Phân bố genotype của human adenovirus ở bệnh nhi bị viêm phổi mắc phải cộng đồng.pdf

BỘ CÔNG THƢƠNG TRƢỜNG ĐẠI HỌC CÔNG NGHIỆP THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH TRẦN QUỐC VIỆT PHÂN BỐ GENOTYPE CỦA HUMAN ADENOVIRUS Ở BỆNH NHI BỊ VIÊM PHỔI MẮC PHẢI CỘNG ĐỒNG Ngành: CÔNG NGHỆ SINH HỌC Mã ngành: 8420201 LUẬN VĂN THẠC SĨ THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH, NĂM 2022 Cơng trình đƣợc hồn thành Trƣờng Đại học Cơng nghiệp TP Hồ Chí Minh Ngƣời hƣớng dẫn khoa học: TS Phạm Hùng Vân Luận v n thạc s đƣợc ảo vệ Hội đồng ch m ảo vệ Luận v n thạc s Trƣờng Đại học Công nghiệp thành phố Hồ Chí Minh ngày 16 tháng n m 2022 Thành phần Hội đồng đánh giá luận v n thạc s gồm: TS Nguyễn Thị Kim Anh - Chủ tịch Hội đồng TS Lao Đức Thuận - Phản iện TS Trần Thị Huyền - Phản iện TS Trần Quỳnh Hoa - Ủy viên TS Mai Bích Dung - Thƣ ký (Ghi rõ họ, tên, học hàm, học vị Hội đồng chấm bảo vệ luận văn thạc sĩ) CHỦ TỊCH HỘI ĐỒNG TRƢỞNG KHOA/VIỆN………… TS Nguyễn Thị Kim Anh BỘ CÔNG THƢƠNG CỘNG HÕA XÃ HỘI CHỦ NGHĨA VIỆT NAM TRƢỜNG ĐẠI HỌC CÔNG NGHIỆP Độc lập - Tự - Hạnh phúc THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH NHIỆM VỤ LUẬN VĂN THẠC SĨ Họ tên học viên: TRẦN QUỐC VIỆT MSHV: 19000201 Ngày, tháng, n m sinh: CNSH9A Nơi sinh: V nh Long Ngành: Công nghệ Sinh học Mã ngành: 8420201 I TÊN ĐỀ TÀI: Phân ố genotype human adenovirus ệnh nhi ị viêm phổi mắc phải cộng đồng NHIỆM VỤ VÀ NỘI DUNG: Nhiệm vụ:  Xác định tỷ lệ lƣu hành Human Adenovirus đối tƣợng ệnh nhi viêm phổi cộng đồng mắc phải  Xác định genotype tần xu t phân ố genotype HAdV nhằm giúp lâm sàng đánh giá nguy diễn iến tình trạng ệnh viêm phổi mắc phải liên quan đến kiểu gen đƣợc áo cáo Nội dung:  Xây dựng phƣơng pháp nghiên cứu  Thu thập mẫu tiến hành xử lý  Xác định tỷ lệ lƣu hành Adenovirus  Xử lý mẫu tiền ly trích  Thu nhận DNA tổng số từ mẫu thử  Thực phản ứng real – time PCR phát Adenovirus  Thống kê phân tích tỷ lệ dƣơng tính  Xác định phân ố kiểu gen Adenovirus  Khuếch đại trình tự vùng gen ảo tồn virus  Điện di kiểm tra sản phẩm khuếch đại gel Agarose  Tinh sản phẩm PCR  Thực phản ứng PCR sequencing  Thực điện di mao quản ghi nhận trình tự khuếch đại II NGÀY GIAO NHIỆM VỤ: Theo Quyết định số 1237/QĐ-ĐHCN ngày 29/9/2021 III NGÀY HOÀN THÀNH NHIỆM VỤ: 16/6/2022 IV NGƢỜI HƢỚNG DẪN KHOA HỌC: TS Phạm Hùng Vân Tp Hồ Chí Minh, ngày 29 tháng năm 2022 NGƢỜI HƢỚNG DẪN CHỦ NHIỆM BỘ MÔN ĐÀO TẠO (Họ tên chữ ký) (Họ tên chữ ký) TS.BS PHẠM HÙNG VÂN TRƢỞNG KHOA/VIỆN….……… LỜI CẢM ƠN Cảm ơn cha mẹ cho có đƣợc sống nhƣ ngày hơm Sau q trình học tập nghiên cứu dƣới hƣớng dẫn ảo TS.BS PHẠM HÙNG VÂN, tơi hồn thành luận v n tốt nghiệp với đề tài “Phân bố genotype human adenovirus bệnh nhi bị viêm phổi mắc phải cộng đồng” xin chân thành gửi lời cảm ơn đến Trƣớc tiên xin chân thành cảm ơn Thầy Phạm Hùng Vân tận tình hƣớng dẫn, truyền đạt kiến thức tạo điều kiện thuận lợi, giúp đỡ tơi suốt q trình thực đề tài Tôi xin cảm ơn quý Thầy Cô Viện công nghệ Sinh học Thực phẩm Trƣờng Đại học Công nghiệp TP HCM truyền đạt cho kiến thức đam mê khoa học suốt thời gian học tập trình làm luận v n thạc s Xin cảm ơn Ban giám đốc Công ty Nam Khoa giúp đỡ hỗ trợ vật ch t, thời gian tạo điều kiện để thực hoàn thành đề tài Đồng cảm ơn t t anh chị đồng nghiệp Công ty TNHH Dịch vụ Thƣơng mại Nam Khoa giúp đỡ suốt trình thực đề tài Cuối cùng, xin gửi lời cảm ơn đến vợ hai tơi ln ên cạnh động viên suốt thời gian qua Xin chân thành cảm ơn! Tp Hồ Chí Minh, ngày 29 tháng n m 2022 Trần Quốc Việt i TÓM TẮT LUẬN VĂN THẠC SĨ Virus Adeno (HAdVs) đƣợc iết đến tác nhân phổ iến gây ệnh hô h p từ nhẹ đến c p tính trẻ nhỏ Các kiểu gen HAdV kích thích tế theo hƣớng khác từ gây diễn iến lâm sàng phức tạp Trong kiểu gen HAdV liên quan viêm phổi, kiểu gen B (gồm HAdV-B7, -B3) kiểu gen C đƣợc xác nhận yếu tố nguy làm gia t ng tỷ lệ chuyển x u tử vong Chính xác định tỷ lệ nhiễm kiểu gen Adeno t t yếu việc giám sát dịch tễ, ghi nhận iến chủng nhƣ nắm rõ sinh lý ệnh học HAdV giúp cung c p thơng tin hữu ích cho việc ng n chặn điều trị ệnh Nghiên cứu đƣợc thực từ tháng 01 n m 2019 Đến tháng 12 n m 2020 mẫu trẻ em viêm phổi cộng đồng mắc phải từ ệnh viện nhi địa àn TP Hồ Chí Minh Mẫu quệt hầu họng, mẫu đàm dịch hô h p dƣới đƣợc sử dụng làm đối tƣợng thu nhận DNA tổng số, kỹ thuật Real-time PCR sử dụng đoạn dò thuỷ giải (Hydrolysis pro e) để ghi nhận tỷ lệ nhiễm trùng hô h p liên quan HAdV Trình tự vùng HVR (Hyper Variants Region) mã hoá proteion Hexon virus đƣợc ghi nhận thơng qua kỹ thuật Sanger Sequencing Kết trình tự gen đƣợc dùng để xác định kiểu genotype ằng cách đối chiếu với genotype HAdV từ ngân hàng liệu NCBI Kết nghiên cứu thu dung đƣợc 1230 mẫu thử, tỷ lệ dƣơng tính với Adeno đối tƣợng khảo sát đạt 7.44% (91/1223), tỷ lệ cao so với áo cáo quốc gia lận cận nhƣ khu vực Số ca nhiễm tập trung trẻ có độ tuổi dƣới tuổi chiếm 83.5%, tỷ lệ nhiễm nhóm đối tƣợng đạt 8.14%; lây nhiễm HAdV đƣợc ghi nhận có liên quan đến điều kiện khí hậu n m, chủ yếu vào mùa đông mùa xuân tỷ lệ nhiễm t ng dần từ tháng 11 đạt đỉnh vào tháng với 20.54%, không ghi nhận ca nhiễm suốt giai đoạn tháng – trùng thời điểm mùa khô miền Nam Kết xác định đƣợc genotype 70 mẫu dƣơng tính, ghi nhận ảy kiểu gen Adeno virus lƣu hành tƣơng ứng HAdV-B7, - B3, -C1, -C2, -C6, -D8 -F41 Kiểu gen lƣu hành chủ đạo đƣợc xác định HAdV-B7 (50.55%) HAdV-B3 (10.99%), theo sau kiểu gen C Kiểu gen HAdV-D8 HAdV-F41 kiểu gen đƣợc thu nhận đề tài ii ABSTRACT Human Adenovirus (HAdV) has been known as a common cause of childhood respiratory illness with vary clinical features from mild to severe pneumonia events Different types of HAdV display various tissue tropism, correlate with different clinical manifestation of infection Among the HAdV – associated respiratory disease, virus in species HAdV-B (HAdV-3, -7) and species HAdV-C are recognized as main factor tend to have higher case - fatality rates Therefore, determining the prevalence and types identification are critical to epidemiological surveillance, detection of new strains, and understanding of HAdV pathogenesis which provide useful information for preventing and treating HAdV’s infection A prospective study was conducted among children with community-acquired pneumonia (CAP) from pediatric hospitals in Ho Chi Minh City from January 2019 to December 2020 Respiratory tract included oropharyngeal specimen, gage specimen and lower respiratory fluid were used as subject for total DNA extraction, Real-time PCR was designed to detect virus-specific gene sequence using a hydrolysis probe to record the incidence of Adeno-associated respiratory infections The HVR sequences (Hyper Variants Region) encoding the viral Hexon protein was collect via Sanger Sequencing HAdV reference sequences on NCBI database helped to classified genotype In the study, HAdV account for 7.44% (91/1223) of CAP in hospitalized children, HAdV-positive rate is higher than neighbor countries Among 91 patients, 76 (83.5%) children aged 0-2 years, its positive rate count 8.14%; HAdV infection showed association with season in year and the onset was in winter and spring with peak on January (20.54%) The results identified the genotype of 70 positive samples, recorded seven circulating Human Adenovirus genotypes respectively HAdV-B3 (10.99%), HAdV-B7 (50.55%), HAdV- C1 (4.4%), HAdV- C2 (4.44%), HAdV-C6 (4.4%), HAdV-D8 (1.1%) and HAdV-F41 (1.11%) Our study has shown that HAdV-B7 and HAdV-B3 were the predominant types in pediatric CAP HAdV-B7 circulates constantly, accounted for 50.55% of HAdV isolates follow by HAdV-B3 (10.99%) Newly emerging and re-emergent types or variant, HAdV-D8 and HAdV-F41 were identified iii LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan luận v n tốt nghiệp “Phân bố genotype human adenovirus bệnh nhi bị viêm phổi mắc phải cộng đồng” cơng trình nghiên cứu tơi thực Các số liệu thu thập, kết nghiên cứu kết luận luận v n trung thực, không chép từ t đề tài nghiên cứu dƣới t kỳ hình thức Việc tham khảo nguồn tài liệu đƣợc thực trích dẫn ghi nguồn tài liệu tham khảo quy định Học viên Trần Quốc Việt iv MỤC LỤC LỜI CẢM ƠN i TÓM TẮT LUẬN VĂN THẠC SĨ ii ABSTRACT iii LỜI CAM ĐOAN iv MỤC LỤC v DANH MỤC HÌNH ẢNH viii DANH MỤC BẢNG BIỂU ix DANH MỤC TỪ VIẾT TẮT x MỞ ĐẦU 1 Đặt v n đề Mục tiêu nghiên cứu Đối tƣợng phạm vi nghiên cứu 3.1 Đối tƣợng mẫu: 3.2 Phạm vi nghiên cứu Cách tiếp cận phƣơng pháp nghiên cứu 4.1 Xác định tỷ lệ lƣu hành HAdV ệnh phẩm hô h p ệnh nhi viêm phổi cộng đồng mắc phải 4.2 Phân ố kiểu gen HAdV mẫu ệnh phẩm dƣơng tính Ý ngh a thực tiễn đề tài CHƢƠNG TỔNG QUAN 1.1 Human Adenovirus (HAdVs) 1.1.1 Phân loài 1.1.2 C u trúc 1.1.3 Cơ chế xâm nhập 1.2 Chu trình lây nhiễm v 1.3 Cơ chế hình thành ệnh triệu chứng phổ iến 1.3.1 Viêm hô h p trẻ em 1.3.2 Sốt hầu họng (Pharyngoconjunctival Fever) 10 1.3.3 Nhiễm trùng hô h p c p (Acute Respiratorys Disease) 10 1.3.4 Ho gà (Intussusception) 10 1.3.5 Nhiễm trùng mắt (Infection of Eye) 10 1.3.6 Xu t huyết àng quang c p tính (Acute Hemorrhagic Cystitis) 11 1.3.7 Nhiễm trùng đƣờng ruột (Diarrhea) 11 1.3.8 Viêm màng não (Meningitis) 11 1.3.9 Nhiễm HAdV ệnh nhân suy giảm miễn dịch 11 1.3.10 Ung thƣ 11 1.4 Viêm phổi mắc phải cộng đồng 13 1.4.1 Bệnh viêm phổi cộng đồng mắc phải HAdV trẻ em 13 1.4.2 Tình hình nghiên cứu viêm phổi mắc phải cộng đồng HAdV gây Thế Giới Việt Nam 14 1.5 Các kỹ thuật chẩn đoán cận lâm sàng 16 1.5.1 Phân lập virus 16 1.5.2 Phát trực tiếp virus 18 1.5.3 Phát kháng nguyên 19 1.5.4 Phát kháng thể 19 1.5.5 Phát nucleic acid 20 1.6 Dịch tễ học 22 1.7 Vaccine 22 CHƢƠNG PHƢƠNG PHÁP VÀ VẬT LIỆU NGHIÊN CỨU 24 2.1 Vật liệu nghiên cứu 24 2.1.1 Đối tƣợng nghiên cứu 24 vi ... TÀI: Phân ố genotype human adenovirus ệnh nhi ị viêm phổi mắc phải cộng đồng NHI? ??M VỤ VÀ NỘI DUNG: Nhi? ??m vụ:  Xác định tỷ lệ lƣu hành Human Adenovirus đối tƣợng ệnh nhi viêm phổi cộng đồng mắc phải. .. 3.1 Tỷ lệ lƣu hành Adenovirus đối tƣợng ệnh nhi viêm phổi cộng đồng mắc phải 42 3.1.1 Tỷ lệ nhi? ??m HAdV đối tƣợng ệnh nhi viêm phổi cộng đồng mắc phải 42 3.1.2 Phân ố tỷ lệ nhi? ??m HAdV theo nhóm... 51 4.1 Tỷ lệ lƣu hành Adenovirus đối tƣợng ệnh Nhi viêm phổi cộng đồng mắc phải 51 4.2 Đặc điểm phân ố kiểu gen Human Adenovirus đối tƣợng ệnh nhi viêm phổi cộng đồng mắc phải 55