nhóm 22 btth

Kết quả thiết kế và khảo sát primer bằng In silico PCR Amplication...22.1.1.. Kiểm tra độ đặc hiệu 3 cặp primer trên In silico PCR Amplification...32.2.. Kết quả kiểm tra primer bằng In

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH

KHOA KHOA HỌC SINH HỌC

BÁO CÁO BÀI TẬP THỰC HÀNH

MÔN: SINH TIN HỌC

Ngành học : CÔNG NGHỆ SINH HỌC Sinh viên thực hiện : NHÓM 22

Niên khóa : 2020 – 2024

Tp Thủ Đức, 06/2024

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH

KHOA KHOA HỌC SINH HỌC

BÁO CÁO BÀI TẬP VỀ

NHÀ MÔN: SINH TIN HỌC

Giáo viên hướng dẫn PGS.TS NGUYỄN BẢO QUỐC

Danh sách thành viên nhóm 22

Tp Thủ Đức, 06/2024 MỤC LỤC

Trang

MỤC LỤC i

DANH SÁCH CÁC HÌNH ii

DANH SÁCH CÁC BẢNG iii

CHƯƠNG 1 GIỚI THIỆU 1

1.1 Phương pháp thiết kế 1

1.2 Phần mềm và công cụ sử dụng 1

CHƯƠNG 2 Thiết kế Primer của Clostridium acidurici 2

2.1 Kết quả thiết kế và khảo sát primer bằng In silico PCR Amplication 2

2.1.1 Thiết kế primer 2

2.1.2 Kiểm tra độ đặc hiệu 3 cặp primer trên In silico PCR Amplification 3

2.2 Kết quả BLAST trình tự 6

2.3 Kết quả giải trình tự 6

2.3.1 Kết quả giải trình tự sản phẩm PCR với cặp primer 1 6

2.3.2 Kết quả giải trình tự sản phẩm PCR với cặp primer 2 7

2.3.2 Kết quả giải trình tự sản phẩm PCR với cặp primer 3 7

DANH SÁCH CÁC HÌNH

Hình 2.1 Thiết kế primer bằng Primer3Plus (cặp 1) 2

Hình 2.2 Thiết kế primer bằng Primer3Plus (cặp 2) 3

Hình 2.3 Thiết kế primer bằng Primer3Plus (cặp 3) 3

Hình 2.4 Kết quả kiểm tra primer bằng In silico PCR Amplification (cặp 1) 4

7

ii

DANH SÁCH CÁC BẢNG

Bảng 2.1 Thông số các Primer được thiết kế 1

iii

CHƯƠNG 1 GIỚI THIỆU

1.1 Phương pháp thiết kế

Thiết kế primer bằng phần mềm Primer3Plus (https://www.primer3plus.com/) Các đoạn trình tự sau khi được thiết kế sẽ tiến hành kiểm tra và khảo sát để đảm bảo rằng primer được thiết kế là đủ đặc hiệu bằng phần mềm In silico PCR Amplification (http://insilico.ehu.es/PCR/) hoặc bằng BLAST primer trên trang web NCBI

(https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?CMD=Web&PAGETYPE=BLASTHome)

1.2 Phần mềm và công cụ sử dụng

Các phần mềm và công cụ sử dụng để thiết kế primer bao gồm: trang web NCBI, phần mềm Primer3Plus và phầ mềm In silico PCR Amplification

CHƯƠNG 2 Thiết kế Primer của Clostridium acidurici

2.1 Kết quả thiết kế và khảo sát primer bằng In silico PCR Amplication

2.1.1 Thiết kế primer

Để có thể thiết kế primer, ta cần tìm vi sinh vật có trình tự của Clostridium acidurici ,

primer thiết kế phải lớn hơn 200 base và chọn protein có kích thước từ 90-150 aa

Bảng 2.1 Thông số các Primer được thiết kế

™

Kích thước 1

F:AGGTAAACATAGCTGGAAAACC C

R: AACAGATCCAGCGGCACTAT

58.66

R:AATCCTTCGCATGCACTCAG

58.39

3 F:TGTTGAAGGTAGTGGACAGGTR:TGCATACTCCACCTCTACTACC 58.6058.44 659 bp

Sử dụng phần mềm Primer3Plus để thiết kế ra được 3 cặp primer cho vi khuẩn mục tiêu

Hình 2.2 Thiết kế primer bằng phần mềm Primer3Plus (cặp 2)

Hình 2.1 Thiết kế primer bằng Primer3Plus (cặp 1)

Hình 2.3 Thiết kế primer bằng phần mềm Primer3Plus (cặp 3)

2.1.2 Kiểm tra độ đặc hiệu 3 cặp primer trên In silico PCR Amplification

Sau khi thiết kế primer, ta tiến hành kiểm tra độ đặc hiệu của primer với loài

Clostridium acidurici trên phần mềm In silico PCR Amplification

Hình 2.4 Kết quả kiểm tra primer bằng In silico PCR Amplification (cặp 1)

Kết quả kiểm tra trình tự cặp primer phát hiện đặc hiệu Clostridium acidurici cho thấy chỉ xuất hiện 1 băng có kích thước là 695 bp ở loài Clostridium acidurici và

không xuất hiện ở loài Clostridium khác nên cặp mồi là đặc hiệu cho Clostridium

acidurici Vì số lượng quá lớn nên chỉ lấy hình ảnh tại vị trí số 4 là Clostridium

acidurici (Hình 2.4)

Hình 2.5 Kết quả kiểm tra primer bằng In silico PCR Amplification (cặp 2)

Tương tự, kết quả kiểm tra trình tự cặp primer phát hiện đặc hiệu Clostridium

acidurici cho thấy chỉ xuất hiện 1 băng có kích thước là 519 bp ở loài Clostridium acidurici và không xuất hiện ở loài Clostridium khác nên cặp mồi là đặc hiệu cho Clostridium acidurici ,vì kích thước hình quá dài nên cũng tiến hành cắt bớt chỉ lấy

đoạn cho băng tại cột có số thứ tự 4 (Hình 2.5)

Kết quả kiểm tra trình tự cặp primer phát hiện đặc hiệu Clostridium acidurici cho

thấy chỉ xuất hiện 1 băng có kích thước là 659 bp ở loài Clostridium acidurici và không xuất hiện ở loài Clostridium khác nên cặp mồi là đặc hiệu cho Clostridium

acidurici ,vì kích thước hình quá dài nên cũng tiến hành cắt bớt chỉ lấy đoạn cho băng

tại cột có số thứ tự 4 (Hình 2.6)

Hình 2.7 Kết quả BLAST trình tự cặp 1 Hình 2.6 Kết quả kiểm tra primer bằng In silico PCR Amplification (cặp 3).

2.2 Kết quả BLAST trình tự

Hình 2.8 Kết quả BLAST trình tự cặp 2

Hình 2.9 Kết quả BLAST trình tự cặp 3 2.3 Kết quả giải trình tự

2.3.1 Kết quả giải trình tự sản phẩm PCR với cặp primer 1

>NC_018664, from 585495 to 586189 (695 bp); Clostridium acidurici 9a

AACAGATCCAGCGGCACTATCCATTACAGAGTATTCCTCTGCTGATGAAAC AGGATAAAACTTAGTTTCTTTAGTTCTCATGTTTACTAATACAAAACCTAT GTTAGACTCATCAGATATAACTGAAGTTATACCAGTATATAGATATATATC TTCATCTATAGATAAATAGTTATATCCTTCAGTAGGAACAGTAACTCCTTC

TTGTTTAAATTTTGAATTTAAGAAGCCATTTTGATACTTTCCATTATACTCT AATTGATCTAAAACTAAATCAGCTGAATATACCCTGTCAATCCAAGTTGGA ACATTCTCCTTATTATATTCTTCAATTTTTCCATTAGTAGCGTCTACTACAA GTAAAGATTTTAGATCCTTACCTCCAAATAAGCCTATCTTAGGTTCTAATA CTGAAACTATCCAGTATGGATTTCCTTTATCATCTATTTCAAAGTTTACATC TTCAAAAATATAAGTTGGATAAGCAAATCTTATATGTCTTAATATATCTCT CGAAAATTTGTCACTAAAAGAATATTTTATTGGCTTATCTAGTTTATTTAAA TTAGCTTCCTGAGTAACCATATCAACACTTATATAGTATGGTATACCTTTAT TCCTATTAGAAAACCATTTAAACAAGCTTGAATATTCTAAAGGAGAAACTC TTACGGGTTTTCCAGCTATGTTTACCT

2.3.2 Kết quả giải trình tự sản phẩm PCR với cặp primer 2

>NC_018664, from 130663 to 131181 (519 bp); Clostridium acidurici 9a

AATCCTTCGCATGCACTCAGGATGACATTTTTTATTCTATTGTTTTTTATAA TTTTGTGTAAAGATCCCTCAATTTTATATTCAAAATCAGGATTTAGTGTACT TACAAAAGCACCTATCCAAGCATGTCTTAAATCATACATAATATTAGCATC TACACCAACAGATCTCCAATAATCTATATGAAGACAGCTAACTTTTTCATA TTCTAATAAATCATCATTAGATTCAATTATCTTATTTACACTATCGCAAGGC ATACCATCAAGTATAAAATTATTTATAACTTTAAATATATCTTCTGGAGTA AAAGCTTGAACACTTTCTCTTGCTAAGTTTGCGTTCTTTATAGCATTTTCTA TATATACATCTTTGACAAGTTCAACTGCATCATTTTTATAAATATTAAATAA ATCAGCCAATATTCCTGCTTGCCTAGTTTCAGCAATGCTTATCTTATTTTGT AACCATCCATGTATATTATTTTGATCTATTATATCTTCTAGTGGAGCTTGTG GT

2.3.2 Kết quả giải trình tự sản phẩm PCR với cặp primer 3

NC_018664, from 43727 to 44385 (659 bp); Clostridium acidurici 9a

TGCATACTCCACCTCTACTACCTAGGAAAACATAAAATGTACCACTACTTC CTGTTGAGTTTTTTATTGGTAAATTTACTTCTAATTGTTGACCAAAATTACC TAGTAATGGATTTGGTACTCTGTTTTCATCGACAATCGTAACCATATCTTCA CCATAAAATGTGTCATCACCAGAGCCTATTGAATAAGCTTGTGGACCAGA AGAAGTTATATTTAATTCATTAAAGTAGAATGTAGTATAAAATGAATTACC AACTCCACGCTGATGACTACTTTGAGCAATTGCATAAGAATTTGCGCCACC AGAATTAGTATCATATGCTAAATCATAAAATACAGCTTTTGCAGGAGTAGA ACTTCCCCTTCTAGTAACGTTTGTTCTAGCAACTATTCCAAATACTCTTCCA TTTGCTACAGATTGTTGAAATAATGTACCATACCCATACGGTGCAATTGTA ATTGATTCTGATCGACTACCTAAGAAATATGACTTCCATGCTTCTGTATCA GGTTCACCTGAATTGTTAGTTAAACCCCTATTAGTAGAAGTTACTGTAATC TCAAAACTATTAGGATTATATATGAGTAAGCAAGAAGTGATTCTTCTACCT GTCTTATTAACATGCCATGTATATACCTGTCCACTACCTTCAACA