san hô 2.4.1. Tách chiết DNA, nhân gen bằng kỹ thuật PCR và giải trình tự  Tách chiết DNA DNA tổng số được tách chiết từ 20 mg mẫu cơ của từng cá thể cá bằng bộ kit Thermo Scientific Dream Taq DNA Polymerase (Thermo Scientific) theo hướng dẫn của nhà sản xuất (Phụ lục A). DNA sau khi tách chiết được bảo quản trong tủ đông – 400C.  Tiến hành phản ứng PCR Phản ứng PCR được tiến hành với tổng thể tích 25 µL bao gồm 2,5 µL Dream Taq Buffer (1X); 5 µL mẫu DNA; 1 µL mỗi mồi (10 µM); 0,5 µL dNTP (10 µM); 0,125 µL Dream Taq Polymerase (5 U/µL) và thêm H2O cho đủ thể tích. Cặp mồi được sử dụng cho phản ứng khuếch đại đoạn gen 16S của DNA ty thể và giải trình tự là 16Sar (5’-CGCCTGTTTATCAAAAACAT-3’) và 16Sbr (5’- CCGGTCTGAACTCAGATCACGT-3’) (Palumbi và ctv, 1991). Chu trình nhiệt của phản ứng PCR như sau: Giai đoạn biến tính ban đầu tại 94oC trong 3 phút; sau đó là 38 chu kỳ của 94oC trong 30 giây, nhiệt độ lai 48oC trong 30 giây, 72oC trong 1 phút; cuối cùng là bước kéo dài tại 72oC trong 7 phút (Hình 2.6). 20 Hình 2.6 – Chu trình nhiệt của phản ứng PCR với gen 16S mtDNA  Điện di kiểm tra kết quả Sản phẩm của phản ứng PCR được điện di trên gel agarose 1,5 % nhuộm Ethidium bromide Chuẩn bị gel agarose 1,5 % : Cân 0,6 g agarose rồi cho vào 40 mL đệm TBE 1X chứa trong bình tam giác 100 mL thứ nhất, đun sôi trong lò vi sóng cho đến khi gel tan hoàn toàn. Để nguội đến nhiệt độ khoảng 60 – 700C rồi chuyển qua bình tam giác 100 mL thứ hai. Thêm 1,5 µL Ethidium bromide, lắc nhẹ để tránh tạo bọt và trộn đều Ethidium bromide vào gel (hóa chất này độc hại cần tuyệt đối cẩn thận khi thao tác). Đổ gel ra khuôn đã lắp sẵn lược. Khi gel nguội hoàn toàn và đông cứng lại, rút nhẹ bản lược ra theo phương thẳng đứng để tránh rách các giếng. Chạy điện di: Cho gel vào bể điện di và thêm đệm TBE 1X cho đến khi ngập bản gel. Dùng micropipette trộn đều 3 µL mẫu với 1 µL loading dye 6X, rồi bơm vào các giếng của gel. Hút 3 µL DNA Ladder (thang DNA) vào 1 giếng. Tiến hành chạy điện di với nguồn điện 90 V, 400 mA trong 20 phút. Đọc kết quả: Sau khi chạy xong, lấy gel đặt lên bàn UV Transilluminator và xem các band DNA dưới tia cực tím, sản phẩm của quá trình khuếch đại là các band có kích thước vào khoảng 650 bp.  Giải trình tự DNA Các mẫu DNA sau khi thực hiện phản ứng PCR được gửi đến công ty Nam Khoa (Nam Khoa Biotek Company, Hồ Chí Minh, Việt Nam) để giải trình tự. Sản phẩm PCR được tiến hành phản ứng giải trình tự theo nguyên tắc Dye – labelles dideoxy terminator (Big Dye Terminator v.3.1, Applied Biosystems) với các đoạn mồi 21 tương tự như phản ứng PCR theo chương trình luân nhiệt như sau: 96oC trong 20 giây, 50oC trong 20 giây, cuối cùng là 60oC trong 4 phút. Sản phẩm sau đó được phân tích bằng thiết bị ABI Prism 3.700 DNA Analyser (Applied Biosystems). 2.4.2. Phân tích dữ liệu và xây dựng mối quan hệ phát sinh chủng loại  Kết nối trình tự và phân tích dữ liệu Các trình tự gen 16S mtDNA của các loài cá rạn san hô được xử lý và kết nối bằng phần mềm SEQUENCHER, version 5.3 (http://www.genecodes.com/), sau đó kiểm chứng với dữ liệu từ Genbank bằng chương trình BLAST (http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/). Các trình tự được dóng hàng bằng phần mềm BioEdit 7.2.5 (Hall, 1999), sau đó được kiểm tra, chỉnh sửa bằng mắt thường, xác định mức độ tương đồng và sự khác biệt di truyền của các loài cá rạn san hô. Sự khác biệt di truyền giữa các cặp trình tự của các loài cần so sánh được tính theo công thức như sau: Số nucleotide khác biệt x 100% Sự khác biệt di truyền = Tổng số nucleotide dóng hàng  Xây dựng mối quan hệ phát sinh chủng loại của các loài cá nghiên cứu Phân tích di truyền được tiến hành với trình tự gen 16S của DNA ty thể với các mẫu cá rạn san hô, bao gồm 25 trình tự của nghiên cứu hiện tại ở vùng biển Khánh Hòa, Việt Nam và 32 trình tự từ Genbank. Thông tin về các trình tự cá rạn san hô được thể hiện ở Bảng 2.1. Bảng 2.1 – Trình tự gen 16S mtDNA của các loài cá rạn san hô STT Loài Địa điểm Mã số thu mẫu Genbank 1. Synodus variegatus Cam Ranh 2. Synodus variegatus Mỹ 3. Fistularia commersonii Cam Ranh 4. Fistularia commersonii Ý 5. Myripristis berndti Nha Trang 6. Myripristis berndti Nhật Bản 7. Rhinecanthus aculeatus Nha Trang 8. Rhinecanthus aculeatus Mỹ Tác giả Nghiên cứu hiện tại DQ532969.1 Smith và Wheeler (2006) Nghiên cứu hiện tại GQ902010.1 Casu và ctv (2009) Nghiên cứu hiện tại AP002940.1 Miya và ctv (2001) Nghiên cứu hiện tại AY679631.1 Holcroft (2005) 22 9. Rhinecanthus verrucosus Mỹ 10. Labracinus cyclophthalmus Nha Trang 11. Labracinus cyclophthalmus Indonesia 12. Parupeneus multifasciatus Cam Ranh 13. Parupeneus multifasciatus Nhật Bản 14. Upeneus tragula Nha Trang 15. Upeneus tragula Nhật Bản 16. Parapercis clathrata Cam Ranh 17. Parapercis ramsayi Mỹ 18. Ctenochaetus striatus Nha Trang 19. Ctenochaetus striatus New Zealand 20. Lutjanus russelli Nha Trang 21. Lutjanus russelli Úc 22. Lethrinus nebulosus Nha Trang 23. Lethrinus nebulosus Nhật Bản 24. Scarus ghobban Nha Trang 25. Scarus ghobban Mỹ 26. Scolopsis ciliatus Nha Trang 27. Scolopsis ciliatus Mỹ 28. Iniistius pavo 29. Iniistius aneitensis EU108819.1 Nghiên cứu hiện tại KP288615.1 30. Cheilinus oxycephalus Nha Trang 31. Cheilinus oxycephalus Canada 32. Cheilinus fasciatus Nha Trang 33. Cheilinus fasciatus Đức Pertiwi và ctv (2014) Nghiên cứu hiện tại AP012314.1 Song và ctv (2014) Nghiên cứu hiện tại AB355920.1 Song và ctv (2014) Nghiên cứu hiện tại AY539067.2 Smith và Wheeler (2004) Nghiên cứu hiện tại AY057301.1 Clements và ctv (2003) Nghiên cứu hiện tại DQ784737.1 Miller và Cribb (2007) Nghiên cứu hiện tại AB793300.1 Yogi và ctv (2013) Nghiên cứu hiện tại EU601241.1 Smith và ctv (2008) Nghiên cứu hiện tại AF247448.1 Nha Trang Mỹ Dornburg và ctv (2008) Orrell và Carpenter (2004) Nghiên cứu hiện tại AY279757.1 Westneat và Alfaro (2005) Nghiên cứu hiện tại DQ076709.1 Nagel và Lougheed (2006) Nghiên cứu hiện tại AF517580.1 Hanel (2002) 34. Oxycheilinus digramma Cam Ranh Nghiên cứu hiện tại 35. Oxycheilinus digramma Mỹ EU601258.1 Smith và ctv (2008) 36. Oxycheilinus unifasciatus Pháp JF457553.1 Hubert và ctv (2011) 37. Thalassoma lunare Nha Trang 38. Thalassoma lunare Hàn Quốc JQ178236.1 Kim và Ryu (2011) Mỹ AY850863.1 Barber và Bellwood (2005) 39. Thalassoma lutescens 40. Halichoeres melanochir Nha Trang 41. Halichoeres prosopeion Mỹ Nghiên cứu hiện tại Nghiên cứu hiện tại AY850901.1 Barber và Bellwood (2005) 23 42. Halichoeres hortulanus Nha Trang Nghiên cứu hiện tại 43. Halichoeres hortulanus Pháp JF457474.1 Hubert và ctv (2011) 44. Halichoeres scapularis Mỹ JF457493.1 Barber và Bellwood (2005) 45. Epinephelus merra Nha Trang 46. Epinephelus merra Việt Nam 47. Epinephelus fasciatus Nha Trang 48. Epinephelus fasciatus Trung Quốc 49. Cephalopholis boenak Nha Trang 50. Cephalopholis boenak Mỹ 51. Diploprion bifasciatum Cam Ranh 52. Diploprion bifasciatum Trung Quốc 53. Plectropomus leopardus Nha Trang 54. Plectropomus leopardus Trung Quốc DQ067321.1 Wang và ctv (2006) 55. Plectropomus maculatus Trung Quốc JF750755.1 Chen (2011) Úc EU848471.1 Deagle và ctv (2009) Trung Quốc KF111729.1 Chen và ctv (2013) 56. Orectolobus halei* 57. Orectolobus japonicus* Nghiên cứu hiện tại HM068568.1 Dang và ctv (2010) Nghiên cứu hiện tại DQ088039.1 Wang và ctv (2006) Nghiên cứu hiện tại AY947598.1 Craig và Hastings (2007) Nghiên cứu hiện tại KP256530.1 Wang và ctv (2015) Nghiên cứu hiện tại (*) Loài có trình tự gen làm nhóm ngoại Cây phát sinh loài được xây dựng dựa trên trình tự của các loài cá rạn san hô thu được và trình tự từ Genbank bằng phần mềm MEGA 6.06, sử dụng thuật toán Maximum Neighbor – Joining với giá trị bootstrap (độ tin cậy) (BT) lặp lại 1000 lần. 24 CHƯƠNG 3 –KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU 3.1 Phân loại hình thái 3.1.1 Thành phần loài các loài cá rạn san hô phổ biến thu tại Khánh Hòa, Việt Nam Sau khi tiến hành thu mẫu và phân tích hình thái, nghiên cứu phân loại được 25 loài cá thuộc 22 giống, 15 họ, 5 bộ. Danh sách các loài cá được trình bày ở Bảng 3.1. Bảng 3.1 – Danh sách các loài cá rạn san hô phổ biến thu tại Khánh Hòa, Việt Nam Bộ Họ Giống Loài Tên thường gọi Aulopiformes Synodontidae Synodus Synodus variegatus Cá mối vện Syngnathiformes Fistulariidae Fistularia Fistularia commersonii Cá chìa vôi chấm xanh Beryciformes Holocentridae Myripristis Myripristis berndti Cá sơn đá mắt đốm Tetraodontiformes Balistidae Rhinecanthus Rhinecanthus aculeatus Cá bò Picaso Perciformes Pseudochromidae Labracinus Labracinus cyclophthalmus Cá đạm bi Mullidae Parupeneus Parupeneus multifasciatus Cá phèn nhiều sọc Upeneus Upeneus tragula Cá phèn sọc đen Pinguipedidae Parapercis Parapercis clathrata Cá lú Acanthuridae Ctenochaetus Ctenochaetus striatus Cá răng gai nhiều sọc Lutjanidae Lutjanus Lutjanus russellii Cá hồng chấm đen Lethrinidae Lethrinus Lethrinus nebulosus Cá gáy biển Scaridae Scarus Scarus ghobban Cá mó vệt xanh Nemipteridae Scolopsis Scolopsis ciliatus Cá lượng vệt trắng Labridae Iniistius Iniistius pavo Cá bàng chài công Cheilinus Cheilinus oxycephalus Cá bàng chài đầu nhọn Cheilinus fasciatus Cá bàng chài ngực đỏ Oxycheilinus Oxycheilinus digramma Cá bàng chài má sọc Thalassoma Thalassoma lunare Cá bàng chài mặt trăng Halichoeres Halichoeres melanochir Cá bàng chài vây cam Halichoeres hortulanus Cá bàng chài bàn cờ Epinephelus merra Cá mú chấm tổ ong Epinephelus fasciatus Cá mú sáu sọc ngang Cephalopholis Cephalopholis boenak Cá mú vân sóng Diploprion Diploprion bifasciatum Cá mú vàng nghệ Plectropomus Plectropomus leopardus Cá mú da báo Serranidae Epinephelus  Tỷ lệ các loài cá xét theo bộ Trong số các bộ mà nghiên cứu tiến hành phân loại được thì bộ cá vược – Perciformes có số loài nhiều nhất với 21 loài (chiếm 84%). 4 bộ cá còn lại là bộ cá 25 răng kiếm – Aulopiformes, bộ cá chìa vôi – Syngnathiformes, bộ cá tráp mắt vàng – Beryciformes và bộ cá nóc – Tetraodontiformes với mỗi bộ 1 loài (mỗi bộ chiếm 4%).  Tỷ lệ các loài cá xét theo họ Trong số các họ mà nghiên cứu tiến hành phân loại được thì họ cá bàng chài – Labridae có số loài nhiều nhất với 7 loài (chiếm 28%), tiếp theo là họ cá mú – Serranidae với 5 loài (chiếm 20%), họ cá phèn – Mullidae với 2 loài (chiếm 8%). Các họ còn lại đều chỉ có 1 loài (mỗi họ chiếm 4%).  Tỷ lệ các loài cá xét theo giống Trong số các giống mà nghiên cứu tiến hành phân loại được thì giống cá mú – Epinephelus, giống cá bàng chài – Cheilinus và Halichoeres có số loài nhiều nhất với 2 loài mỗi giống (mỗi giống chiếm 8 %). Các giống còn lại đều chỉ có 1 loài (mỗi giống chiếm 4%). 26 Bảng 3.2 – Chỉ tiêu hình thái của các loài cá rạn san hô tiến hành phân loại được ở Khánh Hòa N D A P V C L (cm) Lo(cm) H(cm) T(cm) lD(cm) lA(cm) lP(cm) lV(cm) m(g) 2 13 8 12 8 15 18,85 ± 2,19 16,25 ± 1,91 3,05 ± 0,35 4,15 ± 1,06 2,65 ± 0,21 1,5 ± 0,28 1,6 3,4 ± 0,42 63,91 ± 21,53 1 15 15 14 6 15 66 56 1,6 21 3,8 3,8 2,2 1,2 112,09 1 X; I, 14 III, 13 15 I, 7 19 17 14 6,5 4,5 5,5; 2,8 3 3,5 3 116,98 1 III, 23 21 13 0 20 18,5 16,5 8,2 5,8 5 4,5 2.2 0 116,98 2 II, 24 III, 14 15 5-6 18 15,5 ± 0,71 12 4,5 3,5 7,75 ± 0,35 3,75 ± 0,35 3 3 51,55 ± 2,35 2 VIII; 9 I, 7 14 6 15 17 ± 1,41 13,75 ± 1,06 4,4 ± 0,57 4,25 ± 0,35 2,5; 3 1,65 ± 0,21 3 3,5 76,11 ± 5,31 Upeneus tragula 1 VIII; 9 I, 7 12 6 17 22,5 17,5 4,5 4,5 3; 2,5 2 2 2,5 95,86 Parapercis clathrata 1 IV, 21 I, 17 16 5 15 17,7 15,6 3,3 3,8 9,2 5,9 2,6 2,8 57,93 Ctenochaetus striatus 1 VIII, 31 III, 28 18 10 20 18,3 15 7,8 3,5 10,7 7 4,3 3 78,95 Lutjanus russellii 2 X, 15 III, 12 14 I, 5 17 20,9 ± 0,14 16,5 ± 0,71 6,9 ± 0,14 5,85 ± 0,49 8,5 2,5 4,5 4 122,18 ± 2,1 Lethrinus nebulosus 1 X, 9 III, 8 12 I, 5 17 17,5 14 4 6 7 3 4,5 3 85,89 Scarus ghobban 1 IX, 10 III, 9 13 5 9 26,5 23 8,5 5,5 14 7 5,6 4 315,68 Scolopsis ciliatus 1 X, 9 III, 7 17 I, 5 17 16,5 13,5 5 3,5 7 2 3,2 3,2 70,12 Iniistius pavo 2 IX, 12 III, 13 10 5 12 16 ± 1,41 14 ± 1,41 5 4 8,25 ± 2,47 5,75 ± 0,35 2,9 ± 0,14 2,85 ± 0,21 70,32 ± 14,29 Cheilinus oxycephalus 1 IX, 10 III, 8 12 I, 5 15 13,2 10,9 4,6 3,5 6,1 3,7 2,1 2,4 38,22 Bộ Aulopiformes Synodus variegatus Bộ Syngnathiformes Fistularia commersonii Bộ Beryciformes Myripristis berndti Bộ Tetraodontiformes Rhinecanthus aculeatus Bộ Perciformes Labracinus cyclophthalmus Parupeneus multifasciatus 27 Cheilinus fasciatus 1 IX, 10 III, 11 11 I, 5 19 17 14,5 6,8 4,8 8 4 3,8 2,8 138, 92 Oxycheilinus digramma 1 IX, 10 II, 10 11 I, 5 13 18 14,5 4,5 5 7 3,5 2,5 2,5 107,82 Thalassoma lunare 2 VIII, 13 III, 11 14 I, 5 12 13,75 ± 0,47 11,5 ± 2,12 3,15 ± 0,49 3 ± 0,71 7 ± 1,4 3,5 ± 0,7 2,5 ± 0,42 1,5 ± 0,7 38.65 ± 0,49 Halichoeres melanochir 1 IX, 11 I, 12 13 I, 5 14 16,3 14,4 4,6 3,8 8,7 5,3 2,6 2,2 54,91 Halichoeres hortulanus 1 IX, 11 III, 11 14 I, 5 14 19 16,8 5 4,7 8,7 5 4 3,2 90,86 Epinephelus merra 2 XI, 16 III, 8 16 I, 5 16 16,1 ± 2,69 13,1 ± 1,98 4,5 ± 0,71 5,1 ± 0,85 7,75 ± 1,06 2,4 ± 0,57 3,6 2,5 ± 0,42 54,28 ± 22,29 Epinephelus fasciatus 3 XI, 16 III, 8 16 I, 5 16 11,53 ± 0,91 9,93 ± 1,01 3,4 ± 0,17 3,47 ± 0,25 5,6 ± 0,35 1,83 ± 0,15 2,57 ± 0,12 1,8 ± 0,17 23,57 ± 3,94 Cephalopholis boenak 1 XI, 16 III, 8 16 I, 5 15 18,2 15,5 6 5 8,3 2,8 4,5 3,3 118,56 Diploprion bifasciatum 1 VIII, 15 II, 12 16 I, 5 18 20 16,5 8 5 5; 4,3 3,6 3,5 6 175,89 Plectropomus leopardus 2 VIII, 12 III, 7 16 I, 4 17 17,75 ± 1,06 14,25 ± 1,06 4,5 5 7 ± 0,71 2,45 ± 0,35 2,85 ± 0,21 2,85 ± 0,21 75,03 ± 12,35 Ghi chú: N – Số lượng mẫu cá D – Số lượng tia và gai vây lưng A – Số lượng tia và gai vây hậu môn P – Số lượng tia và gai vây ngực V – Số lượng tia và gai vây bụng C – Số lượng tia và gai vây đuôi Số tia gai cứng được ký hiệu bằng chữ số La Mã, còn số lượng tia vây mềm ký hiệu bằng chữ số thường, cách nhau bằng dấu phẩy (VD: 2 tia gai cứng, 9 tia mềm thì ký hiệu: II,9) L – Chiều dài cá Lo – Chiều dài cá bỏ đuôi H – Chiều cao thân cá T – Chiều dài đầu lD – Chiều dài gốc vây lưng lA – Chiều dài gốc vây hậu môn lP – Chiều dài gốc vây ngực lV – Chiều dài gốc vây bụng m – Khối lượng 28 3.1.2. Đặc điểm hình thái các loài cá rạn san hô phổ biến thu tại Khánh Hòa, Việt Nam (1) Synodus variegatus (Lacepède, 1803) – Cá mối vện Tên tiếng Anh: Variegated Lizardfish, Engleman's Lizardfish, Reef Lizardfish Tên tiếng Việt: Cá mối vện, cá thửng vện Theo FishBase http://fishbase.us/ (cập nhật tháng 02/2015), Synodus variegatus có hệ thống phân loại như sau: Ngành: Chordata Lớp: Actinopterygii Bộ: Aulopiformes Họ: Synodontidae Giống: Synodus Loài: Synodus variegatus (Lacepède, 1803) Danh pháp trước đây: Salmo variegatus (Lacepède, 1803) Saurus variegatus (Lacepède, 1803) Hình 3.1a – Hình thái Synodus variegatus (TĐTL = 1,75 cm)  Đặc điểm hình thái Synodus variegatus có thân hình trụ thuôn dài, thóp lại ở phần đuôi. Đầu cá dẹp và ngắn. Mõm cá nhọn, miệng rộng, hai hàm dài bằng nhau khi khép lại, trong có nhiều răng nhọn và sắc. Mắt cá lồi và nằm cao trên đỉnh đầu. Chiều cao thân cá trung bình 3,05 ± 0,35 cm (n = 2), chiều dài trung bình 18,85 ± 2,19 cm (n = 2) và khối lượng trung bình 63,91 ± 21,53 g (n = 2) (Bảng 3.2). Phần lưng cá màu xám, bên sườn có 9 – 10 vết đỏ sẫm nằm vắt ngang. Phần bụng cá màu trắng. Trên hàm, xương nắp mang và trên các vây có nhiều vằn, đốm. Vây lưng nằm ở phần giữa thân, không có tia cứng, có 13 tia mềm, có kèm theo một vây mỡ nhỏ nằm gần cuống đuôi. Vây ngực dài nhọn, có 12 tia mềm. Vây bụng có 8 tia mềm. Vây hậu môn có 8 tia mềm. Vây đuôi phân thùy, rãnh chẻ sâu 1/2 chiều dài vây, có những sọc ngang màu đen (Hình 3.1b). 29 Hình 3.1b – Đặc điểm hình thái Synodus variegatus 1 – Phần lưng cá màu xám, bên sườn có 9 – 10 vết đỏ sẫm nằm vắt ngang; 2 – Vây mỡ nhỏ nằm gần cuống đuôi; 3 – Trên các vây cá có nhiều vằn, đốm Nhận xét: Loài Synodus variegatus nghiên cứu hiện tại thu được có đặc điểm hình thái giống với mô tả của Myers (1991), Kuiter và ctv (2001), Allen và ctv (2005). Kích thước lớn nhất ghi nhận được của S. variegatus là 24 cm (Allen và ctv, 2005). (2) Fistularia commersonii (Rüppell, 1838) – Cá chìa vôi chấm xanh Tên tiếng Anh: Bluespotted Cornetfish Tên tiếng Việt: Cá chìa vôi chấm xanh, cá lao, cá phóng lao Theo FishBase http://fishbase.us/ (cập nhật tháng 02/2015), Fistularia commersonii có hệ thống phân loại như sau: Ngành: Chordata Lớp: Actinopterygii Bộ: Syngnathiformes Họ: Fistulariidae Giống: Fistularia Loài: Fistularia commersonii (Rüppell, 1838) Danh pháp trước đây: Fistularia depressa (Gunther, 1880) 30 Hình 3.2a – Hình thái Fistularia commersonii (TĐTL = 4 cm)  Đặc điểm hình thái Fistularia commersonii có thân hình trụ thon dài, mõm cá đặc biệt dài và cứng. Đầu cá nhỏ và ngắn, mắt cá tròn to gần hết phần đầu. Miệng cá ngắn và hẹp, hàm dưới có hàng răng nhỏ, môi dưới trề và dài hơn môi trên. Chiều dài thân cá 66 cm (n = 1), chiều cao thân 1,6 cm (n = 1) và khối lượng 112,09 g (n = 1) (Bảng 3.2). Thân cá có màu nâu, toàn bộ thân không phủ vẩy, trên thân có hai sọc mảnh và hai hàng chấm tròn nhỏ màu xanh tím chạy dọc theo xương sống từ phần nắp mang đến cuống vây đuôi. Phần bụng cá màu trắng bạc. Vây cá màu trắng, rìa vây màu cam nhạt. Vây lưng và vây hậu môn khá đặc trưng, mọc đối xứng nhau với vây lưng có 15 tia mềm và vây hậu môn có 15 tia mềm. Vây ngực có 14 tia mềm. Vây bụng không phát triển; chỉ dài 1,2 cm và có 6 tia mềm. Vây đuôi chia thùy, có tia giữa tạo thành một sợi dài (Hình 3.2b). Hình 3.2b – Đặc điểm hình thái Fistularia commersonii 1 – Mõm cá đặc biệt dài; 2 – Thân cá hình trụ thon dài, toàn thân không phủ vẩy; 3 – Vây đuôi chia thùy, có tia giữa tạo thành một sợi dài 31 Nhận xét: Loài Fistularia commersonii nghiên cứu hiện tại thu được có đặc điểm hình thái giống với mô tả của Allen và ctv (2005). Kích thước lớn nhất ghi nhận được của F. commersonii là 150 cm (Allen và ctv, 2005). (3) Myripristis berndti (Jordan và Evermann, 1903) – Cá sơn đá mắt đốm Tên tiếng Anh: Big-scale Soldierfish, Blotcheye Soldierfish Tên tiếng Việt: Cá sơn đá mắt đốm, cá linh sơn Theo FishBase http://fishbase.us/ (cập nhật tháng 02/2015), Myripristis berndti có hệ thống phân loại như sau: Ngành: Chordata Lớp: Actinopterygii Bộ: Beryciformes Họ: Holocentridae Giống: Myripristis Loài: Myripristis berndti (Jordan và Evermann, 1903) Hình 3.3a – Hình thái Myripristis berndti (TĐTL = 2 cm)  Đặc điểm hình thái Myripristis berndti có thân cao, hình bầu dục, thóp lại ở phần cuống đuôi. Thân cá màu đỏ hồng, toàn thân phủ vẩy lược lớn và cứng, viền sau các vẩy màu hơi đậm. Chiều dài thân cá 17 cm (n = 1), chiều cao thân 6,5 cm (n = 1) và khối lượng 116,98 g (n = 1) 32 (Bảng 3.2). Đầu cá tương đối to. Miệng cá nhỏ và ngắn. Mắt cá to, tròn, có vệt đen chạy dọc giữa mắt. Phần viền nắp mang có 1 sọc đen lớn. Vây cá màu hồng nhạt. Vây lưng phân tách làm hai vây, vây lưng thứ nhất có 10 tia gai cứng, vây lưng thứ hai có 1 tia gai cứng và 14 tia mềm; phần mép vây lưng đậm màu hơn phần gốc. Vây ngực có 15 tia mềm, phần sau gốc vây ngực có vết đen. Vây bụng có 1 tia gai cứng và 7 tia mềm. Vây hậu môn có 3 tia gai cứng và 13 tia mềm. Vây đuôi phân thùy, có 19 tia mềm. Phần mép của vây bụng, vây hậu môn và vây đuôi có màu trắng (Hình 3.3b). Hình 3.3b – Đặc điểm hình thái Myripristis berndti 1 – Mắt cá có vệt đen chạy dọc giữa mắt; 2 – Phần viền nắp mang có sọc đen; 3 – Phần sau gốc vây ngực có vết đen Nhận xét: Loài Myripristis berndti nghiên cứu hiện tại thu được có đặc điểm hình thái giống với mô tả của Allen và ctv (2005), Nguyễn Khắc Hường và ctv (2007). Kích thước lớn nhất ghi nhận được của M. berndti là 30 cm (Randall và ctv, 1986). (4) Rhinecanthus aculeatus (Linnaeus, 1758) – Cá bò Picasso Tên tiếng Anh: Picasso Triggerfish, White-banded Triggerfish Tên tiếng Việt: Cá bò Picasso, cá bò hỏa tiễn Theo FishBase http://fishbase.us/ (cập nhật tháng 02/2015), Rhinecanthus aculeatus có hệ thống phân loại như sau: Ngành: Chordata Lớp: Actinopterygii 33 Bộ: Tetraodontiformes Họ: Balistidae Giống: Rhinecanthus Loài: Rhinecanthus aculeatus (Linnaeus, 1758) Hình 3.4a – Hình thái Rhinecanthus aculeatus (TĐTL = 2 cm)  Đặc điểm hình thái Cá bò Picasso có thân hình thoi, lưng và lườn bụng vòng cung, phần trán dốc xuống. Chiều dài thân cá 18,5 cm (n = 1), chiều cao thân 8,2 cm (n = 1) và khối lượng 116,98 g (n = 1) (Bảng 3.2). Mắt cá nhỏ và nằm cao về phần lưng cá, miệng cá nhỏ và nhọn vừa. Lớp da cá rất dày và cứng, bề ngoài thô nhám, vẩy cá tiêu biến. Thân cá màu nâu nhạt, phần lườn bụng từ miệng đến hậu môn màu trắng. Có 3 vệt vòng cung mảnh màu trắng chạy từ trên mắt cá xuống gốc vây ngực: 1 vệt nằm trước mắt, 2 vệt còn lại nằm hai bên mắt, giữa 2 vệt này có vệt đen lớn cũng chạy từ trên mắt cá xuống gốc vây ngực. Phần môi trên cá có vệt trắng mảnh nằm vắt ngang, có 1 sọc màu vàng kéo dài từ miệng cá xuống gốc vây ngực. Giữa thân cá có vết đen lớn, có 1 sọc màu cam từ vây lưng chéo xuống vây ngực. Phần bụng cá phía trên vây hậu môn có 4 sọc lớn màu trắng. Cuống đuôi nhỏ, có 3 vệt đen mảnh nằm ngang, trên 3 vệt đen này có hàng gai nhỏ màu trắng. Phần lưng phía sau mắt cá có 2 tia gai cứng màu đen nằm riêng biệt, tia đầu tiên rất lớn và cứng. Vây ngực, vây lưng và vây hậu môn trong suốt. Vây bụng tiêu biến. 34 Vây lưng có 3 tia cứng và 23 tia mềm, vây ngực có 13 tia mềm, vây hậu môn có 21 tia mềm. Vây đuôi màu trắng xám và có 20 tia mềm (Hình 3.4b). Hình 3.4b – Đặc điểm hình thái Rhinecanthus aculeatus 1 – Có 3 vệt vòng cung mảnh màu trắng chạy từ trên mắt cá xuống gốc vây ngực; 2 – Phần lưng sau mắt cá có 2 tia gai cứng nằm riêng biệt; 3 – Giữa thân cá có vết đen lớn; 4 – Có 3 hàng gai nhỏ ở cuống đuôi; 5 – Phần bụng cá phía trên vây hậu môn có 4 sọc lớn màu trắng, 6 – Có 1 sọc màu vàng kéo dài từ miệng cá xuống gốc vây ngực Nhận xét: Loài Rhinecanthus aculeatus nghiên cứu hiện tại thu được có đặc điểm hình thái giống với mô tả của Allen và ctv (2005). Kích thước lớn nhất ghi nhận được của R. aculeatus là 30 cm (Smith và ctv, 1986). (5) Labracinus cyclophthalmus (Müller và Troschel, 1849) – Cá đạm bi Tên tiếng Anh: Red Dottyback, Firetail Dottyback Tên tiếng Việt: Cá đạm bi Theo FishBase http://fishbase.us/ (cập nhật tháng 02/2015), Labracinus cyclophthalmus có hệ thống phân loại như sau: Ngành: Chordata Lớp: Actinopterygii Bộ: Perciformes Họ: Pseudochromidae 35 Giống: Labracinus Loài: Labracinus cyclophthalmus (Müller và Troschel, 1849) Danh pháp trước đây: Cichlops cyclophthalmus (Müller và Troschel, 1849) Dampieria cyclophthalmus (Müller và Troschel, 1849) Hình 3.5a – Hình thái Labracinus cyclophthalmus (TĐTL = 1,3 cm)  Đặc điểm hình thái Labracinus cyclophthalmus có thân màu đỏ gạch, hình bầu dục, dẹp về hai bên. Chiều cao thân trung bình 4,5 cm (n = 2), chiều dài trung bình 15,5 ± 0,71 cm (n = 2) và khối lượng trung bình 51,55 ± 2,35 g (n = 2) (Bảng 3.2). Có 10 sọc ngang hẹp màu đen chạy dài trên thân bắt đầu từ sau nắp mang đến cuống vây đuôi. Phía trước và hai bên phần đầu cá có những đường chéo màu xanh xám. Vây cá màu đỏ tươi. Vây lưng có 2 tia gai cứng và 24 tia mềm. Vây bụng có 5 – 6 tia mềm. Vây hậu môn có 3 tia gai cứng và 14 tia vây mềm. Vây ngực có 15 tia vây mềm. Vây đuôi không phân thùy, có 18 tia mềm (Hình 3.5b). Hình 3.5b – Đặc điểm hình thái Labracinus cyclophthalmus 1 – Phía trước và hai bên phần đầu cá có những đường chéo màu xanh xám; 2 – Thân có 10 sọc ngang hẹp chạy từ sau nắp mang đến cuống vây đuôi 36 Nhận xét: Loài Labracinus cyclophthalmus nghiên cứu hiện tại thu được có đặc điểm hình thái giống với mô tả của Allen và ctv (2005). Kích thước lớn nhất ghi nhận được của L. cyclophthalmus là 23,5 cm (Allen và ctv, 2012). (6) Parupeneus multifasciatus (Quoy và Gaimard, 1825) – Cá phèn nhiều sọc Tên tiếng Anh: Manybar Goatfish, Banded Goatfish, Multibar Goatfish Tên tiếng Việt: Cá phèn nhiều sọc Theo FishBase http://fishbase.us/ (cập nhật tháng 02/2015), Parupeneus multifasciatus có hệ thống phân loại như sau: Ngành: Chordata Lớp: Actinopterygii Bộ: Perciformes Họ: Mullidae Giống: Parupeneus Loài: Parupeneus multifasciatus (Quoy và Gaimard, 1825) Danh pháp trước đây: Mullus multifasciatus (Gaimard, 1825) Upeneus atrocingulatus (Kner, 1870) Upeneus velifer (Smith và Swain, 1882) Pseudupeneus moana (Jordan và Seale, 1906) Hình 3.6a – Hình thái Parupeneus multifasciatus (TĐTL = 2 cm) 37  Đặc điểm hình thái Parupeneus multifasciatus có thân dài, dẹp bên. Chiều cao thân trung bình 4,4 ± 0,57 cm (n = 2), chiều dài trung bình 17 ± 1,41 cm (n = 2) và khối lượng trung bình 76,11 ± 5,31 g (n = 2) (Bảng 3.2). Đầu cá dẹp bên. Mõm cá nhọn và dài. Cằm cá có hai sợi râu mảnh màu vàng, kéo dài đến khe mang trước. Đầu và lưng cá màu đỏ nâu, nhạt dần về phía bụng. Thân cá có 2 đốm đen lớn, đốm thứ nhất nằm ở dưới vây lưng thứ hai và đốm còn lại nằm ở gần cuống đuôi. Parupeneus multifasciatus có hai vây lưng, giữa vây lưng thứ nhất và vây lưng thứ hai cách nhau 3 hàng vẩy. Vây lưng thứ nhất dài và nhọn, có 8 tia gai cứng, phần gốc vây màu hồng nhạt và phần mép vây màu vàng. Vây lưng thứ hai có 9 tia mềm, phần gốc vây màu đen và phần mép vây màu vàng. Vây ngực, vây bụng, vây hậu môn và vây đuôi màu hồng nhạt, phần mép vây màu vàng. Vây ngực có 14 tia mềm, vây bụng có 6 tia vây mềm, vây hậu môn có 1 tia gai cứng và 7 tia mềm. Vây đuôi phân thùy, rãnh chẻ sâu quá ½ chiều dài đuôi, có 15 tia mềm (Hình 3.6b). Hình 3.6b – Đặc điểm hình thái Parupeneus multifasciatus 1 – Cằm cá có hai sợi râu mảnh; 2 – Vây lưng phân tách làm hai vây; 3 – Thân cá có hai đốm đen lớn Nhận xét: Loài Parupeneus multifasciatus nghiên cứu hiện tại thu được có đặc điểm hình thái giống với mô tả của Randall và ctv (2004), Allen và ctv (2005). Kích thước lớn nhất ghi nhận được của P. multifasciatus là 35 cm (Randall và ctv, 2004). 38 (7) Upeneus tragula (Richardson, 1846) – Cá phèn sọc đen Tên tiếng Anh: Freckled Goatfish, Bartail Goatfish, Darkband Goatfish Tên tiếng Việt: Cá phèn sọc đen Theo FishBase http://fishbase.us/ (cập nhật tháng 02/2015), Upeneus tragula có hệ thống phân loại như sau: Ngành: Chordata Lớp: Actinopterygii Bộ: Perciformes Họ: Mullidae Giống: Upeneus Loài: Upeneus tragula (Richardson, 1846) Danh pháp trước đây: Upeneoides tragula (Richardson, 1846) Hình 3.7a – Hình thái Upeneus tragula (TĐTL = 3,2 cm)  Đặc điểm hình thái Upeneus tragula có thân dài, dẹp bên. Chiều cao thân 4,5 cm (n = 1), chiều dài thân 22,5 cm (n = 1) và khối lượng 95,86 g (n = 1) (Bảng 3.2). Đầu cá dẹp bên, mắt cá nhỏ và nằm cao trên đỉnh đầu. Cằm có hai sợi râu màu vàng cam, ngắn và mảnh. Đầu và lưng cá màu đỏ nâu, phần bụng màu trắng. Bên thân có một sọc màu đỏ sẫm chạy từ mõm qua mắt đến cuống đuôi. Phần lưng có các chấm màu đỏ xếp thành hàng. Upeneus tragula có hai vây lưng, giữa vây lưng thứ nhất và vây lưng thứ hai cách nhau 4 hàng vẩy. Vây cá màu trắng, có các sọc màu đỏ. Vây lưng thứ nhất có 8 tia gai cứng, vây lưng thứ hai có 9 tia mềm. Vây ngực có 12 tia mềm. Vây bụng có 6 tia mềm. Vây hậu môn có 1 tia gai cứng và 7 tia mềm. Cuống đuôi tương đối cao, rãnh 39 đuôi chẻ sâu quá ½ chiều dài đuôi, vây đuôi có 17 tia mềm, có các sọc xiên lớn màu nâu hoặc đỏ (Hình 3.7b). Hình 3.7b – Đặc điểm hình thái Upeneus tragula 1 – Cằm cá có hai sợi râu mảnh; 2 – Vây lưng phân tách làm hai vây; 3 – Thân có một sọc màu đỏ sẫm chạy từ mõm qua mắt đến cuống đuôi; 4 – Vây đuôi có các sọc xiên lớn màu nâu hoặc màu đỏ Nhận xét: Loài Upeneus tragula nghiên cứu hiện tại thu được có đặc điểm hình thái giống với mô tả của Allen và ctv (2005), Uiblein và ctv (2014). Kích thước lớn nhất ghi nhận được của U. tragula là 30 cm (Allen và ctv, 2005). (8) Parapercis clathrata (Ogilby, 1910) – Cá lú Tên tiếng Anh: Spothead Grubfish, Latticed Sandperch, Ocellate Weaver Tên tiếng Việt: Cá lú Theo FishBase http://fishbase.us/ (cập nhật tháng 02/2015), Parapercis clathrata có hệ thống phân loại như sau: Ngành: Chordata Lớp: Actinopterygii Bộ: Perciformes Họ: Pinguipedidae Giống: Parapercis Loài: Parapercis clathrata (Ogilby, 1910) Danh pháp trước đây: Bodianus tetracanthus (Lacepède, 1802) Parapercis tetracantha (Ogilby, 1910) 40 Hình 3.8a – Hình thái Parapercis clathrata (TĐTL = 2 cm)  Đặc điểm hình thái Parapercis clathrata có thân hình trụ thon dài, thóp lại ở phần đuôi. Chiều cao thân cá 3,3 cm (n = 1), chiều dài thân 17,7 cm (n = 1) và khối lượng 57,93 g (n = 1) (Bảng 3.2). Đầu cá nhỏ và ngắn, mõm nhọn, môi trên và môi dưới màu cam. Mắt cá nằm cao trên đỉnh đầu và lồi lên ngang với lưng. Ở vị trí sau hai mắt cá có hai chấm tròn đen lớn nằm đối xứng nhau. Phần lưng cá có màu nâu sẫm, nhạt dần về phía bụng. Phần bụng cá có màu trắng với 10 vạch ngang màu cam sẫm, mỗi vạch ngang có điểm đen ở chính giữa. Vây cá trong suốt. Vây lưng có 4 tia cứng và 21 tia mềm. Vây ngực có 16 tia mềm. Vây bụng có 5 tia mềm. Vây hậu môn có 1 tia cứng và 17 tia mềm. Vây đuôi tròn và có 15 tia mềm, phần rìa của vây đuôi có màu vàng (Hình 3.8b). Hình 3.8b – Đặc điểm hình thái Parapercis clathrata 1 – Đầu cá nhỏ và ngắn; 2 – Mõm nhọn; 3 – Sau mắt cá có chấm tròn đen lớn; 4 – Phần bụng cá có 10 vạch ngang màu cam sẫm, mỗi vạch ngang có điểm đen ở chính giữa Nhận xét: Loài Parapercis clathrata nghiên cứu hiện tại thu được có đặc điểm hình thái giống với mô tả của Allen và ctv (2005), Myers (1991). Kích thước lớn nhất ghi nhận được của P. clathrata là 24 cm (Kuiter và ctv, 2001). 41 (9) Ctenochaetus striatus (Quoy và Gaimard, 1825) – Cá răng gai nhiều sọc Tên tiếng Anh: Lined Bristletooth, Striated Surgeonfish Tên tiếng Việt: Cá răng gai nhiều sọc Theo FishBase http://fishbase.us/ (cập nhật tháng 02/2015), Ctenochaetus striatus có hệ thống phân loại như sau: Ngành: Chordata Lớp: Actinopterygii Bộ: Perciformes Họ: Acanthuridae Giống: Ctenochaetus Loài: Ctenochaetus striatus (Quoy và Gaimard, 1825) Danh pháp trước đây: Acanthurus striatus (Quoy và Gaimard, 1825) Acanthurus argenteus (Quoy và Gaimard, 1825) Acanthurus flavoguttatus (Kittlitz, 1834) Acanthurus ketlitzii (Valenciennes, 1835) Hình 3.9a – Hình thái Ctenochaetus striatus (TĐTL = 2 cm)  Đặc điểm hình thái Ctenochaetus striatus có thân dẹt bên, màu nâu sẫm, trên thân có những sọc ngang mảnh màu xanh chạy từ phần viền nắp mang tới cuống đuôi. Chiều cao thân cá 7,8 cm (n = 1), chiều dài thân 18,3 cm (n = 1) và khối lượng 78,95 g (n = 1) (Bảng 42 3.2). Đầu cá nhỏ, phần nửa trên đầu có các chấm tròn nhỏ màu cam. Mõm cá nhỏ. Hai bên cuống đuôi cá có gai sắc nhọn. Vây cá màu đen, riêng vây lưng và vây ngực có phần mép vây màu vàng nhạt. Vây lưng và vây hậu môn lớn, trải dài gần hết chiều dài cơ thể. Vây lưng có 8 tia gai cứng và 31 tia mềm. Vây ngực có 18 tia mềm. Vây bụng có 10 tia mềm. Vây hậu môn có 3 tia gai cứng và 28 tia mềm. Vây đuôi lõm, có 20 tia mềm (Hình 3.9b). Hình 3.9b – Đặc điểm hình thái Ctenochaetus striatus 1 – Phần nửa trên đầu cá có các chấm tròn nhỏ màu cam; 2 – Thân cá có những sọc ngang mảnh màu xanh; 3 – Vây đuôi lõm Nhận xét: Loài Ctenochaetus striatus nghiên cứu hiện tại thu được có đặc điểm hình thái giống với mô tả của Allen và ctv (2005). Kích thước lớn nhất ghi nhận được của C. striatus là 26 cm (Allen và ctv, 2005). (10) Lutjanus russellii (Bleeker, 1849) – Cá hồng chấm đen Tên tiếng Anh: Moses' Snapper, Russell's Snapper, Moses Perch Tên tiếng Việt: Cá hồng chấm đen, cá róc Theo FishBase http://fishbase.us/ (cập nhật tháng 02/2015), Lutjanus russellii có hệ thống phân loại như sau: Ngành: Chordata Lớp: Actinopterygii 43 Bộ: Perciformes Họ: Lutjanidae Giống: Lutjanus Loài: Lutjanus russellii (Bleeker, 1849) Danh pháp trước đây: Mesoprion russellii (Bleeker, 1849) Lutjanus nishikawae (Smith và Pope, 1906) Lutjanus orientalis (Seale, 1910) Hình 3.10a – Hình thái Lutjanus russellii (TĐTL = 3 cm)  Đặc điểm hình thái Thân cá hình bầu dục, dẹp về hai bên, viền lưng cong đều, viền bụng thẳng từ ngực đến hậu môn. Đầu cá lớn vừa, dẹp bên, đỉnh đầu hơi cong. Mép sau xương nắp mang có hình răng cưa, góc dưới nắp mang có gai cứng. Mõm cá dài nhọn, mắt cá lớn, nằm ở vị trí cao. Miệng cá rộng và chếch, hàm dưới hơi ngắn hơn hàm trên. Chiều dài thân cá trung bình 20,9 ± 0,14 cm (n = 2), chiều cao thân trung bình 6,9 ± 0,14 cm (n = 2) và khối lượng trung bình 122,18 ± 2,1 g (n = 2) (Bảng 3.2). Phần trên thân cá màu trắng bạc pha hồng nhạt, phần thân dưới và bụng cá có màu vàng. Phía dưới đoạn các tia vây lưng mềm có một vết đen hình bầu dục lớn, 1/3 vết nằm dưới đường bên, 2/3 nằm trên đường bên. Vây ngực, vây bụng và vây hậu môn màu vàng. Góc trên gốc vây ngực màu đen. Vây ngực có 14 tia mềm, vây bụng có 1 tia gai cứng và 5 tia mềm, vây hậu môn có 3 tia gai cứng và 12 tia mềm. Vây lưng và vây đuôi màu hồng nhạt. Vây lưng dài liên tục, có 10 tia gai cứng và 15 tia mềm, mép màng các tia vây lưng cứng màu đen. Vây đuôi rộng và phân thùy, có 17 tia mềm (Hình 3.10b). 44 Hình 3.10b – Đặc điểm hình thái Lutjanus russellii 1 – Mép màng các tia vây lưng cứng màu đen; 2 – Thân cá có một vết đen lớn hình bầu dục; 3 – Góc trên gốc vây ngực màu đen Nhận xét: Loài Lutjanus russellii nghiên cứu hiện tại thu được có đặc điểm hình thái giống với mô tả của Allen và ctv (2005). Kích thước lớn nhất ghi nhận được của L. russellii là 50 cm (Allen và ctv, 1985). (11) Lethrinus nebulosus (Forsskal, 1775) – Cá gáy biển Tên tiếng Anh: Spangled Emperor Tên tiếng Việt: Cá gáy biển, cá chim biển Theo FishBase http://fishbase.us/ (cập nhật tháng 02/2015), Lethrinus nebulosus có hệ thống phân loại như sau: Ngành: Chordata Lớp: Actinopterygii Bộ: Perciformes Họ: Lethrinidae Giống: Lethrinus Loài: Lethrinus nebulosus (Forsskal, 1775) Danh pháp trước đây: Lethrinus choerorynchus (Bloch và Schneider, 1801) Lethrinus alboguttatus (Valenciennes, 1830) 45 Lethrinus cyanoxanthus (Richardson, 1843) Lethrinus guntheri (Bleeker, 1873) Lethrinus aurolineatus (Macleay, 1883) Hình 3.11a – Hình thái Lethrinus nebulosus (TĐTL = 2,5 cm)  Đặc điểm hình thái Thân cá hình bầu dục, dẹp về hai bên, viền lưng cong đều, viền bụng thẳng từ ngực đến hậu môn. Đầu cá lớn vừa, dẹp bên, đỉnh đầu hơi cong. Mặt bên có các vệt màu xanh dương. Mép sau xương nắp mang có hình răng cưa, góc dưới nắp mang có gai cứng. Mõm cá dài nhọn, mắt cá lớn, nằm ở vị trí cao. Miệng cá rộng và chếch, hàm dưới hơi ngắn hơn hàm trên. Chiều dài thân cá 17,5 cm (n = 1), chiều cao thân 4 cm (n = 1) và khối lượng 85,89 g (n = 1) (Bảng 3.2). Đầu và thân cá màu vàng đồng, phần bụng cá nhạt màu hơn. Phần giữa của các vẩy cá có các chấm màu trắng. Thân cá có các vệt màu xanh dương nhạt. Vây cá màu vàng nhạt. Vây lưng liên tục với 10 tia gai cứng và 9 tia mềm, phần mép của vây lưng có màu đỏ nhạt. Vây ngực dài với 12 tia mềm. Vây bụng có 1 tia gai cứng và 5 tia mềm. Vây hậu môn có 3 tia gai cứng và 8 tia mềm. Vây đuôi chia thùy, rãnh chẻ sâu quá ½ chiều dài vây, có 17 tia mềm (Hình 3.11b). 46 Hình 3.11b – Đặc điểm hình thái Lethrinus nebulosus 1 – Mặt bên có các vệt màu xanh dương; 2 – Thân cá có các vệt màu xanh dương nhạt; 3 – Vây đuôi phân thùy, rãnh chẻ sâu quá ½ chiều dài vây Nhận xét: Loài Lethrinus nebulosus nghiên cứu hiện tại thu được có đặc điểm hình thái giống với mô tả của Allen và ctv (2005), Kuiter và ctv (2001). Kích thước lớn nhất ghi nhận được của L. nebulosus là 87 cm (Assadi và ctv, 1997). (12) Scarus ghobban (Forsskal, 1775) – Cá mó vệt xanh Tên tiếng Anh: Blue-barred Parrotfish, Yellow Scale Parrotfish Tên tiếng Việt: Cá mó vệt xanh Theo FishBase http://fishbase.us/ (cập nhật tháng 02/2015), Scarus ghobban có hệ thống phân loại như sau: Ngành: Chordata Lớp: Actinopterygii Bộ: Perciformes Họ: Scaridae Giống: Scarus Loài: Scarus ghobban (Forsskal, 1775) Danh pháp trước đây: Scarus guttatus (Bloch và Schneider, 1801) Scarus maculosus (Lacepède, 1802) Scarus pepo (Bennett, 1830) Scarus reticulata (Swainson, 1839) Scarus lacerta (Valenciennes, 1840) 47 Hình 3.12a – Hình thái Scarus ghobban (TĐTL = 2 cm)  Đặc điểm hình thái Scarus ghobban có thân dạng hình thoi, toàn thân phủ vẩy lược lớn. Thân cá màu vàng nâu với 5 sọc xanh dương thẳng đứng không đều. Chiều dài thân cá 26,5 cm (n = 1), chiều cao thân 8,5 cm (n = 1) và khối lượng 315,68 g (n = 1) (Bảng 3.2). Đầu cá không phủ vẩy, phần ổ mắt lõm xuống; miệng cá nhỏ. Trước ổ mắt và hai bên đầu có những dải xanh dương. Vây ngực và vây bụng cá có màu vàng. Vây ngực có 13 tia mềm, vây bụng có 5 tia mềm. Vây lưng, vây hậu môn và vây đuôi màu cam với rìa màu xanh dương. Vây lưng có 9 tia gai cứng và 10 tia mềm. Vây hậu môn có 3 tia gai cứng và 9 tia mềm. Vây đuôi to và tròn, có 9 tia mềm (Hình 3.12b). Hình 3.12b – Đặc điểm hình thái Scarus ghobban 1 – Trước mắt và hai bên đầu có những dải xanh dương; 2 – Thân cá có 5 sọc xanh dương thẳng đứng không đều; 3 – Phần rìa vây cá màu xanh dương 48 Nhận xét: Loài Scarus ghobban nghiên cứu hiện tại thu được có đặc điểm hình thái giống với mô tả của Allen và ctv (2005). Kích thước lớn nhất ghi nhận được của S. ghobban là 90 cm (Sousa và ctv, 1981). (13) Scolopsis ciliatus (Lacepède, 1802) – Cá lượng vệt trắng Tên tiếng Anh: Whitestreak Monocle Bream, Saw-Jawed Monocle Bream Tên tiếng Việt: Cá lượng vệt trắng Theo FishBase http://fishbase.us/ (cập nhật tháng 02/2015), Scolopsis ciliatus có hệ thống phân loại như sau: Ngành: Chordata Lớp: Actinopterygii Bộ: Perciformes Họ: Nemipteridae Giống: Scolopsis Loài: Scolopsis ciliatus (Lacepède, 1802) Danh pháp trước đây: Scolopsis ciliata (Lacepède, 1802) Holocentrus ciliatus (Lacepède, 1802) Scolopsides lycogenis (Cuvier, 1829) Hình 3.13a – Hình thái Scolopsis ciliatus (TĐTL = 2 cm) 49  Đặc điểm hình thái Scolopsis ciliatus có thân dẹp bên. Đầu cá nhỏ và ngắn, miệng cá chếch. Mắt cá to tròn, phần viền mắt màu vàng. Thân cá màu xám, nhạt dần về phía bụng, trên thân có những hàng chấm tròn màu vàng kéo dài từ vây ngực tới cuống đuôi. Phần thân cá dưới gốc vây lưng có vệt trắng dài. Chiều dài thân cá 16,5 cm (n = 1), chiều cao thân 5 cm (n = 1) và khối lượng 70,12 g (n = 1) (Bảng 3.2). Vây cá trong suốt, phần rìa có màu đỏ nhạt. Vây lưng có 10 tia gai cứng và 9 tia mềm. Vây ngực có 17 tia mềm. Vây bụng có 1 tia gai cứng và 5 tia mềm. Vây hậu môn có 3 tia gai cứng và 7 tia mềm. Vây đuôi phân thùy, các tia vây có màu đỏ nhạt, có 17 tia mềm (Hình 3.13b). Hình 3.13b – Đặc điểm hình thái Scolopsis ciliatus 1 – Phần thân dưới gốc vây lưng có vệt trắng dài; 2 – Thân có những hàng chấm tròn màu vàng; 3 – Vây đuôi phân thùy, các tia vây màu đỏ nhạt Nhận xét: Loài Scolopsis ciliatus nghiên cứu hiện tại thu được có đặc điểm hình thái giống với mô tả của Allen và ctv (2005). Kích thước lớn nhất ghi nhận được của S. ciliatus là 25 cm (Allen và ctv, 2005) (14) Iniistius pavo (Valenciennes, 1840) – Cá bàng chài công Tên tiếng Anh: Peacock wrasse, Peacock Razorfish, Pavo Razorfish Tên tiếng Việt: Cá bàng chài, cá bàng chài công Theo FishBase http://fishbase.us/ (cập nhật tháng 02/2015), Iniistius pavo có hệ thống phân loại như sau: 50 Ngành: Chordata Lớp: Actinopterygii Bộ: Perciformes Họ: Labridae Giống: Iniistius Loài: Iniistius pavo (Valenciennes, 1840) Danh pháp trước đây: Hemipteronotus pavo (Valenciennes, 1840) Xyrichtys pavo (Valenciennes, 1840) Hình 3.14a – Hình thái Iniistius pavo (TĐTL = 1,75 cm)  Đặc điểm hình thái Iniistius pavo có thân hình bầu dục dài, dẹt về phía hai bên, màu xám sáng xen kẽ với các thanh dọc tối màu.Trên thân có chấm đen hình hạt đậu nằm gần sống lưng, sau khởi điểm vây ngực. Chiều cao thân trung bình 5 cm (n = 2), chiều dài trung bình 16 ± 1,41 cm (n = 2) và khối lượng trung bình 70,32 ± 14,29 g (n = 2) (Bảng 3.2). Viền trên của bộ phận đầu cá dốc cao lên, đến chỗ trước mắt hầu như thẳng xuống đến miệng. Mắt cá nhỏ, nằm gần viền trên của đầu. Đầu trừ phần dưới mắt và phần nắp mang ra đều không có vẩy. Hai hàm có hàng răng nhọn sắc. Vây lưng và vây đuôi cá màu nâu đen. Vây lưng có 9 tia cứng và 12 tia mềm. Hai tia vây lưng đầu tiên hình thành một vây riêng biệt trên đỉnh đầu. Vây đuôi không phân thùy và có 12 tia mềm. Vây ngực, vây bụng và vây hậu môn của cá màu nâu vàng. Vây ngực có 10 tia mềm. Vây bụng có 5 tia mềm. Vây hậu môn có III tia cứng và 13 tia mềm (Hình 3.14b). 51 Hình 3.14b – Đặc điểm hình thái Iniistius pavo 1 – Hai tia vây lưng đầu tiên hình thành một vây riêng biệt trên đỉnh đầu; 2 – Trên thân có chấm đen hình hạt đậu nằm gần sống lưng, sau khởi điểm vây ngực; 3 – Thân cá màu xám sáng xen kẽ với các thanh dọc tối màu Nhận xét: Loài Iniistius pavo nghiên cứu hiện tại thu được có đặc điểm hình thái giống với mô tả của Allen và ctv (2005), Myers (1999). Kích thước lớn nhất ghi nhận được của I. pavo là 42 cm (Jawad và ctv, 2014). (15) Cheilinus oxycephalus (Bleeker, 1853) – Cá bàng chài đầu nhọn Tên tiếng Anh: Snooty Wrasse, Pointed-head Wrasse, Red Maori Wrasse Tên tiếng Việt: Cá bàng chài đầu nhọn Theo FishBase http://fishbase.us/ (cập nhật tháng 02/2015), Cheilinus oxycephalus có hệ thống phân loại như sau: Ngành: Chordata Lớp: Actinopterygii Bộ: Perciformes Họ: Labridae Giống: Chelinus Loài: Cheilinus oxycephalus (Bleeker, 1853) Danh pháp trước đây: Cheilinus sanguineus (Valenciennes, 1840) Cheilinus calophthalmus (Gunther, 1867) 52 Hình 3.15a – Hình thái Cheilinus oxycephalus (TĐTL = 1 cm)  Đặc điểm hình thái Cheilinus oxycephalus có đầu nhỏ, mõm cá ngắn và nhọn, môi cá có các vạch đen trắng xen kẽ. Toàn thân cá màu đỏ nâu. Chiều dài thân cá 13,2 cm (n = 1), chiều cao thân 4,6 cm (n = 1) và khối lượng 38,22 g (n = 1) (Bảng 3.2). Phần đầu cá có những chấm tròn nhỏ màu trắng. Thường có 3 đốm nhỏ sẫm màu nằm rải rác ở gần cuống vây đuôi. Vây lưng có 9 tia cứng và 10 tia mềm, có 1 đốm sẫm màu đặc trưng trên lớp màng giữa hai tia vây cứng đầu tiên. Vây ngực có 12 tia mềm. Vây bụng có 1 tia cứng và 5 tia mềm. Vây hậu môn có 3 tia cứng và 8 tia mềm. Vây đuôi có 15 tia mềm (Hình 3.15b). Hình 3.15b – Đặc điểm hình thái Cheilinus oxycephalus 1 – Mõm cá ngắn và nhọn, môi có các vạch đen trắng xen kẽ; 2 – Vây lưng có 1 đốm sẫm màu trên lớp màng giữa hai tia vây cứng đầu tiên; 3 – Có 3 đốm nhỏ sẫm màu nằm rải rác ở gần cuống vây đuôi 53 Nhận xét: Loài Cheilinus oxycephalus nghiên cứu hiện tại thu được có đặc điểm hình thái giống với mô tả của Allen và ctv (2005). Kích thước lớn nhất ghi nhận được của C. oxycephalus là 17 cm (Allen và ctv, 2005). (16) Cheilinus fasciatus (Bloch, 1791) – Cá bàng chài ngực đỏ Tên tiếng Anh: Redbreasted Wrasse, Banded Maori Wrasse Tên tiếng Việt: Cá bàng chài ngực đỏ Theo FishBase http://fishbase.us/ (cập nhật tháng 02/2015), Cheilinus fasciatus có hệ thống phân loại như sau: Ngành: Chordata Lớp: Actinopterygii Bộ: Perciformes Họ: Labridae Giống: Chelinus Loài: Cheilinus fasciatus (Bloch, 1791) Danh pháp trước đây: Sparus fasciatus (Bloch, 1791) Labrus enneacanthus (Lacepède, 1801) Hình 3.16a – Hình thái Cheilinus fasciatus (TĐTL = 2 cm)  Đặc điểm hình thái Thân cá dẹp bên, viền lưng cong đều, viền bụng thẳng từ ngực đến hậu môn. Đầu cá màu xanh lục thẫm, phần trán dốc xuống. Mắt cá nhỏ và hơi lõm, xung quanh mắt có các vệt ngắn màu cam. Miệng cá nhọn và tương đối dài. Phần thân cá xung quanh vây ngực có màu cam. Thân cá từ sau gốc vây ngực tới mép vây đuôi có 8 sọc đen lớn 54 nằm dọc xen kẽ với 7 sọc mảnh màu đỏ nâu. Chiều dài thân cá 17 cm (n = 1), chiều cao thân 6,8 cm (n = 1) và khối lượng 138,92 g (n = 1) (Bảng 3.2). Vây lưng có 9 tia gai cứng và 10 tia mềm. Vây ngực có 11 tia mềm. Vây bụng có 1 tia gai cứng và 5 tia mềm. Vây hậu môn có 3 tia gai cứng và 11 tia mềm. Vây đuôi thẳng, có 19 tia mềm (Hình 3.16b). Hình 3.16b – Đặc điểm hình thái Cheilinus fasciatus 1 – Xung quanh mắt cá có các vệt ngắn màu cam; 2 – Phần thân cá xung quanh vây ngực có màu cam; 3 – Thân cá từ sau gốc vây ngực tới mép vây đuôi có 8 sọc đen lớn Nhận xét: Loài Cheilinus fasciatus nghiên cứu hiện tại thu được có đặc điểm hình thái giống với mô tả của Allen và ctv (2005), Kuiter và ctv (2001b), Carpenter và Niem (2001). Kích thước lớn nhất ghi nhận được của C. fasciatus là 50 cm (Carpenter và Niem, 2001). (17) Oxycheilinus digramma (Lacepède, 1801) – Cá bàng chài má sọc Tên tiếng Anh: Linedcheeked Wrasse, Cheeklined Maori Wrasse Tên tiếng Việt: Cá bàng chài má sọc Theo FishBase http://fishbase.us/ (cập nhật tháng 02/2015), Oxycheilinus digramma có hệ thống phân loại như sau: Ngành: Chordata Lớp: Actinopterygii Bộ: Perciformes Họ: Labridae 55 Giống: Oxycheilinus Loài: Oxycheilinus digramma (Lacepède, 1801) Danh pháp trước đây: Cheilinus digrammus (Lacepède, 1801) Oxycheilinus digrammus (Lacepède, 1801) Hình 3.17a – Hình thái Oxycheilinus digramma (TĐTL = 2 cm)  Đặc điểm hình thái Oxycheilinus digramma có thân dài, phần thân trước tròn, phần sau dẹp bên. Chiều dài thân cá 18 cm (n = 1), chiều cao thân 4,5 cm (n = 1) và khối lượng trung bình 107,82 g (n = 1) (Bảng 3.2). Toàn thân cá màu đỏ nâu. Mặt bên đầu cá có các sọc ngang mờ. Phần nắp mang dưới mắt cá có những đường chéo mảnh sẫm màu. Các vây cá có màu đỏ cam. Vây lưng liên tục với 9 tia gai cứng và 10 tia mềm. Vây ngực rộng, có 11 tia mềm. Vây bụng ngắn, có 1 tia cứng và 5 tia mềm. Vây hậu môn có 2 tia cứng và 10 tia mềm. Vây đuôi rộng và hơi tròn, phần mép vây có màu vàng nhạt, có 13 tia mềm (Hình 3.17b). Hình 3.17b – Đặc điểm hình thái Oxycheilinus digramma 1 – Mặt bên đầu cá có các sọc ngang mờ; 2 – Phần nắp mang dưới mắt cá có những đường chéo mảnh sẫm màu 56 Nhận xét: Loài Oxycheilinus digramma nghiên cứu hiện tại thu được có đặc điểm hình thái giống với mô tả của Allen và ctv (2005), Carpenter và Niem (2001). Kích thước lớn nhất ghi nhận được của C. fasciatus là 40 cm (Carpenter và Niem, 2001). (18) Thalassoma lunare (Linnaeus, 1758) – Cá bàng chài mặt trăng Tên tiếng Anh: Moon Wrasse, Crescent Wrasse Tên tiếng Việt: Cá bàng chài mặt trăng, cá bàng chài đầu đen Theo FishBase http://fishbase.us/ (cập nhật tháng 02/2015), Thalassoma lunare có hệ thống phân loại như sau: Ngành: Chordata Lớp: Actinopterygii Bộ: Perciformes Họ: Labridae Giống: Thalassoma Loài: Thalassoma lunare (Linnaeus, 1758) Danh pháp trước đây: Labrus lunaris (Linnaeus, 1758) Hình 3.18a – Hình thái Thalassoma lunare (TĐTL = 2,5 cm)  Đặc điểm hình thái Thalassoma lunare có thân dẹp, thuôn dài. Chiều dài thân cá trung bình 13,75 ± 0,47 cm (n = 2), chiều cao thân trung bình 3,15 ± 0,49 cm (n = 2) và khối lượng trung bình 38,65 ± 3,87 g (n = 2) (Bảng 3.2). Toàn thân cá màu xanh lá đậm, phần thân từ gốc vây ngực tới cuống đuôi có những đường thẳng đứng sẫm màu cách đều nhau. Đầu cá tương đối nhỏ, có các vệt lớn màu tím hồng chạy từ miệng tới nắp mang. Vây lưng và vây hậu môn màu xanh lá đậm, phần rìa vây là sự sắp xếp liên tiếp từ trong ra ngoài của 3 dải màu: tím sẫm, xanh da trời và xanh lá non. Vây lưng liên 57 tục, có 8 tia gai cứng và 13 tia mềm. Vây hậu môn có 3 tia gai cứng và 11 tia mềm. Vây ngực màu xanh lá đậm, phần giữa của vây màu tím hồng, có 14 tia mềm. Vây bụng trong suốt, các tia vây màu xanh dương nhạt, có 1 tia gai cứng và 5 tia mềm. Phần rìa hai bên vây đuôi dài và nhọn, phần giữa đuôi lõm vào và có màu vàng tạo thành dạng hình trăng lưỡi liềm (Hình 3.18b). Hình 3.18b – Đặc điểm hình thái Thalassoma lunare 1 – Đầu cá nhỏ, có các vệt lớn màu tím hồng; 2 – Thân cá có những đường thẳng đứng sẫm màu cách đều nhau; 3 – Phần rìa hai bên vây đuôi dài và nhọn, phần giữa đuôi lõm vào tạo thành dạng hình trăng lưỡi liềm Nhận xét: Loài Thalassoma lunare nghiên cứu hiện tại thu được có đặc điểm hình thái giống với mô tả của Allen và ctv (2005), Carpenter và Niem (2001). Kích thước lớn nhất ghi nhận được của T. lunare là 25 cm (Carpenter và Niem, 2001). (19) Halichoeres melanochir (Fowler và Bean, 1928) – Cá bàng chài vây cam Tên tiếng Anh: Black Wrasse, Orangefin Wrasse, Spotted Wrasse Tên tiếng Việt: Cá bàng chài chấm đen, cá bàng chài vây cam Theo FishBase http://fishbase.us/ (cập nhật tháng 02/2015), Halichoeres melanochir có hệ thống phân loại như sau: Ngành: Chordata Lớp: Actinopterygii Bộ: Perciformes Họ: Labridae Giống: Halichoeres Loài: Halichoeres melanochir (Fowler và Bean, 1928) 58 Hình 3.19a – Hình thái Halichoeres melanochir (TĐTL = 2 cm)  Đặc điểm hình thái Đầu cá nhỏ, có các vệt màu cam nhạt, miệng cá ngắn và nhọn. Mắt cá nhỏ, tròn. Thân cá màu xanh tím, hình bầu dục, dẹt về phía hai bên, có những hàng chấm đen nhỏ chạy dọc từ nắp mang đến cuống vây đuôi. Phần thân dưới và bụng cá màu cam sẫm. Chiều cao thân cá 4,6 cm (n = 1), chiều dài thân 16,3 cm (n = 1) và khối lượng 54,91 g (n = 1) (Bảng 3.2). Vây lưng và vây hậu môn có màu cam. Vây lưng có 10 tia cứng và 11 tia mềm. Vây hậu môn có 1 tia cứng và 12 tia mềm. Vây ngực và vây bụng màu vàng sáng. Vây ngực có 13 tia mềm, ở phần gốc vây có đốm đen lớn. Vây bụng có 1 tia cứng và 5 tia mềm. Phần vây đuôi nổi bật với 14 tia vây màu xanh lá trên nền màu cam (Hình 3.19b). Hình 3.19b – Đặc điểm hình thái Halichoeres melanochir 1 – Đầu cá nhỏ, có các vệt màu cam nhạt; 2 – Cuống vây ngực có một đốm đen lớn; 3 – Thân cá có những hàng chấm đen nhỏ chạy dọc từ nắp mang đến cuống vây đuôi 59 Nhận xét: Loài Halichoeres melanochir nghiên cứu hiện tại thu được có đặc điểm hình thái giống với mô tả của Allen và ctv (2005). Kích thước lớn nhất ghi nhận được của H. melanochir là 18 cm (Masuda, 1984). (20) Halichoeres hortulanus (Lacepède, 1801) – Cá bàng chài bàn cờ Tên tiếng Anh: Checkerboard Wrasse Tên tiếng Việt: Cá bàng chài bàn cờ Theo FishBase http://fishbase.us/ (cập nhật tháng 02/2015), Halichoeres hortulanus có hệ thống phân loại như sau: Ngành: Chordata Lớp: Actinopterygii Bộ: Perciformes Họ: Labridae Giống: Halichoeres Loài: Halichoeres hortulanus (Lacepède, 1801) Danh pháp trước đây: Halichoeres centriquadrus (Lacepède, 1801) Labrus centriquadrus (Lacepède, 1801) Labrus hortulanus (Lacepède, 1801) Hình 3.20a – Hình thái Halichoeres hortulanus (TĐTL = 2 cm)  Đặc điểm hình thái Halichoeres hortulanus có thân dẹp bên. Chiều dài thân cá 19 cm (n = 1), chiều cao thân 5 cm (n = 1) và khối lượng 90,86 g (n = 1) (Bảng 3.2). Đầu cá không phủ 60 vẩy, màu xanh lá cây pha xám nhạt; phía trước và hai bên đầu có các dải màu cam không đều. Thân cá màu trắng hơi xanh, bao gồm một loạt những hình lục giác nhỏ màu trắng có hai cạnh thẳng đứng viền đen tạo thành dạng hình bàn cờ. Phần thân dưới gốc vây lưng có 2 đốm vàng, đốm thứ nhất ở giữa tia gai cứng thứ tư và thứ năm, đốm còn lại nằm ở giữa phần tia mềm của vây lưng. Giữa tia vây cứng thứ năm và thứ tám của vây lưng có vết đen lớn. Vây lưng cá màu vàng cam với những đốm tròn lớn màu vàng nằm rải đều khắp chiều dài vây, có 9 tia gai cứng và 11 tia mềm. Vây ngực và vây bụng trong suốt; vây ngực có 14 tia mềm, vây bụng có 1 tia gai cứng và 5 tia mềm. Vây hậu môn màu trắng với các sọc ngang màu cam, có 3 tia gai cứng và 11 tia mềm. Vây đuôi màu cam sáng với những chấm tròn nhỏ màu vàng, có 14 tia mềm (Hình 3.20b). Hình 3.20b – Đặc điểm hình thái Halichoeres hortulanus 1 – Phía trước và hai bên đầu cá có các dải màu cam; 2 – Phần thân dưới gốc vây lưng có 2 đốm vàng; 3 – Giữa tia vây cứng thứ năm và thứ tám của vây lưng có vết đen lớn; 4 – Màu sắc thân cá tạo thành dạng hình bàn cờ Nhận xét: Loài Halichoeres hortulanus nghiên cứu hiện tại thu được có đặc điểm hình thái giống với mô tả của Allen và ctv (2005), Carpenter và Niem (2001). Kích thước lớn nhất ghi nhận được của H. hortulanus là 27 cm (Carpenter và Niem, 2001). (21) Epinephelus merra (Bloch, 1793) – Cá mú chấm tổ ong Tên tiếng Anh: Honeycomb Grouper, Dwarf-spotted Grouper Tên tiếng Việt: Cá mú chấm tổ ong, cá song chấm tổ ong 61 Theo FishBase http://fishbase.us/ (cập nhật tháng 02/2015), Epinephelus merra có hệ thống phân loại như sau: Ngành: Chordata Lớp: Actinopterygii Bộ: Perciformes Họ: Serranidae Giống: Epinephelus Loài: Epinephelus merra (Bloch, 1973) Danh pháp trước đây: Cephalopholis merra (Bloch, 1973) Serranus merra (Bloch, 1973) Hình 3.21a – Hình thái Epinephelus merra (TĐTL = 1,5 cm)  Đặc điểm hình thái Epinephelus merra có mõm nhọn, miệng rộng, răng sắc nhọn. Mắt cá to, lồi, nằm cao trên đỉnh đầu. Mép trong nắp mang có hàng gai nhọn nhỏ, mép ngoài có 3 tia gai nhọn. Thân cá hình thoi, dài, dẹt về hai bên. Chiều cao thân trung bình 4,5 ± 0,71 cm (n = 2), chiều dài thân trung bình 16,1 ± 2,69 cm (n = 2) và khối lượng trung bình 54,28 ± 22,29 g (n = 2) (Bảng 3.2). Thân cá có các đốm đa giác màu nâu sáng trên nền vàng nhạt, những đốm này phân bố thưa dần theo chiều từ miệng cá đến cuống vây đuôi, một số chấm liền với nhau thành các vân ngắn. Phần thân dưới và bụng cá có màu trắng. Vây cá có những đốm tròn nhỏ màu nâu sẫm phân bố theo hàng trên nền màu vàng nhạt. Các tia đầu tiên của vây lưng và vây hậu môn rất cứng, khỏe. Vây lưng dài, 62 có 11 tia cứng và 16 tia mềm. Vây hậu môn có 3 tia cứng và 8 tia mềm. Vây bụng có 1 tia cứng và 5 tia mềm. Vây đuôi và vây ngực tròn. Vây ngực có 16 tia mềm. Vây đuôi có 16 tia mềm (Hình 3.21b). Hình 3.21b – Đặc điểm hình thái Epinephelus merra 1 – Thân cá có các đốm đa giác màu nâu sáng trên nền vàng nhạt, một số chấm liền với nhau thành các vân ngắn; 2 – Các vây cá có những đốm tròn nhỏ màu nâu sẫm Nhận xét: Loài Epinephelus merra nghiên cứu hiện tại thu được có đặc điểm hình thái giống với mô tả của Allen và ctv (2005), Nguyễn Nhật Thi (2008). Kích thước lớn nhất ghi nhận được của E. merra là 32 cm (Nguyễn Nhật Thi, 2008). (22) Epinephelus fasciatus (Forsskål, 1775) - Cá mú sáu sọc ngang Tên tiếng Anh: Blacktip grouper, Redbanded grouper Tên tiếng Việt: Cá mú sáu sọc ngang, cá song sáu sọc ngang Theo FishBase http://fishbase.us/ (cập nhật tháng 02/2015), Epinephelus fasciatus có hệ thống phân loại như sau: Ngành: Chordata Lớp: Actinopterygii Bộ: Perciformes Họ: Serranidae Giống: Epinephelus Loài: Epinephelus fasciatus (Forsskål, 1775) 63 Danh pháp trước đây: Serranus fasciatus (Forsskål, 1775) Epinephelus marginalis (Bloch, 1793) Hình 3.22a – Hình thái Epinephelus fasciatus (TĐTL = 1 cm)  Đặc điểm hình thái Epinephelus fasciatus có thân hình bầu dục dài, dẹp về phía hai bên. Chiều cao thân cá trung bình 3,4 ± 0,17 cm (n = 3), chiều dài thân cá trung bình 11,53 ± 0,91 cm (n = 3) và khối lượng trung bình 23,57 ± 3,94 g (n = 3) (Bảng 3.2). Thân cá màu nâu đỏ, trên thân có 6 sọc ngang màu nâu. Miệng cá chếch, hàm dưới dài hơn hàm trên. Mép trong nắp mang có hàng gai nhọn nhỏ, mép ngoài có 3 tia gai nhọn. Vây lưng có 11 tia cứng và 16 tia mềm. Phần viền tia vây lưng cứng có màu đen đặc trưng. Vây ngực có 16 tia mềm. Vây bụng có 1 tia cứng và 5 tia mềm. Vây hậu môn có 3 tia cứng và 8 tia mềm. Vây đuôi rộng, mép sau gần như thẳng, có 16 tia mềm (Hình 3.22b). Hình 3.22b – Đặc điểm hình thái Epinephelus fasciatus 1 – Thân cá có 6 sọc ngang màu nâu; 2 – Phần viền tia vây lưng cứng có màu đen 64 Nhận xét: Loài Epinephelus fasciatus nghiên cứu hiện tại thu được có đặc điểm hình thái giống với mô tả của Allen và ctv (2005), Nguyễn Nhật Thi (2008). Kích thước lớn nhất ghi nhận được của E. fasciatus là 40 cm (Nguyễn Nhật Thi, 2008). (23) Cephalopholis boenak (Bloch, 1790) – Cá mú vân sóng Tên tiếng Anh: Chocolate Grouper, Chocolate Hind Tên tiếng Việt: Cá mú than, cá mú vân sóng Theo FishBase http://fishbase.us/ (cập nhật tháng 02/2015), Cephalopholis boenak có hệ thống phân loại như sau: Ngành: Chordata Lớp: Actinopterygii Bộ: Perciformes Họ: Serranidae Giống: Cephalopholis Loài: Cephalopholis boenak (Bloch, 1790) Danh pháp trước đây: Serranus boenak (Bloch, 1790) Serranus pachycentron (Valenciennes, 1828) Cephalopholis pachycentron (Valenciennes, 1828) Hình 3.23a – Hình thái Cephalopholis boenak (TĐTL = 2 cm) 65  Đặc điểm hình thái Cephalopholis boenak có thân hình bầu dục dài, dẹp bên. Chiều cao thân cá 6 cm (n = 1), chiều dài thân cá 20,5 cm (n = 1) và khối lượng 118,56 g (n = 1) (Bảng 3.2). Mắt cá to và nằm cao trên đỉnh đầu. Miệng cá lớn và chếch, hai hàm bằng nhau. Mép trong xương nắp mang có hàng gai nhọn nhỏ, mép ngoài có 3 gai nhọn; có một chấm đen ở giữa xương nắp mang trước. Toàn thân cá màu nâu đen, có 8 vân ngang lớn màu nâu đậm. Vây cá màu nâu đen. Vây lưng có 9 tia gai cứng và 16 tia mềm. Vây bụng nhỏ, có 1 tia cứng và 5 tia mềm. Vây ngực dài, rộng, có 16 tia mềm. Vây hậu môn rộng, có 3 tia gai cứng và 8 tia mềm. Vây đuôi tròn, có 15 tia mềm (Hình 3.23b). Hình 3.23b – Đặc điểm hình thái Cephalopholis boenak 1 – Ở giữa xương nắp mang trước có chấm đen; 2 – Thân cá có 8 vân ngang lớn màu nâu đậm Nhận xét: Loài Cephalopholis boenak nghiên cứu hiện tại thu được có đặc điểm hình thái giống với mô tả của Allen và ctv (2005), Nguyễn Nhật Thi (2008). Kích thước lớn nhất ghi nhận được của C. boenak là 26 cm (Allen và ctv, 2005). (24) Diploprion bifasciatum (Cuvier, 1828) – Cá mú vàng hai sọc đen Tên tiếng Anh: Doublebanded Soapfish, Yellow striped grouper Tên tiếng Việt: Cá mú vàng nghệ, Cá mú vàng hai sọc đen Theo FishBase http://fishbase.us/ (cập nhật tháng 02/2015), Diploprion bifasciatum có hệ thống phân loại như sau: 66 Ngành: Chordata Lớp: Actinopterygii Bộ: Perciformes Họ: Serranidae Giống: Diploprion Loài: Diploprion bifasciatum (Cuvier, 1828) Danh pháp trước đây: Diploprion bifasciatus (Matsubara, 1955) Hình 3.24a – Hình thái Diploprion bifasciatum (TĐTL = 4 cm)  Đặc điểm hình thái Diploprion bifasciatum có đầu tương đối lớn, dẹp bên, phía trên mắt hơi lõm. Mắt cá tương đối lớn, vị trí cao gần sát mặt lưng của đầu. Thân cá hình bầu dục, rất dẹp bên, thóp lại ở phần cuống đuôi, phần trước lưng gồ cao. Chiều dài thân cá 20 cm (n = 1), chiều cao thân 8 cm (n = 1) và khối lượng 175,89 g (n = 1) (Bảng 3.2). Miệng cá rộng và chếch, hàm dưới dài hơn hàm trên. Mép trong nắp mang có hàng răng cưa nhỏ, mép ngoài có 3 tia gai nhọn. Đầu, thân và các vây cá có màu vàng nhạt. Trên thân có hai vân rộng màu đen: một vân rộng bằng đường kính mắt chạy chếch từ trước vây lưng thứ nhất qua mắt đến gần mép dưới xương nắp mang trước, một vân rộng bằng 67 khoảng hai lần đường kính mắt, chạy từ phần cuối gốc vây lưng thứ nhất và đầu gốc vây lưng thứ hai xuống tới hậu môn. Diploprion bifasciatum có vây lưng phân tách làm hai vây, vây lưng thứ nhất có 8 tia cứng, vây lưng thứ hai có 15 tia mềm, màng vây lưng thứ nhất màu đen. Vây ngực rộng tròn, có 16 tia mềm. Vây bụng dài nhọn, có 1 tia cứng và 5 tia mềm. Vây hậu môn có 2 tia cứng và 12 tia mềm. Vây đuôi rộng, có 18 tia mềm (Hình 3.24b). Hình 3.24b – Đặc điểm hình thái Diploprion bifasciatum 1 – Trên thân cá có 2 vân rộng màu đen; 2 – Vây lưng phân tách làm 2 vây, màng vây lưng thứ nhất màu đen Nhận xét: Loài Diploprion bifasciatum nghiên cứu hiện tại thu được có đặc điểm hình thái giống với mô tả của Allen và ctv (2005), Nguyễn Nhật Thi (2008). Kích thước lớn nhất ghi nhận được của Diploprion bifasciatum là 25 cm (Nguyễn Nhật Thi, 2008). (25) Plectropomus leopardus (Lacepède, 1802) – Cá mú da báo Tên tiếng Anh: Leopard Coral Grouper, Leopard Coral Trout, Coral Trout Tên tiếng Việt: Cá mú chấm nhỏ, cá song da báo, cá mú sao Theo FishBase http://fishbase.us/ (cập nhật tháng 02/2015), Plectropomus leopardus có hệ thống phân loại như sau: 68 Ngành: Chordata Lớp: Actinopterygii Bộ: Perciformes Họ: Serranidae Giống: Plectropomus Loài: Plectropomus leopardus (Lacepède, 1802) Danh pháp trước đây: Holocentrus leopardus (Lacepède, 1802) Plectropoma leopardinus (Cuvier, 1828) Acanthistius leopardinus (Cuvier, 1828) Hình 3.25a – Hình thái Plectropomus leopardus (TĐTL = 1,5 cm)  Đặc điểm hình thái Plectropomus leopardus có thân dài, dẹp bên, viền thân trên hình cung rộng. Chiều dài thân cá trung bình 17,75 ± 1,06 cm (n = 2), chiều cao thân trung bình 4,5 cm (n = 2) và khối lượng trung bình 75,03 ± 12,35 g (n = 2) (Bảng 3.2). Toàn thân và các vây cá thường có màu đỏ nâu hoặc cam đỏ với nhiều chấm tròn nhỏ màu xanh dương viền đen rải đều dọc trên đầu, thân và các vây, ngoại trừ vây ngực và vây bụng. Mắt cá lớn vừa. Miệng cá chếch, hàm dưới dài hơn hàm trên. Vây lưng có 8 tia cứng và 12 tia mềm. Vây bụng có 1 tia cứng và 4 tia mềm.Vây hậu môn có 3 tia cứng và 7 tia mềm. Vây ngực có 16 tia mềm. Vây đuôi rộng, mép sau lõm nông và có 17 tia mềm. Mép vây đuôi viền trắng hẹp ở đoạn giữa, có một dải đen ở gần mép vây. (Hình 3.25b). 69 Hình 3.25b – Đặc điểm hình thái Plectropomus leopardus 1 – Miệng cá chếch, hàm dưới dài hơn hàm trên; 2 – Đầu, thân và các vây cá có nhiều chấm tròn nhỏ màu xanh dương viền đen; 3 – Vây đuôi rộng, mép sau lõm nông. Nhận xét: Loài Plectropomus leopardus nghiên cứu hiện tại thu được có đặc điểm hình thái giống với mô tả của Allen và ctv (2005), Nguyễn Nhật Thi (2008). Kích thước lớn nhất ghi nhận được của P. leopardus là 120 cm (Nguyễn Nhật Thi, 2008). 3.2. Nghiên cứu di truyền các loài cá rạn san hô phổ biến thu tại Khánh Hòa, Việt Nam 3.2.1 Tách chiết DNA tổng số Các loài cá rạn san hô sau khi thu mẫu về được tiến hành tách chiết DNA bằng bộ kit Thermo Scientific Dream Taq DNA Polymerase (Thermo Scientific). Kết quả điện di DNA tổng số tách chiết từ các mẫu cá nghiên cứu là một băng đậm nét (Hình 3.26). Qua đó cho thấy, sản phẩm DNA cho dải sáng rõ, chứng tỏ bộ kit được sử dụng phù hợp với việc tách chiết DNA của các loài cá rạn san hô. Chất lượng DNA tách chiết tốt, hàm lượng DNA cao đảm bảo yêu cầu cho quá trình khuếch đại gen 16S mtDNA sau này. 70 Hình 3.26 – Kết quả điện di DNA tổng số một số mẫu cá rạn san hô (Giếng M: Marker; Giếng 1 – 5: sản phẩm DNA tổng số một số mẫu cá rạn san hô) 3.2.2 Khuếch đại, giải trình tự DNA cá rạn san hô thu tại Khánh Hòa, Việt Nam Sử dụng DNA tổng số đã tách chiết làm khuôn, cặp mồi 16Sar và 16Sbr (Palumbi và ctv, 1991) cùng với chu trình nhiệt của phản ứng PCR như đã trình bày ở Hình 2.6. Sản phẩm PCR thu được là một băng DNA duy nhất, có kích thước đúng như tính toán lý thuyết là 650 bp đối với đoạn gen 16S mtDNA (Hình 3.27). Hình 3.27 – Kết quả điện di sản phẩm PCR đoạn gen 16S mtDNA của một số mẫu cá rạn san hô (Giếng M: Marker; Giếng 1 – 5: sản phẩm PCR đoạn gen 16S mtDNA của một số mẫu cá rạn san hô; Giếng 6: mẫu đối chứng âm) 71 3.2.3 So sánh sự khác biệt trình tự giữa các loài cá nghiên cứu Các trình tự gen 16S mtDNA của 25 loài cá rạn san hô thu tại Khánh Hòa, Việt Nam sau khi được kết nối bằng phần mềm SEQUENCHER, version 5.3 (http://www.genecodes.com/) và dóng hàng bằng phần mềm BioEdit 7.2.5 (Hall, 1999) sẽ được so sánh sự khác biệt di truyền. Kết quả được thể hiện ở Bảng 3.3. Sự khác biệt di truyền của 25 loài cá rạn san hô thu được tại Khánh Hòa nằm trong khoảng 2,3% (13/560 nucleotide) – 23,7% (133/560 nucleotide) (Bảng 3.3), trong đó sự khác biệt lớn nhất là giữa loài Synodus variegatus với loài Halichoeres hortulanus, sự khác biệt nhỏ nhất là giữa loài Epinephelus merra với loài Epinephelus fasciatus. Sự khác biệt di truyền của 21 loài trong bộ Perciformes nằm trong khoảng 2,3% (giữa loài Epinephelus merra với loài Epinephelus fasciatus) đến 19,8% (111/560 nucleotide) (Bảng 3.3), sự khác biệt lớn nhất này là giữa loài Iniistius pavo với loài Plectropomus leopardus và giữa loài Oxycheilinus digramma với loài Diploprion bifasciatum. Sự khác biệt di truyền của 7 loài trong họ Labridae nằm trong khoảng 7,9% (44/560 nucleotide) – 18,2% (102/560 nucleotide) (Bảng 3.3), trong đó sự khác biệt lớn nhất là giữa loài Iniistius pavo với loài Halichoeres hortulanus, sự khác biệt nhỏ nhất là giữa loài Cheilinus oxycephalus với loài Cheilinus fasciatus. Cũng dựa vào Bảng 3.3, sự khác biệt di truyền lớn nhất của 5 loài trong họ Serranidae là giữa loài Epinephelus merra với loài Plectropomus leopardus (15,9% – 89/560 nucleotide), sự khác biệt nhỏ nhất là giữa loài Epinephelus merra với loài Epinephelus fasciatus (2,3% – 13/560 nucleotide). 72 Bảng 3.3 – Sự khác biệt về trình tự 16S mt DNA của 25 loài cá rạn san hô thu được ở Khánh Hòa, Việt Nam (Đơn vị: %) 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 1 ID 2 21,9 ID 3 21,7 17 ID 4 21 19,3 18,6 ID 5 20 16 16,4 15,5 ID 6 20,5 17,2 17,3 16,6 14,1 ID 7 21,7 18,4 19,3 17,8 15,2 9 ID 8 23,2 18,8 18,8 18,2 15,7 15,7 15,2 ID 9 22 15,9 16,4 15,9 14,4 13,5 16,2 17,5 ID 10 21,1 14,4 15,8 14,4 12,1 12,8 14 15,5 7,9 ID 11 21,1 17,1 19,3 14,9 15,2 16 17,1 17,7 15 12,4 ID 12 20,4 17,2 20,4 16,2 15,9 15,5 17 17 13,4 13,4 15,1 ID 13 21,1 16,8 15,3 16,4 13,7 14,4 16,2 17,1 14,1 13,2 15,9 13,6 ID 14 22,8 18,1 20,2 17,5 16,4 16,1 19 19,5 13,2 13,4 15,9 15,3 17,9 ID 15 21,9 16,9 18,6 17,3 15,9 16,4 17,7 17 14,1 13 17,5 15 14,3 15,8 ID 16 22,2 16,9 19,1 17,7 16 15,4 18,1 17,7 13,7 13,7 17,1 14,3 14,3 16,3 7,9 ID 17 21,9 16,9 19,5 17,5 16,4 16,6 18,8 19,7 14,1 13 17 15,4 15 16,1 8,7 9,2 ID 18 21,5 16,5 18 17,7 14,8 15,5 17,4 18,4 14,1 14,1 15 13,8 13,8 15,1 15,1 14,2 14,9 ID 19 22,2 15 19,5 17,9 14,4 15,4 17,4 16,6 13,4 12,1 14,2 11,8 13,4 14 13,4 11,6 14,2 9 ID 20 23,7 16,5 19,8 18,4 16,2 16,8 18,6 19,4 15,6 13,8 16,6 13,3 15,7 18,2 15,4 13,9 15,8 11,2 9,4 ID 21 20,9 19,7 20 18 16,3 16,4 17,5 18,8 14 13,9 14,6 15 16 18,4 16,8 16,8 17,7 17,7 15,5 18 ID 22 20,9 19,5 20,2 18,4 16,8 17 17,7 19,2 15 14,6 15,1 15,9 16,4 19 17,9 17,5 18,2 18 16,2 18 2,3 ID 23 19,9 19,5 19 15,3 15 14,8 16,4 17,7 13,5 12,8 13 15,3 16,8 16 17,1 17,7 17,7 17,3 16,6 17,7 8,5 9,2 ID 24 22 19,8 19,1 17,1 16 18,2 18,2 19 16,6 14,4 14,4 16,4 16 19,3 18,4 18,6 19,8 18,2 18,6 19,3 13,7 13,3 13,5 ID 25 22 19,3 20,6 16,6 15,7 16,4 17,1 18,8 15,7 14,6 15,5 16,4 16,2 19,8 17,5 16,6 18,2 17,7 16,2 19,1 15,9 15,4 13,6 13,9 ID Chú thích: 1 – Synodus variegatus, 2 – Fistularia commersonii, 3 – Myripristis berndti, 4 – Rhinecanthus aculeatus, 5 – Labracinus cyclophthalmus, 6 – Parupeneus multifasciatus, 7 – Upeneus tragula, 8 – Parapercis clathrata, 9 – Ctenochaetus striatus, 10 – Lutjanus russellii, 11 – Lethrinus nebulosus, 12 – Scarus ghobban, 13 – Scolopsis ciliatus, 14 – Iniistius pavo, 15 – Cheilinus oxycephalus, 16 – Cheilinus fasciatus, 17 – Oxycheilinus digramma, 18 – Thalassoma lunare, 19 – Halichoeres melanochir, 20 – Halichoeres hortulanus, 21 – Epinephelus merra, 22 – Epinephelus fasciatus, 23 – Cephalopholis boenak, 24 – Diploprion bifasciatum, 25 – Plectropomus leopardus 73 3.2.4 So sánh sự tương đồng trình tự với Genbank Sản phẩm PCR của gen 16S mtDNA được khuếch đại thành công với kích thước khoảng 560bp. Sau khi kết nối các trình tự gen 16S mtDNA thu được bằng phần mềm SEQUENCHER và so sánh với dữ liệu từ Genbank, kết quả được thể hiện ở Bảng 3.4. Bảng 3.4 – Kết quả độ tương đồng của các trình tự 16S mtDNA từ 25 loài cá rạn san hô thu tại Khánh Hòa, Việt Nam với dữ liệu từ Genbank STT Loài Loài tương đồng Độ tương đồng Mã số Genbank 1. Synodus variegatus Synodus variegatus GB 100% DQ532969.1 2. Fistularia commersonii Fistularia commersonii GB 99% GQ902010.1 3. Myripristis berndti Myripristis berndti GB 100% AP002940.1 4. Rhinecanthus aculeatus Rhinecanthus aculeatus GB 99% AY679631.1 Rhinecanthus verrucosus GB 99% EU108819.1 5. Labracinus cyclophthalmus Labracinus cyclophthalmus GB 100% KP288615.1 6. Parupeneus multifasciatus Parupeneus multifasciatus GB 99% AP012314.1 7. Upeneus tragula Upeneus tragula GB 100% AB355920.1 8. Parapercis clathrata Parapercis ramsayi GB 89% AY539067.2 9. Ctenochaetus striatus Ctenochaetus striatus GB 100% AY057301.1 10. Lutjanus russelli Lutjanus russelli GB 100% DQ784737.1 11. Lethrinus nebulosus Lethrinus nebulosus GB 99% AB793300.1 12. Scarus ghobban Scarus ghobban GB 99% EU601241.1 13. Scolopsis ciliatus Scolopsis ciliatus GB 99% AF247448.1 14. Iniistius pavo Iniistius aneitensis GB 95% AY279757.1 15. Cheilinus oxycephalus Cheilinus oxycephalus GB 100% DQ076709.1 16. Cheilinus fasciatus Cheilinus fasciatus GB 99% AF517580.1 17. Oxycheilinus digramma Oxycheilinus digramma GB 100% EU601258.1 Oxycheilinus unifasciatus GB 98% JF457553.1 18. Thalassoma lunare Thalassoma lunare GB 99% JQ178236.1 19. Halichoeres melanochir Halichoeres prosopeion GB 97% AY850901.1 20. Halichoeres hortulanus Halichoeres hortulanus GB 100% JF457474.1 Halichoeres scapularis GB 90% JF457493.1 21. Epinephelus merra Epinephelus merra GB 100% HM068568.1 22. Epinephelus fasciatus Epinephelus fasciatus GB 100% DQ088039.1 23. Cephalopholis boenak Cephalopholis boenak GB 99% AY947598.1 24. Diploprion bifasciatum Diploprion bifasciatum GB 100% KP256530.1 25. Plectropomus leopardus Plectropomus leopardus GB 100% DQ067321.1 Plectropomus maculatus GB 99% JF750755.1 GB: Ký hiệu chỉ trình tự các loài từ Genbank 74 Kết quả của Bảng 3.4 cho thấy sự tương đồng có giá trị tương đối cao giữa các loài cá rạn san hô thu được ở Khánh Hòa, Việt Nam với trình tự tương tự trên Genbank. Các loài Synodus variegatus, Myripristis berndti, Labracinus cyclophthalmus, Upeneus tragula, Ctenochaetus striatus, Lutjanus russelli, Cheilinus oxycephalus, Oxycheilinus digramma, Halichoeres hortulanus, Epinephelus merra, Epinephelus fasciatus, Diploprion bifasciatum, Plectropomus leopardus có độ tương đồng chính xác 100% với trình tự của các loài này từ Genbank. Các loài Fistularia commersonii, Rhinecanthus aculeatus, Parupeneus multifasciatus, Lethrinus nebulosus, Scarus ghobban, Scolopsis ciliatus, Cheilinus fasciatus, Thalassoma lunare, Cephalopholis boenak có độ tương đồng 99% với trình tự tương ứng trên Genbank. Các loài Parapercis clathrata, Iniistius pavo, Halichoeres melanochir chưa có trình tự 16S mtDNA cập nhật trên Genbank, độ tương đồng của các loài này được thể hiện qua mối quan hệ với các loài cùng giống và cùng họ: Parapercis clathrata tương đồng 89% với Parapercis ramsayi GB, Iniistius pavo tương đồng 95% với Iniistius aneitensis GB, Halichoeres melanochir tương đồng 97% với Halichoeres prosopeion GB (Bảng 3.4). 3.2.5 Xây dựng cây phát sinh loài cá rạn san hô thu tại Khánh Hòa, Việt Nam Dựa trên các thông số ở Bảng 3.4, các trình tự sau khi so sánh và dóng hàng được sử dụng cho việc phân tích mối quan hệ tiến hóa. Kết quả được trình bày ở Hình 3.28 với cây đa dạng loài cùng các giá trị BT tin cậy được thể hiện trên các nhánh. 75 Hình 3.28 – Cây phát sinh loài từ phương pháp Neighbor – Joining với độ lặp lại 1000 lần dựa trên gen 16S mtDNA của các loài cá rạn san hô thu tại tỉnh Khánh Hòa,Việt Nam. Orectolobus halei và Orectolobus japonicus là nhóm ngoại (outgroup). Ký hiệu các giống thuộc các họ cá nghiên cứu. Giá trị bootstrap được thể hiện trên các nhánh. Hình ảnh các loài cá nghiên cứu được minh họa. 76 Cây phát sinh loài từ phương pháp Neighbor – Joining với độ lặp lại 1000 lần dựa trên trình tự gen 16S mtDNA của các loài cá rạn san hô thu tại Khánh Hòa (Hình 3.28) cho thấy các loài cá nghiên cứu thể hiện sự đồng dạng trên cây phân loại ở mức độ giống và họ. Cây phát sinh loài chia làm 2 nhóm chính. Nhóm I gồm 21 loài thuộc các bộ cá vược – Perciformes, bộ cá nóc – Tetraodontiformes, bộ cá chìa vôi – Syngnathiformes và bộ cá tráp mắt vàng – Beryciformes. Nhóm I phân thành 11 nhóm phụ: Nhóm I.1 gồm 12 loài thuộc họ Labridae; Nhóm I.2 gồm 1 loài thuộc họ Scaridae; Nhóm I.3 gồm 1 loài thuộc họ Nemipteridae; Nhóm I.4 gồm 2 loài thuộc họ Acanthuridae và Lutjanidae; Nhóm I.5 gồm 2 loài thuộc họ Balistidae; Nhóm I.6 gồm 1 loài thuộc họ Lethrinidae; Nhóm I.7 gồm 6 loài thuộc họ Serranidae; Nhóm I.8 gồm 1 loài thuộc họ Pseudochromidae; Nhóm I.9 gồm 4 loài thuộc 2 họ Pinguipedidae và Mullidae; Nhóm I.10 gồm 1 loài thuộc họ Fistulariidae; Nhóm I.11 gồm 1 loài thuộc họ Holocentridae. Nhóm II gồm 1 loài thuộc họ Synodontidae của bộ cá răng kiếm – Aulopiformes. Ở nhóm I.1, kết quả cho thấy các loài thuộc họ Labridae nằm cùng 1 nhánh đồng dạng (monophyly). Loài Cheilinus oxycephalus thể hiện mối quan hệ gần gũi về mặt di truyền với loài Cheilinus fasciatus, kết quả này phù hợp với nghiên cứu của Mark và Michael (2005); vị trí Oxycheilinus digramma thể hiện mối quan hệ gần gũi với Oxycheilinus unifasciatus với giá trị BT là 100%, cây phân loại dựa trên trình tự gen COI mtDNA của Hubert và ctv (2012) cũng thể hiện sự gần gũi giữa hai loài này. Loài Iniistius pavo hiện chưa có trình tự gen 16S mtDNA trên Genbank, tuy nhiên trong cây phân loại cũng thể hiện được mối quan hệ gần gũi của chúng với loài cùng giống là loài Iniistius aneitensis GB với mức độ sai khác là 4,4 % (Phụ lục B). Cũng ở nhóm I.1, loài Thalassoma lunare có mối quan hệ gần gũi về mặt di truyền với loài Thalassoma lutescens GB với giá trị BT 100%, kết quả này phù hợp với nghiên cứu của Barber và Bellwood (2005). Tuy nhiên, theo nghiên cứu dựa trên trình tự gen COI mtDNA của Hubert và ctv (2012), loài Thalassoma lunare thể hiện mối quan hệ gần gũi với T. amblycephalum, T. purpureum, T. trilobatum. Westneat và Alfaro (2005) dựa trên trình tự gen 12S rRNA xác định Thalassoma lunare gần gũi với Thalassoma bifasciatum. Vị trí loài Halichoeres melanochir ở nhóm I.1 thể hiện mối quan hệ gần gũi với Halichoeres prosopeion GB với mức độ sai khác là 2,3 % (Phụ lục B). Kết quả này phù hợp với cây phát sinh loài dựa trên trình tự gen COI mtDNA của Victor và ctv 77 (2013). Loài Halichoeres hortulanus của nghiên cứu hiện tại có độ tương đồng chính xác 100% với Halichoeres hortulanus GB, đồng thời thể hiện mối quan hệ gần gũi với Halichoeres scapularis GB. Kết quả này phù hợp với nghiên cứu dựa trên gen COI mtDNA của Barber và Bellwood (2005), nghiên cứu dựa trên gen 12S rRNA và 16S rRNA của Westneat và Alfaro (2005). Ở nhóm I.2, loài Scarus ghobban của nghiên cứu hiện tại có độ tương đồng chính xác 100% với Scarus ghobban GB. Ngoài ra, vị trí của nhóm I.2 với nhóm I.1 cũng cho thấy mức độ gần gũi giữa họ Labridae và họ Scaridae. Schultz (1958) cho rằng họ Scaridae có nguồn gốc từ họ Labridae, Kaufman và Liem (1982) đã đề xuất xếp họ Scaridae vào chung họ Labridae. Tuy nhiên nghiên cứu di truyền về phát sinh loài của Bellwood (1994) đã tách biệt họ Scaridae với họ Labridae và xóa bỏ sự nhầm lẫn phân loại này. Dựa trên các đặc điểm giải phẫu và đặc điểm dinh dưỡng, nghiên cứu của Parenti và Randall (2010) cũng ủng hộ quan điểm tách biệt họ Scaridae ra khỏi họ Labridae. Sự sai khác về mặt di truyền của hai họ thể hiện trên cây phát sinh loài đã khẳng định lại tính đúng đắn của hệ thống phân loại hiện tại. Ở nhóm I.3, loài Scolopsis ciliatus của nghiên cứu hiện tại có độ tương đồng chính xác 100% với Scolopsis ciliatus GB. Nghiên cứu của Carpenter và Johnson (2001) cho thấy mối quan hệ gần gũi giữa loài Scolopsis ciliatus của họ Nemipteridae với loài Lethrinus nebulosus của họ Lethrinidae, tuy nhiên cây phát sinh loài của nghiên cứu hiện tại đã không thể hiện được điều này. Nhóm I.4 gồm loài Ctenochaetus striatus thuộc họ Acanthuridae và loài Lutjanus russellii thuộc họ Lutjanidae. Loài Ctenochaetus striatus và Lutjanus russellii có vị trí hai nhánh gần nhau cho thấy sự gần gũi về mặt di truyền của chúng với mức độ sai khác là 7,9%. Tuy nhiên, mối quan hệ này không phù hợp với hệ thống phân loại dựa trên hình thái khi hai loài này không có các đặc điểm nổi bật bên ngoài tương đồng nhau. Ở nhóm I.5, loài Rhinecanthus aculeatus thể hiện mối quan hệ gần gũi về mặt di truyền với loài Rhinecanthus verrucosus GB với giá trị BT 100%, kết quả này phù hợp với nghiên cứu của Dornburg và ctv (2008). Tuy nhiên, vị trí nhóm I.5 trong cây phát sinh loài có sự không phù hợp khi các loài Rhinecanthus aculeatus, Rhinecanthus verrucosus của bộ cá nóc – Tetraodontiformes lại nằm ở vị trí của bộ cá vược – 78 Perciformes. Loài Rhinecanthus aculeatus có các đặc điểm hình thái rất khác biệt với những loài thuộc bộ Perciformes trong nghiên cứu hiện tại như: thân cá hình thoi, lớp da cá rất dày và cứng, vẩy cá tiêu biến, vây bụng tiêu biến; vì vậy vị trí sắp xếp của nhóm I.5 trong cây phát sinh loài cho thấy sự không thống nhất của hệ thống phân loại dựa trên đặc điểm hình thái và dựa trên đặc điểm di truyền. Cây phát sinh loài dựa trên chỉ thị phân tử 12S và 16S rRNA trong kết quả nghiên cứu của Mabuchi và ctv (2007) cũng cho thấy sự không tách biệt về mặt di truyền giữa bộ Tetraodontiformes với bộ Perciformes. Ở nhóm I.6, loài Lethrinus nebulosus của nghiên cứu hiện tại có độ tương đồng chính xác 100% với Lethrinus nebulosus GB. Nhóm I.7 cho thấy các loài thuộc họ Serranidae nằm cùng một nhánh đồng dạng. Loài Plectropomus leopardus thể hiện mối quan hệ gần gũi về mặt di truyền với Plectropomus maculatus với giá trị BT 100%, cây phát sinh loài dựa trên gen COI của Sachithanandam và ctv (2014) cũng thể hiện sự gần gũi giữa hai loài này với giá trị BT 100%. Đồng thời vị trí của Plectropomus leopardus và Plectropomus maculatus cho thấy sự gần gũi về mặt di truyền với loài Diploprion bifasciatum, điều này phù hợp với các cây phát sinh loài được xây dựng dựa trên các chỉ thị phân tử COI, 16S của DNA ty thể và Rh, TMO-4C4 của DNA nhân trong kết quả nghiên cứu của Schoelinck và ctv (2014). Cũng ở nhóm I.7, loài Epinephelus merra thể hiện mối quan hệ gần gũi về mặt di truyền với Epinephelus fasciatus với giá trị BT 100%, đồng thời vị trí của hai loài này cho thấy sự gần gũi với loài Cephalopholis boenak. Kết quả này phù hợp với nghiên cứu của Craig và Hastings (2006). Ở nhóm I.9, vị trí loài Parupeneus multifasciatus cho thấy mối quan hệ gần gũi về mặt di truyền với loài Upeneus tragula với giá trị BT là 99%, kết quả này phù hợp với nghiên cứu của Song và ctv (2014). Đồng thời nhóm I.9 cho thấy sự gần gũi giữa họ Pinguipedidae với họ Mullidae khi hai họ này nằm cùng nhánh. Điều này không phù hợp với hệ thống phân loại dựa trên hình thái khi hai họ này có những đặc điểm khá tách biệt: các loài thuộc họ Mullidae có đôi râu cảm giác ở cằm, thân cá dài và dẹp bên, vây lưng phân tách làm hai vây, vây đuôi phân thùy; trong khi đó các loài thuộc họ Pinguipedidae không có đôi râu ở cằm, thân cá hình trụ thon dài, vây lưng liên tục, vây đuôi không phân thùy. 79 Cây phát sinh loài có sự không phù hợp ở nhóm I.10 và nhóm I.11 khi các loài Fistularia commersonii của bộ cá chìa vôi – Syngnathiformes và Myripristis berndti của bộ cá tráp mắt vàng – Beryciformes lại nằm ở vị trí của bộ cá vược – Perciformes. Ở nhóm II, loài Synodus variegatus của nghiên cứu hiện tại có độ tương đồng chính xác 100% với Synodus variegatus GB. Trong cây phát sinh loài, vị trí nhóm II nằm ở một nhánh riêng so với các loài khác cho thấy sự tách biệt về mặt di truyền của bộ cá răng kiếm – Aulopiformes với bộ cá vược – Perciformes. Điều này phù hợp với hệ thống phân loại dựa trên hình thái khi các loài thuộc bộ Aulopiformes có những đặc điểm khác biệt so với bộ Perciformes như sau: thân cá hình trụ, vây cá không có sự hiện diện của tia gai cứng, có một vây mỡ nhỏ nằm gần cuống đuôi. 80 CHƯƠNG 4 - KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 4.1 Kết luận Từ những kết quả trên chúng tôi đưa ra kết luận như sau: 1. Nghiên cứu đã thu thập và phân loại được 25 loài cá rạn san hô thuộc 22 giống, 15 họ, 5 bộ thuộc địa bàn tỉnh Khánh Hòa, Việt Nam. Trong đó, chiếm ưu thế là bộ cá vược – Perciformes với 21 loài. 4 bộ cá còn lại là bộ cá răng kiếm – Aulopiformes, bộ cá chìa vôi – Syngnathiformes, bộ cá tráp mắt vàng – Beryciformes và bộ cá nóc – Tetraodontiformes với mỗi bộ 1 loài. 2. Xây dựng dữ liệu về đặc điểm hình thái đồng thời tiến hành khuếch đại gen 16S mtDNA của 25 loài cá rạn san hô thu được ở Khánh Hòa. 3. Sự khác biệt di truyền của 25 loài cá nằm trong khoảng 2,3% (13/560 nucleotide) – 23,7% (133/560 nucleotide), trong đó sự khác biệt lớn nhất là giữa loài Synodus variegatus với loài Halichoeres hortulanus, sự khác biệt nhỏ nhất là giữa loài Epinephelus merra với loài Epinephelus fasciatus. 4. Dựa trên đặc điểm di truyền, 13 loài cá thuộc các giống Synodus, Myripristis, Labracinus, Upeneus, Ctenochaetus, Lutjanus, Cheilinus, Oxycheilinus, Halichoeres, Epinephelus, Diploprion, Plectropomus có độ tương đồng chính xác 100% với trình tự của các loài này từ Genbank. 9 loài có độ tương đồng 99% với trình tự tương ứng trên Genbank. 3 loài chưa có trình tự 16S mtDNA cập nhật trên Genbank, tuy nhiên độ tương đồng của các loài này được thể hiện qua mối quan hệ với các loài cùng giống và cùng họ. 5. Xây dựng dữ liệu di truyền mã vạch (DNA barcoding) dựa trên chỉ thị phân tử 16S mtDNA của các loài cá rạn san hô thu được ở Khánh Hòa, Việt Nam. Cây phát sinh loài dựa trên chỉ thị 16S mtDNA cho thấy các loài cá rạn san hô trong nghiên cứu chia thành 2 nhóm lớn (I, II). Nhóm I gồm đa số các loài thuộc bộ cá vược – Perciformes, trong nhóm I chia thành 11 nhóm phụ. Ở nhóm I.1, mối quan hệ gần gũi về mặt di truyền của các loài trong họ Labridae đã được xây dựng; ở nhóm I.2, sự sai khác về mặt di truyền của họ Scaridae với họ Labridae thể hiện trên cây phát sinh loài đã khẳng định lại tính đúng đắn của hệ thống phân loại hiện tại. Các loài ở nhóm I.3, nhóm I.4, nhóm I.6, nhóm I.8 của nghiên cứu hiện tại có độ tương đồng chính xác 81 100% với trình tự tương ứng của chúng trên Genbank. Ở nhóm I.7, các loài thuộc họ Serranidae nằm cùng một nhánh cho thấy mối quan hệ gần gũi về mặt di truyền giữa chúng. Nhóm I.9 cho thấy sự không hợp lý giữa hệ thống phân loại dựa trên hình thái và di truyền khi họ Pinguipedidae với họ Mullidae nằm cùng một nhánh. Cây phát sinh loài có sự không phù hợp ở nhóm I.5, nhóm I.10 và nhóm I.11 khi bộ cá nóc – Tetraodontiformes, bộ cá chìa vôi – Syngnathiformes và bộ cá tráp mắt vàng – Beryciformes lại nằm ở vị trí của bộ cá vược – Perciformes. Vị trí Nhóm II thể hiện sự phù hợp giữa hệ thống phân loại dựa trên đặc điểm hình thái và di truyền khi bộ cá răng kiếm – Aulopiformes nằm ở một nhánh riêng biệt so với bộ cá vược – Perciformes. 4.2 Kiến nghị 1. Khảo sát chi tiết hơn về phân bố, đặc điểm hình thái và đa dạng sinh học các loài cá rạn san hô ở Khánh Hòa nói riêng và các vùng rạn san hô khác ở Việt Nam nói chung. 2. Mở rộng hướng khảo sát sự đa dạng khu hệ cá rạn san hô ở Khánh Hòa nói riêng và ở Việt Nam nói chung dựa trên đặc điểm hình thái và di truyền, ứng dụng kỹ thuật di truyền mã vạch (DNA barcoding) vào công tác phân loại và định danh cá nhằm mang lại kết quả nhanh chóng và chính xác; đồng thời xây dựng mối quan hệ phát sinh chủng loại của các loài cá nghiên cứu. 3. Sự không phù hợp giữa hệ thống phân loại dựa trên đặc điểm hình thái và đặc điểm di truyền đòi hỏi phải có nhiều nghiên cứu tiếp theo nhằm cung cấp các chỉ tiêu phân loại các loài cá rạn san hô về mặt hình thái và di truyền một cách chính xác và thống nhất. 82 TÀI LIỆU THAM KHẢO TÀI LIỆU TIẾNG VIỆT 1. Trần Đắc Định, Shibukawa, K., Nguyễn Thanh Phương, Hà Phước Hùng, Trần Xuân Lợi, Mai Văn Hiếu và Utsugi, K. (2013). Mô tả định loại cá đồng bằng sông Cửu Long, Việt Nam. Nhà xuất bản Đại học Cần Thơ. 2. Nguyễn Hữu Hồ, Bùi Hồng Long, Nguyễn Tấn Hương, Trương Thị Phương Thảo, Nguyễn Văn Thắng, Thiệu Quang Tân và Nguyễn Đình Thanh (2003). Báo cáo tổng kết nghiên cứu khoa học đề tài: Đặc điểm khí hậu thủy văn Khánh Hòa. 3. Nguyễn Khắc Hường và Trương Sỹ Kỳ (2007). Động vật chí Việt Nam: Cá biển. Nhà xuất bản Khoa học và Kỹ thuật. 4. Đỗ Văn Khương, Lại Duy Phương và Nguyễn Văn Quân (2005). Kết quả nghiên cứu đa dạng sinh học và nguồn lợi cá rạn san hô ở khu vực Cát Bà và Cô Tô. Tạp chí Thủy sản, 5, 16 – 19. 5. Krempf, I. (1930). Những công trình nghiên cứu khoa học kỹ thuật biển năm 1928-1929, 1929-1930 (bản dịch tiếng Việt). Sinh vật biển và nghề cá biển Việt Nam. Tổng cục Thủy sản. 6. Nguyễn Văn Long (2009). Cá rạn san hô ở vùng biển ven bờ Nam Trung Bộ. Tạp chí Khoa học và Công nghệ biển, 9 (3), 38 – 66. 7. Nguyễn Hữu Phụng (1991). Tuyển tập báo cáo khoa học Hội nghị khoa học toàn quốc về biển lần thứ 3. Nhà xuất bản Khoa học và Kỹ thuật, 217 – 223. 8. Nguyễn Hữu Phụng (2002). Thành phần loài cá rạn san hô biển Việt Nam. Trong tuyển tập báo cáo khoa học hội nghị khoa học “Biển Đông – 2002”, 274 – 307. 9. Nguyễn Hữu Phụng và Bùi Thế Phiệt (1987). Sơ bộ nghiên cứu thành phần cá rạn san hô ở Trường Sa. Tạp Chí Sinh Học, 9 (3), 42 – 45. 10. Nguyễn Hữu Phụng, Nguyễn Văn Long và Trần Thị Hồng Hoa (2001). Nguồn lợi cá rạn san hô ở vịnh Nha Trang. Tạp chí Khoa học và Công nghệ biển, 1 (2), 16 – 26. 11. Lại Duy Phương (2011). Nghiên cứu một số đặc điểm sinh thái quần xã cá rạn vùng biển Phú Quý – Bình Thuận. Luận văn Thạc sĩ, Đại học Nha Trang. 83 12. Thái Thị Lan Phương (2014). Định danh và phân loại một số loài cá nước ngọt phổ biến ở đồng bằng sông Cửu Long dựa trên đặc điểm hình thái và di truyền. Đồ án Đại học, Đại học Nha Trang. 13. Nguyễn Văn Quân (2005). Nguồn lợi cá rạn san hô vùng biển vịnh Hạ Long, tỉnh Quảng Ninh. Tạp chí Khoa học và Công nghệ biển, 5 (2), 39 – 51. 14. Nguyễn Văn Quân (2009). Góp phần nghiên cứu khu hệ cá rạn san hô khu bảo tồn biển vịnh Nha Trang, tỉnh Khánh Hòa. Tạp chí Khoa học và Công nghệ biển, 9 (1), 46 – 54. 15. Vũ Đặng Hạ Quyên, Đặng Thúy Bình, Trương Thị Oanh và Thái Thị Lan Phương (2014). DNA barcoding một số loài cá nước ngọt ở Đồng bằng sông Cửu Long. Tạp chí Khoa học Trường Đại học Cần Thơ, 1, 123 – 131. 16. Vũ Trung Tạng và Nguyễn Đình Mão (2005). Giáo trình ngư loại học. Nhà xuất bản Nông nghiệp. 17. Nguyễn Nhật Thi (1998). Thành phần loài và phân bố cá rạn san hô ở ven bờ Hải Phòng - Quảng Ninh. Tuyển tập Báo cáo khoa học Hội nghị Khoa học - Công nghệ biển toàn quốc lần thứ IV. Nhà xuất bản Thống kê, 1086 – 1101. 18. Nguyễn Nhật Thi (2008). Cá biển Việt Nam. Nhà xuất bản Khoa học và Kỹ thuật. 19. Nguyễn Nhật Thi và Nguyễn Văn Quân (2004). Đa dạng sinh học và tiềm năng nguồn lợi cá rạn san hô vùng biển quần đảo Trường Sa. Tạp chí Khoa học và Công nghệ biển, 4 (4), 47 – 64. 20. Nguyễn Nhật Thi và Nguyễn Văn Quân (2005). Đa dạng sinh học và giá trị nguồn lợi cá rạn san hô biển Việt Nam. Nhà xuất bản Khoa học và Kỹ thuật. 21. Nguyễn Tuấn (2007). Điều tra kết quả kinh tế nghề lưới rê thu ngừ tại thành phố Nha Trang, tỉnh Khánh Hòa. Luận văn thạc sĩ, Đại học Nha Trang. 22. Võ Sĩ Tuấn, Nguyễn Văn Long, Hoàng Xuân Bền, Phan Kim Hoàng và Hứa Thái Tuyến (2008). Giám sát rạn san hô vùng biển ven bờ Việt Nam: 1994-2007. Nhà xuất bản Nông nghiệp. 23. Viện Kinh tế và Quy hoạch thủy sản (2005). Tổng quan nghề cá Khánh Hòa. Nhà xuất bản Hải Phòng. 84 TÀI LIỆU NƯỚC NGOÀI 1. Allen, G.R. and Erdmann, M.V. (2012). Reef fishes of the East Indies. Tropical Reef Research, Volume III. 2. Allen, G. R. and Talbot, J. H. (1985). Review of the snappers of the genus Lutjanus (Pisces Lutjanidae) from the Indo-Pacific with the description of a new species. Indo-Pac. Fish, 11. 3. Allen, G., Steene, R., Humann, P. and DeLoach, N. (2005). Reef Fish Identification: Tropical Pacific. New World Publications. 4. Assadi, H., Dehghani P.R. and Mohammad, J. (1997). Atlas of the Persian Gulf and the Sea of Oman fishes. Iranian Fisheries Research and Training Organization. 5. Barber, P.H. and Bellwood, D.R. (2005). Biodiversity hotspots: evolutionary origins of biodiversity in wrasses (Halichoeres: Labridae) in the IndoPacific and new world tropics. Molecular Phylogenetics and Evolution, 35, 235 – 253. 6. Bartlett, S. E. and Davidson, W. S. (1991). Identification of Thunnus tuna species by the polymerase chain reaction and direct sequence analysis of their mitochondrial cytochrome b genes. Canadian Journal of Fisheries and Aquatic Science, 48, 309 – 317. 7. Bellwood, D.R. (1994). A phylogenetic study of the parrotfishes family Scaridae (Pisces: Labroidei), with a revision of genera. Records of the Australian Museum Supplement, 20, 1–86. 8. Booth, D. and Beretta, G. (2002). Changes in a fish assemblages after a coral bleaching event. Marine Ecology Progress Series, 245, 205 – 212. 9. Carpenter, K. E. and Niem, V. H. (2001). FAO species identification guide for fishery purposes. The living marine resources of the western central Pacific, Volume 6, Bony fishes part 4 (Labridae to Latimeriidae). FAO. 10. Carpenter, K.E. and Johnson, G.D. (2001). A phylogeny of sparoid fishes (Perciformes, Percoidei) based on morphology. Ichthyological Research, 49, 114 – 127. 11. Chen, X., Liu, M., Xiang, D. and Ai, W. (2013). Complete mitochondrial genome of the Japanese wobbegong Orectolobus japonicus (Orectolobiformes: Orectolobidae). Mitochondrial DNA, 26(1), 153 – 154. 85 12. Clements, K.D., Gray, R.D. and Choat, J.H. (2003). Rapid evolutionary divergences in reef fishes of the family Acanthuridae (Perciformes: Teleostei). Molecular Phylogenetics and Evolution, 26 (2), 190 - 201. 13. Connell, J. (1978). Diversity in tropical rain forests and coral reefs. Science, 199, 1302 – 1310. 14. Craig, M.T. and Hastings P.A. (2006). A molecular phylogeny of the groupers of the subfamily Epinephelinae (Serranidae) with a revised classification of the Epinephelini. Ichthyological Research, 54, 1 – 17. 15. Deagle, B.E., Kirkwood, R. and Jarman, S.N. (2009). Analysis of Australian fur seal diet by pyrosequencing prey DNA in faeces . Molecular Ecology, 18(9), 2022 – 2038. 16. Debeaufort, L. and Chapman, W. (2013). The fishes of the Indo-Australian Archipelago. Nabu Press. 17. Dornburg, A., Santini, F. and Alfaro, M.E. (2008). The influence of model averaging on clade posteriors: an example using the triggerfishes (Family Balistidae). Systematic Biology, 57 (6), 905 – 919. 18. Grande, C., Templado, J. and Zardoya, R. (2008). Evolution of gastropod mitochondrial genome arrangements. BMC Evolutionary Biology, 8, 61 – 76. 19. Hajibabaei, M., Waard, J. R., Ivanova, N. V., Ratnasingham, S., Dooh, R. T., Kirk, S. L., Mackie, P. M., and Hebert, P. D. N. (2005). Critical factors for assembling a high volume of DNA barcodes. Philosophical Transactions of the Royal Society Part B: Biological Sciences, 360 (1462), 1959 – 1967. 20. Hall, T. A. (1999). BioEdit: a user-friendly biological sequence alignment editor and analysis program for Windows 95/98/NT. Nucleic Acids Symposium Series, 41, 95 – 98. 21. Hanel, R., Westneat, M.W. and Sturmbauer, C. (2002). Phylogenetic relationships, evolution of broodcare behavior, and geographic speciation in the wrasse tribe Labrini. Journal of Molecular Evolution, 55 (6), 776 – 789. 22. Hebert, P. D. N., Penton, E. H., Burns, J. M., Janzen, D. H. and Hallwachs, W. (2004). Ten species in one: DNA barcodingreveals cryptic species in the 86 neotropical skipper butterfly Astrapes fulgerator. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of American, 101 (41), 14812 – 14817. 23. Hebert, P. D. N., Ratnasingham, S. and Waard, J. R. (2003b), Barcoding animal life: cytochrome c oxidase subunit 1 divergences among closely related species. Proceeding of the Royal Society Part B: Biological Sciences, 270 (1), 96 – 99. 24. Hebert, P.D.N., Cywinska, A., Ball, S.L. and Waard, J.R. (2003a). Biological identifications through DNA barcodes. In Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences, 270 (1512), 313 – 321. 25. Holocroft, N.I. (2005). A molecular analysis of the interrelationships of tetraodontiformes fishes (Acanthomorpha: Tetraodontiformes). Molecular Phylogenetics and Evolution, 34 (3), 525 - 544. 26. Hourigan, T.F, Tricas, T.C. and Reese, E.S. (1988). Coral reef fishes as indicator of environmental stress in coral reefs. In Soule, D.F. and Kleppel, G.S., Marine organisms as indicators, chapter 6, 107 – 135. Springer – Verlag 27. Hubert, N., Hanner, R., Holm, E., Mandrak, N.E., Taylor, E., Burridge, M., Watkinson, D., Dumont, P., Curry, A. ,Bentzen, P., Zhang, J., April, J. and Bernatchez, L. (2008). Identifying Canadian fresh water fishes through DNA barcodes. PLoS ONE, 3 (6), e2490. 28. Hubert, N., Meyer, C.P., Bruggemann, H.J., Guerin, F., Komeno, R.J., Espiau, B., Causse, R., Williams, J.T. and Planes, S. (2012). Cryptic Diversity in IndoPacific Coral-Reef Fishes Revealed by DNA-Barcoding Provides New Support to the Centre-of-Overlap Hypothesis. PLoS ONE ,7 (3). 29. Hubert, N., Paradis, E., Bruggemann, H. and Planes, S. (2011). Community assembly and diversification in Indo-Pacific coral reef fishes. Ecology and Evolution, 1 (3), 229 – 277. 30. Humann, P. and Deloach, N. (1993). Reef fish identification Galapagos. New World Publications. 31. Ingman, M. and Gyllensten, U. (2003). Mitochondrial genome variation and evolution history of Australian and New Guinean aborigines. Genome Res, 13 (7), 1600 – 1606. 87 32. Jawad, L.A., Almamry, J.M., Haithem, A.B. and Dawood, A.M. (2014). Occurrence of peacock wrasse Iniistius pavo. Sea of Oman, 7 (56), 1 – 3. 33. Kaufman, L.S. and Liem, K.F. (1982). Fishes of the suborder Labroidei (Pisces: Perciformes): phylogeny, ecology and evolutionary significance. Breviora, 472, 1–19. 34. Kim, J.K., Ryu, J.H., Kwun, H.J. and Ji, H.S. (2011). An identification guide for fish eggs, larvae and juveniles of Korea. Marine Biology, Pukyong National University. 35. Krishnamurthy, P. K. and Francis, R. A. (2012). A critical review on the utility of DNA barcoding in biodiversity conservation. Biodiversity and Conservation, 21 (8), 1901 – 1919. 36. Kuiter, R. and Tonozuka, T. (2001). Pictorial guide to Indonesian reef fishes. Part 2. Fusiliers - Dragonets, Caesionidae - Callionymidae. Zoonetics, 304–622. 37. Kuiter, R.H. and Tonozuka, T. (2001a). Pictorial guide to Indonesian reef fishes. Part 1. Eels - Snappers, Muraenidae - Lutjanidae. Zoonetics, 1 - 302. 38. Kuiter, R.H. (1992). Tropical Reef Fishes of the Western Pacific Indonesia and adjacent waters. Jakarta: PT Granmedia Pustaka Utama. 39. Lefébure, T., Douady, C. J., Gouy, M. and Gibert, J. (2006). Relationship between morphological taxonomy and molecular divergence within Crustacea: Proposal of a molecular threshold to help species delimitation. Molecular Phylogenetics and Evolution, 40 (2), 435 – 447. 40. Lieske, E. and Myers, R. (2001). Coral reef fishes Indo-pacific and Caribbean (pocket guide, revised edition). Princeton University press. 41. Mabuchi, K., Miya, M., Azuma, Y. and Nishida, M. (2007). Independent evolution of the specialized pharyngeal jaw apparatus in cichlid and labrid fishes. BMC Evolutionary Biology, 7, 10. 42. Masuda, H., Amaoka, K., Araga, C., Uyeno, T. and Yoshino, T. (1984). The fishes of the Japanese Archipelago. Tokai University Press. 43. Michael, S. (1998). Reef fishes: A guide to their identification, behavior and captive care. Microcosm Ltd. 88 44. Miya, M., Kawaguchi, A. and Nishida, M. (2001). Mitogenomic exploration of higher teleostean phylogenies: a case study for moderate-scale evolutionary genomics with 38 newly determined complete mitochondrial DNA sequences. Molecular Biology and Evolution, 18 (11), 1993 – 2009. 45. Myers, R. F. (1991). Micronesian reef fishes: A Practical Guide to the Identification of the Coral Reef Fishes of the Tropical Central and Western Pacific. Coral Graphics. 46. Myers, R. F. (1999). Micronesian reef fishes: a comprehensive guide to the coral reef fishes of Micronesia. Coral Graphics. 47. Nagel, L. and Lougheed, S.C. (2006). A simple molecular technique for identifying marine host fish by sequencing blood-feeding parasites. J. Parasitol., 92 (3), 665 – 668. 48. Nakabo, T. (2002). Fishes of Japan with pictorial key to the species. Tokai University Press. 49. Neigel, J., Domingo, A. and Stake, J. (2007). DNA barcoding as a tool coral reef conservation. Coral Reefs, 26, 487 – 499. 50. Orrell, T.M. and Carpenter, K.E. (2004). A phylogeny of the fish family Sparidae (porgies) inferred from mitochondrial sequence data. Molecular Phylogenetics and Evolution, 32 (2), 425 – 434. 51. Orsi, J. (1974). Check list of the marine and freshwater fishes of Vietnam. Publications of the Seto Marine Biological Laboratory, 21 (3/4), 153 – 177. 52. Palumbi, S., Martin, A., Romano, S., Mcmillan, W. O., Stice, L. and Grabowski, G. (1991). The Simple Fool's Guide to PCR, version 2. University of Hawaii Press Honolulu. 53. Parenti, P. and Randall, J.E. (2010). Checklist of the species of the families Labridae and Scaridae: an update. Smithiana Bulletin, 13, 29 – 44. 54. Phuong, L. D. (2008). Status of coral reef fish resources at 10 proposal marine protected areas in Vietnam. In Proceeding and papers presented at the Pre Conference Workshop in Hanoi, Vietnam, pp. 75 – 89. 55. Rainboth, W. J. (1996). Fishes of the Cambodian Mekong, FAO Species Identification Field Guide for Fishery Purposes. 89 56. Randall, J.E. and Heemstra, P.C. (1986). Holocentridae. In Smith' Sea Fishes. Springer-Verlag, 415 - 427. 57. Randall, J.E. (2004). Revision of the goatfish genus Parupeneus (Perciformes: Mullidae), with descriptions of two new species. Indo-Pac. Fish, 36. 58. Randall, J.E., Allen, G.R. and Steene, R.C. (1997). Fishes of the Great Barrier Reef and Coral Sea. University of Hawaii Press. 59. Rubinnoff, D. (2006). Utility of mitochondrial DNA barcodes in species conservation. Conservation Biology, 20 (4), 1026 – 1033. 60. Saccone, C., De Giorgi, C., Gissi, C., Pesole, G. and Reyes, A. (1999). Evolutionary genomics in the Metazoa: the mitochondrial DNA as a model system. Gene, 238(1), 195 – 210. 61. Sachithanandam, V., Mohan, P.M., Muruganandam, N., Chaaithanya, I.K. and Baskaran, R. (2014). Chapter 21: Molecular taxonomy of Serranidae, subfamily Epinephelinae, genus Plectropomus (Oken, 1817) of Andaman waters by DNA barcoding using COI gene sequence. Marine Faunal Diversity in India: Taxonomy, Ecology and Conservation. Academic Press Inc, 373 – 394. 62. Sale, P. (1991). The ecology of fishes on coral reefs. Academic Press. 63. Sale, P. (1997). Coral Reef Fishes. Academic Press. 64. Satapoomin, U. (2000). A preliminary checklist of coral reef fishes of the Gulf of Thailand, South China Sea. The Raffles Bulletin of Zoology, 48, 31 – 53. 65. Schander, C. and Willassen, E. (2005). What can biological barcoding do for marine biology. Marine Biology Research, 1, 79 – 83. 66. Schoelinck, C., Hinsinger, D.D., Dettaï, A., Cruaud C. and Justine, J.L. (2014). A phylogenetic re-analysis of groupers with applications for ciguatera fish poisoning. PloS One, 9 (8). 67. Schultz, L.P. (1958). Review of the parrotfishes family Scaridae. Bulletin of the United States National Museum, 214, 1–143. 68. Smith, L.L., Fessler, J.L., Alfaro, M.E., Streelman, J.T. and Westneat, M.W. (2008). Phylogenetic relationships and the evolution of regulatory gene sequences in the parrotfishes. Molecular Phylogenetics and Evolution, 49 (1), 136 – 152. 90 69. Smith, M. A., Fisher, B. L. and Hebert, P. D. N. (2005). DNA barcoding for effective biodiversity assessment of a hyperdiverse arthropod group: the ants of Madagascar. Philosophical Transactions of the Royal Society Part B: Biological Sciences, 360 (1462), 1825 – 1834. 70. Smith, M.M and Heemstra, P.C. (1986). Balistidae. In Smith' Sea Fishes. Springer-Verlag, 876 - 822. 71. Smith, W.L. and Wheeler, W.C. (2004). Polyphyly of the mail-cheeked fishes (Teleostei: Scorpaeniformes): evidence from mitochondrial and nuclear sequence data. Molecular Phylogenetics and Evolution, 32 (2), 627 – 646. 72. Smith, W.L. and Wheeler, W.C. (2006). Venom evolution widespread in fishes: a phylogenetic road map for the bioprospecting of piscine venoms. Journal of Heredity, 97 (3), 206 – 217. 73. Sommer, C., Schneider, W. and Poutiers, J. (1996). FAO species identification field guide for fishery purposes, The living marine resources of Somalia, FAO. 74. Song, H.Y., Mabuchi, K., Satoh, T.P., Moore, J.A., Yamanoue, Y., Miya, M. and Nishida, M. (2014). Mitogenomic circumscription of a novel percomorph fish clade mainly 2 comprising “Syngnathoidei” (Teleostei). Gene, 542 (2), 146 – 55. 75. Spalding, M., Ravillious, C., and Gree, E. (2001). World Atlas of Coral Reefs, Berkeley: University of California Press. 76. Steinke, D., Zemlak, T.S., Boutillier, J.A., Hebert (2009). DNA barcoding Pacific Canada’s fishes. Marine Biology, 156 (12), 2641 – 2647. 77. Swartz, E. R., Mwale, M. and Hanner, R. (2008). A role for barcoding in the study of African fish diversity and conservation. South African Journal of Science, 104 (4), 293 – 298. 78. Tautz, D., Arctander, P., Minelli, A., Thomas, R. H. and Vogler, A. P. (2003). A plea for DNA taxonomy. Trends in Ecology and Evolution, 18 (2), 70 – 74. 79. Taylor, R. W. and Turnbull, D. M. (2005). Mitochondrial DNA mutations in human disease. Nature Reviews Genetics, 6, 389 – 402. 80. Uiblein, F. and Gouws, G. (2014). A new goatfish species of the genus Upeneus (Mullidae) based on molecular and morphological screening and subsequent taxonomic analysis. Marine Biology Research, 10 (7), 655 – 681. 91 81. Vences, M., Thomas, M., Bonett, R. M. and Vieites, D. R. (2005). Deciphering amphibian diversity through DNA barcoding: chances and challenges. Philosophical Transactions of the Royal Society Part B: Biological Sciences, 360 (1462), 1859 – 1868. 82. Victor, B.C., Alfaro, M.E. and Sorenson, L. (2013). Rediscovery of Sagittalarva inornata n. gen., n. comb. (Gilbert, 1890) (Perciformes: Labridae), a long-lost deepwater fish from the eastern Pacific Ocean: a case study of a forensic approach to taxonomy using DNA barcoding. Zootaxa, 3669 (4), 551 – 570. 83. Wang, H., Guo, L. and Ding, X. (2015). The complete mitochondrial genome of Diploprion bifasciatum (Perciformes, Serranidae). Mitochondrial DNA, 1–2. 84. Wang, Y.W., Ding, S.D. and Su, Y.S. (2006). Molecular phylogenetic relationships of 30 grouper species in China Seas groupers based on 16S rDNA fragment sequences. Dong Wu Xue Bao, 52, 514 – 521. 85. Ward, R.D., Zemlak, T.S., Innes, B.H., Last, P.R., Hebert, P.D. (2005). Barcoding Australia’s fish species. Philosophical Transactions of the Royal Society Part B: Biological Sciences, 360 (1462), 1847 – 1857. 86. Waugh, J. (2007). DNA barcoding in animal species: progress, potential and pitfalls. BioEssays, 29 (2), 188 – 197. 87. Westneat, M.W. and Alfaro, M.E. (2005). Phylogenetic relationships and evolutionary history of the reef fish family Labridae. Molecular Phylogenetics and Evolution, 36 (2), 370 – 390. 88. Wilkinson, I. and Clive, R. (2000). Status of coral reefs of the world. Global Coral Reef Monitoring Network. 89. Wolstenholme, D. R. (1992). Animal mitochondrial genome: structure and evolution. International Review of Cytology, 141, 172 – 216. 90. Wong, L. L. (2011). DNA Barcoding and Related Molecular Markers for Fish Species Authentication, Phylogenetic Assessment and Population Studies. A dissertation submitted to the Graduate Faculty of Auburn University in partial fulfillment of the requirements for the Degree of Doctor of Philosophy, Auburn, Alabama. 92 91. Zhang, J. (2011). Species Identification of Marine Fishes in China with DNA barcoding. Evidence – Based Complementary and Alternative Medicine. Hindawi Publishing Corporation. 92. Zhang, J.B. and Hanner, R. (2011). DNA barcoding is a useful tool for the identification of marine fish from Japan. Biochemical Systematics and Ecology, 39 (1), 31–42. 93 TÀI LIỆU INTERNET 1. Sở Kế Hoạch và Đầu Tư Tỉnh Khánh Hòa (2014). Thông tin về tỉnh Khánh Hòa http://www.khanhhoainvest.gov.vn/tintuc/user/tintuc_ct.aspx?matt=20141795657887530 2. Genetics Home Reference http://ghr.nlm.nih.gov/chromosome/MT 3. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ 4. http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi 5. http://fishbase.us/ (2014). Mitochondrial DNA. 94 PHỤ LỤC Phụ lục A: Quy trình tách chiết DNA tổng số bằng bộ kit Thermo Scientific Dream Taq DNA Polymerase (Thermo Scientific): - Cắt 20 mg mô cơ cá, cho vào tube 1,5mL và nghiền nhỏ. - Thêm 180µL Digestion Solution, mix đều - Thêm 20 µL Proteinase K Solution, mix đều . - Ủ ở 560C cho tới khi mô tan hoàn toàn. - Thêm 20 µL Rnase A Solution, vortex rồi ủ 10 phút ở nhiệt độ phòng. - Thêm 200 µL Lysis Solution, vortex 15s cho đồng nhất. - Thêm 400 µL ethanol 50%, mix đều. - Chuyển toàn bộ thể tích trong tube 1,5mL sang cột GeneJET Genomic DNA Purification Column, rồi tiến hành: + Ly tâm 1 phút tại 8000 vòng/phút + Loại bỏ dịch + Đặt GeneJET vào tube 2 mL mới - Thêm 500 µL Wash Buffer I vào GeneJET, ly tâm 1 phút tại 10.000 vòng/phút , tiếp tục loại bỏ dịch và đặt cột trở lại. - Thêm 500 µL Wash Buffer II vào GeneJET, ly tâm 3 phút tại 16.000 vòng/phút, tiếp tục loại bỏ dịch và chuyển cột GeneJET sang tube 1,5mL. - Thêm 100 µL Elution Buffer, rồi đặt ở nhiệt độ phòng trong 2 phút, sau đó ly tâm 1 phút tại 8000 vòng/phút. - Loại bỏ cột GeneJET  Thu được DNA tổng số trong tube 1,5mL Bảo quản DNA tổng số ở -200C đến -400C 95 Phụ lục B: Sự khác biệt về trình tự 16S mtDNA của các loài cá thuộc họ Labridae (Đơn vị: %) 1 2 3 4 5 6 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 ID 4,4 15,8 15,8 16,3 16,3 16,1 16,1 16 15,1 15,1 15,3 14 13,4 18,2 18,2 14,7 ID 15,4 15,4 16,1 16,1 16,1 16,1 16,1 15,1 15,1 14,9 14,9 14 17,8 17,8 14,2 ID 0 7,9 7,9 8,7 8,7 8,5 15,1 15,1 14,7 13,4 12,1 15,4 15,4 14,1 ID 7,9 7,9 8,7 8,7 8,5 15,1 15,1 14,7 13,4 12,1 15,4 15,4 14,1 ID 0 9,2 9,2 8,8 14,2 14,2 14 11,6 10,9 13,9 13,9 13,2 ID 9,2 9,2 8,8 14,2 14,2 14 11,6 10,9 13,9 13,9 13,2 ID 0 2,1 14,9 14,9 15,3 14,2 13,2 15,8 15,8 13,6 ID 2,1 14,9 14,9 15,3 14,2 13,2 15,8 15,8 13,6 ID 14,5 14,5 14,9 13,2 12,7 15,8 15,8 12,7 ID 0 1,2 9 9,2 11,2 11,2 8,5 ID 1,2 9 9,2 11,2 11,2 8,5 ID 9,2 9,2 10,9 10,9 8,1 ID 2,3 9,4 9,4 7,9 ID 9,2 9,2 7,2 ID 0 7,9 ID 7,9 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 ID Chú thích: 1 – Iniistius pavo, 2 – Iniistius aneitensis GB, 3 – Cheilinus oxycephalus, 4 – Cheilinus oxycephalus GB, 5 – Cheilinus fasciatus, 6 – Cheilinus fasciatus GB, 7 – Oxycheilinus digramma, 8 – Oxycheilinus digramma GB, 9 – Oxycheilinus unifasciatus GB, 10 – Thalassoma lunare, 11 – Thalassoma lunare GB, 12 – Thalassoma lutescens GB, 13 – Halichoeres melanochir, 14 – Halichoeres prosopeion GB, 15 – Halichoeres hortulanus, 16 – Halichoeres hortulanus GB, 17 – Halichoeres scapularis GB (GB: Ký hiệu chỉ trình tự các loài từ Genbank) 96 Phụ lục C: Sự khác biệt về trình tự 16S mtDNA của các loài cá thuộc họ Serranidae (Đơn vị: %) 1 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 ID 0 2,3 2,3 8,5 8,7 13,7 11,4 15,9 15,9 15,9 ID 2,3 2,3 8,5 8,7 13,7 11,4 15,9 15,9 15,9 ID 0 9,2 9 13,3 13,3 15,4 15,4 15,4 ID 9,2 9 13,3 13,3 15,4 15,4 15,4 ID 0,2 13,5 13,5 13,6 13,6 14,1 ID 13,7 13,7 13,7 13,7 14,3 ID 0 13,9 13,9 14,3 ID 13,9 13,9 14,3 ID 0 1,1 ID 1,1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 ID Chú thích: 1 – Epinephelus merra, 2 – Epinephelus merra GB, 3 – Epinephelus fasciatus, 4 – Epinephelus fasciatus GB, 5 – Cephalopholis boenak, 6 – Cephalopholis boenak GB, 7 – Diploprion bifasciatum, 8 – Diploprion bifasciatum GB, 9 – Plectropomus leopardus, 10 – Plectropomus leopardus GB, 11 – Plectropomus maculatus GB (GB: Ký hiệu chỉ trình tự các loài từ Genbank) [...]... cá rạn san hô phổ biến ở vùng biển Khánh Hòa dựa trên đặc điểm hình thái và di truyền Đối tượng và phạm vi nghiên cứu Các loài cá rạn san hô được thu tại các các thành phố Nha Trang và Cam Ranh, tỉnh Khánh Hòa từ tháng 10/2014 đến tháng 4/2015 Nội dung nghiên cứu - Thu mẫu cá rạn san hô ở địa bàn tỉnh Khánh Hòa - Định danh các loài cá rạn san hô dựa vào đặc điểm hình thái - Xây dựng cây phát sinh loài. .. điểm hình thái và di truyền được thực hiện nhằm cung cấp dẫn liệu về hình thái và di truyền của một số loài cá rạn san hô ở địa bàn tỉnh Khánh Hòa Đây là những dẫn liệu đầu vào về đa dạng loài, hệ thống phân loại và đặc điểm hình thái, di truyền của khu hệ cá rạn san hô tỉnh Khánh Hòa, làm cơ sở cho công tác bảo tồn và quản lý nguồn lợi hải sản 3 Mục tiêu của đề tài Định danh và phân loại một số loài. .. cá rạn san hô, nhưng cho đến nay chưa có nghiên cứu nào được công bố về dữ liệu di truyền của cá rạn san hô ở vùng biển Việt Nam nói chung và vùng biển Khánh Hòa nói riêng Trước những thực trạng nêu trên, nhận thấy việc định danh, phân loại, thu thập bổ sung tư liệu về đối tượng cá rạn san hô là cần thiết, đề tài Định danh và phân loại một số loài cá rạn san hô ở Khánh Hòa, Việt Nam dựa trên đặc điểm. .. cơ sở kế thừa nguyên lý và phương pháp phân loại học của Darwin, nhiều tác giả đã phát triển phương pháp phân loại dựa trên đặc điểm hình thái so sánh, kết hợp với đặc điểm giải phẫu bên trong và bên ngoài để xây dựng các khóa phân loại cá rạn ngày càng hoàn thiện hơn, phục vụ phát triển nghiên cứu cá rạn san hô trên thế giới Một số công trình nghiên cứu và tài liệu tiêu biểu về phân loại nhóm cá rạn. .. nam quần đảo Andaman, Ấn Độ Hai loài này có hình thái tương tự nhau nên dễ gây nhầm lẫn nếu chỉ phân loại dựa trên đặc điểm hình thái, kết quả khoảng cách di truyền được tìm thấy giữa chúng là 0, 028% Ở Việt Nam, kỹ thuật di truyền mã vạch chỉ mới được ứng dụng trong định danh và phân loại một số loài cá nước ngọt Vũ Đặng Hạ Quyên và ctv (2014) đã sử dụng trình tự gen 16S mtDNA để kiểm chứng phân loại. .. sinh học các loài cá rạn san hô ở Việt Nam đã được tiến hành với phương pháp phân loại dựa trên đặc điểm hình thái (Orsi, 1974; Nguyễn Hữu Phụng và Nguyễn Văn Long, 1994; Nguyễn Hữu Phụng, 1998; Đỗ Văn Khương và ctv, 2005; Lại Duy Phương, 2008…) Vùng biển Khánh Hòa với đặc trưng các hệ sinh thái rạn san hô ven bờ cũng là nơi được tiến hành nhiều cuộc khảo sát về đa dạng thành phần loài cá rạn san hô, có... và ctv (1993) về đa dạng sinh học cá rạn san hô ở quần đảo Galapagos, Lieske và Myers (2001) đã mô tả 2.118 loài cá rạn san hô ở vùng biển Caribbean, Ấn Độ Dương và Thái Bình Dương, Nakabo (2002) báo cáo 3.863 loài cá thuộc 352 họ ở vùng biển Nhật Bản, đồng thời cung cấp đặc điểm phân bố, tập tính dinh dưỡng, kích thước và chu kỳ sống của chúng Những nghiên cứu về sự phân bố quần xã cá rạn san hô ở. .. của Việt Nam 1.2 Tổng quan về tình hình nghiên cứu đa dạng sinh học cá rạn san hô trong và ngoài nước  Ngoài nước: Trên thế giới, nghiên cứu về phân loại học nhóm cá rạn san hô được bắt đầu từ khá lâu, khởi đầu là công trình nghiên cứu của Darwin năm 1842 (Sale, 1991) Ông đã mô tả khá chi tiết về đặc điểm hình thái của các loài cá sống trong vùng rạn san hô ở biển Ấn Độ Dương và Thái Bình Dương Trên. .. thác trên toàn thế giới (Spalding và ctv, 2001) Ở Việt Nam, nguồn lợi cá khai thác từ các rạn san hô ven bờ và quanh các đảo có san hô phân bố đã cung cấp nguồn thực phẩm đáng kể cho nhu cầu sử dụng trong nước và xuất khẩu Một số trung tâm khai thác cá rạn ở nước ta tập trung ở các vùng rạn san hô thuộc Cô Tô, Cát Bà, Bạch Long Vĩ, Sơn Trà, vịnh Nha Trang, Phú Quốc, Côn Đảo… Ngoài giá trị kinh tế, cá rạn. .. biển Việt Nam , tài liệu này công bố danh mục 1.206 loài cá rạn san hô biển Việt Nam, thuộc 451 giống, 118 họ Trong tổng số 1.206 loài được phát hiện, có 779 loài thuộc các họ cá rạn san hô tiêu biểu Trên cơ sở các tư liệu thu được từ các chuyến khảo sát thực địa trong các năm 2002 – 2006, Nguyễn Văn Quân (2009) đã xác định được khu hệ cá rạn san hô vùng biển khu bảo tồn vịnh Nha Trang, tỉnh Khánh ... tượng cá rạn san hô cần thiết, đề tài Định danh phân loại số loài cá rạn san hô Khánh Hòa, Việt Nam dựa đặc điểm hình thái di truyền thực nhằm cung cấp dẫn liệu hình thái di truyền số loài cá rạn. .. HỌC VÀ MÔI TRƯỜNG BỘ MÔN CÔNG NGHỆ SINH HỌC -o0o - ĐỒ ÁN TỐT NGHIỆP ĐỊNH DANH VÀ PHÂN LOẠI MỘT SỐ LOÀI CÁ RẠN SAN HÔ Ở KHÁNH HÒA, VIỆT NAM DỰA TRÊN ĐẶC ĐIỂM HÌNH THÁI VÀ DI TRUYỀN... Mục tiêu đề tài Định danh phân loại số loài cá rạn san hô phổ biến vùng biển Khánh Hòa dựa đặc điểm hình thái di truyền Đối tượng phạm vi nghiên cứu Các loài cá rạn san hô thu các thành phố Nha