4 định trình tự chuỗi

ĐỊNH TRÌNH TỰ CHUỖI (DNA SEQUENCING) ThS Nguyễn Kim Thạch BM Hóa Sinh – Sinh Học Phân Tử Trường ĐH Y Khoa Phạm Ngọc Thạch E-mail: nguyenkimthach@pnt.edu.vn Định trình tự chuỗi DNA trình (kỹ thuật) xác định cụ thể trình tự nucleotide đoạn DNA quan tâm SEQ CĨ VAI TRỊ QUAN TRỌNG Nghiên cứu gen & gen GENOMICS HUMAN GENOME PROJECT 2003 > 30.000 GENES GENETICS SEQ CĨ VAI TRỊ QUAN TRỌNG Hỗ trợ kỹ thuật liên quan đến gen & protein RECOMBINANT DNA THUỐC VACCINE MONOCLONAL ANTIBODY SEQ CÓ VAI TRỊ QUAN TRỌNG Tham gia chẩn đốn biến đổi gen SNP ĐỘT BIẾN LIÊN QUAN ĐẾN MỘT / VÀI NUCLEOTIDE POLYMORPHISM INDIVIDUAL MEDICINE Các dạng đa hình gen Genome khảo cổ học • Sự phân hủy mẫu thu thập  mitDNA sequencing • Bộ genome nhân mẫu cổ vật: cave bear, mammoth, Neanderthal (106 bp ) XÁC ĐỊNH KIỂU GEN CỦA HPV HPV HPV TYPE 6, 11,… TYPE 16, 18,… CTC bình thường Ung thư CTC XÁC ĐỊNH ĐỘT BIẾN TRÊN BCR-ABL/CML XÁC ĐỊNH ĐỘT BIẾN TRÊN BCR-ABL/CML Natural History of HCV Infection Exposure (100) (Acute phase) 85% (85) Chronic 15% (15) Resolved 20% (12) Cirrhosis 80% (68) Stable 75% (9) Slowly progressive 25% (3) HCC Transplant Death Anti HCV (+) with liver function 120U/ml Võ Trọng Hải 2004 Genotype of HCV Molecular Testing for HCV RNA in Monitoring Therapy: PEG-IFN + R Testing Algorithm for Naïve Patients (2002 NIH Consensus Conference) Baseline Quantitative Test and Genotyping Test Week 12 Quantitative Test 2 log10 drop or undetectable HCV RNA (Qual Test) Genotype - 48 weeks of Therapy Genotype non-1 24 weeks of Therapy End-of-Treatment Qualitative Test Months follow up Qualitative Test HCV RNA (+) Non-Responder HCV RNA (+) Relapser HCV RNA (-) Sustained Responder The clean up PCR product (0.5) DTCS quick start mix (4l) + HCV sequencing primer (2pm) Sequencing PCR Ethanol precipitation CEQ 8000 sequencer Analysis Submit to HCV genotype blast Bio-edit Local blast HCV genotype Ethanol precipitation Các câu hỏi trắc nghiệm lượng giá Câu 1: Trong kỹ thuật giải trình tự DNA, dideoxynucleotide sử dụng nucleotide này: a Có thể phát quang b Có khả tham gia phản ứng kéo dài chuỗi hiệu c Cho phép rút ngắn thời gian thực kỹ thuật định trình tự chuỗi DNA d Tất e Tất sai Câu 2: Ý sau nói lên chất kỹ thuật định trình tự chuỗi DNA có sử dụng dideoxynucleotide: a Có hình thành đoạn DNA dựa khuôn mẫu đoạn DNA cần định trình tự b Các đoạn DNA tạo thành có kích thước khơng đồng c Đoạn mồi bắt cặp đặc hiệu nhờ diện dideoxynucleotide d Không cần thực trình điện di e Các đoạn DNA khuếch đại phát dễ dàng nhờ phát quang dideoxynucleotide Câu 3: Phương pháp giải trình tự DNA có ưu điểm chẩn đốn: a Đột biến điểm biết trước b Đột biến điểm trước c Đột biến đoạn biết trước d Đột biến trao đổi đoạn biết trước e Tất câu sai Câu 4: So với kỹ thuật PCR cổ điển, kỹ thuật định trình tự chuỗi dựa dideoxynucleotide khác biệt khía cạnh: a Khơng dùng DNA polymerase b Có thể trực tiếp làm việc mRNA c Chu trình nhiệt gồm chu kỳ d Chỉ dùng đoạn mồi e Tất sai Câu 5: Các đặc điểm kỹ thuật định trình tự chuỗi, trừ: a Thời gian thực nhanh b Tiêu chuẩn vàng chẩn đoán shpt c Định xác đột biến d Chi phí cao e Khơng dùng DNA polymerase