Khảo sát tình hình đề kháng kháng sinh của vi khuẩn Escherichia coli phân lập tại Bệnh viện Nhi Đồng 1 từ 10 2013 đến 03 2014

B GIÁO D IH CM ÀO T O Tp HCM KHĨA CƠNG NGH SINH H C BÁO CÁO KHĨA LU N T T NGHI P TÀI: KH KHÁNG KHÁNG SINH C A VI KHU N ESCHERICHIA COLI PHÂN L P T I B NH VI NG T 10/2013 N 03/2014 NGÀNH VI SINH - SINH H C PHÂN T GVHD: ThS Bs LÊ QU C TH NH SVTT: PHAN TH KIM H NG MSSV: 1053010260 NIÊN KHÓA: 2010 Tp.H Chí Minh, tháng 5, 2014 2014 Báo cáo khóa lu n t t nghi p GVHH: Ths.Bs Lê Qu c Th nh SVTT: Phan Th Kim H ng MSSV: 1053010260 KH KHÁNG KHÁNG SINH C A VI KHU N ESCHERICHIA COLI PHÂN L P T I B NH VI NG T 10/2013 N 03/2014 SVTT: Phan Th Kim H ng MSSV:1053010260 Báo cáo khóa lu n t t nghi p GVHH: Ths.Bs Lê Qu c Th nh L IC M u tiên, em xin g i l i c Qu c Th nh Th n ThS.Bs Lê ng t nh ng ki n th ng d n cho em em hồn thành t t báo cáo khóa lu n t t nghi p Em xin g i l i c n cô, chú, anh, ch khoa Vi sinh - B nh vi th c ti p truy t ki n ng d n em su t th i gian th c hi n khóa lu n t t nghi p Em xin chân thành bi n s t n tình d y d , truy n t chia s nh ng ki n th c b ích c a t t c quý th y cô, anh, ch khóa b n khoa Cơng ngh sinh h i h c M Tp.HCM L ic c nh t, em xin g cha, m viên t o m n gia sinh thành nuôi d y em, sát cánh u ki n t t nh ng em h c t p hoàn thành t t khóa lu n t t nghi p c a TP H Chí Minh, ngày 10 tháng 05 Sinh viên Phan Th Kim H ng SVTT: Phan Th Kim H ng MSSV:1053010260 Báo cáo khóa lu n t t nghi p GVHH: Ths.Bs Lê Qu c Th nh DANH M C VI T T T Ch / thu t ng : Vk: vi khu n Vsv: vi sinh v t CFU: t i v i vi khu n s ng) NCCLS: National Committee for Clinical Laboratory Standards ng SAU: ng Staphylococcus aureus R: kháng) S: Susceptible (nh y c m) I: Intermediate (trung gian) N: s ng ESBLs: Extended spectrum beta-lactamase Ks: kháng sinh ANSORP : M gây b i giám sát c a châu Á v s kháng thu c c a vi khu n ng g p KONSAR : M i giám sát qu c gia v kháng thu c c a Hàn Qu c TEM: Temoniera SHV: Sulfhydryl variable OXA: Oxacillinase SVTT: Phan Th Kim H ng MSSV:1053010260 Báo cáo khóa lu n t t nghi p GVHH: Ths.Bs Lê Qu c Th nh Kháng sinh AMP: Ampicillin CXM: Cefuroxime CHL: Chloramphenicol CIP: Ciprofloxacin GM: Gentamycin IMP: Imipenem MP: Meropenem TCC: Ticarcillin/Clavulanic acid POL (PB): Polimyxin B FEP: Cefepime ATM: Aztreonam CPD: Cefpodoxime CTX: Cefotaxime CAZ: Ceftazidime CCTX: Cefotaxime/Clavulanic acid CCAZ: Ceftazidime /Clavulanic acid NOR: Norfloxacin NAL: Nalidixic acid NIT: Nitrofurantoin Khoa: 1AB: Khoa ngo i t ng h p 1CD: Khoa n i t ng quát 1I: Khoa nhi m 2AB: Khoa ph ng, ch nh hình 2CD: Khoa n i t ng quát 2I: Khoa Th n 3B: Khoa tim m ch 3CD: Khoa hô h p 3I: Khoa s t xu t huy t + huy t h c CC: Khoa c p c u HSN: Khoa h i s c ngo i SVTT: Phan Th Kim H ng MSSV:1053010260 Báo cáo khóa lu n t t nghi p GVHH: Ths.Bs Lê Qu c Th nh ICU: Khoa h i s ng NC: Khoa ngo i ch n NICU: Khoa h i s RHM: t SS: TH: Khoa tiêu hóa ng: BA: Blood agar MC: MacConkey agar SS: Shigella Salmonella Agar MHA: Mueller Hinton Agar KIA: BHI: Brain Heart Infusin CA: Chocolate agar Vi khu n: E coli: Escherichia coli EPEC: Enteropathogenic Escherichia coli ETEC: Enteroxigenic Escherichia coli EIEC: Entero invasive Escherichia coli EAEC: Enteroadherent E.coli EHEC: Enterohemorrhagic E.coli Kpn: Klebsiella pneumonia SVTT: Phan Th Kim H ng MSSV:1053010260 Báo cáo khóa lu n t t nghi p GVHH: Ths.Bs Lê Qu c Th nh DANH M C CÁC B NG B ng 2.1 .33 B ng 2.2 ng nuôi c y phân l p .37 B ng 2.3 B ng tr c nghi B ng 2.4 Tiêu chu nh danh tr c khu n Gram âm .40 ng kính vịng vơ khu n c a vi khu B ng T l vi khu n phân l ng ru t .46 c 49 B ng 3.1 T l vi khu n E.coli phân l c theo b nh ph m (N=242) 50 B ng 3.2 T l vi khu n E.coli phân l u tr (N=242) 51 B ng 3.3 T l vi khu n E.coli phân l c theo tu i (N=242) 52 B ng 3.4 T l vi khu n E.coli phân l c theo gi i tính (N=242) 54 B ng 3.5 T l kháng kháng sinh c a vi khu n E.coli 55 B ng 3.6 T l vi khu n E.coli sinh men betalactamase th nghi m sàn l c (N=242) .57 B ng 3.7 T l vi khu n E.coli sinh men betalactamase th nghi m kh nh (N=242) .57 SVTT: Phan Th Kim H ng MSSV:1053010260 Báo cáo khóa lu n t t nghi p GVHH: Ths.Bs Lê Qu c Th nh DANH M C CÁC HÌNH Hình C u t o vi khu n E.coli Hình 1.1 a)Vi khu n Escherichia coli n vi b) Khu n l c vi khu n E.coli phân l Hình n t n vi ng CA 23 Hình 2.1 Khu n l c vi khu n Escherichia coli CA 23 Hình 2.2 ng MC 24 Hình 2.3 Lactose (+/- ng MC 24 Hình 2.4 Khu n l c vi khu n Escherichia coli t Hình 2.5 ng MHA 25 Hình 2.6 Th Hình 2.7 ng MHA 25 ng SS 26 Hình 2.8 Escherichia coli m Hình 2.9 ng MC 24 ng SS 26 ng BA 26 Hình 10 Khu n l c vi khu n Escherichia coli m Hình 2.11 Các ki u tiêu huy ng BA 26 ng BA 27 Hình 2.12 K t qu th nghi m KIA 28 Hình 2.13 K t qu th nghi Hình 2.14 K t qu th ng Simmon s Citrat 29 ng 30 Hình 2.15 K t qu th nghi m Indol 31 Hình 2.16 Thu c th Kowac 31 Hình 2.17 K t qu th Oxidase 32 Hình 2.18 Thu c th Oxidase 32 Hình 2.19 Các lo i kháng sinh th nghi 34 Hình 2.20 Các lo i kháng sinh th nghi m ESBLs 34 Hình 2.21 B thu c nhu m Gram nhu m phân 42 Hình 2.22 K t qu nhu m Gram c a B- C+ 44 Hình 2.23 T bào bi u mô 44 Hình 2.24 T bào b ch c u 44 Hình 3.1 T XII SVTT: Phan Th Kim H ng MSSV:1053010260 Báo cáo khóa lu n t t nghi p GVHH: Ths.Bs Lê Qu c Th nh Hình 3.2 T c s d ng XII Hình 3.3 T m 5% CO2, 370C XIII Hình 3.4 Máy ly tâm XIII Hình 3.5 Máy Vorter XIV Hình 3.6 T m 370C XIV Hình 3.7 T c y máu Bactec XV Hình 3.8 Các d ng l d ng m u XVI Hình 3.9 T l nh XVI Hình 3.10 K t qu th nghi Hình 3.11 Khu n l c E.coli lo c a E.coli XVII ng khác XVIII Hình 3.12 K t qu test sinh hóa c a E.coli XIX SVTT: Phan Th Kim H ng MSSV:1053010260 Báo cáo khóa lu n t t nghi p GVHH: Ths.Bs Lê Qu c Th nh DANH M C CÁC BI Bi T l vi khu n phân l c 49 Bi 3.1 T l vi khu n E.coli phân l c theo lo i b nh ph m (N=242) 50 Bi 3.2 T l vi khu n E.coli phân l u tr (N=242) 52 Bi 3.3 T l vi khu n E.coli phân l c theo tu i (N=242) 53 Bi 3.4 T l vi khu n E.coli phân l c theo gi i tính (N=242) 54 Bi 3.5 T l kháng kháng sinh c a vi khu n E.coli phân l c th i gian kh o sát 56 Bi 3.6 T l vi khu n E.coli sinh men betalactamase th nghi m sàn l c (N=242) 57 Bi 3.7 T l vi khu n E.coli sinh men betalactamase th nghi m kh ng nh (N=242) 58 SVTT: Phan Th Kim H ng MSSV:1053010260 Báo cáo khóa lu n t t nghi p Cách pha ch : Chu n b n Chu n b thành ph n c GVHH: Ths.Bs Lê Qu c Th nh d ng c : hoá ch u, cân, pipet, n pha ch ng cho vào n u ch nh pH 7,2- 7,4 Nh ti p 0,6 ml l a, khu u cho tan ch t trung tính (neatral red)1%, khu Phân ph i vào bình c u, h p 1100 u ngu i 500 ng simmon s citrat Sodium citrat 2g K2HPO4 1g MgSO4 0,2g Bromthymol blue 0,08g NaCl 5g NH4H2PO4 1g Agar 18g H p kh trùng 1210C (atm)/ 15 20 phút ng Samonella Shigella (SS) Cơng th c: Cao th t bị 5g Lactose 10g Mu i m t 8,5g Sodium citrate 8,5g Sodium thiosulfat 8,5g Firric citrate 1g Agar 13,5g Brilliant agar 0,33g Neutral red 0,025g u ch : Cân 60 gram b cc u r i ch nh ngu i 50 0C, phân ph i h p petri vô khu n, ch vào t 370C Hôm sau l y lo i tr h p b nhi m Thu c nhu m: ng BHI SVTT: Phan Th Kim H ng MSSV:1053010260 V Báo cáo khóa lu n t t nghi p GVHH: Ths.Bs Lê Qu c Th nh Calf brain 200gam Beef heart 250 gam Peptone 10 gam NaCl gam Disudium phosphat (Na2HPO4) 2,5 gam Dextroe gam pH = 7,4 u ch : c H p kh trùng 1210C 15 phút Crystal violet (C25H30N3Cl 9H20 = 570,11): Công th c: 1) Crystal violet 0,4g C n 960 110ml 2) Phenol 1g cc t 100ml Cách pha ch : tr n hai dung d ch a b v i nhau, khu y cho ur c Dung d ch thu c nhu m b o qu n chai màu, tránh ánh sáng Lugol Công th c: KI 2g Indol tinh th 1g cc t 100ml Cách pha m cc cv ndol, ch cho indol tan h t 300 Fuchsine ki m (C19H18N3Cl = 323,82) a) Fuchsine ki m 0,3g C n 96% b) Phenol SVTT: Phan Th Kim H ng MSSV:1053010260 10ml 5g VI Báo cáo khóa lu n t t nghi p GVHH: Ths.Bs Lê Qu c Th nh cc t 35ml Tr n dung d ch a b v i nhau, khu ur i c B o qu n chai màu Safranin O (C20H19N4Cl = 350,80) Safranin O (dung d ch 2,5% c n 96%) 25ml N 75ml cc t Methylene blue (C37H27N2Sna2 = 799,80) Công th c: a) Methylen blue 3g C n 96% 30ml b) Dung d ch KOH 0.01% 1000ml Cách pha: tr n hai dung d ch v c.b o qu n chai màu Thu c th Công th c: P dimetiaminobenzealdehit u amilic hay butilic c 5g 75ml 25ml quy trình xét nghi SVTT: Phan Th Kim H ng MSSV:1053010260 i v i lo i m u b nh ph m [23] VII Báo cáo khóa lu n t t nghi p GVHH: Ths.Bs Lê Qu c Th nh quy trình c y máu Ch nh c y máu Nh n b nh ph m T ch i m u, vi t báo cáo s Thông tin Không c n thi t t Báo âm T Bactec Kh o sát tr c ti p, c y C y chuy n ki m tra BA Không Vi khu n m c Ki m tra k t qu C nh danh t Không qu Tr k t qu SVTT: Phan Th Kim H ng MSSV:1053010260 VIII Báo cáo khóa lu n t t nghi p GVHH: Ths.Bs Lê Qu c Th nh quy trình c y d : Ch nh c y Nh n b nh ph m T ch i m u, vi t báo cáo s c Thông tin c n thi t t t Kh o sát tr c Không ti p ngh l y l i b nh Ni c y phân l p ó Có Khơng Vi khu n m c t qu Tr k t qu SVTT: Phan Th Kim H ng MSSV:1053010260 IX Báo cáo khóa lu n t t nghi p GVHH: Ths.Bs Lê Qu c Th nh quy trình c y phân Ch nh c y Nh n b nh ph m T ch i m u, vi t báo cáo s c Thông tin c n thi t t t Kh o sát tr c ti p, Nuôi c y phân l p Không m c TK (-) Vi khu n m c Nghi ng Ecoli, BC (+) < tu i nh danh nh danh sal /shi t qu Tr k t qu SVTT: Phan Th Kim H ng MSSV:1053010260 X Báo cáo khóa lu n t t nghi p quy trình c GVHH: Ths.Bs Lê Qu c Th nh c ti u: Ch nh c c ti u Nh n b nh ph m T ch i m u, vi t báo cáo s c Thông tin c n thi t t t Nuôi c y phân l p Vi khu n m c Không /