nhóm 22 btvn

Trang 1 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠOTRƯỜNG ĐẠI HỌC NƠNG LÂM THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINHKHOA KHOA HỌC SINH HỌCBÁO CÁO MÔN HỌCBÀI TẬP VỀ NHÀ SINH TIN HỌCNgành học: CÔNG NGHỆ SINH HỌCSinh viên thực hiệ

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH

KHOA KHOA HỌC SINH HỌC

BÁO CÁO MÔN HỌC

BÀI TẬP VỀ NHÀ SINH TIN HỌC

Ngành học : CÔNG NGHỆ SINH HỌC

Sinh viên thực hiện : NHÓM 22

Niên khóa : 2020 – 2024

TP Thủ Đức, 06/2024

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH

KHOA KHOA HỌC SINH HỌC

BÁO CÁO BÀI TẬP VỀ

NHÀ MÔN: SINH TIN HỌC

Giáo viên hướng dẫn PGS.TS NGUYỄN BẢO QUỐC

Danh sách thành viên nhóm 22

Huỳnh Thị Thuỳ Duyên 20126226 DH20SHD

TP Thủ Đức, 06/2024

MỤC LỤC

Trang

MỤC LỤC ii

DANH SÁCH CÁC HÌNH ii

DANH SÁCH CÁC BẢNG iii

BÀI 1 CHO BIẾT TÊN LOÀI CỦA CÁC ACCESSION NUMBER 1

1.1.Phương pháp 1

1.2.Kết quả 1

BÀI 2 BLAST VÀ XÁC ĐỊNH TÊN LOÀI CỦA MẪU 12.1 3

2.1 Vật liệu 3

2.2 Phương pháp 3

2.3 Kết quả 3

BÀI 3 XÂY DỰNG CÂY DI TRUYỀN ĐỂ KHẲNG ĐỊNH KẾT LUẬN LOÀI TỪ TRÌNH TỰ MẪU 12.1 5

3.1 Vật liệu 5

3.2 Phương pháp 5

3.3 Kết quả 5

3.4 Kết luận 8

i

DANH SÁCH CÁC HÌN

Hình 1.1 Giao diện NCBI 1

YHình 1.2 Các trình tự của accession number sau khi FASTA 2

7

Hình 3.5 Cây phân nhánh di truyền của 20 trình tự 8

ii

DANH SÁCH CÁC BẢNG

Bảng 1.1 Kết quả sau khi tra accession number 1

iii

BÀI 1 CHO BIẾT TÊN LOÀI CỦA CÁC ACCESSION

NUMBER

1.1 Phương pháp

Sử dụng NCBI để lấy tên loài của các accession number như sau: Vào trang web https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ → nhập accession number → nhấp vào seach → xuất hiện tên loài của accession number đã nhập

1.2 Kết quả

Bảng 1.1 Kết quả sau khi tra accession number

Hình 1.1 Giao diện NCBI

LN890068.1 Bacillus pseudomycoides

Các trình tự accession number sau khi FASTA sẽ lưu vào 1 file để phục vụ cho bài 3 vẽ phân nhánh cây di truyền

Hình 1.2 Các trình tự của accession number sau khi FASTA

BÀI 2 BLAST VÀ XÁC ĐỊNH TÊN LOÀI CỦA MẪU

12.1

2.1 Vật liệu

Mẫu 12.1 được cho sẵn

2.2 Phương pháp

Sử dụng phần mềm Chromas để mở trình tự mẫu 12.1, sau đó tiến hành cắt bỏ

20-30 nu ở đầu trình tự và 20-30-40 nu ở cuối trình tự Tiến hành BLAST mẫu đã chỉnh sửa trên NCBI

2.3 Kết quả

Trình tự mẫu 12.1 sau khi đã cắt 20 nu đầu trình tự và 40 nu cuối trình tự:

TCCGGATGTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGGTA

ACCTGCCTGTAAGACTGGGATAACTCCGGGAAACCGGAGCTAATACCGGA TAGTTCCTTGAACCGCATGGTTCAAGGATGAAAGACGGTTTCGGCTGTCAC TTACAGATGGACCCGCGGCGCATTAGCTAGTTGGTGAGGTAACGGCTCAC CAAGGCGACGATGCGTAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTGGGA CTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCG CAATGGACGAAAGTCTGACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAAGGTTTT CGGATCGTAAAGCTCTGTTGTTAGGGAAGAACAAGTGCAAGAGTAACTGC TTGCACCTTGACGGTACCTAACCAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAG CAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTGTCCGGAATTATTGGGCGT AAAGGGCTCGCAGGCGGTTTCTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCCCGGCTCA ACCGGGGAGGGTCATTGGAAACTGGGAAACTTGAGTGCAGAAGAGGAGA GTGGAATTCCACGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATGTGGAGGAACACC AGTGGCGAAGGCGACTCTCTGGTCTGTAACTGACGCTGAGGAGCGAAAGC GTGGGGAGCGAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGAT GAGTGCTAAGTGTTAGGGGGTTTCCGCCCCTTAGTGCTGCAGCTAACGCAT TAAGCACTCCGCCTGGGGAGTACGGTCGCAAGACTGAAACTCAAAGGAAT TGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAAC GCGAAGAACCTTACCAGGTCTTGACATCCTCTGACAACCCTAGAGATAGG GCTTTCCCTTCGGGGACAGACTGACAGGTGGTGCATGATTGTCGTCAGCTC TGGTCTGGAGATGTTGGGCTAAGTCCCGCAACAAGGGGAACCATTGATCTT ATTTGCCATCTTTTATTTGGGACTTCCAAAGGGGACTGCCCGGGGACTAAC CCGAAGGAAGGGGGGGGATGAACTCTCAACCATTTAGGCCCCTTAGGGAC CCGGGTCTAACACCTCGGTTTATATGTCATCACATATAATGGTTTGTACAA CCCCGAAGGGTTTCACCTCAACTCTCTAATATCGGGTCCTCTATCTTGAATC Kết quả sau khi BLAST trên NCBI:

Sau khi thực hiện BLAST ta thấy rằng trình tự mẫu 12.1 tương đồng với nhiều

loài thuộc chi Bacillus Vì vậy, chúng ta không thể xác định chính xác được tên loài thuộc chi Bacillus vì trình tự mẫu 12.1 đã cho có mức độ bao phủ, tương đồng với nhiều loài thuộc chi Bacillus với phần trăm query cover 93 phần trăm Vì thế có thể trình tự mẫu 12.1 là Bacillus.sp.

Hình 2.1 Kết quả sau khi BLAST

BÀI 3 XÂY DỰNG CÂY DI TRUYỀN ĐỂ KHẲNG ĐỊNH KẾT LUẬN LOÀI TỪ TRÌNH TỰ MẪU 12.1

3.1 Vật liệu

Mẫu trình tự 12.1 và các trình tự gene đã tìm được ở bài 1 đã lưu vào file

3.2 Phương pháp

Có thể sử dụng phần mềm BioEdit để đọc trình tự nucleic acid và dựng cây di truyền bằng phần mềm MEGA Software (MEGA11)

3.3 Kết quả

Chọn 200 – 300 nu, lưu lại, vẽ cây di truyền.

Hình 3.2 Cây di truyền được vẽ trên phần mềm MEGA11 Hình 3.1 Trình tự của 18 mẫu ở bài 1 và mẫu 12.1

Theo như kết quả ở Hình 3.3 thì mẫu MAU12.1, EU833948 thuộc loài khác mà

xếp chung nhóm với Bacillus nên thử thêm 1 trình tự mà MAU12.1 đã blast là

MF138116.1 để vẽ 1 cây di truyền mới để xem sự tương đồng

>MF138116.1 chủng Bacillus pumilus Gen RNA ribosome RB3 16S, trình tự một phần

Hình 3.3 Cây phân nhánh di truyền thể hiện mối quan hệ về sự tương đồng giữa các

trình tự với nhau

GGGTCATTGGAAACTGGGAAACTTGAGTGCAGAAGAGGAGAGTGGAATTC CACGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATGTGGAGGAACACCAGTGGCGAA GGCGACTCTCTGGTCTGTAACTGACGCTGAGGAGCGAAAGCGTGGGGGAG CGAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGTGCTA AGTGTTAGGGGGTTCCGCCCCTTAGTGCTGCAGCTAACGCATTAAGCACTC CGCCTGGGGAGTACGGTCGCAAGACTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGG CCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAAC CTTACCAGGTCTTGACATCCTCTGACAACCCTAGAGATAGGGCTTTCCCTT CGGGGACAGAGTGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGA GATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTGATCTTAGTTGCCAGC ATTTAGTTGGGCACTCTAAGGTGACTGCCGGTGACAAACCCGAGGAAAGG GGGGGATAAAGTCAAATATTCATGGCCCCTTATGAACCGGGGGGTACAAC CTTGGTTCAATGGGACGAAAAAAAAGGGTGGCGAAAACCCCCAGGTGTTT CAATCCCCCAAAATTGTTTTTATATTTTGGAAACCAATCTTGGCATCCTCAC CGCTGGGAAGTCGTGAAACCCTGGGAAATCCTGGGGACTAACACTCCGG

Hình 3.4 Trình tự của 18 mẫu và mẫu 12.1, trình tự MF138116.1

Hình 3.5 Cây phân nhánh di truyền của 20 trình tự

3.4 Kết luận

Với kết quả nhóm KT719573.1 và LN890068.1 , trong 1000 lần lặp lại 2 trình tự này tương đồng đến 100 phần trăm nên xếp chung 1 nhánh Trình tự mẫu với EU833918.1 vag MAU12.1 thuộc loài khác sẽ nằm riêng 1 nhánh

Trình tự mẫu 12.1 tương đồng 93% so với các loài trong chi Bacillus Như vậy, có thể nói

mẫu 12.1 là loài Bacillus sp Để có thể xác định chính xác là loài nào cần phải thực hiện các thí nghiệm sinh hoá, sinh học phân tử cụ thể