Năng lực tài chính của các ngân hàng thương mại việt nam

ĐẠI HỌC QUỐC GIA THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH TRƯỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN PHẠM VĂN HÙNG NGHIÊN CỨU VIRUS IHHNV (INFECTIOUS HYPODERMAL AND HAEMATOPOIETIC NECROSIS VIRUS) TRÊN TÔM SÚ PENAEUS MONODON TẠI VIỆT NAM LUẬN ÁN TIẾN SĨ SINH HỌC Tp Hồ Chí Minh – Năm 2013 ĐẠI HỌC QUỐC GIA THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH TRƯỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN PHẠM VĂN HÙNG NGHIÊN CỨU VIRUS IHHNV (INFECTIOUS HYPODERMAL AND HAEMATOPOIETIC NECROSIS VIRUS) TRÊN TÔM SÚ PENAEUS MONODON TẠI VIỆT NAM CHUYÊN NGÀNH VI SINH MÃ SỐ: 62 42 40 01 Phản biện 1: PGS.TS Lê Huyền Ái Thúy Phản biện 2: PGS.TS Trần Cát Đông Phản biện 3: TS Nguyễn Tiến Dũng Phản biện độc lập 1: PGS.TS Lê Huyền Ái Thúy Phản biện độc lập 2: TS Lê Hồng Phước NGƯỜI HƯỚNG DẪN KHOA HỌC: PGS TS PHẠM THÀNH HỔ TS BS PHẠM HÙNG VÂN Thành phố Hồ Chí Minh – Năm 2013 Lời cam đoan Phạm Văn Hùng LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan công trình nghiên cứu thực Các kết nghiên cứu trình bày luận án trung thực, chưa công bố công trình khác Tác giả Phạm Văn Hùng -iNghiên cứu virus IHHNV (Infectious Hypodermal and Haematopoietic Necrosis Virus) tôm sú Penaeus monodon Việt Nam – Luận án tiến sĩ, chuyên ngành vi sinh, 2013 Lời cảm ơn Phạm Văn Hùng LỜI CẢM ƠN Trân trọng cám ơn PGS TS Phạm Thành Hổ, TS BS Phạm Hùng Vân hướng dẫn hoàn thành luận án Chân thành cám ơn GS TS Trần Linh Thước, PGS TS Đặng Thị Phương Thảo, PGS TS Bùi Lai, PGS TS Lê Huyền Ái Thúy, TS Phan Thị Phượng Trang, TS Nguyễn Tiến Dũng PGS TS Trần Nhân Dũng có ý kiến đóng góp quan trọng cho luận án Cám ơn kỹ sư Nguyễn Tấn Bình, Trần Thị Mỹ Hà, Thạc sỹ Thạch Thanh hỗ trợ trình hoàn thành luận án Trân trọng cám ơn Giám đốc Trung tâm Chất lượng Nông lâm Thủy sản Vùng anh chị em đồng nghiệp tạo điều kiện, hỗ trợ động viên hoàn thành luận án Trân trọng cám ơn! Phạm Văn Hùng - ii Nghiên cứu virus IHHNV (Infectious Hypodermal and Haematopoietic Necrosis Virus) tôm sú Penaeus monodon Việt Nam – Luận án tiến sĩ, chuyên ngành vi sinh, 2013 Mục lục Phạm Văn Hùng MỤC LỤC LỜI CAM ĐOAN I LỜI CẢM ƠN II MỤC LỤC III DANH MỤC CHỮ VIẾT TẮT VII DANH MỤC CÁC BẢNG VIII MỞ ĐẦU CHƯƠNG TỔNG QUAN TÀI LIỆU .5 1.1 Bệnh tôm sú virus .6 1.1.1 Các loại bệnh tôm nuôi giới tác nhân virus gây bệnh 1.1.2 Ảnh hưởng dịch bệnh virus ngành nuôi tôm giới 1.1.3 Tình hình dịch bệnh virus ngành nuôi tôm Việt Nam 1.1.4 Ý nghĩa phương pháp phân tích nhanh virus gây bệnh tôm 11 1.2 Virus gây bệnh hoại tử quan tạo máu quan tạo biểu mô 11 1.2.1 Đặc điểm gây bệnh, phân bố tác động ngành tôm nuôi 11 1.2.2 Phân loại đặc điểm sinh học IHHNV 14 1.2.3 Đặc điểm gen IHHNV chức protein 17 1.2.4 Trình tự DNA gen tôm sú tương đồng với IHHNV 18 1.2.5 Tình hình nghiên cứu IHHNV giới Việt Nam 19 1.2.6 Phương pháp phát IHHNV 20 1.3 Nguyên tắc nghiên cứu gen virus 24 1.3.1 Giải trình tự để thu thập liệu gen virus 24 1.3.2 Định dạng FASTA 25 1.3.3 Tìm kiếm khung đọc mở (ORF) công cụ ORF Finder 26 1.3.4 Phân tích cấu trúc tương đồng công cụ BLAST 26 1.3.5 So sánh trình tự sinh học .27 1.3.6 Mối quan hệ phân tích tiến hóa so sánh trình tự 28 - iii Nghiên cứu virus IHHNV (Infectious Hypodermal and Haematopoietic Necrosis Virus) tôm sú Penaeus monodon Việt Nam – Luận án tiến sĩ, chuyên ngành vi sinh, 2013 Mục lục Phạm Văn Hùng 1.3.7 Cây phát sinh chủng loài .29 1.3.8 Phương pháp xây dựng phát sinh chủng loài .30 1.4 Mục tiêu, nội dung phương pháp tiếp cận luận án .32 CHƯƠNG VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP 34 2.1 Thu nhận tôm bệnh kiểm chứng phương pháp PCR .35 2.1.1 Mục đích 35 2.1.2 Thiết bị 35 2.1.3 Vật liệu 35 2.1.4 Hóa chất, môi trường .35 2.1.5 Phương pháp tiến hành 37 2.2 Tạo dòng giải trình tự phần gen IHHNV .38 2.2.1 Mục đích 38 2.2.2 Thiết bị 38 2.2.3 Vật liệu 38 2.2.4 Hóa chất, môi trường .39 2.2.5 Phương pháp tiến hành 41 2.3 So sánh đại diện gen IHHNV phân lập Việt Nam với đại diện gen IHHNV nước khác 45 2.3.1 Mục đích 45 2.3.2 Phương pháp tiến hành 46 2.4 Xây dựng phương pháp phát IHHNV .47 2.4.1 Mục đích 47 2.4.2 Vật liệu 48 2.4.3 Thiết bị 48 2.4.4 Phương pháp tiến hành 48 2.5 Thực nghiệm cảm nhiễm 51 2.5.1 Mục đích 51 - iv Nghiên cứu virus IHHNV (Infectious Hypodermal and Haematopoietic Necrosis Virus) tôm sú Penaeus monodon Việt Nam – Luận án tiến sĩ, chuyên ngành vi sinh, 2013 Mục lục Phạm Văn Hùng 2.5.2 Vật liệu 51 2.5.3 Thiết bị 51 2.5.4 Hóa chất 51 2.5.5 Phương pháp tiến hành 52 2.6 Ứng dụng quy trình phân tích IHHNV xây dựng để nghiên cứu tình hình tôm sú nuôi Việt Nam bị nhiễm IHHNV .55 2.6.1 Mục đích 55 2.6.2 Đối tượng khảo sát 55 2.6.3 Nội dung khảo sát 55 2.6.4 Lấy mẫu 56 2.6.5 Phân tích 56 2.6.6 Xử lý kết phân tích 56 CHƯƠNG KẾT QUẢ VÀ BÀN LUẬN 58 3.1 Kết thu nhận tôm bệnh kiểm chứng phương pháp PCR 59 3.2 Kết tạo dòng giải trình tự phần gen IHHNV 60 3.2.1 Kết tạo dòng bảy đoạn DNA gen IHHNV 60 3.2.2 Kết giải trình tự .62 3.2.3 Tổ chức chức phần gen IHHNV 70 3.3 So sánh phần gen IHHNV Việt Nam với đại diện gen IHHNV từ quốc gia giới 80 3.3.1 Phân tích cấu trúc tương đồng trình tự nt gen IHHNV 80 3.3.2 Phân tích mối quan hệ di truyền đại diện IHHNV 81 3.4 Xây dựng phương pháp phân tích IHHNV .87 3.4.1 Thiết kế mồi 87 3.4.2 Xác định điều kiện phản ứng PCR mồi 196F/R .89 3.4.3 Xác nhận hiệu lực phương pháp PCR với mồi 196F/R 94 3.4.4 Đề xuất quy trình phân tích IHHNV 101 -vNghiên cứu virus IHHNV (Infectious Hypodermal and Haematopoietic Necrosis Virus) tôm sú Penaeus monodon Việt Nam – Luận án tiến sĩ, chuyên ngành vi sinh, 2013 Mục lục Phạm Văn Hùng 3.4.5 Thử nghiệm liên phòng 101 3.5 Thực nghiệm cảm nhiễm 102 3.5.1 Lựa chọn tôm sú bệnh 102 3.5.2 Kết thực nghiệm cảm nhiễm 103 3.6 Ứng dụng phương pháp IHHNV xây dựng để khảo sát diện IHHNV tôm sú nuôi Việt Nam 111 CHƯƠNG KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 115 4.1 Kết luận .116 4.1.1 Một phần gen IHHNV 116 4.1.2 So sánh với giới .116 4.1.3 Xây dựng phương pháp phát IHHNV .116 4.1.4 Kết thực nghiệm cảm nhiễm 117 4.1.5 Xác định mức độ phổ biến IHHNV tôm sú nuôi 117 4.2 Kiến nghị 117 DANH MỤC BÀI BÁO ĐÃ CÔNG BỐ 118 TÀI LIỆU THAM KHẢO A PHỤ LỤC .A - vi Nghiên cứu virus IHHNV (Infectious Hypodermal and Haematopoietic Necrosis Virus) tôm sú Penaeus monodon Việt Nam – Luận án tiến sĩ, chuyên ngành vi sinh, 2013 Danh mục chữ viết tắt Phạm Văn Hùng DANH MỤC CHỮ VIẾT TẮT AaeDNV: Aedes aegypti NCBI: National Center for Biotechnology ASL: activation sequence like Information: trung tâm thông tin công CAI: crowdy type A nghệ sinh học quốc gia CSIRO: The Commonwealth Scientific NTP: nucleoside triphosphate and Industrial Research Organisation: Tổ OIE: Office International des Epizooties: chức Nghiên cứu Khoa học Công tổ chức Sức khỏe Thú y Thế giới nghiệp thuộc khối Thịnh vượng chung Paup: DPE: downstream core promoter element parsimony: phân tích phát sinh chủng loài phylogenetic analysis using GAV: gill-associated virus: virus liên sử dụng phương pháp hà tiện tối đa quan tới mang SOC: super optimal broth with catabolic HPV: hepatopanceatic parvovirus: virus repressor gây bệnh gan tụy TEM: transmission electron microscopy: IDT: integrated DNA Technologies kính hiển vi điện tử truyền suốt IMV: infectious myonecrosis virus: virus TSV: taura syndrome virus: virus gây hội gây bệnh hoại tử chứng đầu vàng Inr: initiator: yếu tố khởi đầu WSSV: white spot syndrome virus: virus IPTG: inducer of β-galactosidase gây hội chứng đốm trắng ISH: in situ hybridization: lai chổ X-gal: bromo-chloro-indolylgalactopyra- LB: luria bertani noside MBV: monodon baculovirus YHV: yellow head virus: virus gây bệnh Mega5: molecular evolutionary genetics đầu vàng analysis using evolutionary maximum distance, and likehood, maximum parsimony methods Version 5.1 - vii - Nghiên cứu virus IHHNV (Infectious Hypodermal and Haematopoietic Necrosis Virus) tôm sú Penaeus monodon Việt Nam – Luận án tiến sĩ, chuyên ngành vi sinh, 2013 Danh mục bảng Phạm Văn Hùng DANH MỤC CÁC BẢNG Bảng 1.1 Tổn thất kinh tế ngành nuôi tôm dịch bệnh virus Bảng 1.2 Mô mục tiêu tôm sử dụng để chẩn đoán bệnh virus IHHNV 21 Bảng 1.3 Một số phương pháp sử dụng để phát chẩn đoán bệnh IHHNV 22 Bảng 1.4 Trình tự mồi dùng phân tích IHHNV kỹ thuật PCR 24 Bảng 2.1 Mồi sử dụng cho phản ứng PCR 36 Bảng 2.2 Trình tự mồi dùng để giải trình tự phần gen IHHNV 39 Bảng 2.3 Mẫu tôm sử dụng để xây dựng phương pháp phân tích IHHNV 48 Bảng 2.4 Bố trí thí nghiệm cảm nhiễm IHHNV tôm sú 53 Bảng 2.5 Số vùng nuôi khảo sát lấy mẫu 55 Bảng 3.1 Kết thu thập mẫu tôm sú 59 Bảng 3.2 Tóm tắt vùng chức phần gen IHHNV 71 Bảng 3.3 Mức độ tương đồng tối đa (%) trình tự nt protein giả định 76 Bảng 3.4 Mức độ tương đồng tối đa (%) trình tự nt phần gen IHHNV-VN so với gen IHHNV nước 80 Bảng 3.5 Khoảng cách tiến hóa ước lượng đại diện IHHNV .83 Bảng 3.6 Trình tự thông số mồi sau thiết kế .88 Bảng 3.7 Một số đặc điểm mồi sử dụng để phát IHHNV .99 Bảng 3.8 Kết tham gia liên phòng phân tích IHHNV 102 Bảng 3.9 Kết thực nghiệm cảm nhiễm IHHNV tôm sú 103 Bảng 3.10 Kết phân tích phận tôm nuôi sau phơi nhiễm với IHHNV phương pháp PCR mô học 110 Bảng 3.11 Kết lấy mẫu phân tích IHHNV 111 Bảng 3.12 Kết khảo sát IHHNV tôm sú nuôi vùng nuôi trọng điểm Bắc Bộ, Trung Bộ Nam Bộ 112 - viii Nghiên cứu virus IHHNV (Infectious Hypodermal and Haematopoietic Necrosis Virus) tôm sú Penaeus monodon Việt Nam – Luận án tiến sĩ, chuyên ngành vi sinh, 2013 Phụ lục Phạm Văn Hùng TTAGGATCAGTTTGTTCTGGTGTTGAAGTTCTTGGAGGAGTTTGAGAGTTGTCTTCCTCG TCTGAAAACTGGAACAGTTCTTGAGACATATTAAGAAGTTGTTCGGTAGTGGGTCTAGG CTCTTGATTTGGACCTGGGGTGAGAAGGCTTGGAGAAATTCCCTGGCTGGAGTGAGTTT CGTT Sau ghép hai mạch AACGAAACTCACTCCAGCCAGGGAATTTCTCCAAGCCTTCTCACCCCAGGTCCAAATCA AGAGCCTAGACCCACTACCGAACAACTTCTTAATATGTCTCAAGAACTGTTCCAGTTTT CAGACGAGGAAGACAACTCTCAAACTCCTCCAAGAACTTCAACACCAGAACAAACTGA TCCTAAGGTCTGCGTGGATAACCTGGGAATTCGAGAGGGAACAGGAAACGGAACAATT CAACTTGGAAGTGAATCAGAAAACTCCCTTGGAAGTGTTGGAAACAGTGATGACAGGG GTCAAAAGAGACAGAGAGGAATTACTTACATCAGTGACACATCAGATTCCTCTGGATC AGATGACGAAAATCTGGATACACCACATAGAAATAAAAGAACCAGAAACTCCAACACC ACAAAAGAGACAAGCGGAGGAAACGGCGGAGGAGATCAGGAAAGCGATCATGGAAGC AATGGAAATCGACTGGAACCTACCAATGGAGGAGAGAGCAATAGTAGCGGAACACAA CCCGACTTTATTGAAGGGACTCCCGACGGACCGGACGAAATGGACGGAAGGCGACTGG AAGAGAGTGAGATTGATAAACAAGTGGAAAGTGCAACATGGTACACCTTCGTCAT Ở sản phẩm IHHNV2 tất tín hiệu tốt, so với trình tự trùng lắp với IHHNV1, tương ứng vị trí 651 (G), 664 (G) 689 (A) tín hiệu xấu vị trí 10 (C), 47 (C) C C chọn thay cho G A lắp trình tự gen IHHNV Riêng vị trí 664 (G) tín hiệu xấu IHHNV 1, IHHNV2 lại base nên lắp trình tự gen IHHNV base chèn loại bỏ Trình tự sản phẩm PCR3, gọi trình tự IHHNV3, có chiều dài giải 627 bp Mạch xuôi GTACACCTTCGTCATCAGAGAAAAACCACAACCAAGAAGACTCTCCGGACGCACACAC CAAACTTCACCATTACAGATCATGGTGACCACTGGCACATCACATACTCCGGACACCCA ACCAATAAGACCAGACATAGAGCTACAATCCTCGCCTATCTGGGAGTTACCTTTGCTGC CAGAGCCGAAGCTGAAGCGACTACGGTACTTGTTAGAGATATCAAGAGATGGATACTC TATCTTATCAGATACGGTATTGAACGGCTTTCGTATTTTGGTCTTGGCCACGCCATTTTT AAACGAATCATCAAATACTTCCAACGATACAAAAGAGACGAAGACGCAGTAGACGGAC CATGTCCATATATGACTACTACAAGAGAAGACAGAGCTGAAGAAAAACCTAAAGAAAA CAGTGCAGAATATGACTACCTCCAACACTTAGTCAAAACCAAATCTGCAAGAACAGTC CAAGAACTTGTCAATAAACTTGACGATGAGGAATACAAACAGCTATGGACCCGCACCA GAGGACAATATAAAGACAAACTCAGGGGAATACTAACTTACTACAACAACAAGAAAA AGTCAAA Mạch ngược CTGAGTTTGTCTTTATATTGTCCTCTGGTGCGGGTCCATAGCTGTTTGTATTCCTCATCGT CAAGTTTATTGACAAGTTCTTGGACTGTTCTTGCAGATTTGGTTTTGACTAAGTGTTGGA GGTAGTCATATTCTGCACTGTTTTCTTTAGGTTTTTCTTCAGCTCTGTCTTCTCTTGTAGT AGTCATATATGGACATGGTCCGTCTACTGCGTCTTCGTCTCTTTTGTATCGTTGGAAGTA TTTGATGATTCGTTTAAAAATGGCGTGGCCAAGACCAAAATACGAAAGCCGTTCAATAC CGTATCTGATAAGATAGAGTATCCATCTCTTGATATCTCTAACAAGTACCGTAGTCGCTT CAGCTTCGGCTCTGGCAGCAAAGGTAACTCCCAGATAGGCGAGGATTGTAGCTCTATGT CTGGTCTTATTGGTTGGGTGTCCGGAGTATGTGATGTGCCAGTGGTCACCATGATCTGT AATGGTGAAGTTTGGTGTGTGCGTCCGGAGAGTCTTCTTGGTTGTGGTTTTTCTCTGATG ACGAAGGTGTACCATGTTGCACTTTCCACTTGTTTATCAATCTCACTCT Sau ghép hai mạch AGAGTGAGATTGATAAACAAGTGGAAAGTGCAACATGGTACACCTTCGTCATCAGAGA -w- Nghiên cứu virus HHNV (Infectious Hypodermal and Haematopoietic Necrosis Virus) tôm sú Penaeus monodon Việt Nam – Luận án tiến sĩ, chuyên ngành vi sinh, 2013 Phụ lục Phạm Văn Hùng AAAACCACAACCAAGAAGACTCTCCGGACGCACACACCAAACTTCACCATTACAGATC ATGGTGACCACTGGCACATCACATACTCCGGACACCCAACCAATAAGACCAGACATAG AGCTACAATCCTCGCCTATCTGGGAGTTACCTTTGCTGCCAGAGCCGAAGCTGAAGCGA CTACGGTACTTGTTAGAGATATCAAGAGATGGATACTCTATCTTATCAGATACGGTATT GAACGGCTTTCGTATTTTGGTCTTGGCCACGCCATTTTTAAACGAATCATCAAATACTTC CAACGATACAAAAGAGACGAAGACGCAGTAGACGGACCATGTCCATATATGACTACTA CAAGAGAAGACAGAGCTGAAGAAAAACCTAAAGAAAACAGTGCAGAATATGACTACC TCCAACACTTAGTCAAAACCAAATCTGCAAGAACAGTCCAAGAACTTGTCAATAAACTT GACGATGAGGAATACAAACAGCTATGGACCCGCACCAGAGGACAATATAAAGACAAA CTCAGGGGAATACTAACTTACTACAACAACAAGAAAAAGTCAAA Ở sản phẩm IHHNV3 này, tín hiệu giải tốt Trình tự sản phẩm PCR4, gọi trình tự IHHNV4, có chiều dài giải 662 bp Mạch xuôi TGCAAAATATATCAAAAAGGAAACCAGACTACGACAACATGCAGTGGATAAAGTACAT GTTAGCCAACAACGACATCCGTGTACCAGAAATCTTAGCTTGGATAATCATCGTAGCAG ACAAAAAACTGGACAAAATCAACACTCTTGTACTCCAAGGACCAACAGGAACAGGAAA ATCTCTTACCATCGGTGCACTACTGGGAAAACTGAACACAGGACTAGTAACAAGAACA GGAGACTCCAACACCTTCCATCTACAAAACCTAATCGGCAAGTCCTACGCTCTCTTCGA AGAACCCAGAATCAGTCAAATAACAGTAGACGACTTCAAACTCCTTTTCGAAGGATCA GACCTAGAAGTAAACATAAAACACCAAGAGTCAGAAATTATGGGACGAATCCCAATCT TCATATCAACAAACAAGGACATAGACTACTGGGTACCACCAGCTGATGGTAAAGCTCT ACAAACAAGAACAAAAACCTTCCACCTAACAAGACAGATAAAAGGTCTGTCAGACAGG ATGAACAGCCAGTACGACATCAACCCTCCACCAGACAAGATCACCAGCGACGACTTCC TAGGCCTCTTCCAAGAATACGAAAAGGAAATCGACGACA Mạch ngược AAGTCGTCGCTGGTGATCTTGTCTGGTGGAGGGTTGATGTCGTACTGGCTGTTCATCCTG TCTGACAGACCTTTTATCTGTCTTGTTAGGTGGAAGGTTTTTGTTCTTGTTTGTAGAGCTT TACCATCAGCTGGTGGTACCCAGTAGTCTATGTCCTTGTTTGTTGATATGAAGATTGGG ATTCGTCCCATAATTTCTGACTCTTGGTGTTTTATGTTTACTTCTAGGTCTGATCCTTCGA AAAGGAGTTTGAAGTCGTCTACTGTTATTTGACTGATTCTGGGTTCTTCGAAGAGAGCG TAGGACTTGCCGATTAGGTTTTGTAGATGGAAGGTGTTGGAGTCTCCTGTTCTTGTTACT AGTCCTGTGTTCAGTTTTCCCAGTAGTGCACCGATGGTAAGAGATTTTCCTGTTCCTGTT GGTCCTTGGAGTACAAGAGTGTTGATTTTGTCCAGTTTTTTGTCTGCTACGATGATTATC CAAGCTAAGATTTCTGGTACACGGATGTCGTTGTTGGCTAACATGTACTTTATCCACTGC ATGTTGTCGTAGTCTGGTTTCCTTTTTGATATATTTTGCAGGTTTGTAATGAGTGACAGT TGGCTTTGGTTTGACTTTTCC Sau ghép hai mạch GGAAAAGTCAAACCAAAGCCAACTGTCACTCATTACAAACCTGCAAAATATATCAAAA AGGAAACCAGACTACGACAACATGCAGTGGATAAAGTACATGTTAGCCAACAACGACA TCCGTGTACCAGAAATCTTAGCTTGGATAATCATCGTAGCAGACAAAAAACTGGACAA AATCAACACTCTTGTACTCCAAGGACCAACAGGAACAGGAAAATCTCTTACCATCGGTG CACTACTGGGAAAACTGAACACAGGACTAGTAACAAGAACAGGAGACTCCAACACCTT CCATCTACAAAACCTAATCGGCAAGTCCTACGCTCTCTTCGAAGAACCCAGAATCAGTC AAATAACAGTAGACGACTTCAAACTCCTTTTCGAAGGATCAGACCTAGAAGTAAACAT AAAACACCAAGAGTCAGAAATTATGGGACGAATCCCAATCTTCATATCAACAAACAAG GACATAGACTACTGGGTACCACCAGCTGATGGTAAAGCTCTACAAACAAGAACAAAAA CCTTCCACCTAACAAGACAGATAAAAGGTCTGTCAGACAGGATGAACAGCCAGTACGA CATCAACCCTCCACCAGACAAGATCACCAGCGACGACTTCCTAGGCCTCTTCCAAGAAT ACGAAAAGGAAATCGACGACA -x- Nghiên cứu virus HHNV (Infectious Hypodermal and Haematopoietic Necrosis Virus) tôm sú Penaeus monodon Việt Nam – Luận án tiến sĩ, chuyên ngành vi sinh, 2013 Phụ lục Phạm Văn Hùng Ở sản phẩm IHHNV4, tín hiệu giải trình tự thu được tốt Tuy nhiên base vị trí G mạch xuôi không giải có mạch ngược với tín hiệu xấu, vị trí tương ứng 617 IHHNV3 lại A với tín hiệu tốt, A vị trí lấy lắp gen IHHNV Trình tự sản phẩm PCR5, gọi trình tự IHHNV5, có chiều dài giải 631 bp Mạch xuôi GAAATCGACGACATCATCGACATCATGTGCGCCGATTCAACAAGATCAAGCCCAAGGT AAAAGATCCAGGAGGGATGCACATAATGAAGACGAAGAACACGCCGAGGGATCAAGT GGACCAGACCCACACAGATGTCTACAATTCAATACGGGAGACTCAATACATATTACTTT CCAAACAAGAAGATACTTCGAATTCGACGCTGCCAATGATGGAAACTTCGACGGAAAA AACTTATACTGCCTCCCACTACATTGGATGAACTTATATCTCTATGGACTGAAAAGCAG TGACAGTTCAGCAACAGAAACACAGCGATATAAGATGGTAAAGTCAATGATGAAAACC TACGGATGGAAAGTTCACAAAGCAGGCGTCGTAATGCACTCAATGGTACCCCTTATGA AAGACTTAAAGGTATCAGGAGGAACATCATTTGAAACTCTCACATTTACAGATACCCCA TATTTAGAAATATTTAAGGATACTACTGGACTACATAATCAACTAGCAACTAAGGAAGC CGACGTAACATTAGCAAAATGGATACAAAATCCGCAACTTGTGACAGTACAATCAACA GCAGCAAACTATGAAGACAC Mạch ngược ACAAGTTGCGGATTTTGTATCCATTTTGCTAATGTTACGTCGGCTTCCTTAGTTGCTAGT TGATTATGTAGTCCAGTAGTATCCTTAAATATTTCTAAATATGGGGTATCTGTAAATGTG AGAGTTTCAAATGATGTTCCTCCTGATACCTTTAAGTCTTTCATAAGGGGTACCATTGAG TGCATTACGACGCCTGCTTTGTGAACTTTCCATCCGTAGGTTTTCATCATTGACTTTACC ATCTTATATCGCTGTGTTTCTGTTGCTGAACTGTCACTGCTTTTCAGTCCATAGAGATAT AAGTTCATCCAATGTAGTGGGAGGCAGTATAAGTTTTTTCCGTCGAAGTTTCCATCATT GGCAGCGTCGAATTCGAAGTATCTTCTTGTTTGGAAAGTAATATGTATTGAGTCTCCCG TATTGAATTGTAGACATCTGTGTGGGTCTGGTCCACTTGATCCCTCGGCGTGTTCTTCGT CTTCATTATGTGCATCCCTCCTGGATCTTTTACCTTGGGCTTGATCTTGTTGAATCGGCG CACATGATGTCGATGATGTCGTCGATTTCCTTTTCGTATTCTTGGAAGAGTCCTAGG Sau ghép hai mạch CCTAGGACTCTTCCAAGAATACGAAAAGGAAATCGACGACATCATCGACATCATGTGC GCCGATTCAACAAGATCAAGCCCAAGGTAAAAGATCCAGGAGGGATGCACATAATGAA GACGAAGAACACGCCGAGGGATCAAGTGGACCAGACCCACACAGATGTCTACAATTCA ATACGGGAGACTCAATACATATTACTTTCCAAACAAGAAGATACTTCGAATTCGACGCT GCCAATGATGGAAACTTCGACGGAAAAAACTTATACTGCCTCCCACTACATTGGATGAA CTTATATCTCTATGGACTGAAAAGCAGTGACAGTTCAGCAACAGAAACACAGCGATAT AAGATGGTAAAGTCAATGATGAAAACCTACGGATGGAAAGTTCACAAAGCAGGCGTCG TAATGCACTCAATGGTACCCCTTATGAAAGACTTAAAGGTATCAGGAGGAACATCATTT GAAACTCTCACATTTACAGATACCCCATATTTAGAAATATTTAAGGATACTACTGGACT ACATAATCAACTAGCAACTAAGGAAGCCGACGTAACATTAGCAAAATGGATACAAAAT CCGCAACTTGTGACAGTACAATCAACAGCAGCAAACTATGAAGACAC Ở sản phẩm IHHNV5 này, tín hiệu giải tốt Tuy nhiên base vị trí (A) mạch xuôi không giải nên lấy mạch ngược dù tín hiệu xấu, vị trí 488 (T) có tín hiệu xấu hai mạch, 630 (A) không giải dđược mạch ngược nên lấy mạch xuôi dù tín hiệu không tốt Xem đoạn trùng lắp tương ứng vị trí (A) IHHNV4 vị trí 629 (C), lắp với gen IHHNV, C vị trí lấy Trình tự sản phẩm PCR6, gọi trình tự IHHNV6, có chiều dài giải 600 bp Mạch xuôi -y- Nghiên cứu virus HHNV (Infectious Hypodermal and Haematopoietic Necrosis Virus) tôm sú Penaeus monodon Việt Nam – Luận án tiến sĩ, chuyên ngành vi sinh, 2013 Phụ lục Phạm Văn Hùng TACTGGACTACATAATCAACTATCAACTAAGGAAGCCGACGTAACATTGGCAAAATGG ATACAAAATCCCCAACTTGTGACCGTACAATCAACAGCAGCAAACTATGAAGACCCAA TCCAACAATTTGGATTCATGGAACAAATGCGAACCGGTGACAGAAAAGCCTATACAAT CCATGGTGACACTAGAAATTGGTATGGCGGAGAAATACCAACAACCGGACCCACCTTC ATCCCAAAATGGGGTGGTCAATTAAAATGGGACAAACCATCCCTTGGAAACCTAGTCT ACCCAGCAGACCACCATACAAACGACTGGCAACAGATCTTCATGAGAATGTCACCAAT CAAAGGACCAAATGGAGACGAACTTAAACTTGGCTGCAGAGTACAAGCCGACTTCTTC CTACACCTAGAAGTACGACTCCCACCACAAGGATGTGTAGCAAGTTTGGGGATGTTACA ATATCTTCACGCACCATGTACTGGACAACTTAACAAATGTTATATTATGCATACTAACT AAATGTATTCGATGTGCAATATATACCCGATTATATCGC Mạch ngược ATTTAGTTAGTATGCATAATATAACATTTGTTAAGTTGTCCAGTACATGGTGCGTGAAG ATATTGTAACATCCCCAAACTTGCTACACATCCTTGTGGTGGGAGTCGTACTTCTAGGT GTAGGAAGAAGTCGGCTTGTACTCTGCAGCCAAGTTTAAGTTCGTCTCCATTTGGTCCTT TGATTGGTGACATTCTCATGAAGATCTGTTGCCAGTCGTTTGTATGGTGGTCTGCTGGGT AGACTAGGTTTCCAAGGGATGGTTTGTCCCATTTTAATTGACCACCCCATTTTGGGATG AAGGTGGGTCCGGTTGTTGGTATTTCTCCGCCATACCAATTTCTAGTGTCACCATGGATT GTATAGGCTTTTCTGTCACCGGTTCGCATTTGTTCCATGAATCCAAATTGTTGGATTGGG TCTTCATAGTTTGCTGCTGTTGATTGTACGGTCACAAGTTGGGGATTTTGTATCCATTTT GCCAATGTTACGTCGGCTTCCTTAGTTGATAGTTGATTATGTAGTCCAGTAGTATCCTTA AATATTTCTAAATATGGGGTGTCTGTAA Sau ghép hai mạch TTACAGACACCCCATATTTAGAAATATTTAAGGATACTACTGGACTACATAATCAACTA TCAACTAAGGAAGCCGACGTAACATTGGCAAAATGGATACAAAATCCCCAACTTGTGA CCGTACAATCAACAGCAGCAAACTATGAAGACCCAATCCAACAATTTGGATTCATGGA ACAAATGCGAACCGGTGACAGAAAAGCCTATACAATCCATGGTGACACTAGAAATTGG TATGGCGGAGAAATACCAACAACCGGACCCACCTTCATCCCAAAATGGGGTGGTCAAT TAAAATGGGACAAACCATCCCTTGGAAACCTAGTCTACCCAGCAGACCACCATACAAA CGACTGGCAACAGATCTTCATGAGAATGTCACCAATCAAAGGACCAAATGGAGACGAA CTTAAACTTGGCTGCAGAGTACAAGCCGACTTCTTCCTACACCTAGAAGTACGACTCCC ACCACAAGGATGTGTAGCAAGTTTGGGGATGTTACAATATCTTCACGCACCATGTACTG GACAACTTAACAAATGTTATATTATGCATACTAACTAAATGTATTCGATGTGCAATATA TACCCGATTATATCGC Ở sản phẩm IHHNV6, tín hiệu giải tốt Tuy nhiên base vị trí 60 (T), 86 (G), 107 (C), 119 (C), 381 (C), hai mạch với tín hiệu xấu, vị trí 566 (G), 590 (G), 591 (A) giải mạch xuôi tín hiệu xấu, base chọn cho vị trí trình tự IHHNV6 Tuy nhiên đối chiếu với trình tự đoạn trùng lắp IHHNV5, vị trí tương ứng với 60 (T), 86 (G), 107 (C), 119 (C) vị trí 540 (G), 566 (A), 587 (G), 599 (A) IHHNV5 với tín hiệu tốt, lắp nối gen IHHNV nucleotide IHHNV5 vị trí chọn Ngoài vị trí 630 (A) có tín hiệu xấu IHHNV5 lại tương ứng vị trí 150 (C) IHHNV6, base chọn lắp nối gen IHHNV Trình tự sản phẩm PCR7, gọi trình tự IHHNV7, có chiều dài giải 495 bp Mạch xuôi TTGGCTGCAGAGTACAAGCCGACTTCTTCCTCAACCTAGAAGTACGACTCCCACCACAA GGATGTGTCTCAAGTTTGGGAATGTTACAATATCTTCACGTACCATGTACTGGACAACT TAACAGATGTTATATTATGCATACTAACTAATTATATTCTATGTGCAATGTATACCCAC TTATATTCAGCTTAAGCCAATAAACCTATATAATCTATTACTATCTATACCTACCCTCTA -z- Nghiên cứu virus HHNV (Infectious Hypodermal and Haematopoietic Necrosis Virus) tôm sú Penaeus monodon Việt Nam – Luận án tiến sĩ, chuyên ngành vi sinh, 2013 Phụ lục Phạm Văn Hùng CACAAACCAGCTACCCAGGCAAGGTGGGACTCCGGCTACCCAGGCATGGTGGGACACT TCTCTACTATTGACGACGTACTTCGTCACATACGTCACTTACAAAAGACTAAAATCCCT ATCGTCAGTCAGTCATTTAGAGTCAGGGATATTGTCCGCCGTCACTTAGAGCGCGAAGC GCGAGTATCCATCATTTAAATTAGTGGTATGACGTCACATATTAAGTA Mạch ngược TTTAAATGATGGATACTCGCGCTTCGCGCTCTAAGTGACGGCGGACAATATCCCTGACT CTAAATGACTGACTGACGATAGGGATTTTAGTCTTTTGTAAGTGACGTATGTGACGAAG TACGTCGTCAATAGTAGAGAAGTGTCCCACCATGCCTGGGTAGCCGGAGTCCCACCTTG CCTGGGTAGCTGGTTTGTGTAGAGGGTAGGTATAGATAGTAATAGATTATATAGGTTTA TTGGCTTAAGCTGAATATAAGTGGGTATACATTGCACATAGAATATAATTAGTTAGTAT GCATAATATAACATCTGTTAAGTTGTCCAGTACATGGTACGTGAAGATATTGTAACATT CCCAAACTTGAGACACATCCTTGTGGTGGGAGTCGTACTTCTAGGTTGAGGAAGAAGTC GGCTTGTACTCTGCAGCCAAGTTTAAGTTCGTCTCCATTTGGTCCTTTGATTGT Sau ghép hai mạch ACAATCAAAGGACCAAATGGAGACGAACTTAAACTTGGCTGCAGAGTACAAGCCGACT TCTTCCTCAACCTAGAAGTACGACTCCCACCACAAGGATGTGTCTCAAGTTTGGGAATG TTACAATATCTTCACGTACCATGTACTGGACAACTTAACAGATGTTATATTATGCATAC TAACTAATTATATTCTATGTGCAATGTATACCCACTTATATTCAGCTTAAGCCAATAAA CCTATATAATCTATTACTATCTATACCTACCCTCTACACAAACCAGCTACCCAGGCAAG GTGGGACTCCGGCTACCCAGGCATGGTGGGACACTTCTCTACTATTGACGACGTACTTC GTCACATACGTCACTTACAAAAGACTAAAATCCCTATCGTCAGTCAGTCATTTAGAGTC AGGGATATTGTCCGCCGTCACTTAGAGCGCGAAGCGCGAGTATCCATCATTTAAATTAG TGGTATGACGTCACATATTAAGTA Ở sản phẩm IHHNV7 này, tín hiệu giải tốt Tuy nhiên base vị trí 114 (A), 134 (T), 158 (G), 184 (T), 192 (T), 202 (G), 218 (T), 219 (C), 220 (A) hai mạch với tín hiệu xấu, base lấy cho vị trí trình tự IHHNV7 Tuy nhiên đối chiếu với trình tự đoạn trùng lắp IHHNV6, vị trí tương ứng vị trí 494 (G), 514 (C), 538 (A), 564 (A), 572 (G), 582 (A), 598 (C), 599 (G) 560 (C) IHHNV6 có tín hiệu tốt Chính lắp nối gen IHHNV nucleotide IHHNV6 vị trí chọn Ngoài vị trí 566 (G), 590 (G), 591 (A) có tín hiệu xấu IHHNV6 tương ứng vị trí 186 (A), 210 (A) 211 (C) với tín hiệu tốt IHHNV7 nên base lấy lắp nối gen IHHNV Ghi chú: base màu đỏ, gạch đít, tô màu xanh base có tín hiệu xấu Các base màu xanh, gạch đít, tô màu vàng base tương ứng vị trí trùng lắp có tín hiệu tốt lấy lắp ghép gen IHHNV Một phần gen IHHNV giải sau lắp ghép trình tự IHHNV1, IHHNV2, IHHNV3, IHHNV4, IHHNV5 nguyên tắc đề có kích thước dài 3091 bp sau: GCTTCGCAGGAAACCGTTACAACATATGACGTCATAGGTCCTATATAAGAGATGACGG ACTCACCGGTCTCCCAGTCTCTAACTGACGAGTGAAGAGGCTATTCCAAGTGACTAAGG ACAATTTTGGAACATGGAAGATACGAATAACCACCCGTGGCAGTCCATACCTAGACCA ACGTTATTTGGATCTTCACGTGACAGTGAACCAACAGAAGTCTTTGAAAACGTATTCGG AGAAAGACAAGCCCCAGGAAACCAATGTAACTACTGATGACTGACTAGGTGACTATCC ATAACTTTTCTAACAGACGCAAGTGACGAACTTTGTCGTCACTTACAAAAGACGTAACC GCTTTCGTCCGTCACTCATATAAATCTTTCTCTGTCTTTCAGACGACATACCCCAACAAA TATCACTGCGCTACTGTCCAGATCACATTCTACCGTGGTGCTTCATAGGGAACAGACCC GTTCTCTACTGCCTCTGCAACGAGTGTTTCATAGACAATCTCAATGTCAACGGACAGTG TCAACACTGTCATCCCGACGACGAAGAATGGACAGAAAATATGGCCAAGGACATACTG - aa - Nghiên cứu virus HHNV (Infectious Hypodermal and Haematopoietic Necrosis Virus) tôm sú Penaeus monodon Việt Nam – Luận án tiến sĩ, chuyên ngành vi sinh, 2013 Phụ lục Phạm Văn Hùng CATTCACGTCAGGGCGAACCAGAATCACTTAGTGAATTGCTTCGAGAACGCACGAACG AAACTCACTCCAGCCAGGGAATTTCTCCAAGCCTTCTCACCCCAGGTCCAAATCAAGAG CCTAGACCCACTACCGAACAACTTCTTAATATGTCTCAAGAACTGTTCCAGTTTTCAGA CGAGGAAGACAACTCTCAAACTCCTCCAAGAACTTCAACACCAGAACAAACTGATCCT AAGGTCTGCGTGGATAACCTGGGAATTCGAGAGGGAACAGGAAACGGAACAATTCAAC TTGGAAGTGAATCAGAAAACTCCCTTGGAAGTGTTGGAAACAGTGATGACAGGGGTCA AAAGAGACAGAGAGGAATTACTTACATCAGTGACACATCAGATTCCTCTGGATCAGAT GACGAAAATCTGGATACACCACATAGAAATAAAAGAACCAGAAACTCCAACACCACAA AAGAGACAAGCGGAGGAAACGGCGGAGGAGATCAGGAAAGCGATCATGGAAGCAATG GAAATCGACTGGAACCTACCAATGGAGGAGAGAGCAATAGTAGCGGAACACAACCCG ACTTTATTGAAGGGACTCCCGACGGACCGGACGAAATGGACGGAAGGCGACTGGAAGA GAGTGAGATTGATAAACAAGTGGAAAGTGCAACATGGTACACCTTCGTCATCAGAGAA AAACCACAACCAAGAAGACTCTCCGGACGCACACACCAAACTTCACCATTACAGATCA TGGTGACCACTGGCACATCACATACTCCGGACACCCAACCAATAAGACCAGACATAGA GCTACAATCCTCGCCTATCTGGGAGTTACCTTTGCTGCCAGAGCCGAAGCTGAAGCGAC TACGGTACTTGTTAGAGATATCAAGAGATGGATACTCTATCTTATCAGATACGGTATTG AACGGCTTTCGTATTTTGGTCTTGGCCACGCCATTTTTAAACGAATCATCAAATACTTCC AACGATACAAAAGAGACGAAGACGCAGTAGACGGACCATGTCCATATATGACTACTAC AAGAGAAGACAGAGCTGAAGAAAAACCTAAAGAAAACAGTGCAGAATATGACTACCT CCAACACTTAGTCAAAACCAAATCTGCAAGAACAGTCCAAGAACTTGTCAATAAACTT GACGATGAGGAATACAAACAGCTATGGACCCGCACCAGAGGACAATATAAAGACAAA CTCAGGGGAATACTAACTTACTACAACAACAAGAAAAAGTCAAACCAAAGCCAACTGT CACTCATTACAAACCTGCAAAATATATCAAAAAGGAAACCAGACTACGACAACATGCA GTGGATAAAGTACATGTTAGCCAACAACGACATCCGTGTACCAGAAATCTTAGCTTGGA TAATCATCGTAGCAGACAAAAAACTGGACAAAATCAACACTCTTGTACTCCAAGGACC AACAGGAACAGGAAAATCTCTTACCATCGGTGCACTACTGGGAAAACTGAACACAGGA CTAGTAACAAGAACAGGAGACTCCAACACCTTCCATCTACAAAACCTAATCGGCAAGT CCTACGCTCTCTTCGAAGAACCCAGAATCAGTCAAATAACAGTAGACGACTTCAAACTC CTTTTCGAAGGATCAGACCTAGAAGTAAACATAAAACACCAAGAGTCAGAAATTATGG GACGAATCCCAATCTTCATATCAACAAACAAGGACATAGACTACTGGGTACCACCAGC TGATGGTAAAGCTCTACAAACAAGAACAAAAACCTTCCACCTAACAAGACAGATAAAA GGTCTGTCAGACAGGATGAACAGCCAGTACGACATCAACCCTCCACCAGACAAGATCA CCAGCGACGACTTCCTAGGCCTCTTCCAAGAATACGAAAAGGAAATCGACGACATCAT CGACATCATGTGCGCCGATTCAACAAGATCAAGCCCAAGGTAAAAGATCCAGGAGGGA TGCACATAATGAAGACGAAGAACACGCCGAGGGATCAAGTGGACCAGACCCACACAG ATGTCTACAATTCAATACGGGAGACTCAATACATATTACTTTCCAAACAAGAAGATACT TCGAATTCGACGCTGCCAATGATGGAAACTTCGACGGAAAAAACTTATACTGCCTCCCA CTACATTGGATGAACTTATATCTCTATGGACTGAAAAGCAGTGACAGTTCAGCAACAGA AACACAGCGATATAAGATGGTAAAGTCAATGATGAAAACCTACGGATGGAAAGTTCAC AAAGCAGGCGTCGTAATGCACTCAATGGTACCCCTTATGAAAGACTTAAAGGTATCAG GAGGAACATCATTTGAAACTCTCACATTTACAGACACCCCATATTTAGAAATATTTAAG GATACTACTGGACTACATAATCAACTAGCAACTAAGGAAGCCGACGTAACATTAGCAA AATGGATACAAAATCCGCAACTTGTGACAGTACAATCAACAGCAGCAAACTATGAAGA CCC Phần ghép IHHNV6-7 TTACAGACACCCCATATTTAGAAATATTTAAGGATACTACTGGACTACATAATCAACTA GCAACTAAGGAAGCCGACGTAACATTAGCAAAATGGATACAAAATCCGCAACTTGTGA CAGTACAATCAACAGCAGCAAACTATGAAGACCCAATCCAACAATTTGGATTCATGGA ACAAATGCGAACCGGTGACAGAAAAGCCTATACAATCCATGGTGACACTAGAAATTGG TATGGCGGAGAAATACCAACAACCGGACCCACCTTCATCCCAAAATGGGGTGGTCAAT TAAAATGGGACAAACCATCCCTTGGAAACCTAGTCTACCCAGCAGACCACCATACAAA CGACTGGCAACAGATCTTCATGAGAATGTCAACAATCAAAGGACCAAATGGAGACGAA - bb - Nghiên cứu virus HHNV (Infectious Hypodermal and Haematopoietic Necrosis Virus) tôm sú Penaeus monodon Việt Nam – Luận án tiến sĩ, chuyên ngành vi sinh, 2013 Phụ lục Phạm Văn Hùng CTTAAACTTGGCTGCAGAGTACAAGCCGACTTCTTCCTACACCTAGAAGTACGACTCCC ACCACAAGGATGTGTAGCAAGTTTGGGGATGTTACAATATCTTCACGCACCATGTACTG GACAACTTAACAAATGTTATATTATGCATACTAACTAAATATATTCGATGTGCAATATA TACCCACTTATATCGCGCTTAAGCCAATAAACCTATATAATCTATTACTATCTATACCTA CCCTCTACACAAACCAGCTACCCAGGCAAGGTGGGACTCCGGCTACCCAGGCATGGTG GGACACTTCTCTACTATTGACGACGTACTTCGTCACATACGTCACTTACAAAAGACTAA AATCCCTATCGTCAGTCAGTCATTTAGAGTCAGGGATATTGTCCGCCGTCACTTAGAGC GCGAAGCGCGAGTATCCATCATTTAAATTAGTGGTATGACGTCACATATTAAGTA - cc - Nghiên cứu virus HHNV (Infectious Hypodermal and Haematopoietic Necrosis Virus) tôm sú Penaeus monodon Việt Nam – Luận án tiến sĩ, chuyên ngành vi sinh, 2013 Phụ lục Phạm Văn Hùng Phụ lục Mức độ tương đồng phần gen IHHNV – VN (từ trình tự nt 514 – 3091) với đại diện IHHNV Ngân hàng gen - dd - Nghiên cứu virus HHNV (Infectious Hypodermal and Haematopoietic Necrosis Virus) tôm sú Penaeus monodon Việt Nam – Luận án tiến sĩ, chuyên ngành vi sinh, 2013 Phụ lục Phạm Văn Hùng Phụ lục Kết lựa chọn tôm sú nhiễm WSSV MBV Hình PL 3.19 Kết điện di sản phẩm PCR thí nghiệm phát WSSV M: thang DNA 100 – 1000 bp; (-): mẫu kiểm chứng âm WSSV; (+): mẫu kiểm chứng dương WSSV; – mẫu nhiễm WSSV Mẫu phân tích sinh phẩm PCR hãng IQ 2000 Hình PL 3.19 Kết điện di sản phẩm PCR thí nghiệm phát MBV M: thang DNA 100 – 1000 bp; (-): mẫu kiểm chứng âm MBV; (+): mẫu kiểm chứng dương MBV; – mẫu nhiễmMBV Mẫu phân tích sinh phẩm PCR hãng Nam Khoa - ee - Nghiên cứu virus HHNV (Infectious Hypodermal and Haematopoietic Necrosis Virus) tôm sú Penaeus monodon Việt Nam – Luận án tiến sĩ, chuyên ngành vi sinh, 2013 Phụ lục Phạm Văn Hùng Phụ lục Kết giải trình tự sản phẩm PCR mồi 196F/R 196Fcut CAAGAGATGGATACTCTATCTTATCAGATACGGTATTGAACGGCTTTCGTATTTTGGTCTTGGCCACGCCA TTTTTAAACGAATCATCAAATACTTCCAACGATACAAAAGAGACGAAGACGCAGTAGACCC 196Rcut ATGGCGTGGCCAAGACCAAAATACGAAAGCCGTTCAATACCGTATCTGATAAGATAGAGTATCCATCTCTT GATATCTCTAACAAGTACTGTAGTCGCTTCAGCTTCGGCTCTGGCAGCAAAGGTAACTCCCAGATAGGC - ff - Nghiên cứu virus HHNV (Infectious Hypodermal and Haematopoietic Necrosis Virus) tôm sú Penaeus monodon Việt Nam – Luận án tiến sĩ, chuyên ngành vi sinh, 2013 Phụ lục Phạm Văn Hùng Phụ lục Kết tương đồng sản phẩm PCR với gen IHHNV khác Với phần gen IHHNV-VN Với gen IHHNV khác - gg - Nghiên cứu virus HHNV (Infectious Hypodermal and Haematopoietic Necrosis Virus) tôm sú Penaeus monodon Việt Nam – Luận án tiến sĩ, chuyên ngành vi sinh, 2013 Phụ lục Phạm Văn Hùng Phụ lục Kết chi tiết so sánh liên phòng - hh - Nghiên cứu virus HHNV (Infectious Hypodermal and Haematopoietic Necrosis Virus) tôm sú Penaeus monodon Việt Nam – Luận án tiến sĩ, chuyên ngành vi sinh, 2013 Phụ lục Phạm Văn Hùng Phụ lục 10 Vị trí thu thập mẫu tôm sú nuôi phân tích IHHNV Khu vực Bắc Bộ Tỉnh Quảng Ninh Tên vùng nuôi Sản lượng Yên Hưng 1/QN/01 Tiên Yên 1/QN/02 Tiên Lãng 1/HP/05 1347 300 350 1997 900 600 1500 750 1000 1750 250 390 170 170 150 1130 400 100 500 217 125 105 1447 Cộng Thái Bình Tiền Hải 1/TB/01 Thái Thụy 1/TB/02 Cộng Nam Định Nghĩa Hưng 1/NĐ/01 Giao Thủy 1/NĐ/02 Cộng Thanh Hóa Quảng Xương 1/TH/01 Hoằng Hoá 1/TH/02 Tĩnh Gia 1/TH/03 Hậu Lộc 1/TH/04 Nga Sơn 1/TH/05 Cộng Nghệ an Quỳnh Lưu (1/NA/01) Vinh (1/NA/04) Cộng Hà Tĩnh Kỳ Anh 1/HT/01 Thạch Hà 1/HT/02 T.P Hà Tĩnh 1/HT/05 Cộng Tổng cộng Trung Bộ Tỉnh Tên vùng nuôi Quảng Trị Triệu Phong 2/QTI/01 Vĩnh Linh 2/QTI/02 Gio Linh 2/QTI/03 Đông Hà 2/QTI/04 Sản lượng 350 400 150 100 1000 Cộng Thừa Thiên Huế Quảng Điền 2/HUE/01 800 Phú Vang 2/HUE/02 Phú Lộc 2/HUE/03 Hương Trà 2/HUE/04 Quy Nhơn 2/BDH/01 1560 900 200 3460 150 Tuy Phước 2/BDH/02 752 Cộng Bình Định Phù Mỹ 2/BDH/04 182,4 Số vùng lấy mẫu 1 1 1 1 1 Số điểm lấy mẫu 4 Số mẫu lấy 1 2 2 1 1 26 Số mẫu lấy 3 1 14 3 - ii - Nghiên cứu virus HHNV (Infectious Hypodermal and Haematopoietic Necrosis Virus) tôm sú Penaeus monodon Việt Nam – Luận án tiến sĩ, chuyên ngành vi sinh, 2013 Phụ lục Phạm Văn Hùng 16 12 4 45 Cần Giờ 4/HCM/01 Phước Bửu 4/VTU/01 Bà Rịa - Vũng TP Vũng Tàu 4/VTU/02 Tàu TX Bà Rịa 4/VTU/03 Cộng Gò Công Đông 4/TGG/01 Tân Phú Đông 4/TGG/02 Tiền Giang Thị xã Gò Công 4/TGG/03 Gò Công Tây 4/TGG/04 Cộng Cần Giuộc 4/LAN/01 Cần Đước 4/LAN/02 Long An Châu Thành 4/LAN/03 Tân Trụ 4/LAN/04 Số điểm lấy mẫu 2.966 200 630 400 1.230 1.028 4.926 958 207 7.119 1.003 1.044 836 272 Số mẫu lấy 3 6 3 18 6 3 Cộng 3.155 Khánh Hòa Cộng Ninh Thuận Cộng Tổng cộng 902 1067 32 88 213 1400 321 321 7.083 Ninh Hòa 3/KH/02 Nha Trang 3/KH/03 Cam Lâm 3/KH/04 Cam Ranh 3/KH/05 Đầm Nại 3/NT/01 Khu vực Nam Bộ Tỉnh Tên vùng nuôi Sản lượng Tp.HCM Bến Tre Ba Tri 4/BTE/01 Bình Đại 4/BTE/02 Thạnh Phú 4/BTE/03 2.262 7.375 1.000 10.637 27.500 15.309 1.400 5.200 49.409 11.500 Cộng Sóc Trăng Vĩnh Châu 5/ST/01 Mỹ Xuyên 5/ST/03 Cù Lao Dung 5/ST/04 Trần Đề 5/ST/07 Cộng Bạc Liêu Tp.Bạc Liêu 5/BL/01 Vĩnh Lợi- Hòa Bình 5/BL/02 Đông Hải 5/BL/03 Giá Rai 5/BL/04 Phước Long-Hồng Dân 18 4 13 15 33 12 14.500 22.550 6.350 12.350 - jj - Nghiên cứu virus HHNV (Infectious Hypodermal and Haematopoietic Necrosis Virus) tôm sú Penaeus monodon Việt Nam – Luận án tiến sĩ, chuyên ngành vi sinh, 2013 Phụ lục Phạm Văn Hùng 5/BL/05 Cộng Cà Mau 67.250 70.922 Đầm Dơi 5/CM/01 Cái Nước-Phú Tân 5/CM/02 Ngọc Hiển-Năm Căn 5/CM/03 Trần Văn Thời 5/CM/04 Tp.Cà Mau 5/CM/05 Cộng Kiên Giang Kiên Lương 6/KG/01 An Minh 6/KG/02 Vĩnh Thuận 6/KG/03 Cộng Trà Vinh Duyên Hải 6/TV/01 Trà Cú 6/TV/02 Châu Thành 6/TV/03 Cộng Tổng cộng 36 15 13.075 11.258 3.401 4.565 103.221 13.350 15.604 12.400 41.354 19.660 800 1.250 21.710 308.051 6 42 15 15 39 15 22 236 4 37 - kk - Nghiên cứu virus HHNV (Infectious Hypodermal and Haematopoietic Necrosis Virus) tôm sú Penaeus monodon Việt Nam – Luận án tiến sĩ, chuyên ngành vi sinh, 2013 [...]... án tiến sĩ, chuyên ngành vi sinh, 2013 Mở đầu Phạm Văn Hùng nuôi tại Việt Nam − Kết quả so sánh giữa đại diện bộ gen IHHNV của Việt Nam với các đại diện IHHNV khác trên thế giới trên cơ sở phân tích cấu trúc tương đồng của nhiều trình tự sinh học Mối quan hệ tiến hóa về mặt di truyền giữa đại diện bộ gen IHHNV của Việt Nam với các đại diện IHHNV khác − Phương pháp phát hiện IHHNV bằng kỹ thuật PCR... thực nghiệm cảm nhiễm − Mức độ phổ biến của IHHNV trong các quần thể tôm sú nuôi tại Việt Nam 6 Ý nghĩa của việc thực hiện đề tài Với các nội dung thực hiện và những đóng góp mới của luận án, nhóm nghiên cứu cho rằng đề tài sẽ đóng góp một phần kiến thức cho khoa học và mang lại một số lợi ích sau đây: − Thông tin khoa học về trình tự, cấu trúc và chức năng của bộ gen, thời gian xâm nhiễm, triệu chứng... monodon tại Việt Nam – Luận án tiến sĩ, chuyên ngành vi sinh, 2013 Mở đầu Phạm Văn Hùng 2 Mục tiêu nghiên cứu Mục tiêu của đề tài là nghiên cứu sâu về IHHNV trên tôm sú tại Việt Nam nhằm cung cấp thông tin khoa học có giá trị để tìm kiếm giải pháp hạn chế tác hại của IHHNV, góp phần vào việc phát triển ngành nuôi tôm sú một cách bền vững 3 Nội dung nghiên cứu Để đạt được mục tiêu của đề tài, những... trong các sợi thần kinh ngoại biên của phụ bộ Hạch thần kinh Các tế bào hỗ trợ trong hạch mắt và dây thần kinh bụng Các hạch tạo máu ở Ở các hạch tạo máu hiện diện dọc theo động mạch chủ thượng vị trước ở lưng Hạch tạo máu ở chân Ở các hạch tạo máu trong chân hàm thứ 2 và thứ 3 hàm Tuyến râu Ở các tế bào biểu mô thuộc các ống nhỏ của tuyến râu Biểu bì Ở biểu mô, biểu bì Ruột trước Biểu mô biểu bì và các. .. trên tôm sú Penaeus monodon tại Việt Nam – Luận án tiến sĩ, chuyên ngành vi sinh, 2013 Danh mục các hình Phạm Văn Hùng Hình 3.8 Vùng lỏi (hộp TATA, hộp Inr và DPE) của các promoter 77 Hình 3.9 Sơ đồ minh họa các vị trí chức năng trên một phần bộ gen IHHNV 78 Hình 3.10 Trình tự a.a của protein khởi đầu sao chép I và II .79 Hình 3.11 Cây phát sinh chủng loài giữa các đại diện IHHNV, dạng không... IHHNV của Việt Nam với các đại diện trên thế giới 3 Xây dựng phương pháp phát hiện IHHNV bằng kỹ thuật PCR 4 Xác định thời gian xâm nhiễm, triệu chứng bệnh lý bệnh hoại tử cơ quan tạo máu và cơ quan tạo biểu mô khi tôm sú bị phơi nhiễm với IHHNV 5 Nghiên cứu mức độ phổ biến của IHHNV trên tôm sú nuôi tại Việt Nam 4 Đối tượng và phạm vi nghiên cứu Đối tượng nghiên cứu là IHHNV trên tôm sú tại Việt Nam, ... mới của luận án Việc triển khai đề tài nghiên cứu virus gây bệnh hoại tử cơ quan tạo máu và cơ quan tạo biểu mô trên tôm sú ở Việt Nam là hết sức có ý nghĩa,luận án đóng góp những điểm mới như sau: − Trình tự, cấu trúc và các vùng chức năng của bộ gen IHHNV phân lập trên tôm sú -3Nghiên cứu virus IHHNV (Infectious Hypodermal and Haematopoietic Necrosis Virus) trên tôm sú Penaeus monodon tại Việt Nam. .. với ngành nuôi tôm tại Việt Nam Việt Nam là quốc gia mà ngành nuôi và chế biến thủy sản nói chung và tôm nuôi nói riêng chiếm tỷ trọng đáng kể trong cơ cấu hàng hoá xuất khẩu cũng như tiêu thụ nội địa Theo thống kê của Tổng cục Thủy sản, Bộ Nông nghiệp và Phát -9Nghiên cứu virus IHHNV (Infectious Hypodermal and Haematopoietic Necrosis Virus) trên tôm sú Penaeus monodon tại Việt Nam – Luận án tiến sĩ,... gen của tôm sú P monodon tương đồng với IHHNV [56] 1.2.3 Đặc điểm bộ gen IHHNV và chức năng của các protein Bộ gen IHHNV phân lập trên tôm P stylirostris tại Hawaii (2000) đã được Poulos và cộng sự giải trình tự và đăng ký trên Ngân hàng gen vào năm 2009 với mã số AF218266.2 Bộ gen AF218266.2 có kích thước 3909 bp, có ít nhất 3 khung đọc mở (ORF) chính đã được phát hiện trong bộ gen này Cả 3 ORF chính. .. lây lan và kiểm soát IHHNV − Các kết quả nghiên cứu của đề tài sẽ là nguồn tài liệu tham khảo có giá trị cho công tác giảng dạy và nghiên cứu -4Nghiên cứu virus IHHNV (Infectious Hypodermal and Haematopoietic Necrosis Virus) trên tôm sú Penaeus monodon tại Việt Nam – Luận án tiến sĩ, chuyên ngành vi sinh, 2013 Chương 1 Tổng quan tài liệu Phạm Văn Hùng CHƯƠNG 1 TỔNG QUAN TÀI LIỆU -5Nghiên cứu virus